RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000586407.1

LIG3-208, Transcript of DNA ligase 3, humanhuman

TSL 5

Gene LIG3, Length 815 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG3-208ENST00000586407 NISCHQ9Y2I1 1504 aa69.26■■■■■ 8.68
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LIG3-208ENST00000586407 MYO15BQ96JP2 1530 aa57.55■■■■■ 6.8
LIG3-208ENST00000586407 UNC13AQ9UPW8 1703 aa57.28■■■■■ 6.76
LIG3-208ENST00000586407 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa57.16■■■■■ 6.74
LIG3-208ENST00000586407 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP57■■■■■ 6.72
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LIG3-208ENST00000586407 SCRIBQ14160 1630 aa56.5■■■■■ 6.64
LIG3-208ENST00000586407 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa55.85■■■■■ 6.53
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LIG3-208ENST00000586407 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa55.2■■■■■ 6.43
LIG3-208ENST00000586407 CECR2Q9BXF3 1484 aa54.86■■■■■ 6.37
LIG3-208ENST00000586407 SMARCA4P51532 1647 aa53.91■■■■■ 6.22
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LIG3-208ENST00000586407 SMARCA2P51531 1590 aa53.56■■■■■ 6.16
LIG3-208ENST00000586407 MROH2BQ7Z745 1585 aa53.45■■■■■ 6.15
LIG3-208ENST00000586407 HMGXB3Q12766 1538 aa53.39■■■■■ 6.14
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LIG3-208ENST00000586407 NESP48681 1621 aa52.74■■■■■ 6.03
LIG3-208ENST00000586407 ERCC6Q03468 1493 aa52.62■■■■■ 6.01
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LIG3-208ENST00000586407 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa52.13■■■■■ 5.94
LIG3-208ENST00000586407 CADPSQ9ULU8 1353 aa52.09■■■■■ 5.93
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LIG3-208ENST00000586407 FANCD2Q9BXW9 1451 aa51.56■■■■■ 5.84
LIG3-208ENST00000586407 CEP164Q9UPV0 1460 aa51.53■■■■■ 5.84
LIG3-208ENST00000586407 WDR62O43379 1518 aa51.43■■■■■ 5.82
LIG3-208ENST00000586407 PRDM2Q13029 1718 aa51.38■■■■■ 5.82
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LIG3-208ENST00000586407 DNMBPQ6XZF7 1577 aa50.59■■■■■ 5.69
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LIG3-208ENST00000586407 IFT140Q96RY7 1462 aa50.44■■■■■ 5.66
LIG3-208ENST00000586407 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP50.39■■■■■ 5.66
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LIG3-208ENST00000586407 CHD1O14646 1710 aa49.69■■■■■ 5.55
LIG3-208ENST00000586407 SYNJ1O43426 1573 aa49.61■■■■■ 5.53
LIG3-208ENST00000586407 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP49.59■■■■■ 5.53
LIG3-208ENST00000586407 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa49.58■■■■■ 5.53
LIG3-208ENST00000586407 TOP2BQ02880 1626 aa49.55■■■■■ 5.52
LIG3-208ENST00000586407 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa49.53■■■■■ 5.52
LIG3-208ENST00000586407 FBLN2P98095 1184 aa49.5■■■■■ 5.51
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LIG3-208ENST00000586407 GRIN2BQ13224 1484 aa49.44■■■■■ 5.51
LIG3-208ENST00000586407 TRIM41Q8WV44 630 aa49.42■■■■■ 5.5
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LIG3-208ENST00000586407 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa49.4■■■■■ 5.5
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LIG3-208ENST00000586407 RIMBP3BA6NNM3 1639 aa49.31■■■■■ 5.48
LIG3-208ENST00000586407 RIMBP3Q9UFD9 1639 aa49.31■■■■■ 5.48
LIG3-208ENST00000586407 ARHGEF11O15085 1522 aa49.2■■■■■ 5.47
LIG3-208ENST00000586407 CHMP7Q8WUX9 453 aaPredicted RBP49.2■■■■■ 5.47
LIG3-208ENST00000586407 SYNJ2O15056 1496 aa49.18■■■■■ 5.46
LIG3-208ENST00000586407 CLASP1Q7Z460 1538 aa49.04■■■■■ 5.44
LIG3-208ENST00000586407 ADAMTS12P58397 1594 aa48.98■■■■■ 5.43
LIG3-208ENST00000586407 ERICH3Q5RHP9 1530 aa48.85■■■■■ 5.41
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LIG3-208ENST00000586407 ARAP1Q96P48 1450 aa48.8■■■■■ 5.4
LIG3-208ENST00000586407 FHAD1B1AJZ9 1412 aa48.77■■■■■ 5.4
LIG3-208ENST00000586407 CYB5RLQ6IPT4 315 aa48.76■■■■■ 5.4
LIG3-208ENST00000586407 CEP170Q5SW79 1584 aa48.7■■■■■ 5.39
LIG3-208ENST00000586407 NUP160Q12769 1436 aa48.61■■■■■ 5.37
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LIG3-208ENST00000586407 CARMIL1Q5VZK9 1371 aa48.13■■■■■ 5.3
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