RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000637578.1

CLN3-260, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 2

Gene CLN3, Length 1,577 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-260ENST00000637578 NISCHQ9Y2I1 1504 aa47.4■■■■■ 5.18
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CLN3-260ENST00000637578 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP38.9■■■■□ 3.82
CLN3-260ENST00000637578 BICRAQ9NZM4 1560 aa38.78■■■■□ 3.8
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CLN3-260ENST00000637578 SCRIBQ14160 1630 aa38.47■■■■□ 3.75
CLN3-260ENST00000637578 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa38.35■■■■□ 3.73
CLN3-260ENST00000637578 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP37.75■■■■□ 3.63
CLN3-260ENST00000637578 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa37.67■■■■□ 3.62
CLN3-260ENST00000637578 CECR2Q9BXF3 1484 aa37.49■■■■□ 3.59
CLN3-260ENST00000637578 NCAPD3P42695 1498 aa36.81■■■■□ 3.48
CLN3-260ENST00000637578 SMARCA4P51532 1647 aa36.81■■■■□ 3.48
CLN3-260ENST00000637578 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa36.75■■■■□ 3.47
CLN3-260ENST00000637578 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP36.73■■■■□ 3.47
CLN3-260ENST00000637578 SMARCA2P51531 1590 aa36.65■■■■□ 3.46
CLN3-260ENST00000637578 HMGXB3Q12766 1538 aa36.54■■■■□ 3.44
CLN3-260ENST00000637578 MROH2BQ7Z745 1585 aa36.51■■■■□ 3.44
CLN3-260ENST00000637578 PEG3Q9GZU2 1588 aa36.51■■■■□ 3.44
CLN3-260ENST00000637578 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP36.37■■■■□ 3.41
CLN3-260ENST00000637578 WIZO95785 1651 aa36.05■■■■□ 3.36
CLN3-260ENST00000637578 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP36.01■■■■□ 3.35
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CLN3-260ENST00000637578 ERCC6Q03468 1493 aa35.9■■■■□ 3.34
CLN3-260ENST00000637578 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa35.82■■■■□ 3.32
CLN3-260ENST00000637578 CUX2O14529 1486 aa35.71■■■■□ 3.31
CLN3-260ENST00000637578 CADPSQ9ULU8 1353 aa35.7■■■■□ 3.31
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CLN3-260ENST00000637578 PDS5BQ9NTI5 1447 aa35.62■■■■□ 3.29
CLN3-260ENST00000637578 THOC2Q8NI27 1593 aaKnown RBP35.47■■■■□ 3.27
CLN3-260ENST00000637578 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa35.46■■■■□ 3.27
CLN3-260ENST00000637578 CFTRP13569 1480 aa35.42■■■■□ 3.26
CLN3-260ENST00000637578 CCDC88BA6NC98 1476 aa35.3■■■■□ 3.24
CLN3-260ENST00000637578 MRC2Q9UBG0 1479 aa35.25■■■■□ 3.23
CLN3-260ENST00000637578 FANCD2Q9BXW9 1451 aa35.25■■■■□ 3.23
CLN3-260ENST00000637578 CEP164Q9UPV0 1460 aa35.21■■■■□ 3.23
CLN3-260ENST00000637578 WDR62O43379 1518 aa35.16■■■■□ 3.22
CLN3-260ENST00000637578 DNAJC5Q9H3Z4 198 aa35.07■■■■□ 3.2
CLN3-260ENST00000637578 PRDM2Q13029 1718 aa34.99■■■■□ 3.19
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CLN3-260ENST00000637578 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP34.75■■■■□ 3.15
CLN3-260ENST00000637578 TOPBP1Q92547 1522 aa34.65■■■■□ 3.14
CLN3-260ENST00000637578 ABCC8Q09428 1581 aa34.64■■■■□ 3.14
CLN3-260ENST00000637578 DNMBPQ6XZF7 1577 aa34.56■■■■□ 3.12
CLN3-260ENST00000637578 IFT140Q96RY7 1462 aa34.52■■■■□ 3.12
CLN3-260ENST00000637578 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP34.4■■■■□ 3.1
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CLN3-260ENST00000637578 SOGA1O94964 1423 aa34.2■■■■□ 3.07
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CLN3-260ENST00000637578 WDR97A6NE52 1622 aa34.01■■■■□ 3.03
CLN3-260ENST00000637578 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP33.92■■■■□ 3.02
CLN3-260ENST00000637578 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa33.87■■■■□ 3.01
CLN3-260ENST00000637578 TOP2BQ02880 1626 aa33.87■■■■□ 3.01
CLN3-260ENST00000637578 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa33.85■■■■□ 3.01
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CLN3-260ENST00000637578 SYNJ1O43426 1573 aa33.83■■■■□ 3.01
CLN3-260ENST00000637578 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa33.81■■■■□ 3
CLN3-260ENST00000637578 CHD1O14646 1710 aa33.79■■■■□ 3
CLN3-260ENST00000637578 GAPVD1Q14C86 1478 aa33.78■■■■□ 3
CLN3-260ENST00000637578 MAGI1Q96QZ7 1491 aaPredicted RBP33.78■■■■□ 3
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CLN3-260ENST00000637578 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa33.73■■■□□ 2.99
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CLN3-260ENST00000637578 TRIM41Q8WV44 630 aa33.64■■■□□ 2.98
CLN3-260ENST00000637578 RIMBP3CA6NJZ7 1639 aa33.61■■■□□ 2.97
CLN3-260ENST00000637578 RIMBP3BA6NNM3 1639 aa33.61■■■□□ 2.97
CLN3-260ENST00000637578 RIMBP3Q9UFD9 1639 aa33.61■■■□□ 2.97
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CLN3-260ENST00000637578 CEP170Q5SW79 1584 aa33.23■■■□□ 2.91
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CLN3-260ENST00000637578 SHROOM2Q13796 1616 aa33.05■■■□□ 2.88
CLN3-260ENST00000637578 CUL7Q14999 1698 aa33.03■■■□□ 2.88
CLN3-260ENST00000637578 ERCC6L2Q5T890 1561 aa33■■■□□ 2.87
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CLN3-260ENST00000637578 JPH4Q96JJ6 628 aa32.96■■■□□ 2.87
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