RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000589055.3

TMEM259-206, Transcript of transmembrane protein 259, human

TSL 3

Gene TMEM259, Length 791 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

Download Table

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
TMEM259-206	ENST00000589055	NISCH	Q9Y2I1	1504 aa		39.65	■■■■□ 3.94
TMEM259-206	ENST00000589055	CCDC180	Q9P1Z9	1646 aa		35.42	■■■■□ 3.26
TMEM259-206	ENST00000589055	ABCC9	O60706	1549 aa		35.36	■■■■□ 3.25
TMEM259-206	ENST00000589055	DNAJC5B	Q9UF47	199 aa		34	■■■■□ 3.03
TMEM259-206	ENST00000589055	RB1CC1	Q8TDY2	1594 aa		33.55	■■■□□ 2.96
TMEM259-206	ENST00000589055	NACAD	O15069	1562 aa		33.38	■■■□□ 2.93
TMEM259-206	ENST00000589055	DCAF8L2	P0C7V8	631 aa		33.34	■■■□□ 2.93
TMEM259-206	ENST00000589055	MYO15B	Q96JP2	1530 aa		32.98	■■■□□ 2.87
TMEM259-206	ENST00000589055	ZCCHC6	Q5VYS8	1495 aa	Known RBP	32.96	■■■□□ 2.87
TMEM259-206	ENST00000589055	UNC13A	Q9UPW8	1703 aa		32.88	■■■□□ 2.85
TMEM259-206	ENST00000589055	PABPN1	Q86U42	306 aa	Known RBP eCLIP	32.8	■■■□□ 2.84
TMEM259-206	ENST00000589055	DCAF1	Q9Y4B6	1507 aa		32.71	■■■□□ 2.83
TMEM259-206	ENST00000589055	BICRA	Q9NZM4	1560 aa		32.63	■■■□□ 2.81
TMEM259-206	ENST00000589055	SCRIB	Q14160	1630 aa		32.4	■■■□□ 2.78
TMEM259-206	ENST00000589055	SHROOM4	Q9ULL8	1493 aa		32.09	■■■□□ 2.73
TMEM259-206	ENST00000589055	DNAJC5	Q9H3Z4	198 aa		32.08	■■■□□ 2.73
TMEM259-206	ENST00000589055	CECR2	Q9BXF3	1484 aa		31.98	■■■□□ 2.71
TMEM259-206	ENST00000589055	CC2D2A	Q9P2K1	1620 aa		31.93	■■■□□ 2.7
TMEM259-206	ENST00000589055	EIF4G1	Q04637	1599 aa	Known RBP	31.78	■■■□□ 2.68
TMEM259-206	ENST00000589055	CUX2	O14529	1486 aa		31	■■■□□ 2.55
TMEM259-206	ENST00000589055	SMARCA4	P51532	1647 aa		30.89	■■■□□ 2.54
TMEM259-206	ENST00000589055	ATAD2B	Q9ULI0	1458 aa		30.82	■■■□□ 2.52
TMEM259-206	ENST00000589055	NCAPD3	P42695	1498 aa		30.81	■■■□□ 2.52
TMEM259-206	ENST00000589055	BAZ1A	Q9NRL2	1556 aa	Predicted RBP	30.74	■■■□□ 2.51
TMEM259-206	ENST00000589055	SMARCA2	P51531	1590 aa		30.71	■■■□□ 2.51
TMEM259-206	ENST00000589055	ERCC6	Q03468	1493 aa		30.65	■■■□□ 2.5
TMEM259-206	ENST00000589055	HMGXB3	Q12766	1538 aa		30.64	■■■□□ 2.5
TMEM259-206	ENST00000589055	MROH2B	Q7Z745	1585 aa		30.62	■■■□□ 2.49
TMEM259-206	ENST00000589055	BAZ1B	Q9UIG0	1483 aa	Known RBP	30.54	■■■□□ 2.48
TMEM259-206	ENST00000589055	PEG3	Q9GZU2	1588 aa		30.54	■■■□□ 2.48
TMEM259-206	ENST00000589055	NES	P48681	1621 aa		30.34	■■■□□ 2.45
TMEM259-206	ENST00000589055	WIZ	O95785	1651 aa		30.27	■■■□□ 2.44
TMEM259-206	ENST00000589055	TRIM41	Q8WV44	630 aa		30.23	■■■□□ 2.43
TMEM259-206	ENST00000589055	LAMC3	Q9Y6N6	1575 aa		30.07	■■■□□ 2.4
TMEM259-206	ENST00000589055	THOC2	Q8NI27	1593 aa	Known RBP	30.07	■■■□□ 2.4
TMEM259-206	ENST00000589055	RSF1	Q96T23	1441 aa	Predicted RBP	30.06	■■■□□ 2.4
TMEM259-206	ENST00000589055	KIF21A	Q7Z4S6	1674 aa		29.95	■■■□□ 2.39
TMEM259-206	ENST00000589055	CADPS	Q9ULU8	1353 aa		29.9	■■■□□ 2.38
TMEM259-206	ENST00000589055	TOP2A	P11388	1531 aa	Known RBP	29.87	■■■□□ 2.37
TMEM259-206	ENST00000589055	PDS5B	Q9NTI5	1447 aa		29.86	■■■□□ 2.37
TMEM259-206	ENST00000589055	MRC2	Q9UBG0	1479 aa		29.65	■■■□□ 2.34
TMEM259-206	ENST00000589055	CFTR	P13569	1480 aa		29.64	■■■□□ 2.34
TMEM259-206	ENST00000589055	FANCD2	Q9BXW9	1451 aa		29.6	■■■□□ 2.33
TMEM259-206	ENST00000589055	CEP164	Q9UPV0	1460 aa		29.6	■■■□□ 2.33
TMEM259-206	ENST00000589055	WDR62	O43379	1518 aa		29.57	■■■□□ 2.32
TMEM259-206	ENST00000589055	CCDC88B	A6NC98	1476 aa		29.54	■■■□□ 2.32
TMEM259-206	ENST00000589055	PRDM2	Q13029	1718 aa		29.4	■■■□□ 2.3
TMEM259-206	ENST00000589055	URB2	Q14146	1524 aa	Known RBP	29.37	■■■□□ 2.29
TMEM259-206	ENST00000589055	OSCAR	Q8IYS5	282 aa		29.26	■■■□□ 2.27
TMEM259-206	ENST00000589055	RIMBP3C	A6NJZ7	1639 aa		29.12	■■■□□ 2.25
TMEM259-206	ENST00000589055	RIMBP3B	A6NNM3	1639 aa		29.12	■■■□□ 2.25
TMEM259-206	ENST00000589055	RIMBP3	Q9UFD9	1639 aa		29.12	■■■□□ 2.25
TMEM259-206	ENST00000589055	TOPBP1	Q92547	1522 aa		29.1	■■■□□ 2.25
TMEM259-206	ENST00000589055	SUPT5H	O00267	1087 aa	Known RBP	29.01	■■■□□ 2.23
TMEM259-206	ENST00000589055	DNMBP	Q6XZF7	1577 aa		29.01	■■■□□ 2.23
TMEM259-206	ENST00000589055	ZNF608	Q9ULD9	1512 aa	Predicted RBP	28.98	■■■□□ 2.23
TMEM259-206	ENST00000589055	IFT140	Q96RY7	1462 aa		28.97	■■■□□ 2.23
TMEM259-206	ENST00000589055	ABCC8	Q09428	1581 aa		28.93	■■■□□ 2.22
TMEM259-206	ENST00000589055	ARHGEF11	O15085	1522 aa		28.91	■■■□□ 2.22
TMEM259-206	ENST00000589055	EIF4G3	O43432	1585 aa	Known RBP	28.83	■■■□□ 2.21
TMEM259-206	ENST00000589055	POLA1	P09884	1462 aa	Predicted RBP	28.82	■■■□□ 2.2
TMEM259-206	ENST00000589055	TARBP1	Q13395	1621 aa	Known RBP	28.82	■■■□□ 2.2
TMEM259-206	ENST00000589055	RAD54L2	Q9Y4B4	1467 aa		28.74	■■■□□ 2.19
TMEM259-206	ENST00000589055	CUX1	P39880	1505 aa		28.74	■■■□□ 2.19
TMEM259-206	ENST00000589055	AQR	O60306	1485 aa	Known RBP eCLIP	28.73	■■■□□ 2.19	7e-14	■■■■□ 21.4
TMEM259-206	ENST00000589055	TRH	P20396	242 aa	Predicted RBP	28.7	■■■□□ 2.18
TMEM259-206	ENST00000589055	AEBP2	Q6ZN18	517 aa	Predicted RBP	28.7	■■■□□ 2.18
TMEM259-206	ENST00000589055	FGD5	Q6ZNL6	1462 aa		28.7	■■■□□ 2.18
TMEM259-206	ENST00000589055	SOGA1	O94964	1423 aa		28.65	■■■□□ 2.18
TMEM259-206	ENST00000589055	CYB5RL	Q6IPT4	315 aa		28.63	■■■□□ 2.17
TMEM259-206	ENST00000589055	TDRD9	Q8NDG6	1382 aa	Known RBP	28.6	■■■□□ 2.17
TMEM259-206	ENST00000589055	CHD1	O14646	1710 aa		28.55	■■■□□ 2.16
TMEM259-206	ENST00000589055	ARAP1	Q96P48	1450 aa		28.53	■■■□□ 2.16
TMEM259-206	ENST00000589055	WDR97	A6NE52	1622 aa		28.5	■■■□□ 2.15
TMEM259-206	ENST00000589055	SNAPC4	Q5SXM2	1469 aa		28.46	■■■□□ 2.15
TMEM259-206	ENST00000589055	FBLN2	P98095	1184 aa		28.45	■■■□□ 2.14
TMEM259-206	ENST00000589055	SYNJ1	O43426	1573 aa		28.37	■■■□□ 2.13
TMEM259-206	ENST00000589055	GRIN2B	Q13224	1484 aa		28.37	■■■□□ 2.13
TMEM259-206	ENST00000589055	ABCA10	Q8WWZ4	1543 aa		28.35	■■■□□ 2.13
TMEM259-206	ENST00000589055	PBRM1	Q86U86	1689 aa		28.35	■■■□□ 2.13
TMEM259-206	ENST00000589055	BIVM-ERCC5	R4GMW8	1640 aa		28.34	■■■□□ 2.13
TMEM259-206	ENST00000589055	WRN	Q14191	1432 aa	Predicted RBP eCLIP	28.34	■■■□□ 2.13	3e-7	■□□□□ 11.1
TMEM259-206	ENST00000589055	TOP2B	Q02880	1626 aa		28.33	■■■□□ 2.13
TMEM259-206	ENST00000589055	GAPVD1	Q14C86	1478 aa		28.33	■■■□□ 2.13
TMEM259-206	ENST00000589055	ABCA5	Q8WWZ7	1642 aa		28.32	■■■□□ 2.12
TMEM259-206	ENST00000589055	MAGI1	Q96QZ7	1491 aa	Predicted RBP	28.32	■■■□□ 2.12
TMEM259-206	ENST00000589055	SYNJ2	O15056	1496 aa		28.24	■■■□□ 2.11
TMEM259-206	ENST00000589055	CHMP7	Q8WUX9	453 aa	Predicted RBP	28.24	■■■□□ 2.11
TMEM259-206	ENST00000589055	CLASP1	Q7Z460	1538 aa		28.2	■■■□□ 2.1
TMEM259-206	ENST00000589055	ADAMTS12	P58397	1594 aa		28.1	■■■□□ 2.09
TMEM259-206	ENST00000589055	GRIN2A	Q12879	1464 aa		28.03	■■■□□ 2.08
TMEM259-206	ENST00000589055	ERICH3	Q5RHP9	1530 aa		27.98	■■■□□ 2.07
TMEM259-206	ENST00000589055	CEP170	Q5SW79	1584 aa		27.96	■■■□□ 2.07
TMEM259-206	ENST00000589055	FHAD1	B1AJZ9	1412 aa		27.96	■■■□□ 2.07
TMEM259-206	ENST00000589055	NUP160	Q12769	1436 aa		27.91	■■■□□ 2.06
TMEM259-206	ENST00000589055	ERCC6L2	Q5T890	1561 aa		27.86	■■■□□ 2.05
TMEM259-206	ENST00000589055	SHROOM2	Q13796	1616 aa		27.76	■■■□□ 2.03
TMEM259-206	ENST00000589055	KIF27	Q86VH2	1401 aa		27.75	■■■□□ 2.03
TMEM259-206	ENST00000589055	IGF1R	P08069	1367 aa		27.71	■■■□□ 2.03
TMEM259-206	ENST00000589055	RUSC2	Q8N2Y8	1516 aa		27.7	■■■□□ 2.02

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 100 ms