Protein–RNA interactions for Protein: Q9UHB6

LIMA1, LIM domain and actin-binding protein 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 759 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMA1Q9UHB6 MIR149-201ENST00000384879 89 ntBASIC20.13■□□□□ 0.81
LIMA1Q9UHB6 SATB2-203ENST00000428695 2135 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
LIMA1Q9UHB6 AC091564.5-201ENST00000526456 820 ntTSL 4 BASIC20.13■□□□□ 0.81
LIMA1Q9UHB6 NDUFS3-212ENST00000534208 583 ntTSL 4 BASIC20.13■□□□□ 0.81
LIMA1Q9UHB6 MNT-208ENST00000575394 606 ntTSL 4 BASIC20.13■□□□□ 0.81
LIMA1Q9UHB6 CIRBP-217ENST00000588230 1013 ntTSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
LIMA1Q9UHB6 GABBR1-204ENST00000377016 4299 ntTSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
LIMA1Q9UHB6 EVX2-201ENST00000308618 4203 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
LIMA1Q9UHB6 RIMBP3C-201ENST00000331505 5475 ntAPPRIS ALT2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
LIMA1Q9UHB6 CBX2-202ENST00000310942 4644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
LIMA1Q9UHB6 FOLH1-204ENST00000356696 2403 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
LIMA1Q9UHB6 CDK11A-203ENST00000357760 2446 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
LIMA1Q9UHB6 CDK11A-204ENST00000358779 2419 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
LIMA1Q9UHB6 CDK11A-206ENST00000378638 2429 ntTSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
LIMA1Q9UHB6 CDK11A-208ENST00000404249 2449 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
LIMA1Q9UHB6 RHOB-201ENST00000272233 2372 ntAPPRIS P1 BASIC20.13■□□□□ 0.81
LIMA1Q9UHB6 P2RY6-202ENST00000393590 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
LIMA1Q9UHB6 CORO6-210ENST00000580212 2345 ntTSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
LIMA1Q9UHB6 MACROD2-201ENST00000217246 4994 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
LIMA1Q9UHB6 SIGIRR-220ENST00000531205 1649 ntTSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
LIMA1Q9UHB6 FSCN2-201ENST00000334850 1551 ntTSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
LIMA1Q9UHB6 PPP1R7-207ENST00000407025 1592 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
LIMA1Q9UHB6 CENPA-202ENST00000335756 1452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
LIMA1Q9UHB6 AC009102.3-201ENST00000623118 1491 ntBASIC20.12■□□□□ 0.81
LIMA1Q9UHB6 GAB3-203ENST00000424127 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
LIMA1Q9UHB6 THUMPD2-204ENST00000505747 1970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
LIMA1Q9UHB6 SCAND1-203ENST00000615116 1371 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
LIMA1Q9UHB6 RNF170-205ENST00000526349 1338 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
LIMA1Q9UHB6 LINC01534-202ENST00000433232 554 ntTSL 3 BASIC20.12■□□□□ 0.81
LIMA1Q9UHB6 AC027682.2-201ENST00000563083 336 ntTSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
LIMA1Q9UHB6 NAT14-202ENST00000587400 416 ntTSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
LIMA1Q9UHB6 AL024498.1-202ENST00000606652 480 ntTSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
LIMA1Q9UHB6 ITM2C-210ENST00000620962 501 ntBASIC20.12■□□□□ 0.81
LIMA1Q9UHB6 AC060780.1-201ENST00000635600 1782 ntTSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
LIMA1Q9UHB6 PAK4-209ENST00000599470 1715 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
LIMA1Q9UHB6 NSUN5-201ENST00000252594 1672 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
LIMA1Q9UHB6 MAFG-201ENST00000357736 5040 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
LIMA1Q9UHB6 DVL2-201ENST00000005340 3018 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
LIMA1Q9UHB6 FAM110A-201ENST00000246100 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
LIMA1Q9UHB6 BTNL9-202ENST00000376841 1626 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
LIMA1Q9UHB6 AC099343.3-201ENST00000605834 2503 ntBASIC20.12■□□□□ 0.81
LIMA1Q9UHB6 SQOR-201ENST00000260324 2003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
LIMA1Q9UHB6 SPSB4-201ENST00000310546 2908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
LIMA1Q9UHB6 SLC9A6-201ENST00000370695 4725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
LIMA1Q9UHB6 ZZZ3-201ENST00000370798 2468 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
LIMA1Q9UHB6 CCT7-215ENST00000539919 2031 ntTSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
LIMA1Q9UHB6 MCM9-201ENST00000316068 2442 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
LIMA1Q9UHB6 ERCC2-205ENST00000485403 1538 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
LIMA1Q9UHB6 HOXB1-202ENST00000577092 1414 ntBASIC20.11■□□□□ 0.81
LIMA1Q9UHB6 RNPS1-205ENST00000561718 1806 ntTSL 3 BASIC20.11■□□□□ 0.81
LIMA1Q9UHB6 SELENOF-201ENST00000331835 1781 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
LIMA1Q9UHB6 MID1IP1-201ENST00000336949 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
LIMA1Q9UHB6 MRI1-201ENST00000040663 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
LIMA1Q9UHB6 PTPRK-218ENST00000525459 1722 ntTSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
LIMA1Q9UHB6 MFSD11-220ENST00000621483 2850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
LIMA1Q9UHB6 TXNL1-211ENST00000590954 1339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
LIMA1Q9UHB6 GRB7-202ENST00000394204 1667 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
LIMA1Q9UHB6 SH2D3C-203ENST00000373277 2750 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
LIMA1Q9UHB6 GNG5-202ENST00000370645 790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
LIMA1Q9UHB6 ANKRD6-201ENST00000339746 3073 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
LIMA1Q9UHB6 CCDC88C-203ENST00000389856 1641 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
LIMA1Q9UHB6 MRPL10-203ENST00000414011 1622 ntTSL 3 BASIC20.11■□□□□ 0.81
LIMA1Q9UHB6 HDAC10-202ENST00000349505 1950 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
LIMA1Q9UHB6 CHTOP-201ENST00000368686 2250 ntTSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
LIMA1Q9UHB6 PSMG4-209ENST00000473000 4603 ntTSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
LIMA1Q9UHB6 NFATC2IP-201ENST00000320805 4569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
LIMA1Q9UHB6 MBD3-201ENST00000156825 5518 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
LIMA1Q9UHB6 PLD3-206ENST00000409587 2180 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
LIMA1Q9UHB6 FXYD6-204ENST00000526014 2171 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
LIMA1Q9UHB6 ZIC4-209ENST00000473123 1481 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
LIMA1Q9UHB6 AC093627.4-201ENST00000484550 5008 ntTSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
LIMA1Q9UHB6 SPATA6L-207ENST00000475086 1444 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
LIMA1Q9UHB6 HDAC10-201ENST00000216271 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
LIMA1Q9UHB6 IFFO1-201ENST00000336604 2686 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
LIMA1Q9UHB6 TMEM214-201ENST00000238788 2990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
LIMA1Q9UHB6 ROCK2-202ENST00000315872 8292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
LIMA1Q9UHB6 SLC25A3-211ENST00000548847 1369 ntTSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
LIMA1Q9UHB6 HOXA13-201ENST00000222753 5030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
LIMA1Q9UHB6 ZNF589-203ENST00000427617 1677 ntTSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
LIMA1Q9UHB6 DLGAP1-222ENST00000639615 1898 ntTSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
LIMA1Q9UHB6 RAB40C-203ENST00000535977 2717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
LIMA1Q9UHB6 TUBA3C-201ENST00000400113 1551 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
LIMA1Q9UHB6 AC006116.8-202ENST00000587620 1550 ntBASIC20.1■□□□□ 0.81
LIMA1Q9UHB6 RNF166-203ENST00000541206 2419 ntTSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
LIMA1Q9UHB6 SLC35A2-202ENST00000376512 903 ntTSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
LIMA1Q9UHB6 GRAMD1B-209ENST00000533341 707 ntTSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
LIMA1Q9UHB6 FOXN3-AS1-201ENST00000555562 1077 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
LIMA1Q9UHB6 EIF3C-211ENST00000566866 2986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
LIMA1Q9UHB6 REXO1L10P-201ENST00000615707 1290 ntBASIC20.1■□□□□ 0.81
LIMA1Q9UHB6 REXO1L12P-201ENST00000622156 912 ntBASIC20.1■□□□□ 0.81
LIMA1Q9UHB6 PIF1-201ENST00000268043 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
LIMA1Q9UHB6 ADSL-202ENST00000342312 1808 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
LIMA1Q9UHB6 SENP6-202ENST00000370010 4644 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
LIMA1Q9UHB6 HIC1-202ENST00000399849 3156 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
LIMA1Q9UHB6 CD164L2-202ENST00000374027 1457 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
LIMA1Q9UHB6 GOLGA7-204ENST00000520817 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
LIMA1Q9UHB6 CCNC-207ENST00000518714 1426 ntTSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
LIMA1Q9UHB6 SP100-208ENST00000427101 1922 ntTSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
LIMA1Q9UHB6 ACVRL1-202ENST00000419526 1356 ntTSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
LIMA1Q9UHB6 AC093010.1-201ENST00000473625 1624 ntBASIC20.09■□□□□ 0.81
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.8 ms