RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000586813.5

TRAF4-216, Transcript of TNF receptor associated factor 4, humanhuman

TSL 3

Gene TRAF4, Length 789 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRAF4-216ENST00000586813 NISCHQ9Y2I1 1504 aa48.73■■■■■ 5.39
TRAF4-216ENST00000586813 CCDC180Q9P1Z9 1646 aa43.83■■■■■ 4.61
TRAF4-216ENST00000586813 ABCC9O60706 1549 aa43.68■■■■■ 4.58
TRAF4-216ENST00000586813 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa41.65■■■■■ 4.26
TRAF4-216ENST00000586813 NACADO15069 1562 aa41.36■■■■■ 4.21
TRAF4-216ENST00000586813 DCAF8L2P0C7V8 631 aa40.97■■■■■ 4.15
TRAF4-216ENST00000586813 DNAJC5BQ9UF47 199 aa40.88■■■■■ 4.13
TRAF4-216ENST00000586813 UNC13AQ9UPW8 1703 aa40.81■■■■■ 4.12
TRAF4-216ENST00000586813 MYO15BQ96JP2 1530 aa40.79■■■■■ 4.12
TRAF4-216ENST00000586813 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP40.59■■■■■ 4.09
TRAF4-216ENST00000586813 BICRAQ9NZM4 1560 aa40.44■■■■■ 4.06
TRAF4-216ENST00000586813 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP40.42■■■■■ 4.06
TRAF4-216ENST00000586813 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa40.28■■■■■ 4.04
TRAF4-216ENST00000586813 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa39.9■■■■□ 3.98
TRAF4-216ENST00000586813 SCRIBQ14160 1630 aa39.89■■■■□ 3.98
TRAF4-216ENST00000586813 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa39.52■■■■□ 3.92
TRAF4-216ENST00000586813 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP39.44■■■■□ 3.9
TRAF4-216ENST00000586813 CECR2Q9BXF3 1484 aa39.36■■■■□ 3.89
TRAF4-216ENST00000586813 NCAPD3P42695 1498 aa38.13■■■■□ 3.69
TRAF4-216ENST00000586813 SMARCA4P51532 1647 aa38.06■■■■□ 3.68
TRAF4-216ENST00000586813 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa38.03■■■■□ 3.68
TRAF4-216ENST00000586813 SMARCA2P51531 1590 aa37.96■■■■□ 3.67
TRAF4-216ENST00000586813 HMGXB3Q12766 1538 aa37.92■■■■□ 3.66
TRAF4-216ENST00000586813 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP37.85■■■■□ 3.65
TRAF4-216ENST00000586813 ERCC6Q03468 1493 aa37.72■■■■□ 3.63
TRAF4-216ENST00000586813 PEG3Q9GZU2 1588 aa37.69■■■■□ 3.62
TRAF4-216ENST00000586813 CUX2O14529 1486 aa37.67■■■■□ 3.62
TRAF4-216ENST00000586813 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP37.67■■■■□ 3.62
TRAF4-216ENST00000586813 MROH2BQ7Z745 1585 aa37.55■■■■□ 3.6
TRAF4-216ENST00000586813 NESP48681 1621 aa37.54■■■■□ 3.6
TRAF4-216ENST00000586813 DNAJC5Q9H3Z4 198 aa37.54■■■■□ 3.6
TRAF4-216ENST00000586813 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa37.34■■■■□ 3.57
TRAF4-216ENST00000586813 THOC2Q8NI27 1593 aaKnown RBP37.25■■■■□ 3.55
TRAF4-216ENST00000586813 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa37.16■■■■□ 3.54
TRAF4-216ENST00000586813 WIZO95785 1651 aa37.14■■■■□ 3.54
TRAF4-216ENST00000586813 PDS5BQ9NTI5 1447 aa37.04■■■■□ 3.52
TRAF4-216ENST00000586813 CADPSQ9ULU8 1353 aa36.94■■■■□ 3.5
TRAF4-216ENST00000586813 MRC2Q9UBG0 1479 aa36.76■■■■□ 3.48
TRAF4-216ENST00000586813 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP36.74■■■■□ 3.47
TRAF4-216ENST00000586813 WDR62O43379 1518 aa36.71■■■■□ 3.47
TRAF4-216ENST00000586813 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP36.66■■■■□ 3.46
TRAF4-216ENST00000586813 CEP164Q9UPV0 1460 aa36.62■■■■□ 3.45
TRAF4-216ENST00000586813 CFTRP13569 1480 aa36.56■■■■□ 3.44
TRAF4-216ENST00000586813 FANCD2Q9BXW9 1451 aa36.56■■■■□ 3.44
TRAF4-216ENST00000586813 PRDM2Q13029 1718 aa36.38■■■■□ 3.41
TRAF4-216ENST00000586813 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP36.28■■■■□ 3.4
TRAF4-216ENST00000586813 CCDC88BA6NC98 1476 aa36.18■■■■□ 3.38
TRAF4-216ENST00000586813 TOPBP1Q92547 1522 aa35.89■■■■□ 3.34
TRAF4-216ENST00000586813 TRIM41Q8WV44 630 aa35.89■■■■□ 3.34
TRAF4-216ENST00000586813 IFT140Q96RY7 1462 aa35.87■■■■□ 3.33
TRAF4-216ENST00000586813 OSCARQ8IYS5 282 aa35.85■■■■□ 3.33
TRAF4-216ENST00000586813 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP35.82■■■■□ 3.32
TRAF4-216ENST00000586813 ABCC8Q09428 1581 aa35.8■■■■□ 3.32
TRAF4-216ENST00000586813 DNMBPQ6XZF7 1577 aa35.8■■■■□ 3.32
TRAF4-216ENST00000586813 EIF4G3O43432 1585 aaKnown RBP35.7■■■■□ 3.31
TRAF4-216ENST00000586813 TARBP1Q13395 1621 aaKnown RBP35.61■■■■□ 3.29
TRAF4-216ENST00000586813 RIMBP3CA6NJZ7 1639 aa35.53■■■■□ 3.28
TRAF4-216ENST00000586813 RIMBP3BA6NNM3 1639 aa35.53■■■■□ 3.28
TRAF4-216ENST00000586813 RIMBP3Q9UFD9 1639 aa35.53■■■■□ 3.28
TRAF4-216ENST00000586813 POLA1P09884 1462 aaPredicted RBP35.53■■■■□ 3.28
TRAF4-216ENST00000586813 CHD1O14646 1710 aa35.46■■■■□ 3.27
TRAF4-216ENST00000586813 AQRO60306 1485 aaKnown RBP eCLIP35.46■■■■□ 3.275e-8■■■■□ 20.6
TRAF4-216ENST00000586813 ARHGEF11O15085 1522 aa35.38■■■■□ 3.25
TRAF4-216ENST00000586813 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa35.35■■■■□ 3.25
TRAF4-216ENST00000586813 SOGA1O94964 1423 aa35.31■■■■□ 3.24
TRAF4-216ENST00000586813 FGD5Q6ZNL6 1462 aa35.3■■■■□ 3.24
TRAF4-216ENST00000586813 CUX1P39880 1505 aa35.29■■■■□ 3.24
TRAF4-216ENST00000586813 WDR97A6NE52 1622 aa35.28■■■■□ 3.24
TRAF4-216ENST00000586813 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP35.22■■■■□ 3.23
TRAF4-216ENST00000586813 FBLN2P98095 1184 aa35.16■■■■□ 3.22
TRAF4-216ENST00000586813 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa35.15■■■■□ 3.22
TRAF4-216ENST00000586813 MAGI1Q96QZ7 1491 aaPredicted RBP35.07■■■■□ 3.2
TRAF4-216ENST00000586813 GRIN2BQ13224 1484 aa35.04■■■■□ 3.2
TRAF4-216ENST00000586813 ARAP1Q96P48 1450 aa35.03■■■■□ 3.2
TRAF4-216ENST00000586813 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP35.03■■■■□ 3.2
TRAF4-216ENST00000586813 PBRM1Q86U86 1689 aa35.02■■■■□ 3.2
TRAF4-216ENST00000586813 CYB5RLQ6IPT4 315 aa35.01■■■■□ 3.2
TRAF4-216ENST00000586813 CLASP1Q7Z460 1538 aa35■■■■□ 3.19
TRAF4-216ENST00000586813 SYNJ1O43426 1573 aa34.98■■■■□ 3.19
TRAF4-216ENST00000586813 SYNJ2O15056 1496 aa34.93■■■■□ 3.18
TRAF4-216ENST00000586813 CHMP7Q8WUX9 453 aaPredicted RBP34.92■■■■□ 3.18
TRAF4-216ENST00000586813 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa34.92■■■■□ 3.18
TRAF4-216ENST00000586813 GAPVD1Q14C86 1478 aa34.91■■■■□ 3.18
TRAF4-216ENST00000586813 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa34.91■■■■□ 3.18
TRAF4-216ENST00000586813 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa34.79■■■■□ 3.16
TRAF4-216ENST00000586813 TOP2BQ02880 1626 aa34.75■■■■□ 3.15
TRAF4-216ENST00000586813 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP34.72■■■■□ 3.15
TRAF4-216ENST00000586813 ADAMTS12P58397 1594 aa34.65■■■■□ 3.14
TRAF4-216ENST00000586813 TRHP20396 242 aaPredicted RBP34.61■■■■□ 3.13
TRAF4-216ENST00000586813 GRIN2AQ12879 1464 aa34.6■■■■□ 3.13
TRAF4-216ENST00000586813 CEP170Q5SW79 1584 aa34.52■■■■□ 3.12
TRAF4-216ENST00000586813 NUP160Q12769 1436 aa34.48■■■■□ 3.11
TRAF4-216ENST00000586813 ERICH3Q5RHP9 1530 aa34.48■■■■□ 3.11
TRAF4-216ENST00000586813 FHAD1B1AJZ9 1412 aa34.47■■■■□ 3.11
TRAF4-216ENST00000586813 ERCC6L2Q5T890 1561 aa34.44■■■■□ 3.1
TRAF4-216ENST00000586813 SHROOM2Q13796 1616 aa34.4■■■■□ 3.1
TRAF4-216ENST00000586813 RUSC2Q8N2Y8 1516 aa34.17■■■■□ 3.06
TRAF4-216ENST00000586813 PRG4Q92954 1404 aaPredicted RBP34.11■■■■□ 3.05
TRAF4-216ENST00000586813 CUL7Q14999 1698 aa34.04■■■■□ 3.04
TRAF4-216ENST00000586813 JPH4Q96JJ6 628 aa34.04■■■■□ 3.04
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