Protein–RNA interactions for Protein: Q6P087

RPUSD3, Mitochondrial mRNA pseudouridine synthase RPUSD3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 351 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPUSD3Q6P087 LYPD6B-204ENST00000409876 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
RPUSD3Q6P087 FLVCR1-AS1-203ENST00000426161 892 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
RPUSD3Q6P087 PSMG4-207ENST00000451246 824 ntTSL 3 BASIC22.85■■□□□ 1.25
RPUSD3Q6P087 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
RPUSD3Q6P087 FKBP1A-205ENST00000439640 1583 ntTSL 3 BASIC22.84■■□□□ 1.25
RPUSD3Q6P087 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
RPUSD3Q6P087 MZT2B-201ENST00000281871 933 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
RPUSD3Q6P087 MZT2A-201ENST00000309451 624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
RPUSD3Q6P087 GUK1-208ENST00000366728 842 ntTSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
RPUSD3Q6P087 MXD3-208ENST00000513063 861 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.84■■□□□ 1.25
RPUSD3Q6P087 KLF16-204ENST00000617223 1133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
RPUSD3Q6P087 MRPL4-201ENST00000253099 1455 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
RPUSD3Q6P087 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
RPUSD3Q6P087 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
RPUSD3Q6P087 AC100797.4-201ENST00000631653 1827 ntBASIC22.82■■□□□ 1.24
RPUSD3Q6P087 SOWAHD-201ENST00000343905 1552 ntAPPRIS P1 BASIC22.82■■□□□ 1.24
RPUSD3Q6P087 GSR-206ENST00000546342 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
RPUSD3Q6P087 SMPD5-203ENST00000639008 1464 ntBASIC22.82■■□□□ 1.24
RPUSD3Q6P087 UBE2I-213ENST00000566587 1098 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
RPUSD3Q6P087 DSG2-202ENST00000585206 1081 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
RPUSD3Q6P087 LDLRAD4-218ENST00000592991 1640 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
RPUSD3Q6P087 EMC10-206ENST00000598585 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
RPUSD3Q6P087 AL121987.2-201ENST00000418602 1578 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
RPUSD3Q6P087 TBX1-201ENST00000329705 1465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
RPUSD3Q6P087 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
RPUSD3Q6P087 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
RPUSD3Q6P087 CAPNS1-216ENST00000628306 1389 ntTSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
RPUSD3Q6P087 PHF20L1-207ENST00000395379 1998 ntTSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
RPUSD3Q6P087 TNFRSF12A-201ENST00000326577 1033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
RPUSD3Q6P087 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
RPUSD3Q6P087 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
RPUSD3Q6P087 AL359258.2-201ENST00000564063 1566 ntBASIC22.8■■□□□ 1.24
RPUSD3Q6P087 PRRX2-201ENST00000372469 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
RPUSD3Q6P087 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
RPUSD3Q6P087 IFI30-201ENST00000407280 1134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
RPUSD3Q6P087 AC133552.2-201ENST00000619106 1032 ntBASIC22.79■■□□□ 1.24
RPUSD3Q6P087 SNX15-202ENST00000377244 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
RPUSD3Q6P087 ARPC2-202ENST00000315717 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
RPUSD3Q6P087 MPP6-203ENST00000409761 1703 ntTSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
RPUSD3Q6P087 UBE2D2-205ENST00000505548 1113 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
RPUSD3Q6P087 AC129492.7-201ENST00000622992 756 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
RPUSD3Q6P087 AC009831.1-201ENST00000580420 1582 ntBASIC22.77■■□□□ 1.24
RPUSD3Q6P087 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
RPUSD3Q6P087 TTC36-201ENST00000302783 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
RPUSD3Q6P087 OXLD1-201ENST00000374741 620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
RPUSD3Q6P087 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
RPUSD3Q6P087 DEXI-202ENST00000469379 1393 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
RPUSD3Q6P087 NKIRAS2-208ENST00000462043 585 ntTSL 4 BASIC22.76■■□□□ 1.23
RPUSD3Q6P087 AL592293.1-201ENST00000502889 1188 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
RPUSD3Q6P087 AC025884.2-201ENST00000553429 711 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
RPUSD3Q6P087 MYCL-202ENST00000372816 1688 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
RPUSD3Q6P087 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
RPUSD3Q6P087 KDM4C-203ENST00000401787 1406 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
RPUSD3Q6P087 TXNRD2-205ENST00000400525 1874 ntTSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
RPUSD3Q6P087 SDF2L1-201ENST00000248958 865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
RPUSD3Q6P087 RSPO4-202ENST00000400634 722 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
RPUSD3Q6P087 PITX3-202ENST00000539804 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
RPUSD3Q6P087 CIB2-202ENST00000539011 1511 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
RPUSD3Q6P087 PPP1CC-208ENST00000551676 1581 ntTSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
RPUSD3Q6P087 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
RPUSD3Q6P087 CLEC11A-201ENST00000250340 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
RPUSD3Q6P087 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
RPUSD3Q6P087 FHL2-202ENST00000344213 1769 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
RPUSD3Q6P087 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
RPUSD3Q6P087 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
RPUSD3Q6P087 HES4-204ENST00000484667 667 ntTSL 3 BASIC22.73■■□□□ 1.23
RPUSD3Q6P087 AC026202.3-201ENST00000600805 1127 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
RPUSD3Q6P087 ATXN3-252ENST00000620536 1044 ntTSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
RPUSD3Q6P087 ATXN3-253ENST00000621269 936 ntTSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
RPUSD3Q6P087 PTGER1-201ENST00000292513 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
RPUSD3Q6P087 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
RPUSD3Q6P087 RAD51-208ENST00000532743 1515 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
RPUSD3Q6P087 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
RPUSD3Q6P087 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
RPUSD3Q6P087 WBP1-201ENST00000233615 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
RPUSD3Q6P087 COPRS-201ENST00000302362 968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
RPUSD3Q6P087 MPC1-201ENST00000341756 976 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
RPUSD3Q6P087 GNPTG-204ENST00000527137 386 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
RPUSD3Q6P087 MPC1-206ENST00000621630 977 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
RPUSD3Q6P087 MPC1-207ENST00000621685 1192 ntTSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
RPUSD3Q6P087 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
RPUSD3Q6P087 CCND3-205ENST00000415497 1843 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
RPUSD3Q6P087 WBP1-202ENST00000393972 1325 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
RPUSD3Q6P087 PSMG3-202ENST00000288607 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
RPUSD3Q6P087 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
RPUSD3Q6P087 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
RPUSD3Q6P087 RARRES2P1-201ENST00000474487 481 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
RPUSD3Q6P087 EIF5A-211ENST00000576930 1439 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
RPUSD3Q6P087 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
RPUSD3Q6P087 AL121899.1-202ENST00000411839 536 ntTSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
RPUSD3Q6P087 RP9P-202ENST00000450133 1212 ntBASIC22.7■■□□□ 1.22
RPUSD3Q6P087 TYMP-201ENST00000252029 1630 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
RPUSD3Q6P087 TNFRSF25-205ENST00000377782 1632 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
RPUSD3Q6P087 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
RPUSD3Q6P087 FGF20-201ENST00000180166 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
RPUSD3Q6P087 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
RPUSD3Q6P087 PROCA1-201ENST00000301039 1566 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
RPUSD3Q6P087 DNPEP-201ENST00000273075 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
RPUSD3Q6P087 PSMG4-206ENST00000438998 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
RPUSD3Q6P087 C1orf232-201ENST00000634842 643 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.1 ms