RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000621029.4

SEMA3B-215, Transcript of semaphorin 3B, human

TSL 5

Gene SEMA3B, Length 934 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
SEMA3B-215	ENST00000621029	NISCH	Q9Y2I1	1504 aa		71.15	■■■■■ 8.98
SEMA3B-215	ENST00000621029	CCDC180	Q9P1Z9	1646 aa		63.44	■■■■■ 7.75
SEMA3B-215	ENST00000621029	ABCC9	O60706	1549 aa		62.93	■■■■■ 7.66
SEMA3B-215	ENST00000621029	RB1CC1	Q8TDY2	1594 aa		60.14	■■■■■ 7.22
SEMA3B-215	ENST00000621029	DCAF8L2	P0C7V8	631 aa		60.07	■■■■■ 7.21
SEMA3B-215	ENST00000621029	NACAD	O15069	1562 aa		59.87	■■■■■ 7.18
SEMA3B-215	ENST00000621029	MYO15B	Q96JP2	1530 aa		59.21	■■■■■ 7.07
SEMA3B-215	ENST00000621029	ZCCHC6	Q5VYS8	1495 aa	Known RBP	59.09	■■■■■ 7.05
SEMA3B-215	ENST00000621029	PABPN1	Q86U42	306 aa	Known RBP eCLIP	58.78	■■■■■ 7	9e-7	■□□□□ 8.3
SEMA3B-215	ENST00000621029	DCAF1	Q9Y4B6	1507 aa		58.74	■■■■■ 6.99
SEMA3B-215	ENST00000621029	UNC13A	Q9UPW8	1703 aa		58.62	■■■■■ 6.97
SEMA3B-215	ENST00000621029	DNAJC5B	Q9UF47	199 aa		58.33	■■■■■ 6.93
SEMA3B-215	ENST00000621029	BICRA	Q9NZM4	1560 aa		58.26	■■■■■ 6.92
SEMA3B-215	ENST00000621029	SCRIB	Q14160	1630 aa		58	■■■■■ 6.88
SEMA3B-215	ENST00000621029	SHROOM4	Q9ULL8	1493 aa		57.57	■■■■■ 6.81
SEMA3B-215	ENST00000621029	EIF4G1	Q04637	1599 aa	Known RBP	56.84	■■■■■ 6.69
SEMA3B-215	ENST00000621029	CC2D2A	Q9P2K1	1620 aa		56.78	■■■■■ 6.68
SEMA3B-215	ENST00000621029	CECR2	Q9BXF3	1484 aa		56.58	■■■■■ 6.65
SEMA3B-215	ENST00000621029	SMARCA4	P51532	1647 aa		55.32	■■■■■ 6.45
SEMA3B-215	ENST00000621029	NCAPD3	P42695	1498 aa		55.27	■■■■■ 6.44
SEMA3B-215	ENST00000621029	ATAD2B	Q9ULI0	1458 aa		55.23	■■■■■ 6.43
SEMA3B-215	ENST00000621029	BAZ1A	Q9NRL2	1556 aa	Predicted RBP	55.2	■■■■■ 6.43
SEMA3B-215	ENST00000621029	SMARCA2	P51531	1590 aa		55.12	■■■■■ 6.41
SEMA3B-215	ENST00000621029	HMGXB3	Q12766	1538 aa		54.9	■■■■■ 6.38
SEMA3B-215	ENST00000621029	MROH2B	Q7Z745	1585 aa		54.85	■■■■■ 6.37
SEMA3B-215	ENST00000621029	BAZ1B	Q9UIG0	1483 aa	Known RBP	54.79	■■■■■ 6.36
SEMA3B-215	ENST00000621029	PEG3	Q9GZU2	1588 aa		54.71	■■■■■ 6.35
SEMA3B-215	ENST00000621029	ERCC6	Q03468	1493 aa		54.34	■■■■■ 6.29
SEMA3B-215	ENST00000621029	NES	P48681	1621 aa		54.22	■■■■■ 6.27
SEMA3B-215	ENST00000621029	WIZ	O95785	1651 aa		54.21	■■■■■ 6.27
SEMA3B-215	ENST00000621029	RSF1	Q96T23	1441 aa	Predicted RBP	54.01	■■■■■ 6.24
SEMA3B-215	ENST00000621029	LAMC3	Q9Y6N6	1575 aa		53.9	■■■■■ 6.22
SEMA3B-215	ENST00000621029	CUX2	O14529	1486 aa		53.84	■■■■■ 6.21
SEMA3B-215	ENST00000621029	CADPS	Q9ULU8	1353 aa		53.69	■■■■■ 6.19
SEMA3B-215	ENST00000621029	PDS5B	Q9NTI5	1447 aa		53.67	■■■■■ 6.18
SEMA3B-215	ENST00000621029	TOP2A	P11388	1531 aa	Known RBP	53.58	■■■■■ 6.17
SEMA3B-215	ENST00000621029	KIF21A	Q7Z4S6	1674 aa		53.46	■■■■■ 6.15
SEMA3B-215	ENST00000621029	THOC2	Q8NI27	1593 aa	Known RBP	53.41	■■■■■ 6.14
SEMA3B-215	ENST00000621029	CFTR	P13569	1480 aa		53.18	■■■■■ 6.1
SEMA3B-215	ENST00000621029	MRC2	Q9UBG0	1479 aa		53.12	■■■■■ 6.09
SEMA3B-215	ENST00000621029	FANCD2	Q9BXW9	1451 aa		53.08	■■■■■ 6.09
SEMA3B-215	ENST00000621029	CEP164	Q9UPV0	1460 aa		53.08	■■■■■ 6.09
SEMA3B-215	ENST00000621029	DNAJC5	Q9H3Z4	198 aa		53.05	■■■■■ 6.08
SEMA3B-215	ENST00000621029	CCDC88B	A6NC98	1476 aa		53.01	■■■■■ 6.08
SEMA3B-215	ENST00000621029	WDR62	O43379	1518 aa		52.89	■■■■■ 6.06
SEMA3B-215	ENST00000621029	PRDM2	Q13029	1718 aa		52.58	■■■■■ 6.01
SEMA3B-215	ENST00000621029	URB2	Q14146	1524 aa	Known RBP	52.56	■■■■■ 6
SEMA3B-215	ENST00000621029	SUPT5H	O00267	1087 aa	Known RBP	52.4	■■■■■ 5.98
SEMA3B-215	ENST00000621029	TOPBP1	Q92547	1522 aa		52.13	■■■■■ 5.94
SEMA3B-215	ENST00000621029	ABCC8	Q09428	1581 aa		52.08	■■■■■ 5.93
SEMA3B-215	ENST00000621029	DNMBP	Q6XZF7	1577 aa		51.99	■■■■■ 5.91
SEMA3B-215	ENST00000621029	IFT140	Q96RY7	1462 aa		51.99	■■■■■ 5.91
SEMA3B-215	ENST00000621029	ZNF608	Q9ULD9	1512 aa	Predicted RBP	51.82	■■■■■ 5.89
SEMA3B-215	ENST00000621029	OSCAR	Q8IYS5	282 aa		51.66	■■■■■ 5.86
SEMA3B-215	ENST00000621029	POLA1	P09884	1462 aa	Predicted RBP	51.65	■■■■■ 5.86
SEMA3B-215	ENST00000621029	TARBP1	Q13395	1621 aa	Known RBP	51.54	■■■■■ 5.84
SEMA3B-215	ENST00000621029	EIF4G3	O43432	1585 aa	Known RBP	51.53	■■■■■ 5.84
SEMA3B-215	ENST00000621029	SOGA1	O94964	1423 aa		51.5	■■■■■ 5.84
SEMA3B-215	ENST00000621029	RAD54L2	Q9Y4B4	1467 aa		51.49	■■■■■ 5.83
SEMA3B-215	ENST00000621029	CUX1	P39880	1505 aa		51.48	■■■■■ 5.83
SEMA3B-215	ENST00000621029	AQR	O60306	1485 aa	Known RBP eCLIP	51.48	■■■■■ 5.83	4e-9	■■■■■ 28.7
SEMA3B-215	ENST00000621029	FGD5	Q6ZNL6	1462 aa		51.46	■■■■■ 5.83
SEMA3B-215	ENST00000621029	TDRD9	Q8NDG6	1382 aa	Known RBP	51.32	■■■■■ 5.81
SEMA3B-215	ENST00000621029	TRIM41	Q8WV44	630 aa		51.2	■■■■■ 5.79
SEMA3B-215	ENST00000621029	FBLN2	P98095	1184 aa		51.18	■■■■■ 5.78
SEMA3B-215	ENST00000621029	WDR97	A6NE52	1622 aa		51.05	■■■■■ 5.76
SEMA3B-215	ENST00000621029	WRN	Q14191	1432 aa	Predicted RBP eCLIP	50.98	■■■■■ 5.75
SEMA3B-215	ENST00000621029	CHD1	O14646	1710 aa		50.98	■■■■■ 5.75
SEMA3B-215	ENST00000621029	SNAPC4	Q5SXM2	1469 aa		50.97	■■■■■ 5.75
SEMA3B-215	ENST00000621029	GRIN2B	Q13224	1484 aa		50.94	■■■■■ 5.75
SEMA3B-215	ENST00000621029	ABCA10	Q8WWZ4	1543 aa		50.87	■■■■■ 5.73
SEMA3B-215	ENST00000621029	GAPVD1	Q14C86	1478 aa		50.86	■■■■■ 5.73
SEMA3B-215	ENST00000621029	CHMP7	Q8WUX9	453 aa	Predicted RBP	50.86	■■■■■ 5.73
SEMA3B-215	ENST00000621029	TOP2B	Q02880	1626 aa		50.84	■■■■■ 5.73
SEMA3B-215	ENST00000621029	MAGI1	Q96QZ7	1491 aa	Predicted RBP	50.83	■■■■■ 5.73
SEMA3B-215	ENST00000621029	SYNJ1	O43426	1573 aa		50.82	■■■■■ 5.73
SEMA3B-215	ENST00000621029	BIVM-ERCC5	R4GMW8	1640 aa		50.8	■■■■■ 5.72
SEMA3B-215	ENST00000621029	RIMBP3C	A6NJZ7	1639 aa		50.76	■■■■■ 5.72
SEMA3B-215	ENST00000621029	RIMBP3B	A6NNM3	1639 aa		50.76	■■■■■ 5.72
SEMA3B-215	ENST00000621029	RIMBP3	Q9UFD9	1639 aa		50.76	■■■■■ 5.72
SEMA3B-215	ENST00000621029	ARHGEF11	O15085	1522 aa		50.7	■■■■■ 5.71
SEMA3B-215	ENST00000621029	PBRM1	Q86U86	1689 aa		50.68	■■■■■ 5.7
SEMA3B-215	ENST00000621029	ABCA5	Q8WWZ7	1642 aa		50.68	■■■■■ 5.7
SEMA3B-215	ENST00000621029	SYNJ2	O15056	1496 aa		50.66	■■■■■ 5.7
SEMA3B-215	ENST00000621029	CYB5RL	Q6IPT4	315 aa		50.44	■■■■■ 5.67
SEMA3B-215	ENST00000621029	CLASP1	Q7Z460	1538 aa		50.4	■■■■■ 5.66
SEMA3B-215	ENST00000621029	ADAMTS12	P58397	1594 aa		50.27	■■■■■ 5.64
SEMA3B-215	ENST00000621029	GRIN2A	Q12879	1464 aa		50.26	■■■■■ 5.64
SEMA3B-215	ENST00000621029	FHAD1	B1AJZ9	1412 aa		50.25	■■■■■ 5.63
SEMA3B-215	ENST00000621029	ARAP1	Q96P48	1450 aa		50.25	■■■■■ 5.63
SEMA3B-215	ENST00000621029	ERICH3	Q5RHP9	1530 aa		50.24	■■■■■ 5.63
SEMA3B-215	ENST00000621029	NUP160	Q12769	1436 aa		50.02	■■■■■ 5.6
SEMA3B-215	ENST00000621029	CEP170	Q5SW79	1584 aa		50	■■■■■ 5.6
SEMA3B-215	ENST00000621029	KIF27	Q86VH2	1401 aa		49.98	■■■■■ 5.59
SEMA3B-215	ENST00000621029	IGF1R	P08069	1367 aa		49.83	■■■■■ 5.57
SEMA3B-215	ENST00000621029	ERCC6L2	Q5T890	1561 aa		49.72	■■■■■ 5.55
SEMA3B-215	ENST00000621029	TRH	P20396	242 aa	Predicted RBP	49.72	■■■■■ 5.55
SEMA3B-215	ENST00000621029	CUL7	Q14999	1698 aa		49.65	■■■■■ 5.54
SEMA3B-215	ENST00000621029	SHROOM2	Q13796	1616 aa		49.64	■■■■■ 5.54
SEMA3B-215	ENST00000621029	JPH4	Q96JJ6	628 aa		49.64	■■■■■ 5.54

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 15.2 ms