Protein–RNA interactions for Protein: P20908

COL5A1, Collagen alpha-1(V) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,838 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL5A1P20908 GLTP-201ENST00000318348 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
COL5A1P20908 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
COL5A1P20908 PHF20L1-207ENST00000395379 1998 ntTSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
COL5A1P20908 AC138647.1-201ENST00000427937 648 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
COL5A1P20908 MYCL-202ENST00000372816 1688 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
COL5A1P20908 SYT12-205ENST00000527043 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
COL5A1P20908 ANGPTL6-203ENST00000589181 1579 ntTSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
COL5A1P20908 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
COL5A1P20908 ADAMTS13-203ENST00000371910 1074 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
COL5A1P20908 BEX3-202ENST00000372634 753 ntTSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
COL5A1P20908 MIR3960-201ENST00000583311 91 ntBASIC24.18■■□□□ 1.46
COL5A1P20908 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
COL5A1P20908 CBX4-201ENST00000269397 2664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
COL5A1P20908 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
COL5A1P20908 ANKRD9-205ENST00000560748 1413 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
COL5A1P20908 FAM120C-203ENST00000477084 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
COL5A1P20908 MIR6765-201ENST00000614092 87 ntBASIC24.17■■□□□ 1.46
COL5A1P20908 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
COL5A1P20908 COQ2-201ENST00000311461 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
COL5A1P20908 GSR-206ENST00000546342 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
COL5A1P20908 IGFBP3-202ENST00000381083 1050 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
COL5A1P20908 MIR4508-201ENST00000584178 70 ntBASIC24.16■■□□□ 1.46
COL5A1P20908 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC24.15■■□□□ 1.46
COL5A1P20908 PBX1-202ENST00000367897 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
COL5A1P20908 MIF-201ENST00000215754 939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
COL5A1P20908 TMEM238-201ENST00000444469 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
COL5A1P20908 HYI-210ENST00000486909 905 ntTSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.45
COL5A1P20908 TMEM120A-214ENST00000493111 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
COL5A1P20908 PLA2G10-201ENST00000438167 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
COL5A1P20908 AC053527.1-201ENST00000502790 685 ntTSL 3 BASIC24.13■■□□□ 1.45
COL5A1P20908 BARX1-202ENST00000401724 1323 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
COL5A1P20908 MSRB1-206ENST00000622125 1363 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
COL5A1P20908 QDPR-202ENST00000428702 1278 ntTSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
COL5A1P20908 AC139795.1-202ENST00000500444 432 ntBASIC24.12■■□□□ 1.45
COL5A1P20908 AC090241.2-201ENST00000602329 432 ntTSL 4 BASIC24.12■■□□□ 1.45
COL5A1P20908 FGF20-201ENST00000180166 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
COL5A1P20908 NTN3-201ENST00000293973 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
COL5A1P20908 RBM42-205ENST00000589871 1487 ntTSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
COL5A1P20908 NTHL1-201ENST00000219066 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
COL5A1P20908 MDK-206ENST00000407067 1026 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
COL5A1P20908 AL354928.1-201ENST00000438380 617 ntTSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
COL5A1P20908 AC010980.1-201ENST00000587192 1142 ntBASIC24.12■■□□□ 1.45
COL5A1P20908 SOHLH1-202ENST00000425225 1411 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
COL5A1P20908 PI4KAP2-202ENST00000450651 2294 ntTSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
COL5A1P20908 PKNOX2-AS1-201ENST00000532316 586 ntTSL 3 BASIC24.11■■□□□ 1.45
COL5A1P20908 TIE1-210ENST00000538015 1140 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
COL5A1P20908 DDAH2-212ENST00000375789 1688 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
COL5A1P20908 DDAH2-213ENST00000375792 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
COL5A1P20908 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
COL5A1P20908 AL355490.1-201ENST00000445808 805 ntTSL 3 BASIC24.1■■□□□ 1.45
COL5A1P20908 LMAN2-208ENST00000515209 1149 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.1■■□□□ 1.45
COL5A1P20908 TNFRSF25-205ENST00000377782 1632 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
COL5A1P20908 TNFSF12-201ENST00000293825 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
COL5A1P20908 CCNYL1-203ENST00000392209 1952 ntTSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
COL5A1P20908 ARPC2-201ENST00000295685 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
COL5A1P20908 FKBP1B-202ENST00000380991 1010 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
COL5A1P20908 CDKN2A-214ENST00000579755 1283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
COL5A1P20908 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
COL5A1P20908 POTEF-201ENST00000361163 1586 ntTSL 5 BASIC24.09■■□□□ 1.45
COL5A1P20908 CTAG1B-201ENST00000328435 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
COL5A1P20908 GUCD1-207ENST00000447813 895 ntTSL 3 BASIC24.09■■□□□ 1.45
COL5A1P20908 SMKR1-201ENST00000462322 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
COL5A1P20908 CTAG1A-202ENST00000599837 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
COL5A1P20908 PVT1_1.1-201ENST00000615125 194 ntBASIC24.09■■□□□ 1.45
COL5A1P20908 AC019069.1-201ENST00000610008 1333 ntBASIC24.09■■□□□ 1.45
COL5A1P20908 TPI1-210ENST00000613953 1460 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
COL5A1P20908 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
COL5A1P20908 LINC01233-202ENST00000598832 568 ntTSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.45
COL5A1P20908 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC24.08■■□□□ 1.45
COL5A1P20908 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
COL5A1P20908 RHOBTB3-206ENST00000506817 1432 ntTSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.45
COL5A1P20908 FAM159A-204ENST00000517870 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
COL5A1P20908 KRT8P33-201ENST00000508125 1423 ntBASIC24.07■■□□□ 1.44
COL5A1P20908 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
COL5A1P20908 IDNK-203ENST00000405990 629 ntTSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
COL5A1P20908 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
COL5A1P20908 HMCES-202ENST00000389735 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
COL5A1P20908 NAXE-203ENST00000368235 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
COL5A1P20908 HES6-204ENST00000409182 863 ntTSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
COL5A1P20908 C12orf75-201ENST00000443585 1366 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
COL5A1P20908 SH3BP2-221ENST00000511747 2351 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
COL5A1P20908 PPP1CC-208ENST00000551676 1581 ntTSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
COL5A1P20908 AL592295.1-201ENST00000400984 884 ntBASIC24.05■■□□□ 1.44
COL5A1P20908 RAET1E-AS1-203ENST00000606915 1210 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
COL5A1P20908 BHLHE23-202ENST00000612929 1109 ntBASIC24.05■■□□□ 1.44
COL5A1P20908 TCEA1-213ENST00000640041 1171 ntTSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
COL5A1P20908 AP002414.2-202ENST00000590929 1450 ntBASIC24.05■■□□□ 1.44
COL5A1P20908 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
COL5A1P20908 KCNF1-201ENST00000295082 2289 ntAPPRIS P1 BASIC24.05■■□□□ 1.44
COL5A1P20908 DNPEP-201ENST00000273075 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
COL5A1P20908 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
COL5A1P20908 GUSBP5-201ENST00000418136 578 ntBASIC24.04■■□□□ 1.44
COL5A1P20908 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
COL5A1P20908 AC103834.1-201ENST00000520383 144 ntBASIC24.03■■□□□ 1.44
COL5A1P20908 PFDN2-201ENST00000368010 677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
COL5A1P20908 AC103724.3-201ENST00000564481 992 ntBASIC24.03■■□□□ 1.44
COL5A1P20908 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
COL5A1P20908 AC145124.1-201ENST00000528514 1361 ntTSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
COL5A1P20908 FAM173A-202ENST00000564000 1088 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
COL5A1P20908 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.4 ms