RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000606213.5

PTPRN-219, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type N, humanhuman

TSL 4

Gene PTPRN, Length 592 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPRN-219ENST00000606213 NISCHQ9Y2I1 1504 aa57.16■■■■■ 6.74
PTPRN-219ENST00000606213 CCDC180Q9P1Z9 1646 aa50.93■■■■■ 5.74
PTPRN-219ENST00000606213 ABCC9O60706 1549 aa50.28■■■■■ 5.64
PTPRN-219ENST00000606213 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa48.19■■■■■ 5.31
PTPRN-219ENST00000606213 DCAF8L2P0C7V8 631 aa48.18■■■■■ 5.3
PTPRN-219ENST00000606213 NACADO15069 1562 aa48.02■■■■■ 5.28
PTPRN-219ENST00000606213 MYO15BQ96JP2 1530 aa47.56■■■■■ 5.2
PTPRN-219ENST00000606213 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP47.52■■■■■ 5.2
PTPRN-219ENST00000606213 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa47.23■■■■■ 5.15
PTPRN-219ENST00000606213 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP46.97■■■■■ 5.11
PTPRN-219ENST00000606213 UNC13AQ9UPW8 1703 aa46.94■■■■■ 5.11
PTPRN-219ENST00000606213 DNAJC5BQ9UF47 199 aa46.72■■■■■ 5.07
PTPRN-219ENST00000606213 BICRAQ9NZM4 1560 aa46.61■■■■■ 5.05
PTPRN-219ENST00000606213 SCRIBQ14160 1630 aa46.53■■■■■ 5.04
PTPRN-219ENST00000606213 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa46.17■■■■■ 4.98
PTPRN-219ENST00000606213 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP45.5■■■■■ 4.87
PTPRN-219ENST00000606213 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa45.4■■■■■ 4.86
PTPRN-219ENST00000606213 CECR2Q9BXF3 1484 aa45.22■■■■■ 4.83
PTPRN-219ENST00000606213 SMARCA4P51532 1647 aa44.42■■■■■ 4.7
PTPRN-219ENST00000606213 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP44.36■■■■■ 4.69
PTPRN-219ENST00000606213 NCAPD3P42695 1498 aa44.3■■■■■ 4.68
PTPRN-219ENST00000606213 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa44.28■■■■■ 4.68
PTPRN-219ENST00000606213 SMARCA2P51531 1590 aa44.25■■■■■ 4.67
PTPRN-219ENST00000606213 HMGXB3Q12766 1538 aa44.04■■■■■ 4.64
PTPRN-219ENST00000606213 MROH2BQ7Z745 1585 aa44.04■■■■■ 4.64
PTPRN-219ENST00000606213 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP43.97■■■■■ 4.63
PTPRN-219ENST00000606213 PEG3Q9GZU2 1588 aa43.93■■■■■ 4.62
PTPRN-219ENST00000606213 WIZO95785 1651 aa43.55■■■■■ 4.56
PTPRN-219ENST00000606213 ERCC6Q03468 1493 aa43.45■■■■■ 4.55
PTPRN-219ENST00000606213 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP43.44■■■■■ 4.54
PTPRN-219ENST00000606213 NESP48681 1621 aa43.36■■■■■ 4.53
PTPRN-219ENST00000606213 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa43.2■■■■■ 4.51
PTPRN-219ENST00000606213 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP43.08■■■■■ 4.49
PTPRN-219ENST00000606213 CADPSQ9ULU8 1353 aa43.04■■■■■ 4.48
PTPRN-219ENST00000606213 PDS5BQ9NTI5 1447 aa43.01■■■■■ 4.48
PTPRN-219ENST00000606213 CUX2O14529 1486 aa43■■■■■ 4.47
PTPRN-219ENST00000606213 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa42.8■■■■■ 4.44
PTPRN-219ENST00000606213 THOC2Q8NI27 1593 aaKnown RBP42.71■■■■■ 4.43
PTPRN-219ENST00000606213 CFTRP13569 1480 aa42.68■■■■■ 4.42
PTPRN-219ENST00000606213 CCDC88BA6NC98 1476 aa42.6■■■■■ 4.41
PTPRN-219ENST00000606213 DNAJC5Q9H3Z4 198 aa42.56■■■■■ 4.4
PTPRN-219ENST00000606213 FANCD2Q9BXW9 1451 aa42.55■■■■■ 4.4
PTPRN-219ENST00000606213 CEP164Q9UPV0 1460 aa42.55■■■■■ 4.4
PTPRN-219ENST00000606213 MRC2Q9UBG0 1479 aa42.54■■■■■ 4.4
PTPRN-219ENST00000606213 WDR62O43379 1518 aa42.35■■■■■ 4.37
PTPRN-219ENST00000606213 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP42.28■■■■■ 4.36
PTPRN-219ENST00000606213 PRDM2Q13029 1718 aa42.25■■■■■ 4.35
PTPRN-219ENST00000606213 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP42.1■■■■■ 4.33
PTPRN-219ENST00000606213 ABCC8Q09428 1581 aa41.84■■■■■ 4.29
PTPRN-219ENST00000606213 TOPBP1Q92547 1522 aa41.8■■■■■ 4.28
PTPRN-219ENST00000606213 DNMBPQ6XZF7 1577 aa41.72■■■■■ 4.27
PTPRN-219ENST00000606213 IFT140Q96RY7 1462 aa41.66■■■■■ 4.26
PTPRN-219ENST00000606213 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP41.46■■■■■ 4.23
PTPRN-219ENST00000606213 POLA1P09884 1462 aaPredicted RBP41.43■■■■■ 4.22
PTPRN-219ENST00000606213 CUX1P39880 1505 aa41.34■■■■■ 4.21
PTPRN-219ENST00000606213 SOGA1O94964 1423 aa41.32■■■■■ 4.21
PTPRN-219ENST00000606213 TARBP1Q13395 1621 aaKnown RBP41.32■■■■■ 4.2
PTPRN-219ENST00000606213 FGD5Q6ZNL6 1462 aa41.3■■■■■ 4.2
PTPRN-219ENST00000606213 EIF4G3O43432 1585 aaKnown RBP41.28■■■■■ 4.2
PTPRN-219ENST00000606213 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa41.28■■■■■ 4.2
PTPRN-219ENST00000606213 OSCARQ8IYS5 282 aa41.27■■■■■ 4.2
PTPRN-219ENST00000606213 AQRO60306 1485 aaKnown RBP eCLIP41.23■■■■■ 4.19
PTPRN-219ENST00000606213 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP41.13■■■■■ 4.18
PTPRN-219ENST00000606213 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP41.03■■■■■ 4.16
PTPRN-219ENST00000606213 WDR97A6NE52 1622 aa41■■■■■ 4.15
PTPRN-219ENST00000606213 FBLN2P98095 1184 aa40.98■■■■■ 4.15
PTPRN-219ENST00000606213 TRIM41Q8WV44 630 aa40.95■■■■■ 4.15
PTPRN-219ENST00000606213 TOP2BQ02880 1626 aa40.9■■■■■ 4.14
PTPRN-219ENST00000606213 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa40.86■■■■■ 4.13
PTPRN-219ENST00000606213 GRIN2BQ13224 1484 aa40.86■■■■■ 4.13
PTPRN-219ENST00000606213 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa40.86■■■■■ 4.13
PTPRN-219ENST00000606213 SYNJ1O43426 1573 aa40.86■■■■■ 4.13
PTPRN-219ENST00000606213 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa40.83■■■■■ 4.13
PTPRN-219ENST00000606213 GAPVD1Q14C86 1478 aa40.82■■■■■ 4.12
PTPRN-219ENST00000606213 CHD1O14646 1710 aa40.8■■■■■ 4.12
PTPRN-219ENST00000606213 MAGI1Q96QZ7 1491 aaPredicted RBP40.77■■■■■ 4.12
PTPRN-219ENST00000606213 CHMP7Q8WUX9 453 aaPredicted RBP40.76■■■■■ 4.12
PTPRN-219ENST00000606213 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa40.67■■■■■ 4.1
PTPRN-219ENST00000606213 PBRM1Q86U86 1689 aa40.67■■■■■ 4.1
PTPRN-219ENST00000606213 SYNJ2O15056 1496 aa40.62■■■■■ 4.09
PTPRN-219ENST00000606213 RIMBP3CA6NJZ7 1639 aa40.51■■■■■ 4.08
PTPRN-219ENST00000606213 RIMBP3BA6NNM3 1639 aa40.51■■■■■ 4.08
PTPRN-219ENST00000606213 RIMBP3Q9UFD9 1639 aa40.51■■■■■ 4.08
PTPRN-219ENST00000606213 ARHGEF11O15085 1522 aa40.49■■■■■ 4.07
PTPRN-219ENST00000606213 ERICH3Q5RHP9 1530 aa40.37■■■■■ 4.05
PTPRN-219ENST00000606213 ADAMTS12P58397 1594 aa40.34■■■■■ 4.05
PTPRN-219ENST00000606213 FHAD1B1AJZ9 1412 aa40.33■■■■■ 4.05
PTPRN-219ENST00000606213 CLASP1Q7Z460 1538 aa40.33■■■■■ 4.05
PTPRN-219ENST00000606213 GRIN2AQ12879 1464 aa40.31■■■■■ 4.04
PTPRN-219ENST00000606213 CYB5RLQ6IPT4 315 aa40.26■■■■■ 4.04
PTPRN-219ENST00000606213 KIF27Q86VH2 1401 aa40.23■■■■■ 4.03
PTPRN-219ENST00000606213 ARAP1Q96P48 1450 aa40.12■■■■■ 4.01
PTPRN-219ENST00000606213 NUP160Q12769 1436 aa40.1■■■■■ 4.01
PTPRN-219ENST00000606213 CEP170Q5SW79 1584 aa40.07■■■■■ 4.01
PTPRN-219ENST00000606213 IGF1RP08069 1367 aa40.04■■■■■ 4
PTPRN-219ENST00000606213 CUL7Q14999 1698 aa39.94■■■■□ 3.98
PTPRN-219ENST00000606213 CARMIL1Q5VZK9 1371 aa39.85■■■■□ 3.97
PTPRN-219ENST00000606213 JPH4Q96JJ6 628 aa39.8■■■■□ 3.96
PTPRN-219ENST00000606213 SHROOM2Q13796 1616 aa39.79■■■■□ 3.96
PTPRN-219ENST00000606213 ERCC6L2Q5T890 1561 aa39.76■■■■□ 3.95
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