RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000619438.4

SGMS1-210, Transcript of sphingomyelin synthase 1, humanhuman

TSL 5 BASIC

Gene SGMS1, Length 1,680 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytoplasm, Endoplasmic reticulum, Nucleus, Ribosome .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SGMS1-210ENST00000619438 NISCHQ9Y2I1 1504 aa50.78■■■■■ 5.72
SGMS1-210ENST00000619438 CCDC180Q9P1Z9 1646 aa45.28■■■■■ 4.84
SGMS1-210ENST00000619438 ABCC9O60706 1549 aa44.62■■■■■ 4.73
SGMS1-210ENST00000619438 DCAF8L2P0C7V8 631 aa42.81■■■■■ 4.44
SGMS1-210ENST00000619438 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa42.75■■■■■ 4.43
SGMS1-210ENST00000619438 NACADO15069 1562 aa42.6■■■■■ 4.41
SGMS1-210ENST00000619438 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP42.22■■■■■ 4.35
SGMS1-210ENST00000619438 MYO15BQ96JP2 1530 aa42.2■■■■■ 4.35
SGMS1-210ENST00000619438 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa41.93■■■■■ 4.3
SGMS1-210ENST00000619438 UNC13AQ9UPW8 1703 aa41.9■■■■■ 4.3
SGMS1-210ENST00000619438 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP41.65■■■■■ 4.26
SGMS1-210ENST00000619438 BICRAQ9NZM4 1560 aa41.5■■■■■ 4.23
SGMS1-210ENST00000619438 SCRIBQ14160 1630 aa41.35■■■■■ 4.21
SGMS1-210ENST00000619438 DNAJC5BQ9UF47 199 aa41.22■■■■■ 4.19
SGMS1-210ENST00000619438 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa40.9■■■■■ 4.14
SGMS1-210ENST00000619438 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP40.41■■■■■ 4.06
SGMS1-210ENST00000619438 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa40.35■■■■■ 4.05
SGMS1-210ENST00000619438 CECR2Q9BXF3 1484 aa40.08■■■■■ 4.01
SGMS1-210ENST00000619438 SMARCA4P51532 1647 aa39.49■■■■□ 3.91
SGMS1-210ENST00000619438 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP39.37■■■■□ 3.89
SGMS1-210ENST00000619438 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa39.31■■■■□ 3.88
SGMS1-210ENST00000619438 NCAPD3P42695 1498 aa39.31■■■■□ 3.88
SGMS1-210ENST00000619438 SMARCA2P51531 1590 aa39.24■■■■□ 3.87
SGMS1-210ENST00000619438 MROH2BQ7Z745 1585 aa39.16■■■■□ 3.86
SGMS1-210ENST00000619438 HMGXB3Q12766 1538 aa39.09■■■■□ 3.85
SGMS1-210ENST00000619438 PEG3Q9GZU2 1588 aa39.06■■■■□ 3.84
SGMS1-210ENST00000619438 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP38.99■■■■□ 3.83
SGMS1-210ENST00000619438 WIZO95785 1651 aa38.77■■■■□ 3.8
SGMS1-210ENST00000619438 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP38.68■■■■□ 3.78
SGMS1-210ENST00000619438 NESP48681 1621 aa38.54■■■■□ 3.76
SGMS1-210ENST00000619438 ERCC6Q03468 1493 aa38.45■■■■□ 3.75
SGMS1-210ENST00000619438 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa38.35■■■■□ 3.73
SGMS1-210ENST00000619438 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP38.27■■■■□ 3.72
SGMS1-210ENST00000619438 CADPSQ9ULU8 1353 aa38.16■■■■□ 3.7
SGMS1-210ENST00000619438 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa38.11■■■■□ 3.69
SGMS1-210ENST00000619438 CUX2O14529 1486 aa38.09■■■■□ 3.69
SGMS1-210ENST00000619438 PDS5BQ9NTI5 1447 aa38.07■■■■□ 3.69
SGMS1-210ENST00000619438 THOC2Q8NI27 1593 aaKnown RBP37.99■■■■□ 3.67
SGMS1-210ENST00000619438 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP37.88■■■■□ 3.65
SGMS1-210ENST00000619438 CCDC88BA6NC98 1476 aa37.87■■■■□ 3.65
SGMS1-210ENST00000619438 CFTRP13569 1480 aa37.87■■■■□ 3.65
SGMS1-210ENST00000619438 FANCD2Q9BXW9 1451 aa37.75■■■■□ 3.63
SGMS1-210ENST00000619438 CEP164Q9UPV0 1460 aa37.72■■■■□ 3.63
SGMS1-210ENST00000619438 MRC2Q9UBG0 1479 aa37.72■■■■□ 3.63
SGMS1-210ENST00000619438 PRDM2Q13029 1718 aa37.66■■■■□ 3.62
SGMS1-210ENST00000619438 WDR62O43379 1518 aa37.61■■■■□ 3.61
SGMS1-210ENST00000619438 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP37.4■■■■□ 3.58
SGMS1-210ENST00000619438 DNAJC5Q9H3Z4 198 aa37.28■■■■□ 3.56
SGMS1-210ENST00000619438 TOPBP1Q92547 1522 aa37.12■■■■□ 3.53
SGMS1-210ENST00000619438 ABCC8Q09428 1581 aa37.05■■■■□ 3.52
SGMS1-210ENST00000619438 DNMBPQ6XZF7 1577 aa37.05■■■■□ 3.52
SGMS1-210ENST00000619438 IFT140Q96RY7 1462 aa36.91■■■■□ 3.5
SGMS1-210ENST00000619438 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP36.84■■■■□ 3.49
SGMS1-210ENST00000619438 POLA1P09884 1462 aaPredicted RBP36.79■■■■□ 3.48
SGMS1-210ENST00000619438 TARBP1Q13395 1621 aaKnown RBP36.76■■■■□ 3.48
SGMS1-210ENST00000619438 CUX1P39880 1505 aa36.75■■■■□ 3.47
SGMS1-210ENST00000619438 EIF4G3O43432 1585 aaKnown RBP36.69■■■■□ 3.46
SGMS1-210ENST00000619438 FGD5Q6ZNL6 1462 aa36.67■■■■□ 3.46
SGMS1-210ENST00000619438 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa36.66■■■■□ 3.46
SGMS1-210ENST00000619438 SOGA1O94964 1423 aa36.65■■■■□ 3.46
SGMS1-210ENST00000619438 AQRO60306 1485 aaKnown RBP eCLIP36.6■■■■□ 3.453e-7■■■□□ 16
SGMS1-210ENST00000619438 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP36.51■■■■□ 3.435e-6■■■■■ 29.2
SGMS1-210ENST00000619438 OSCARQ8IYS5 282 aa36.5■■■■□ 3.43
SGMS1-210ENST00000619438 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP36.48■■■■□ 3.43
SGMS1-210ENST00000619438 WDR97A6NE52 1622 aa36.4■■■■□ 3.42
SGMS1-210ENST00000619438 SYNJ1O43426 1573 aa36.36■■■■□ 3.41
SGMS1-210ENST00000619438 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa36.36■■■■□ 3.41
SGMS1-210ENST00000619438 TOP2BQ02880 1626 aa36.35■■■■□ 3.41
SGMS1-210ENST00000619438 CHD1O14646 1710 aa36.33■■■■□ 3.41
SGMS1-210ENST00000619438 FBLN2P98095 1184 aa36.28■■■■□ 3.4
SGMS1-210ENST00000619438 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa36.26■■■■□ 3.4
SGMS1-210ENST00000619438 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa36.23■■■■□ 3.39
SGMS1-210ENST00000619438 GRIN2BQ13224 1484 aa36.21■■■■□ 3.39
SGMS1-210ENST00000619438 PBRM1Q86U86 1689 aa36.21■■■■□ 3.39
SGMS1-210ENST00000619438 GAPVD1Q14C86 1478 aa36.2■■■■□ 3.39
SGMS1-210ENST00000619438 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa36.18■■■■□ 3.38
SGMS1-210ENST00000619438 MAGI1Q96QZ7 1491 aaPredicted RBP36.14■■■■□ 3.38
SGMS1-210ENST00000619438 CHMP7Q8WUX9 453 aaPredicted RBP36.11■■■■□ 3.37
SGMS1-210ENST00000619438 TRIM41Q8WV44 630 aa36.02■■■■□ 3.36
SGMS1-210ENST00000619438 SYNJ2O15056 1496 aa36.01■■■■□ 3.36
SGMS1-210ENST00000619438 RIMBP3CA6NJZ7 1639 aa36■■■■□ 3.35
SGMS1-210ENST00000619438 RIMBP3BA6NNM3 1639 aa36■■■■□ 3.35
SGMS1-210ENST00000619438 RIMBP3Q9UFD9 1639 aa36■■■■□ 3.35
SGMS1-210ENST00000619438 CHIC1Q5VXU3 224 aa35.95■■■■□ 3.35
SGMS1-210ENST00000619438 ARHGEF11O15085 1522 aa35.93■■■■□ 3.34
SGMS1-210ENST00000619438 ADAMTS12P58397 1594 aa35.85■■■■□ 3.33
SGMS1-210ENST00000619438 CLASP1Q7Z460 1538 aa35.84■■■■□ 3.33
SGMS1-210ENST00000619438 ERICH3Q5RHP9 1530 aa35.82■■■■□ 3.33
SGMS1-210ENST00000619438 KIF27Q86VH2 1401 aa35.78■■■■□ 3.32
SGMS1-210ENST00000619438 GRIN2AQ12879 1464 aa35.77■■■■□ 3.32
SGMS1-210ENST00000619438 FHAD1B1AJZ9 1412 aa35.75■■■■□ 3.31
SGMS1-210ENST00000619438 CYB5RLQ6IPT4 315 aa35.64■■■■□ 3.3
SGMS1-210ENST00000619438 IGF1RP08069 1367 aa35.64■■■■□ 3.3
SGMS1-210ENST00000619438 CEP170Q5SW79 1584 aa35.63■■■■□ 3.29
SGMS1-210ENST00000619438 ARAP1Q96P48 1450 aa35.62■■■■□ 3.29
SGMS1-210ENST00000619438 NUP160Q12769 1436 aa35.59■■■■□ 3.29
SGMS1-210ENST00000619438 CUL7Q14999 1698 aa35.47■■■■□ 3.27
SGMS1-210ENST00000619438 CARMIL1Q5VZK9 1371 aa35.45■■■■□ 3.27
SGMS1-210ENST00000619438 RUSC2Q8N2Y8 1516 aa35.4■■■■□ 3.26
SGMS1-210ENST00000619438 ERCC6L2Q5T890 1561 aa35.39■■■■□ 3.26
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 12.9 ms