RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000583780.1

SHMT1-210, Transcript of serine hydroxymethyltransferase 1, humanhuman

TSL 1 (best)

Gene SHMT1, Length 332 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHMT1-210ENST00000583780 NISCHQ9Y2I1 1504 aa55.41■■■■■ 6.46
SHMT1-210ENST00000583780 ABCC9O60706 1549 aa50.31■■■■■ 5.65
SHMT1-210ENST00000583780 CCDC180Q9P1Z9 1646 aa49.82■■■■■ 5.57
SHMT1-210ENST00000583780 DNAJC5BQ9UF47 199 aa47.79■■■■■ 5.24
SHMT1-210ENST00000583780 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa47.65■■■■■ 5.22
SHMT1-210ENST00000583780 NACADO15069 1562 aa47.24■■■■■ 5.15
SHMT1-210ENST00000583780 DCAF8L2P0C7V8 631 aa46.99■■■■■ 5.11
SHMT1-210ENST00000583780 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP46.85■■■■■ 5.09
SHMT1-210ENST00000583780 UNC13AQ9UPW8 1703 aa46.68■■■■■ 5.06
SHMT1-210ENST00000583780 MYO15BQ96JP2 1530 aa46.47■■■■■ 5.03
SHMT1-210ENST00000583780 BICRAQ9NZM4 1560 aa46.39■■■■■ 5.02
SHMT1-210ENST00000583780 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP45.79■■■■■ 4.92
SHMT1-210ENST00000583780 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa45.72■■■■■ 4.91
SHMT1-210ENST00000583780 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa45.56■■■■■ 4.88
SHMT1-210ENST00000583780 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa45.44■■■■■ 4.86
SHMT1-210ENST00000583780 SCRIBQ14160 1630 aa45.37■■■■■ 4.85
SHMT1-210ENST00000583780 CECR2Q9BXF3 1484 aa45.36■■■■■ 4.85
SHMT1-210ENST00000583780 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP45.22■■■■■ 4.83
SHMT1-210ENST00000583780 DNAJC5Q9H3Z4 198 aa44.12■■■■■ 4.65
SHMT1-210ENST00000583780 NCAPD3P42695 1498 aa43.69■■■■■ 4.58
SHMT1-210ENST00000583780 CUX2O14529 1486 aa43.5■■■■■ 4.55
SHMT1-210ENST00000583780 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa43.48■■■■■ 4.55
SHMT1-210ENST00000583780 ERCC6Q03468 1493 aa43.38■■■■■ 4.54
SHMT1-210ENST00000583780 SMARCA4P51532 1647 aa43.28■■■■■ 4.52
SHMT1-210ENST00000583780 SMARCA2P51531 1590 aa43.25■■■■■ 4.51
SHMT1-210ENST00000583780 HMGXB3Q12766 1538 aa43.23■■■■■ 4.51
SHMT1-210ENST00000583780 NESP48681 1621 aa43.15■■■■■ 4.5
SHMT1-210ENST00000583780 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP42.97■■■■■ 4.47
SHMT1-210ENST00000583780 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP42.95■■■■■ 4.47
SHMT1-210ENST00000583780 PEG3Q9GZU2 1588 aa42.89■■■■■ 4.46
SHMT1-210ENST00000583780 THOC2Q8NI27 1593 aaKnown RBP42.73■■■■■ 4.43
SHMT1-210ENST00000583780 MROH2BQ7Z745 1585 aa42.71■■■■■ 4.43
SHMT1-210ENST00000583780 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa42.69■■■■■ 4.43
SHMT1-210ENST00000583780 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa42.52■■■■■ 4.4
SHMT1-210ENST00000583780 PDS5BQ9NTI5 1447 aa42.46■■■■■ 4.39
SHMT1-210ENST00000583780 CADPSQ9ULU8 1353 aa42.33■■■■■ 4.37
SHMT1-210ENST00000583780 WIZO95785 1651 aa42.18■■■■■ 4.34
SHMT1-210ENST00000583780 MRC2Q9UBG0 1479 aa42.11■■■■■ 4.33
SHMT1-210ENST00000583780 WDR62O43379 1518 aa42.05■■■■■ 4.32
SHMT1-210ENST00000583780 TRIM41Q8WV44 630 aa41.91■■■■■ 4.3
SHMT1-210ENST00000583780 CEP164Q9UPV0 1460 aa41.85■■■■■ 4.29
SHMT1-210ENST00000583780 FANCD2Q9BXW9 1451 aa41.8■■■■■ 4.28
SHMT1-210ENST00000583780 CFTRP13569 1480 aa41.74■■■■■ 4.27
SHMT1-210ENST00000583780 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP41.68■■■■■ 4.26
SHMT1-210ENST00000583780 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP41.54■■■■■ 4.24
SHMT1-210ENST00000583780 OSCARQ8IYS5 282 aa41.53■■■■■ 4.24
SHMT1-210ENST00000583780 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP41.53■■■■■ 4.24
SHMT1-210ENST00000583780 PRDM2Q13029 1718 aa41.23■■■■■ 4.19
SHMT1-210ENST00000583780 CCDC88BA6NC98 1476 aa41.16■■■■■ 4.18
SHMT1-210ENST00000583780 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP41.1■■■■■ 4.17
SHMT1-210ENST00000583780 IFT140Q96RY7 1462 aa41.05■■■■■ 4.16
SHMT1-210ENST00000583780 RIMBP3CA6NJZ7 1639 aa40.99■■■■■ 4.15
SHMT1-210ENST00000583780 RIMBP3BA6NNM3 1639 aa40.99■■■■■ 4.15
SHMT1-210ENST00000583780 RIMBP3Q9UFD9 1639 aa40.99■■■■■ 4.15
SHMT1-210ENST00000583780 TOPBP1Q92547 1522 aa40.98■■■■■ 4.15
SHMT1-210ENST00000583780 ABCC8Q09428 1581 aa40.83■■■■■ 4.13
SHMT1-210ENST00000583780 ARHGEF11O15085 1522 aa40.8■■■■■ 4.12
SHMT1-210ENST00000583780 EIF4G3O43432 1585 aaKnown RBP40.76■■■■■ 4.12
SHMT1-210ENST00000583780 DNMBPQ6XZF7 1577 aa40.75■■■■■ 4.11
SHMT1-210ENST00000583780 AQRO60306 1485 aaKnown RBP eCLIP40.69■■■■■ 4.1
SHMT1-210ENST00000583780 TARBP1Q13395 1621 aaKnown RBP40.67■■■■■ 4.1
SHMT1-210ENST00000583780 CYB5RLQ6IPT4 315 aa40.61■■■■■ 4.09
SHMT1-210ENST00000583780 CHD1O14646 1710 aa40.58■■■■■ 4.09
SHMT1-210ENST00000583780 POLA1P09884 1462 aaPredicted RBP40.53■■■■■ 4.08
SHMT1-210ENST00000583780 FBLN2P98095 1184 aa40.46■■■■■ 4.07
SHMT1-210ENST00000583780 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa40.44■■■■■ 4.06
SHMT1-210ENST00000583780 ARAP1Q96P48 1450 aa40.39■■■■■ 4.06
SHMT1-210ENST00000583780 SOGA1O94964 1423 aa40.37■■■■■ 4.05
SHMT1-210ENST00000583780 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP40.36■■■■■ 4.05
SHMT1-210ENST00000583780 TRHP20396 242 aaPredicted RBP40.22■■■■■ 4.03
SHMT1-210ENST00000583780 FGD5Q6ZNL6 1462 aa40.2■■■■■ 4.03
SHMT1-210ENST00000583780 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa40.17■■■■■ 4.02
SHMT1-210ENST00000583780 CUX1P39880 1505 aa40.13■■■■■ 4.01
SHMT1-210ENST00000583780 WDR97A6NE52 1622 aa40.13■■■■■ 4.01
SHMT1-210ENST00000583780 CLASP1Q7Z460 1538 aa40.11■■■■■ 4.01
SHMT1-210ENST00000583780 CHMP7Q8WUX9 453 aaPredicted RBP40.1■■■■■ 4.01
SHMT1-210ENST00000583780 MAGI1Q96QZ7 1491 aaPredicted RBP40.04■■■■■ 4
SHMT1-210ENST00000583780 GRIN2BQ13224 1484 aa40.01■■■■■ 4
SHMT1-210ENST00000583780 SYNJ1O43426 1573 aa39.98■■■■□ 3.99
SHMT1-210ENST00000583780 SYNJ2O15056 1496 aa39.94■■■■□ 3.98
SHMT1-210ENST00000583780 GAPVD1Q14C86 1478 aa39.83■■■■□ 3.97
SHMT1-210ENST00000583780 PBRM1Q86U86 1689 aa39.81■■■■□ 3.96
SHMT1-210ENST00000583780 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa39.74■■■■□ 3.95
SHMT1-210ENST00000583780 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa39.69■■■■□ 3.94
SHMT1-210ENST00000583780 ERCC6L2Q5T890 1561 aa39.51■■■■□ 3.92
SHMT1-210ENST00000583780 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP39.51■■■■□ 3.92
SHMT1-210ENST00000583780 GRIN2AQ12879 1464 aa39.5■■■■□ 3.91
SHMT1-210ENST00000583780 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP39.46■■■■□ 3.91
SHMT1-210ENST00000583780 NUP160Q12769 1436 aa39.42■■■■□ 3.9
SHMT1-210ENST00000583780 CEP170Q5SW79 1584 aa39.4■■■■□ 3.9
SHMT1-210ENST00000583780 ADAMTS12P58397 1594 aa39.39■■■■□ 3.9
SHMT1-210ENST00000583780 TOP2BQ02880 1626 aa39.34■■■■□ 3.89
SHMT1-210ENST00000583780 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa39.34■■■■□ 3.89
SHMT1-210ENST00000583780 AEBP2Q6ZN18 517 aaPredicted RBP39.33■■■■□ 3.89
SHMT1-210ENST00000583780 FHAD1B1AJZ9 1412 aa39.31■■■■□ 3.88
SHMT1-210ENST00000583780 SHROOM2Q13796 1616 aa39.29■■■■□ 3.88
SHMT1-210ENST00000583780 ERICH3Q5RHP9 1530 aa39.2■■■■□ 3.87
SHMT1-210ENST00000583780 JPH4Q96JJ6 628 aa39.09■■■■□ 3.85
SHMT1-210ENST00000583780 PRG4Q92954 1404 aaPredicted RBP39.06■■■■□ 3.84
SHMT1-210ENST00000583780 KIF13AQ9H1H9 1805 aa39.03■■■■□ 3.84
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