Protein–RNA interactions for Protein: P08670

VIM, Vimentin, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 466 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VIMP08670 NFKBIE-201ENST00000275015 2581 ntTSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
VIMP08670 AC068152.1-207ENST00000573341 647 ntTSL 2 BASIC25.11■■□□□ 1.61
VIMP08670 C14orf80-205ENST00000392523 1845 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
VIMP08670 KAT8-206ENST00000543774 1846 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.11■■□□□ 1.61
VIMP08670 RILPL1-205ENST00000636882 2258 ntTSL 5 BASIC25.1■■□□□ 1.61
VIMP08670 BBC3-204ENST00000449228 1827 ntTSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
VIMP08670 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.09■■□□□ 1.61
VIMP08670 BTBD6-204ENST00000463376 2195 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
VIMP08670 PMS1-205ENST00000409985 1882 ntTSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
VIMP08670 LYPLA1-215ENST00000618914 2482 ntTSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.61
VIMP08670 CTBP2-211ENST00000494626 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
VIMP08670 RINL-202ENST00000591812 1910 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.08■■□□□ 1.6
VIMP08670 TRIM54-201ENST00000296098 2027 ntTSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
VIMP08670 NHLRC4-201ENST00000424439 2097 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.07■■□□□ 1.6
VIMP08670 LDLRAD4-218ENST00000592991 1640 ntTSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
VIMP08670 AP002414.2-202ENST00000590929 1450 ntBASIC25.07■■□□□ 1.6
VIMP08670 LINC00588-201ENST00000521663 1875 ntTSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
VIMP08670 SRR-201ENST00000344595 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
VIMP08670 NPAS3-206ENST00000548645 2926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
VIMP08670 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
VIMP08670 BAMBI-201ENST00000375533 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
VIMP08670 EPM2A-209ENST00000638262 2679 ntTSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
VIMP08670 RABL6-202ENST00000357466 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
VIMP08670 PICALM-202ENST00000393346 2340 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
VIMP08670 MAZ-203ENST00000545521 2333 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
VIMP08670 PQLC1-211ENST00000590381 1247 ntTSL 2 BASIC25.05■■□□□ 1.6
VIMP08670 PRR35-201ENST00000409413 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
VIMP08670 MEIS2-204ENST00000397620 2295 ntTSL 2 BASIC25.04■■□□□ 1.6
VIMP08670 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
VIMP08670 AL133380.1-201ENST00000506013 324 ntBASIC25.03■■□□□ 1.6
VIMP08670 FEZ2-204ENST00000405912 1931 ntTSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
VIMP08670 C8orf58-202ENST00000409586 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.03■■□□□ 1.6
VIMP08670 PABPN1-202ENST00000397276 2768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
VIMP08670 ITPKA-201ENST00000260386 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
VIMP08670 MAGI2-208ENST00000522391 4878 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.02■■□□□ 1.6
VIMP08670 FAM193A-211ENST00000637812 4885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.02■■□□□ 1.6
VIMP08670 CDC16-211ENST00000628084 2058 ntTSL 5 BASIC25.02■■□□□ 1.6
VIMP08670 ANKS3-203ENST00000450067 2272 ntTSL 5 BASIC25.02■■□□□ 1.6
VIMP08670 AEBP2-204ENST00000398864 5099 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
VIMP08670 RAD21-AS1-201ENST00000521487 2010 ntTSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
VIMP08670 SP8-202ENST00000418710 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
VIMP08670 KCNQ3-202ENST00000519445 2801 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.01■■□□□ 1.59
VIMP08670 PDIA6-201ENST00000272227 2338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
VIMP08670 TRIOBP-203ENST00000403663 2324 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
VIMP08670 BATF3-201ENST00000243440 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
VIMP08670 ZC3H14-202ENST00000302216 2560 ntTSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
VIMP08670 GTPBP3-202ENST00000358792 1951 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC25.01■■□□□ 1.59
VIMP08670 AP002365.1-201ENST00000603448 772 ntBASIC24.99■■□□□ 1.59
VIMP08670 NRG1-210ENST00000520407 1955 ntTSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
VIMP08670 EBAG9-202ENST00000395785 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
VIMP08670 EZH2-206ENST00000478654 2522 ntTSL 5 BASIC24.98■■□□□ 1.59
VIMP08670 USP25-203ENST00000351097 2158 ntTSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
VIMP08670 CNNM2-201ENST00000369875 2059 ntTSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
VIMP08670 HTR6-201ENST00000289753 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
VIMP08670 DUSP8P4-201ENST00000399538 1761 ntBASIC24.98■■□□□ 1.59
VIMP08670 FOXA2-201ENST00000377115 2401 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
VIMP08670 NRXN1-205ENST00000401710 2873 ntTSL 5 BASIC24.97■■□□□ 1.59
VIMP08670 SIN3B-209ENST00000596802 2556 ntTSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
VIMP08670 AC009690.3-201ENST00000569547 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
VIMP08670 GTPBP3-203ENST00000361619 1894 ntTSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
VIMP08670 SPIRE2-205ENST00000563972 1823 ntTSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
VIMP08670 DYRK1B-201ENST00000323039 2535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.59
VIMP08670 TBL1X-201ENST00000217964 5871 ntTSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.59
VIMP08670 GRIN2D-201ENST00000263269 5093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.59
VIMP08670 INPP4A-203ENST00000409463 1565 ntTSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
VIMP08670 AC092803.2-201ENST00000564287 1899 ntBASIC24.95■■□□□ 1.58
VIMP08670 C19orf47-202ENST00000392035 2126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
VIMP08670 EGR4-201ENST00000436467 2377 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
VIMP08670 FBXL8-201ENST00000258200 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
VIMP08670 ATG16L2-201ENST00000321297 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
VIMP08670 SNHG7-204ENST00000447221 2157 ntTSL 2 BASIC24.94■■□□□ 1.58
VIMP08670 GNPTAB-202ENST00000392919 760 ntTSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
VIMP08670 SIGMAR1-205ENST00000477726 840 ntTSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
VIMP08670 LTK-203ENST00000453182 2412 ntTSL 2 BASIC24.94■■□□□ 1.58
VIMP08670 ANAPC11-203ENST00000392376 687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
VIMP08670 MAF-203ENST00000569649 1217 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.93■■□□□ 1.58
VIMP08670 PTPRM-201ENST00000332175 6095 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
VIMP08670 EID2-201ENST00000390658 1629 ntAPPRIS P1 BASIC24.93■■□□□ 1.58
VIMP08670 BTBD2-201ENST00000255608 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
VIMP08670 PRR5-202ENST00000336985 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
VIMP08670 C1orf122-204ENST00000468084 1234 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.92■■□□□ 1.58
VIMP08670 COQ2-202ENST00000311469 1641 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
VIMP08670 INPP5A-202ENST00000368593 1432 ntTSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
VIMP08670 TIGD3-201ENST00000309880 2012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
VIMP08670 NOXA1-201ENST00000341349 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
VIMP08670 RFWD2-201ENST00000308769 2124 ntTSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
VIMP08670 LRIG1-202ENST00000383703 5283 ntTSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
VIMP08670 ZDHHC14-204ENST00000414563 3134 ntTSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
VIMP08670 AARD-201ENST00000378279 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
VIMP08670 GSR-206ENST00000546342 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
VIMP08670 LY6K-203ENST00000519387 963 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.9■■□□□ 1.58
VIMP08670 FBXL8-206ENST00000519917 1460 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.89■■□□□ 1.58
VIMP08670 BICDL2-203ENST00000572449 1984 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.89■■□□□ 1.58
VIMP08670 FAM58A-202ENST00000440428 1164 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.58
VIMP08670 ANKRD53-203ENST00000441349 1797 ntTSL 5 BASIC24.88■■□□□ 1.57
VIMP08670 RNF166-201ENST00000312838 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
VIMP08670 HOXA4-204ENST00000610970 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
VIMP08670 IL17RE-203ENST00000421412 2158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
VIMP08670 CIB2-201ENST00000258930 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
VIMP08670 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 10.8 ms