RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000629088.1

PNKP-222, Transcript of polynucleotide kinase 3'-phosphatase, human

TSL 3

Gene PNKP, Length 619 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PNKP-222	ENST00000629088	NISCH	Q9Y2I1	1504 aa		39.58	■■■■□ 3.93
PNKP-222	ENST00000629088	ABCC9	O60706	1549 aa		35.76	■■■■□ 3.31
PNKP-222	ENST00000629088	CCDC180	Q9P1Z9	1646 aa		35.52	■■■■□ 3.28
PNKP-222	ENST00000629088	RB1CC1	Q8TDY2	1594 aa		33.85	■■■■□ 3.01
PNKP-222	ENST00000629088	DNAJC5B	Q9UF47	199 aa		33.84	■■■■□ 3.01
PNKP-222	ENST00000629088	NACAD	O15069	1562 aa		33.57	■■■□□ 2.96
PNKP-222	ENST00000629088	DCAF8L2	P0C7V8	631 aa		33.51	■■■□□ 2.95
PNKP-222	ENST00000629088	PABPN1	Q86U42	306 aa	Known RBP eCLIP	33.33	■■■□□ 2.93
PNKP-222	ENST00000629088	MYO15B	Q96JP2	1530 aa		33.21	■■■□□ 2.91
PNKP-222	ENST00000629088	UNC13A	Q9UPW8	1703 aa		32.99	■■■□□ 2.87
PNKP-222	ENST00000629088	BICRA	Q9NZM4	1560 aa		32.91	■■■□□ 2.86
PNKP-222	ENST00000629088	ZCCHC6	Q5VYS8	1495 aa	Known RBP	32.85	■■■□□ 2.85
PNKP-222	ENST00000629088	DCAF1	Q9Y4B6	1507 aa		32.8	■■■□□ 2.84
PNKP-222	ENST00000629088	SHROOM4	Q9ULL8	1493 aa		32.44	■■■□□ 2.78
PNKP-222	ENST00000629088	SCRIB	Q14160	1630 aa		32.31	■■■□□ 2.76
PNKP-222	ENST00000629088	CECR2	Q9BXF3	1484 aa		32.23	■■■□□ 2.75
PNKP-222	ENST00000629088	CC2D2A	Q9P2K1	1620 aa		32.22	■■■□□ 2.75
PNKP-222	ENST00000629088	EIF4G1	Q04637	1599 aa	Known RBP	32.11	■■■□□ 2.73
PNKP-222	ENST00000629088	DNAJC5	Q9H3Z4	198 aa		31.2	■■■□□ 2.59
PNKP-222	ENST00000629088	NCAPD3	P42695	1498 aa		31.06	■■■□□ 2.56
PNKP-222	ENST00000629088	ATAD2B	Q9ULI0	1458 aa		30.94	■■■□□ 2.54
PNKP-222	ENST00000629088	ERCC6	Q03468	1493 aa		30.86	■■■□□ 2.53
PNKP-222	ENST00000629088	CUX2	O14529	1486 aa		30.85	■■■□□ 2.53
PNKP-222	ENST00000629088	SMARCA4	P51532	1647 aa		30.84	■■■□□ 2.53
PNKP-222	ENST00000629088	SMARCA2	P51531	1590 aa		30.81	■■■□□ 2.52
PNKP-222	ENST00000629088	HMGXB3	Q12766	1538 aa		30.77	■■■□□ 2.52
PNKP-222	ENST00000629088	BAZ1A	Q9NRL2	1556 aa	Predicted RBP	30.74	■■■□□ 2.51
PNKP-222	ENST00000629088	NES	P48681	1621 aa		30.65	■■■□□ 2.5
PNKP-222	ENST00000629088	PEG3	Q9GZU2	1588 aa		30.62	■■■□□ 2.49
PNKP-222	ENST00000629088	BAZ1B	Q9UIG0	1483 aa	Known RBP	30.59	■■■□□ 2.49
PNKP-222	ENST00000629088	MROH2B	Q7Z745	1585 aa		30.45	■■■□□ 2.46
PNKP-222	ENST00000629088	LAMC3	Q9Y6N6	1575 aa		30.32	■■■□□ 2.44
PNKP-222	ENST00000629088	THOC2	Q8NI27	1593 aa	Known RBP	30.3	■■■□□ 2.44
PNKP-222	ENST00000629088	PDS5B	Q9NTI5	1447 aa		30.22	■■■□□ 2.43
PNKP-222	ENST00000629088	KIF21A	Q7Z4S6	1674 aa		30.14	■■■□□ 2.41
PNKP-222	ENST00000629088	CADPS	Q9ULU8	1353 aa		30.13	■■■□□ 2.41
PNKP-222	ENST00000629088	WIZ	O95785	1651 aa		30.06	■■■□□ 2.4
PNKP-222	ENST00000629088	MRC2	Q9UBG0	1479 aa		29.95	■■■□□ 2.39
PNKP-222	ENST00000629088	RSF1	Q96T23	1441 aa	Predicted RBP	29.88	■■■□□ 2.37
PNKP-222	ENST00000629088	WDR62	O43379	1518 aa		29.86	■■■□□ 2.37
PNKP-222	ENST00000629088	CEP164	Q9UPV0	1460 aa		29.78	■■■□□ 2.36
PNKP-222	ENST00000629088	TOP2A	P11388	1531 aa	Known RBP	29.77	■■■□□ 2.36
PNKP-222	ENST00000629088	FANCD2	Q9BXW9	1451 aa		29.75	■■■□□ 2.35
PNKP-222	ENST00000629088	TRIM41	Q8WV44	630 aa		29.75	■■■□□ 2.35
PNKP-222	ENST00000629088	CFTR	P13569	1480 aa		29.71	■■■□□ 2.35
PNKP-222	ENST00000629088	URB2	Q14146	1524 aa	Known RBP	29.53	■■■□□ 2.32
PNKP-222	ENST00000629088	OSCAR	Q8IYS5	282 aa		29.5	■■■□□ 2.31
PNKP-222	ENST00000629088	PRDM2	Q13029	1718 aa		29.4	■■■□□ 2.3
PNKP-222	ENST00000629088	CCDC88B	A6NC98	1476 aa		29.38	■■■□□ 2.29
PNKP-222	ENST00000629088	ZNF608	Q9ULD9	1512 aa	Predicted RBP	29.23	■■■□□ 2.27
PNKP-222	ENST00000629088	IFT140	Q96RY7	1462 aa		29.21	■■■□□ 2.27
PNKP-222	ENST00000629088	TOPBP1	Q92547	1522 aa		29.16	■■■□□ 2.26
PNKP-222	ENST00000629088	ABCC8	Q09428	1581 aa		29.12	■■■□□ 2.25
PNKP-222	ENST00000629088	RIMBP3C	A6NJZ7	1639 aa		29.04	■■■□□ 2.24
PNKP-222	ENST00000629088	RIMBP3B	A6NNM3	1639 aa		29.04	■■■□□ 2.24
PNKP-222	ENST00000629088	RIMBP3	Q9UFD9	1639 aa		29.04	■■■□□ 2.24
PNKP-222	ENST00000629088	DNMBP	Q6XZF7	1577 aa		29.01	■■■□□ 2.24
PNKP-222	ENST00000629088	EIF4G3	O43432	1585 aa	Known RBP	28.96	■■■□□ 2.23
PNKP-222	ENST00000629088	ARHGEF11	O15085	1522 aa		28.95	■■■□□ 2.23
PNKP-222	ENST00000629088	AQR	O60306	1485 aa	Known RBP eCLIP	28.95	■■■□□ 2.22	1e-7	■■■■□ 26.3
PNKP-222	ENST00000629088	TARBP1	Q13395	1621 aa	Known RBP	28.88	■■■□□ 2.21
PNKP-222	ENST00000629088	POLA1	P09884	1462 aa	Predicted RBP	28.85	■■■□□ 2.21
PNKP-222	ENST00000629088	CYB5RL	Q6IPT4	315 aa		28.85	■■■□□ 2.21
PNKP-222	ENST00000629088	FBLN2	P98095	1184 aa		28.83	■■■□□ 2.21
PNKP-222	ENST00000629088	RAD54L2	Q9Y4B4	1467 aa		28.79	■■■□□ 2.2
PNKP-222	ENST00000629088	TDRD9	Q8NDG6	1382 aa	Known RBP	28.75	■■■□□ 2.19
PNKP-222	ENST00000629088	SOGA1	O94964	1423 aa		28.75	■■■□□ 2.19
PNKP-222	ENST00000629088	CHD1	O14646	1710 aa		28.74	■■■□□ 2.19
PNKP-222	ENST00000629088	ARAP1	Q96P48	1450 aa		28.68	■■■□□ 2.18
PNKP-222	ENST00000629088	WDR97	A6NE52	1622 aa		28.65	■■■□□ 2.18
PNKP-222	ENST00000629088	FGD5	Q6ZNL6	1462 aa		28.64	■■■□□ 2.17
PNKP-222	ENST00000629088	SNAPC4	Q5SXM2	1469 aa		28.6	■■■□□ 2.17
PNKP-222	ENST00000629088	CUX1	P39880	1505 aa		28.6	■■■□□ 2.17
PNKP-222	ENST00000629088	TRH	P20396	242 aa	Predicted RBP	28.58	■■■□□ 2.17
PNKP-222	ENST00000629088	CHMP7	Q8WUX9	453 aa	Predicted RBP	28.57	■■■□□ 2.16
PNKP-222	ENST00000629088	SUPT5H	O00267	1087 aa	Known RBP	28.51	■■■□□ 2.15
PNKP-222	ENST00000629088	GRIN2B	Q13224	1484 aa		28.5	■■■□□ 2.15
PNKP-222	ENST00000629088	MAGI1	Q96QZ7	1491 aa	Predicted RBP	28.49	■■■□□ 2.15
PNKP-222	ENST00000629088	CLASP1	Q7Z460	1538 aa		28.48	■■■□□ 2.15
PNKP-222	ENST00000629088	SYNJ1	O43426	1573 aa		28.42	■■■□□ 2.14
PNKP-222	ENST00000629088	SYNJ2	O15056	1496 aa		28.41	■■■□□ 2.14
PNKP-222	ENST00000629088	GAPVD1	Q14C86	1478 aa		28.36	■■■□□ 2.13
PNKP-222	ENST00000629088	ABCA10	Q8WWZ4	1543 aa		28.35	■■■□□ 2.13
PNKP-222	ENST00000629088	PBRM1	Q86U86	1689 aa		28.29	■■■□□ 2.12
PNKP-222	ENST00000629088	ABCA5	Q8WWZ7	1642 aa		28.29	■■■□□ 2.12
PNKP-222	ENST00000629088	WRN	Q14191	1432 aa	Predicted RBP eCLIP	28.26	■■■□□ 2.11
PNKP-222	ENST00000629088	TOP2B	Q02880	1626 aa		28.22	■■■□□ 2.11
PNKP-222	ENST00000629088	BIVM-ERCC5	R4GMW8	1640 aa		28.22	■■■□□ 2.11
PNKP-222	ENST00000629088	GRIN2A	Q12879	1464 aa		28.12	■■■□□ 2.09
PNKP-222	ENST00000629088	ERCC6L2	Q5T890	1561 aa		28.07	■■■□□ 2.08
PNKP-222	ENST00000629088	ADAMTS12	P58397	1594 aa		28.05	■■■□□ 2.08
PNKP-222	ENST00000629088	NUP160	Q12769	1436 aa		28.05	■■■□□ 2.08
PNKP-222	ENST00000629088	ERICH3	Q5RHP9	1530 aa		28.02	■■■□□ 2.08
PNKP-222	ENST00000629088	CEP170	Q5SW79	1584 aa		28.01	■■■□□ 2.07
PNKP-222	ENST00000629088	FHAD1	B1AJZ9	1412 aa		28.01	■■■□□ 2.07
PNKP-222	ENST00000629088	AEBP2	Q6ZN18	517 aa	Predicted RBP	27.9	■■■□□ 2.06
PNKP-222	ENST00000629088	SHROOM2	Q13796	1616 aa		27.89	■■■□□ 2.05
PNKP-222	ENST00000629088	JPH4	Q96JJ6	628 aa		27.82	■■■□□ 2.04
PNKP-222	ENST00000629088	PRG4	Q92954	1404 aa	Predicted RBP	27.82	■■■□□ 2.04
PNKP-222	ENST00000629088	KIF27	Q86VH2	1401 aa		27.68	■■■□□ 2.02

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