RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000596726.3

PNKP-209, Transcript of polynucleotide kinase 3'-phosphatase, humanhuman

TSL 5

Gene PNKP, Length 637 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Ribosome .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PNKP-209ENST00000596726 NISCHQ9Y2I1 1504 aa51.61■■■■■ 5.85
PNKP-209ENST00000596726 CCDC180Q9P1Z9 1646 aa45.95■■■■■ 4.95
PNKP-209ENST00000596726 ABCC9O60706 1549 aa45.04■■■■■ 4.8
PNKP-209ENST00000596726 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa43.29■■■■■ 4.52
PNKP-209ENST00000596726 NACADO15069 1562 aa43.23■■■■■ 4.51
PNKP-209ENST00000596726 DCAF8L2P0C7V8 631 aa43.07■■■■■ 4.49
PNKP-209ENST00000596726 MYO15BQ96JP2 1530 aa42.96■■■■■ 4.47
PNKP-209ENST00000596726 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP42.95■■■■■ 4.47
PNKP-209ENST00000596726 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa42.71■■■■■ 4.43
PNKP-209ENST00000596726 UNC13AQ9UPW8 1703 aa42.38■■■■■ 4.38
PNKP-209ENST00000596726 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP42.06■■■■■ 4.32
PNKP-209ENST00000596726 BICRAQ9NZM4 1560 aa42.04■■■■■ 4.32
PNKP-209ENST00000596726 SCRIBQ14160 1630 aa41.87■■■■■ 4.29
PNKP-209ENST00000596726 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa41.55■■■■■ 4.24
PNKP-209ENST00000596726 DNAJC5BQ9UF47 199 aa41.52■■■■■ 4.24
PNKP-209ENST00000596726 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP40.91■■■■■ 4.14
PNKP-209ENST00000596726 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa40.78■■■■■ 4.12
PNKP-209ENST00000596726 CECR2Q9BXF3 1484 aa40.49■■■■■ 4.07
PNKP-209ENST00000596726 SMARCA4P51532 1647 aa40.07■■■■■ 4.01
PNKP-209ENST00000596726 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP39.99■■■■□ 3.99
PNKP-209ENST00000596726 NCAPD3P42695 1498 aa39.9■■■■□ 3.98
PNKP-209ENST00000596726 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa39.89■■■■□ 3.98
PNKP-209ENST00000596726 SMARCA2P51531 1590 aa39.81■■■■□ 3.96
PNKP-209ENST00000596726 MROH2BQ7Z745 1585 aa39.76■■■■□ 3.96
PNKP-209ENST00000596726 PEG3Q9GZU2 1588 aa39.72■■■■□ 3.95
PNKP-209ENST00000596726 HMGXB3Q12766 1538 aa39.68■■■■□ 3.94
PNKP-209ENST00000596726 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP39.51■■■■□ 3.92
PNKP-209ENST00000596726 WIZO95785 1651 aa39.34■■■■□ 3.89
PNKP-209ENST00000596726 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP39.26■■■■□ 3.88
PNKP-209ENST00000596726 NESP48681 1621 aa38.96■■■■□ 3.83
PNKP-209ENST00000596726 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP38.89■■■■□ 3.82
PNKP-209ENST00000596726 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa38.86■■■■□ 3.81
PNKP-209ENST00000596726 ERCC6Q03468 1493 aa38.79■■■■□ 3.8
PNKP-209ENST00000596726 CADPSQ9ULU8 1353 aa38.71■■■■□ 3.79
PNKP-209ENST00000596726 PDS5BQ9NTI5 1447 aa38.57■■■■□ 3.77
PNKP-209ENST00000596726 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa38.52■■■■□ 3.76
PNKP-209ENST00000596726 CUX2O14529 1486 aa38.5■■■■□ 3.75
PNKP-209ENST00000596726 CFTRP13569 1480 aa38.47■■■■□ 3.75
PNKP-209ENST00000596726 CCDC88BA6NC98 1476 aa38.45■■■■□ 3.75
PNKP-209ENST00000596726 THOC2Q8NI27 1593 aaKnown RBP38.43■■■■□ 3.74
PNKP-209ENST00000596726 FANCD2Q9BXW9 1451 aa38.25■■■■□ 3.71
PNKP-209ENST00000596726 CEP164Q9UPV0 1460 aa38.21■■■■□ 3.71
PNKP-209ENST00000596726 PRDM2Q13029 1718 aa38.2■■■■□ 3.71
PNKP-209ENST00000596726 MRC2Q9UBG0 1479 aa38.19■■■■□ 3.7
PNKP-209ENST00000596726 WDR62O43379 1518 aa38.09■■■■□ 3.69
PNKP-209ENST00000596726 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP38.08■■■■□ 3.69
PNKP-209ENST00000596726 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP37.9■■■■□ 3.66
PNKP-209ENST00000596726 TOPBP1Q92547 1522 aa37.64■■■■□ 3.62
PNKP-209ENST00000596726 ABCC8Q09428 1581 aa37.63■■■■□ 3.61
PNKP-209ENST00000596726 DNMBPQ6XZF7 1577 aa37.59■■■■□ 3.61
PNKP-209ENST00000596726 DNAJC5Q9H3Z4 198 aa37.49■■■■□ 3.59
PNKP-209ENST00000596726 IFT140Q96RY7 1462 aa37.42■■■■□ 3.58
PNKP-209ENST00000596726 CUX1P39880 1505 aa37.31■■■■□ 3.56
PNKP-209ENST00000596726 POLA1P09884 1462 aaPredicted RBP37.31■■■■□ 3.56
PNKP-209ENST00000596726 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP37.27■■■■□ 3.56
PNKP-209ENST00000596726 TARBP1Q13395 1621 aaKnown RBP37.27■■■■□ 3.56
PNKP-209ENST00000596726 FGD5Q6ZNL6 1462 aa37.19■■■■□ 3.54
PNKP-209ENST00000596726 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa37.14■■■■□ 3.54
PNKP-209ENST00000596726 SOGA1O94964 1423 aa37.14■■■■□ 3.54
PNKP-209ENST00000596726 EIF4G3O43432 1585 aaKnown RBP37.12■■■■□ 3.53
PNKP-209ENST00000596726 AQRO60306 1485 aaKnown RBP eCLIP37.04■■■■□ 3.523e-7■■■■□ 20.5
PNKP-209ENST00000596726 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP36.99■■■■□ 3.51
PNKP-209ENST00000596726 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa36.97■■■■□ 3.51
PNKP-209ENST00000596726 WDR97A6NE52 1622 aa36.96■■■■□ 3.51
PNKP-209ENST00000596726 TOP2BQ02880 1626 aa36.96■■■■□ 3.51
PNKP-209ENST00000596726 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP36.93■■■■□ 3.5
PNKP-209ENST00000596726 SYNJ1O43426 1573 aa36.93■■■■□ 3.5
PNKP-209ENST00000596726 OSCARQ8IYS5 282 aa36.86■■■■□ 3.49
PNKP-209ENST00000596726 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa36.84■■■■□ 3.49
PNKP-209ENST00000596726 GRIN2BQ13224 1484 aa36.72■■■■□ 3.47
PNKP-209ENST00000596726 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa36.71■■■■□ 3.47
PNKP-209ENST00000596726 GAPVD1Q14C86 1478 aa36.71■■■■□ 3.47
PNKP-209ENST00000596726 CHD1O14646 1710 aa36.7■■■■□ 3.47
PNKP-209ENST00000596726 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa36.69■■■■□ 3.46
PNKP-209ENST00000596726 PBRM1Q86U86 1689 aa36.67■■■■□ 3.46
PNKP-209ENST00000596726 MAGI1Q96QZ7 1491 aaPredicted RBP36.64■■■■□ 3.46
PNKP-209ENST00000596726 FBLN2P98095 1184 aa36.56■■■■□ 3.44
PNKP-209ENST00000596726 SYNJ2O15056 1496 aa36.5■■■■□ 3.43
PNKP-209ENST00000596726 CHMP7Q8WUX9 453 aaPredicted RBP36.46■■■■□ 3.43
PNKP-209ENST00000596726 ERICH3Q5RHP9 1530 aa36.39■■■■□ 3.42
PNKP-209ENST00000596726 ADAMTS12P58397 1594 aa36.36■■■■□ 3.41
PNKP-209ENST00000596726 RIMBP3CA6NJZ7 1639 aa36.31■■■■□ 3.4
PNKP-209ENST00000596726 RIMBP3BA6NNM3 1639 aa36.31■■■■□ 3.4
PNKP-209ENST00000596726 RIMBP3Q9UFD9 1639 aa36.31■■■■□ 3.4
PNKP-209ENST00000596726 CLASP1Q7Z460 1538 aa36.3■■■■□ 3.4
PNKP-209ENST00000596726 FHAD1B1AJZ9 1412 aa36.28■■■■□ 3.4
PNKP-209ENST00000596726 ARHGEF11O15085 1522 aa36.28■■■■□ 3.4
PNKP-209ENST00000596726 GRIN2AQ12879 1464 aa36.25■■■■□ 3.39
PNKP-209ENST00000596726 KIF27Q86VH2 1401 aa36.23■■■■□ 3.39
PNKP-209ENST00000596726 IGF1RP08069 1367 aa36.14■■■■□ 3.38
PNKP-209ENST00000596726 NUP160Q12769 1436 aa36.12■■■■□ 3.37
PNKP-209ENST00000596726 TRIM41Q8WV44 630 aa36.12■■■■□ 3.37
PNKP-209ENST00000596726 CEP170Q5SW79 1584 aa36.1■■■■□ 3.37
PNKP-209ENST00000596726 CUL7Q14999 1698 aa36.03■■■■□ 3.36
PNKP-209ENST00000596726 ARAP1Q96P48 1450 aa35.99■■■■□ 3.35
PNKP-209ENST00000596726 CYB5RLQ6IPT4 315 aa35.92■■■■□ 3.34
PNKP-209ENST00000596726 CARMIL1Q5VZK9 1371 aa35.89■■■■□ 3.34
PNKP-209ENST00000596726 RUSC2Q8N2Y8 1516 aa35.89■■■■□ 3.34
PNKP-209ENST00000596726 SHROOM2Q13796 1616 aa35.88■■■■□ 3.33
PNKP-209ENST00000596726 ERCC6L2Q5T890 1561 aa35.79■■■■□ 3.32
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