Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 CIZ1-226ENST00000629610 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 MADD-208ENST00000405573 1823 ntTSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 MAPK9-201ENST00000343111 4369 ntTSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 SPDYE15P-201ENST00000424157 909 ntBASIC21.21■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 AL136307.1-201ENST00000454882 411 ntTSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 APBB3-216ENST00000511201 1014 ntTSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 CNTD2-203ENST00000513948 787 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 UBA52-210ENST00000598780 668 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.21■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 C16orf74-203ENST00000602675 744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 C16orf74-206ENST00000602766 832 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.21■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 DDX42-216ENST00000583590 4148 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 ZNF213-201ENST00000396878 3313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 TFEB-203ENST00000358871 2188 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 FOXI3-201ENST00000428390 2804 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.21■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 DYNLL1-209ENST00000550845 1376 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 CDAN1-201ENST00000356231 4637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 CCDC43-201ENST00000315286 2082 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 EFTUD1P1-204ENST00000560401 1798 ntBASIC21.2■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 PKN1-201ENST00000242783 3069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 PDE6B-202ENST00000429163 2120 ntTSL 2 BASIC21.2■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 TRIP6-201ENST00000200457 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 KDM5C-203ENST00000375383 5122 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 HTATSF1-204ENST00000535601 3019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 ZNF707-202ENST00000418203 2661 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 PDE9A-209ENST00000398227 1606 ntTSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 HRAS-201ENST00000311189 894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 COMTD1-201ENST00000372538 976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 MIEN1-201ENST00000394231 1006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 PRICKLE4-202ENST00000394260 1035 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.2■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 PRICKLE4-203ENST00000394263 1155 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 TSPY5P-201ENST00000426936 936 ntBASIC21.2■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 AC019068.1-202ENST00000483218 768 ntTSL 3 BASIC21.2■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 AC012213.1-202ENST00000523422 449 ntTSL 3 BASIC21.2■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 GRP-204ENST00000529320 824 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 C17orf62-221ENST00000581196 668 ntTSL 4 BASIC21.2■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 MIR3180-4-201ENST00000582223 153 ntBASIC21.2■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 ANKS3-230ENST00000614075 2387 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 ZCWPW1-201ENST00000360951 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.2■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 ZNF274-203ENST00000424679 2539 ntTSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 FAM50A-202ENST00000393600 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 PLK1-201ENST00000300093 2227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 AGER-205ENST00000375069 1538 ntTSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 ALDOC-201ENST00000226253 1982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 AP001626.1-201ENST00000424890 2854 ntTSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 HS2ST1-202ENST00000370551 1585 ntTSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 AC020661.1-201ENST00000503052 1584 ntTSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 THAP3-203ENST00000377627 2053 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 MINPP1-201ENST00000371994 2183 ntTSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 STRN4-202ENST00000391910 3628 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.19■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 COMP-202ENST00000425807 2292 ntTSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 DGCR6-201ENST00000331444 1214 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 GLRX2-201ENST00000367439 701 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 RNF152P1-201ENST00000397754 604 ntBASIC21.19■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 AC012618.3-202ENST00000440004 472 ntTSL 4 BASIC21.19■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 KRT18P38-201ENST00000449496 1282 ntBASIC21.19■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 AC021739.3-201ENST00000557908 855 ntTSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 BDKRB1-204ENST00000611804 1085 ntAPPRIS P1 BASIC21.19■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 NTRK1-201ENST00000358660 2492 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 MCRS1-202ENST00000357123 1428 ntTSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 COQ9-210ENST00000567072 1482 ntTSL 3 BASIC21.19■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 ACD-215ENST00000620761 1483 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 CHRND-201ENST00000258385 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 VEGFA-206ENST00000372077 2834 ntTSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 FSCN2-201ENST00000334850 1551 ntTSL 5 BASIC21.19■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 TOR2A-205ENST00000463577 2211 ntTSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 ZBED3-AS1-208ENST00000512001 1668 ntTSL 3 BASIC21.18■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 CHPF-201ENST00000243776 3013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 AC135776.1-201ENST00000319817 2481 ntBASIC21.18■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 RNH1-201ENST00000354420 1894 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.18■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 RAPH1-201ENST00000308091 2768 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 ARHGAP9-202ENST00000393797 2912 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 PAX3-201ENST00000258387 958 ntTSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 FAM19A3-201ENST00000361886 1056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 ST6GALNAC4P1-201ENST00000435385 499 ntBASIC21.18■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 FAM210CP-201ENST00000445714 574 ntBASIC21.18■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 RASA4DP-201ENST00000460726 1199 ntBASIC21.18■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 SNX5-210ENST00000481323 562 ntTSL 3 BASIC21.18■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 DUX4L26-201ENST00000489078 1255 ntBASIC21.18■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 FAM104A-205ENST00000581110 512 ntTSL 2 BASIC21.18■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 USF2-205ENST00000594064 1179 ntTSL 2 BASIC21.18■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 AC004076.1-201ENST00000596831 664 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.18■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 C10orf142-201ENST00000619243 1110 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.18■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 MAFG-201ENST00000357736 5040 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 ASCL5-202ENST00000458416 1420 ntAPPRIS P1 BASIC21.18■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 UPF1-201ENST00000262803 5348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 MMD2-202ENST00000404774 2415 ntTSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 LYSMD4-210ENST00000545021 2431 ntTSL 4 BASIC21.18■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 LUC7L-201ENST00000293872 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 WDR18-202ENST00000585809 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 MYH14-206ENST00000596571 5988 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.18■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 NIFK-201ENST00000285814 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 AAED1-201ENST00000375234 2863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 SORCS3-201ENST00000369699 5530 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.18■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 SEPT8-201ENST00000296873 4394 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 ORC5-201ENST00000297431 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 SOD2-206ENST00000452684 2045 ntTSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 APBB1-215ENST00000608394 2128 ntTSL 5 BASIC21.17■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 APBB1-222ENST00000610474 2147 ntTSL 5 BASIC21.17■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 ADAM33-202ENST00000356518 3677 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 PTGER3-201ENST00000306666 2333 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.9 ms