Protein–RNA interactions for Protein: Q9NPD3

EXOSC4, Exosome complex component RRP41, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 245 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
EXOSC4Q9NPD3 AC234582.1-201ENST00000447623 923 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
EXOSC4Q9NPD3 AC068152.1-210ENST00000574741 836 ntTSL 3 BASIC22.33■■□□□ 1.17
EXOSC4Q9NPD3 RHOC-208ENST00000369642 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
EXOSC4Q9NPD3 SOS2-201ENST00000216373 5498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
EXOSC4Q9NPD3 TRIM54-201ENST00000296098 2027 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
EXOSC4Q9NPD3 CTBP2-211ENST00000494626 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
EXOSC4Q9NPD3 SNAI3-AS1-204ENST00000567997 2048 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
EXOSC4Q9NPD3 RILPL1-205ENST00000636882 2258 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
EXOSC4Q9NPD3 BATF3-201ENST00000243440 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
EXOSC4Q9NPD3 SRR-201ENST00000344595 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
EXOSC4Q9NPD3 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
EXOSC4Q9NPD3 BAMBI-201ENST00000375533 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
EXOSC4Q9NPD3 C8orf58-202ENST00000409586 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
EXOSC4Q9NPD3 RINL-202ENST00000591812 1910 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
EXOSC4Q9NPD3 ANKS3-203ENST00000450067 2272 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
EXOSC4Q9NPD3 PABPN1-202ENST00000397276 2768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
EXOSC4Q9NPD3 LINC00588-201ENST00000521663 1875 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
EXOSC4Q9NPD3 FEZ2-204ENST00000405912 1931 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
EXOSC4Q9NPD3 ITPKA-201ENST00000260386 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
EXOSC4Q9NPD3 RABL6-202ENST00000357466 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
EXOSC4Q9NPD3 NPAS3-206ENST00000548645 2926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
EXOSC4Q9NPD3 TTC9-201ENST00000256367 5217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
EXOSC4Q9NPD3 PMS1-205ENST00000409985 1882 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
EXOSC4Q9NPD3 HTR6-201ENST00000289753 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
EXOSC4Q9NPD3 MEIS2-204ENST00000397620 2295 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
EXOSC4Q9NPD3 KCNQ3-202ENST00000519445 2801 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
EXOSC4Q9NPD3 CDC16-211ENST00000628084 2058 ntTSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
EXOSC4Q9NPD3 PICALM-202ENST00000393346 2340 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
EXOSC4Q9NPD3 ZC3H14-202ENST00000302216 2560 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
EXOSC4Q9NPD3 RAD21-AS1-201ENST00000521487 2010 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
EXOSC4Q9NPD3 AC006486.1-201ENST00000594664 634 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.27■■□□□ 1.16
EXOSC4Q9NPD3 AC097358.2-201ENST00000607541 1159 ntBASIC22.27■■□□□ 1.16
EXOSC4Q9NPD3 CNNM2-201ENST00000369875 2059 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
EXOSC4Q9NPD3 EBAG9-202ENST00000395785 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
EXOSC4Q9NPD3 MAGI2-202ENST00000419488 6800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
EXOSC4Q9NPD3 MAZ-203ENST00000545521 2333 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
EXOSC4Q9NPD3 NHLRC4-201ENST00000424439 2097 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.26■■□□□ 1.15
EXOSC4Q9NPD3 GTPBP3-202ENST00000358792 1951 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
EXOSC4Q9NPD3 FZD8-201ENST00000374694 4030 ntAPPRIS P1 BASIC22.26■■□□□ 1.15
EXOSC4Q9NPD3 INPP4A-203ENST00000409463 1565 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
EXOSC4Q9NPD3 ZDHHC14-204ENST00000414563 3134 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
EXOSC4Q9NPD3 AL391121.1-201ENST00000607967 1349 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
EXOSC4Q9NPD3 PRR35-201ENST00000409413 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
EXOSC4Q9NPD3 EZH2-206ENST00000478654 2522 ntTSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
EXOSC4Q9NPD3 EBPL-202ENST00000378268 680 ntTSL 3 BASIC22.24■■□□□ 1.15
EXOSC4Q9NPD3 LY6K-203ENST00000519387 963 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
EXOSC4Q9NPD3 AC136428.2-201ENST00000563187 214 ntBASIC22.24■■□□□ 1.15
EXOSC4Q9NPD3 AC009690.3-201ENST00000569547 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
EXOSC4Q9NPD3 PDIA6-201ENST00000272227 2338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
EXOSC4Q9NPD3 SP8-202ENST00000418710 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
EXOSC4Q9NPD3 NOXA1-201ENST00000341349 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
EXOSC4Q9NPD3 TRIOBP-203ENST00000403663 2324 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
EXOSC4Q9NPD3 EID2-201ENST00000390658 1629 ntAPPRIS P1 BASIC22.22■■□□□ 1.15
EXOSC4Q9NPD3 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
EXOSC4Q9NPD3 C19orf47-202ENST00000392035 2126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
EXOSC4Q9NPD3 DUSP8P4-201ENST00000399538 1761 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
EXOSC4Q9NPD3 USP25-203ENST00000351097 2158 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
EXOSC4Q9NPD3 ATG16L2-201ENST00000321297 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
EXOSC4Q9NPD3 COQ2-202ENST00000311469 1641 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
EXOSC4Q9NPD3 SNHG7-204ENST00000447221 2157 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
EXOSC4Q9NPD3 FGF3-201ENST00000334134 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
EXOSC4Q9NPD3 FTCDNL1-201ENST00000416668 944 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
EXOSC4Q9NPD3 NADK2-210ENST00000514504 1233 ntTSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
EXOSC4Q9NPD3 AC092803.2-201ENST00000564287 1899 ntBASIC22.21■■□□□ 1.15
EXOSC4Q9NPD3 FOXA2-201ENST00000377115 2401 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
EXOSC4Q9NPD3 NRG1-210ENST00000520407 1955 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
EXOSC4Q9NPD3 GSR-206ENST00000546342 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
EXOSC4Q9NPD3 SPIRE2-205ENST00000563972 1823 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
EXOSC4Q9NPD3 LRRC75B-201ENST00000318753 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
EXOSC4Q9NPD3 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
EXOSC4Q9NPD3 INAFM1-201ENST00000552360 1255 ntAPPRIS P1 BASIC22.2■■□□□ 1.14
EXOSC4Q9NPD3 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
EXOSC4Q9NPD3 FBXL8-206ENST00000519917 1460 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
EXOSC4Q9NPD3 DYRK1B-201ENST00000323039 2535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
EXOSC4Q9NPD3 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
EXOSC4Q9NPD3 CAHM-201ENST00000604200 896 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
EXOSC4Q9NPD3 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
EXOSC4Q9NPD3 CIB2-201ENST00000258930 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
EXOSC4Q9NPD3 FBXL8-201ENST00000258200 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
EXOSC4Q9NPD3 PRR5-202ENST00000336985 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
EXOSC4Q9NPD3 TIGD3-201ENST00000309880 2012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
EXOSC4Q9NPD3 RFWD2-201ENST00000308769 2124 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
EXOSC4Q9NPD3 EGR4-201ENST00000436467 2377 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
EXOSC4Q9NPD3 SIN3B-209ENST00000596802 2556 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
EXOSC4Q9NPD3 NRXN1-205ENST00000401710 2873 ntTSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
EXOSC4Q9NPD3 GTPBP3-203ENST00000361619 1894 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
EXOSC4Q9NPD3 TMEM268-202ENST00000374049 4578 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
EXOSC4Q9NPD3 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
EXOSC4Q9NPD3 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
EXOSC4Q9NPD3 BTBD2-201ENST00000255608 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
EXOSC4Q9NPD3 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
EXOSC4Q9NPD3 ANKRD53-203ENST00000441349 1797 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
EXOSC4Q9NPD3 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
EXOSC4Q9NPD3 ANKS6-201ENST00000353234 7164 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
EXOSC4Q9NPD3 DUSP15-202ENST00000339738 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
EXOSC4Q9NPD3 AC018358.1-201ENST00000631079 1402 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
EXOSC4Q9NPD3 USP12-201ENST00000282344 4511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
EXOSC4Q9NPD3 ZFAND2B-204ENST00000409217 886 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
EXOSC4Q9NPD3 DENR-202ENST00000455982 1052 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
EXOSC4Q9NPD3 LTK-203ENST00000453182 2412 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.3 ms