RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000590371.5

LDLRAD4-215, Transcript of low density lipoprotein receptor class A domain containing 4, human

TSL 2

Gene LDLRAD4, Length 598 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
LDLRAD4-215	ENST00000590371	NISCH	Q9Y2I1	1504 aa		44.77	■■■■■ 4.76
LDLRAD4-215	ENST00000590371	CCDC180	Q9P1Z9	1646 aa		39.92	■■■■□ 3.98
LDLRAD4-215	ENST00000590371	ABCC9	O60706	1549 aa		39.27	■■■■□ 3.88
LDLRAD4-215	ENST00000590371	RB1CC1	Q8TDY2	1594 aa		37.69	■■■■□ 3.62
LDLRAD4-215	ENST00000590371	DCAF8L2	P0C7V8	631 aa		37.62	■■■■□ 3.61
LDLRAD4-215	ENST00000590371	NACAD	O15069	1562 aa		37.57	■■■■□ 3.6
LDLRAD4-215	ENST00000590371	ZCCHC6	Q5VYS8	1495 aa	Known RBP	37.25	■■■■□ 3.55
LDLRAD4-215	ENST00000590371	MYO15B	Q96JP2	1530 aa		37.21	■■■■□ 3.55
LDLRAD4-215	ENST00000590371	DCAF1	Q9Y4B6	1507 aa		37	■■■■□ 3.51
LDLRAD4-215	ENST00000590371	UNC13A	Q9UPW8	1703 aa		36.84	■■■■□ 3.49
LDLRAD4-215	ENST00000590371	PABPN1	Q86U42	306 aa	Known RBP eCLIP	36.67	■■■■□ 3.46
LDLRAD4-215	ENST00000590371	BICRA	Q9NZM4	1560 aa		36.49	■■■■□ 3.43
LDLRAD4-215	ENST00000590371	SCRIB	Q14160	1630 aa		36.46	■■■■□ 3.43
LDLRAD4-215	ENST00000590371	DNAJC5B	Q9UF47	199 aa		36.13	■■■■□ 3.37
LDLRAD4-215	ENST00000590371	SHROOM4	Q9ULL8	1493 aa		36.1	■■■■□ 3.37
LDLRAD4-215	ENST00000590371	EIF4G1	Q04637	1599 aa	Known RBP	35.59	■■■■□ 3.29
LDLRAD4-215	ENST00000590371	CC2D2A	Q9P2K1	1620 aa		35.5	■■■■□ 3.27
LDLRAD4-215	ENST00000590371	CECR2	Q9BXF3	1484 aa		35.29	■■■■□ 3.24
LDLRAD4-215	ENST00000590371	SMARCA4	P51532	1647 aa		34.81	■■■■□ 3.16
LDLRAD4-215	ENST00000590371	BAZ1A	Q9NRL2	1556 aa	Predicted RBP	34.74	■■■■□ 3.15
LDLRAD4-215	ENST00000590371	ATAD2B	Q9ULI0	1458 aa		34.64	■■■■□ 3.14
LDLRAD4-215	ENST00000590371	NCAPD3	P42695	1498 aa		34.63	■■■■□ 3.13
LDLRAD4-215	ENST00000590371	SMARCA2	P51531	1590 aa		34.62	■■■■□ 3.13
LDLRAD4-215	ENST00000590371	MROH2B	Q7Z745	1585 aa		34.51	■■■■□ 3.12
LDLRAD4-215	ENST00000590371	HMGXB3	Q12766	1538 aa		34.47	■■■■□ 3.11
LDLRAD4-215	ENST00000590371	PEG3	Q9GZU2	1588 aa		34.41	■■■■□ 3.1
LDLRAD4-215	ENST00000590371	BAZ1B	Q9UIG0	1483 aa	Known RBP	34.39	■■■■□ 3.1
LDLRAD4-215	ENST00000590371	WIZ	O95785	1651 aa		34.17	■■■■□ 3.06
LDLRAD4-215	ENST00000590371	RSF1	Q96T23	1441 aa	Predicted RBP	34.03	■■■■□ 3.04
LDLRAD4-215	ENST00000590371	ERCC6	Q03468	1493 aa		33.91	■■■■□ 3.02
LDLRAD4-215	ENST00000590371	NES	P48681	1621 aa		33.9	■■■■□ 3.02
LDLRAD4-215	ENST00000590371	LAMC3	Q9Y6N6	1575 aa		33.8	■■■■□ 3
LDLRAD4-215	ENST00000590371	TOP2A	P11388	1531 aa	Known RBP	33.77	■■■■□ 3
LDLRAD4-215	ENST00000590371	CADPS	Q9ULU8	1353 aa		33.64	■■■□□ 2.98
LDLRAD4-215	ENST00000590371	PDS5B	Q9NTI5	1447 aa		33.59	■■■□□ 2.97
LDLRAD4-215	ENST00000590371	CUX2	O14529	1486 aa		33.56	■■■□□ 2.96
LDLRAD4-215	ENST00000590371	KIF21A	Q7Z4S6	1674 aa		33.54	■■■□□ 2.96
LDLRAD4-215	ENST00000590371	THOC2	Q8NI27	1593 aa	Known RBP	33.43	■■■□□ 2.94
LDLRAD4-215	ENST00000590371	CFTR	P13569	1480 aa		33.38	■■■□□ 2.93
LDLRAD4-215	ENST00000590371	CCDC88B	A6NC98	1476 aa		33.37	■■■□□ 2.93
LDLRAD4-215	ENST00000590371	FANCD2	Q9BXW9	1451 aa		33.28	■■■□□ 2.92
LDLRAD4-215	ENST00000590371	CEP164	Q9UPV0	1460 aa		33.28	■■■□□ 2.92
LDLRAD4-215	ENST00000590371	MRC2	Q9UBG0	1479 aa		33.25	■■■□□ 2.91
LDLRAD4-215	ENST00000590371	PRDM2	Q13029	1718 aa		33.2	■■■□□ 2.91
LDLRAD4-215	ENST00000590371	SUPT5H	O00267	1087 aa	Known RBP	33.13	■■■□□ 2.89
LDLRAD4-215	ENST00000590371	WDR62	O43379	1518 aa		33.12	■■■□□ 2.89
LDLRAD4-215	ENST00000590371	URB2	Q14146	1524 aa	Known RBP	32.93	■■■□□ 2.86
LDLRAD4-215	ENST00000590371	DNAJC5	Q9H3Z4	198 aa		32.72	■■■□□ 2.83
LDLRAD4-215	ENST00000590371	TOPBP1	Q92547	1522 aa		32.72	■■■□□ 2.83
LDLRAD4-215	ENST00000590371	ABCC8	Q09428	1581 aa		32.71	■■■□□ 2.83
LDLRAD4-215	ENST00000590371	DNMBP	Q6XZF7	1577 aa		32.68	■■■□□ 2.82
LDLRAD4-215	ENST00000590371	IFT140	Q96RY7	1462 aa		32.56	■■■□□ 2.8
LDLRAD4-215	ENST00000590371	ZNF608	Q9ULD9	1512 aa	Predicted RBP	32.42	■■■□□ 2.78
LDLRAD4-215	ENST00000590371	POLA1	P09884	1462 aa	Predicted RBP	32.42	■■■□□ 2.78
LDLRAD4-215	ENST00000590371	CUX1	P39880	1505 aa		32.4	■■■□□ 2.78
LDLRAD4-215	ENST00000590371	TARBP1	Q13395	1621 aa	Known RBP	32.36	■■■□□ 2.77
LDLRAD4-215	ENST00000590371	FGD5	Q6ZNL6	1462 aa		32.34	■■■□□ 2.77
LDLRAD4-215	ENST00000590371	EIF4G3	O43432	1585 aa	Known RBP	32.32	■■■□□ 2.76
LDLRAD4-215	ENST00000590371	RAD54L2	Q9Y4B4	1467 aa		32.3	■■■□□ 2.76
LDLRAD4-215	ENST00000590371	SOGA1	O94964	1423 aa		32.3	■■■□□ 2.76
LDLRAD4-215	ENST00000590371	AQR	O60306	1485 aa	Known RBP eCLIP	32.23	■■■□□ 2.75
LDLRAD4-215	ENST00000590371	OSCAR	Q8IYS5	282 aa		32.15	■■■□□ 2.74
LDLRAD4-215	ENST00000590371	TDRD9	Q8NDG6	1382 aa	Known RBP	32.14	■■■□□ 2.74
LDLRAD4-215	ENST00000590371	WRN	Q14191	1432 aa	Predicted RBP eCLIP	32.14	■■■□□ 2.74
LDLRAD4-215	ENST00000590371	WDR97	A6NE52	1622 aa		32.11	■■■□□ 2.73
LDLRAD4-215	ENST00000590371	TOP2B	Q02880	1626 aa		32.08	■■■□□ 2.73
LDLRAD4-215	ENST00000590371	BIVM-ERCC5	R4GMW8	1640 aa		32.08	■■■□□ 2.73
LDLRAD4-215	ENST00000590371	SYNJ1	O43426	1573 aa		32.06	■■■□□ 2.72
LDLRAD4-215	ENST00000590371	CHD1	O14646	1710 aa		31.98	■■■□□ 2.71
LDLRAD4-215	ENST00000590371	ABCA10	Q8WWZ4	1543 aa		31.98	■■■□□ 2.71
LDLRAD4-215	ENST00000590371	FBLN2	P98095	1184 aa		31.97	■■■□□ 2.71
LDLRAD4-215	ENST00000590371	GRIN2B	Q13224	1484 aa		31.95	■■■□□ 2.7
LDLRAD4-215	ENST00000590371	SNAPC4	Q5SXM2	1469 aa		31.95	■■■□□ 2.7
LDLRAD4-215	ENST00000590371	GAPVD1	Q14C86	1478 aa		31.93	■■■□□ 2.7
LDLRAD4-215	ENST00000590371	PBRM1	Q86U86	1689 aa		31.92	■■■□□ 2.7
LDLRAD4-215	ENST00000590371	MAGI1	Q96QZ7	1491 aa	Predicted RBP	31.88	■■■□□ 2.69
LDLRAD4-215	ENST00000590371	ABCA5	Q8WWZ7	1642 aa		31.88	■■■□□ 2.69
LDLRAD4-215	ENST00000590371	CHMP7	Q8WUX9	453 aa	Predicted RBP	31.81	■■■□□ 2.68
LDLRAD4-215	ENST00000590371	SYNJ2	O15056	1496 aa		31.76	■■■□□ 2.67
LDLRAD4-215	ENST00000590371	TRIM41	Q8WV44	630 aa		31.69	■■■□□ 2.66
LDLRAD4-215	ENST00000590371	RIMBP3C	A6NJZ7	1639 aa		31.67	■■■□□ 2.66
LDLRAD4-215	ENST00000590371	RIMBP3B	A6NNM3	1639 aa		31.67	■■■□□ 2.66
LDLRAD4-215	ENST00000590371	RIMBP3	Q9UFD9	1639 aa		31.67	■■■□□ 2.66
LDLRAD4-215	ENST00000590371	ARHGEF11	O15085	1522 aa		31.62	■■■□□ 2.65
LDLRAD4-215	ENST00000590371	ADAMTS12	P58397	1594 aa		31.61	■■■□□ 2.65
LDLRAD4-215	ENST00000590371	ERICH3	Q5RHP9	1530 aa		31.61	■■■□□ 2.65
LDLRAD4-215	ENST00000590371	CLASP1	Q7Z460	1538 aa		31.56	■■■□□ 2.64
LDLRAD4-215	ENST00000590371	FHAD1	B1AJZ9	1412 aa		31.55	■■■□□ 2.64
LDLRAD4-215	ENST00000590371	GRIN2A	Q12879	1464 aa		31.53	■■■□□ 2.64
LDLRAD4-215	ENST00000590371	KIF27	Q86VH2	1401 aa		31.49	■■■□□ 2.63
LDLRAD4-215	ENST00000590371	CEP170	Q5SW79	1584 aa		31.39	■■■□□ 2.61
LDLRAD4-215	ENST00000590371	CYB5RL	Q6IPT4	315 aa		31.37	■■■□□ 2.61
LDLRAD4-215	ENST00000590371	NUP160	Q12769	1436 aa		31.36	■■■□□ 2.61
LDLRAD4-215	ENST00000590371	ARAP1	Q96P48	1450 aa		31.34	■■■□□ 2.61
LDLRAD4-215	ENST00000590371	IGF1R	P08069	1367 aa		31.33	■■■□□ 2.61
LDLRAD4-215	ENST00000590371	CUL7	Q14999	1698 aa		31.33	■■■□□ 2.61
LDLRAD4-215	ENST00000590371	CARMIL1	Q5VZK9	1371 aa		31.18	■■■□□ 2.58
LDLRAD4-215	ENST00000590371	SHROOM2	Q13796	1616 aa		31.16	■■■□□ 2.58
LDLRAD4-215	ENST00000590371	RUSC2	Q8N2Y8	1516 aa		31.14	■■■□□ 2.58
LDLRAD4-215	ENST00000590371	ERCC6L2	Q5T890	1561 aa		31.12	■■■□□ 2.57

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