Protein–RNA interactions for Protein: Q8IX90

SKA3, Spindle and kinetochore-associated protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 412 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA3Q8IX90 GSEC-201ENST00000626810 2289 ntTSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 PRKCB-202ENST00000321728 2689 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 SPC24-206ENST00000592540 2315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 FMR1-206ENST00000370477 3437 ntTSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 AL360181.3-201ENST00000468317 1605 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 COMTD1-201ENST00000372538 976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 AC034232.1-201ENST00000506026 1064 ntBASIC16.1■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 ZNF706-204ENST00000518336 501 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC16.1■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 REEP1-207ENST00000535845 1196 ntTSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 ULK4P3-205ENST00000568486 1158 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 FAM104A-205ENST00000581110 512 ntTSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 C17orf62-221ENST00000581196 668 ntTSL 4 BASIC16.1■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 AC015961.2-201ENST00000589281 701 ntTSL 3 BASIC16.1■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 AC004076.1-201ENST00000596831 664 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 UBA52-210ENST00000598780 668 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.1■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 AMDHD2-203ENST00000413459 2049 ntTSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 KCNN4-209ENST00000615047 2029 ntTSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 CASD1-201ENST00000297273 3942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 SKIDA1-202ENST00000449193 6598 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC16.1■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 INTS10-201ENST00000397977 2804 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 SLC5A10-203ENST00000395645 2069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 CAB39-203ENST00000410084 1324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 KRBOX1-AS1-201ENST00000447834 2134 ntTSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 ZBTB45-202ENST00000594051 2541 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 ZNF394-201ENST00000337673 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 PRORSD1P-202ENST00000563365 2154 ntBASIC16.1■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 PDLIM3-201ENST00000284767 2589 ntTSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 MATN4-203ENST00000372754 2200 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 MCRS1-202ENST00000357123 1428 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 CDKN1B-201ENST00000228872 2657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 USP32-201ENST00000300896 5171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 RBM24-202ENST00000379052 2703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 FOXP1-214ENST00000493089 2703 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 ACD-215ENST00000620761 1483 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 MRM2-203ENST00000440306 1570 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 PIP5K1C-205ENST00000589578 2933 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 BEGAIN-211ENST00000637646 2911 ntTSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 MLLT1-201ENST00000252674 4507 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 IL17RC-201ENST00000295981 2621 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 SLC39A7-201ENST00000374675 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 ZNF446-203ENST00000594369 2238 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 EFTUD1P1-204ENST00000560401 1798 ntBASIC16.09■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 AC060780.1-201ENST00000635600 1782 ntTSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 PAX3-201ENST00000258387 958 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 DGCR6-201ENST00000331444 1214 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 EDARADD-201ENST00000334232 858 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 FAM19A3-201ENST00000361886 1056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 IMP3-202ENST00000403490 1237 ntAPPRIS P1 BASIC16.09■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 ST6GALNAC4P1-201ENST00000435385 499 ntBASIC16.09■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 AC103564.1-201ENST00000437330 562 ntTSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 RASA4DP-201ENST00000460726 1199 ntBASIC16.09■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 AP003396.1-201ENST00000501918 507 ntTSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 MAP3K14-AS1-202ENST00000585351 893 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 ICA1-201ENST00000265577 2309 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 CENPT-208ENST00000562787 2345 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 NEK2-205ENST00000540251 1318 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 ZMYM5-202ENST00000382905 1382 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 SPART-209ENST00000494062 3018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 LUC7L-201ENST00000293872 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 EHMT1-236ENST00000637161 5049 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 CTNNBL1-204ENST00000405275 2076 ntTSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 XKR8-201ENST00000373884 2692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 PIF1-205ENST00000559239 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 ARHGAP26-202ENST00000378004 9200 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 FAM222A-202ENST00000538780 3294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 VEGFA-206ENST00000372077 2834 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 LRRC58-201ENST00000295628 7903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 KDM5C-204ENST00000375401 6031 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 COL18A1-204ENST00000400337 5436 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 GTF2H4-201ENST00000259895 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 B4GALT4-202ENST00000393765 2459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 TAF6-211ENST00000453269 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 N4BP3-201ENST00000274605 6080 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 RGMB-AS1-201ENST00000498871 1903 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 POLR2C-201ENST00000219252 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 PSMG4-209ENST00000473000 4603 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 HRAS-201ENST00000311189 894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 ZCWPW1-201ENST00000360951 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 CHTOP-202ENST00000368687 1094 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 ZMYM5-203ENST00000382907 1092 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 MIEN1-201ENST00000394231 1006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 ROMO1-205ENST00000397416 288 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.08■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 AC007731.5-201ENST00000429594 644 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 FAM210CP-201ENST00000445714 574 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 SNX5-210ENST00000481323 562 ntTSL 3 BASIC16.08■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 APBB3-216ENST00000511201 1014 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 REEP1-209ENST00000541910 969 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 MED9-202ENST00000580462 565 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 C16orf74-203ENST00000602675 744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 C16orf74-206ENST00000602766 832 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.08■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 C10orf142-201ENST00000619243 1110 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 SGSM2-201ENST00000268989 4863 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 AHCYL2-201ENST00000325006 5056 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 STN1-201ENST00000224950 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 SYNM-202ENST00000336292 7394 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 HPCA-201ENST00000373467 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 CHRNA4-207ENST00000615287 5643 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 PIP4K2C-202ENST00000422156 1558 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 KDM6A-213ENST00000611820 5924 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 WRB-201ENST00000333781 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.1 ms