RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000569189.2

GGA2-215, Transcript of golgi associated, gamma adaptin ear containing, ARF binding protein 2, human

TSL 5

Gene GGA2, Length 586 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Nucleus .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
GGA2-215	ENST00000569189	NISCH	Q9Y2I1	1504 aa		59.74	■■■■■ 7.15
GGA2-215	ENST00000569189	CCDC180	Q9P1Z9	1646 aa		53.34	■■■■■ 6.13
GGA2-215	ENST00000569189	ABCC9	O60706	1549 aa		52.4	■■■■■ 5.98
GGA2-215	ENST00000569189	RB1CC1	Q8TDY2	1594 aa		50.3	■■■■■ 5.64
GGA2-215	ENST00000569189	NACAD	O15069	1562 aa		50.16	■■■■■ 5.62
GGA2-215	ENST00000569189	DCAF8L2	P0C7V8	631 aa		49.95	■■■■■ 5.59
GGA2-215	ENST00000569189	MYO15B	Q96JP2	1530 aa		49.75	■■■■■ 5.55
GGA2-215	ENST00000569189	ZCCHC6	Q5VYS8	1495 aa	Known RBP	49.71	■■■■■ 5.55
GGA2-215	ENST00000569189	DCAF1	Q9Y4B6	1507 aa		49.42	■■■■■ 5.5
GGA2-215	ENST00000569189	UNC13A	Q9UPW8	1703 aa		49.26	■■■■■ 5.48
GGA2-215	ENST00000569189	PABPN1	Q86U42	306 aa	Known RBP eCLIP	48.85	■■■■■ 5.41
GGA2-215	ENST00000569189	BICRA	Q9NZM4	1560 aa		48.79	■■■■■ 5.4
GGA2-215	ENST00000569189	SCRIB	Q14160	1630 aa		48.61	■■■■■ 5.37
GGA2-215	ENST00000569189	DNAJC5B	Q9UF47	199 aa		48.31	■■■■■ 5.32
GGA2-215	ENST00000569189	SHROOM4	Q9ULL8	1493 aa		48.26	■■■■■ 5.32
GGA2-215	ENST00000569189	EIF4G1	Q04637	1599 aa	Known RBP	47.53	■■■■■ 5.2
GGA2-215	ENST00000569189	CC2D2A	Q9P2K1	1620 aa		47.43	■■■■■ 5.18
GGA2-215	ENST00000569189	CECR2	Q9BXF3	1484 aa		47.12	■■■■■ 5.13
GGA2-215	ENST00000569189	SMARCA4	P51532	1647 aa		46.46	■■■■■ 5.03
GGA2-215	ENST00000569189	BAZ1A	Q9NRL2	1556 aa	Predicted RBP	46.35	■■■■■ 5.01
GGA2-215	ENST00000569189	NCAPD3	P42695	1498 aa		46.25	■■■■■ 4.99
GGA2-215	ENST00000569189	ATAD2B	Q9ULI0	1458 aa		46.24	■■■■■ 4.99
GGA2-215	ENST00000569189	SMARCA2	P51531	1590 aa		46.2	■■■■■ 4.99
GGA2-215	ENST00000569189	HMGXB3	Q12766	1538 aa		46.05	■■■■■ 4.96
GGA2-215	ENST00000569189	MROH2B	Q7Z745	1585 aa		46.04	■■■■■ 4.96
GGA2-215	ENST00000569189	PEG3	Q9GZU2	1588 aa		46.01	■■■■■ 4.96
GGA2-215	ENST00000569189	BAZ1B	Q9UIG0	1483 aa	Known RBP	45.86	■■■■■ 4.93
GGA2-215	ENST00000569189	WIZ	O95785	1651 aa		45.57	■■■■■ 4.88
GGA2-215	ENST00000569189	RSF1	Q96T23	1441 aa	Predicted RBP	45.36	■■■■■ 4.85
GGA2-215	ENST00000569189	NES	P48681	1621 aa		45.26	■■■■■ 4.84
GGA2-215	ENST00000569189	ERCC6	Q03468	1493 aa		45.2	■■■■■ 4.83
GGA2-215	ENST00000569189	LAMC3	Q9Y6N6	1575 aa		45.13	■■■■■ 4.82
GGA2-215	ENST00000569189	TOP2A	P11388	1531 aa	Known RBP	45.05	■■■■■ 4.8
GGA2-215	ENST00000569189	CADPS	Q9ULU8	1353 aa		44.87	■■■■■ 4.77
GGA2-215	ENST00000569189	CUX2	O14529	1486 aa		44.85	■■■■■ 4.77
GGA2-215	ENST00000569189	KIF21A	Q7Z4S6	1674 aa		44.8	■■■■■ 4.76
GGA2-215	ENST00000569189	PDS5B	Q9NTI5	1447 aa		44.79	■■■■■ 4.76
GGA2-215	ENST00000569189	THOC2	Q8NI27	1593 aa	Known RBP	44.7	■■■■■ 4.75
GGA2-215	ENST00000569189	CFTR	P13569	1480 aa		44.56	■■■■■ 4.72
GGA2-215	ENST00000569189	CCDC88B	A6NC98	1476 aa		44.47	■■■■■ 4.71
GGA2-215	ENST00000569189	FANCD2	Q9BXW9	1451 aa		44.39	■■■■■ 4.7
GGA2-215	ENST00000569189	MRC2	Q9UBG0	1479 aa		44.38	■■■■■ 4.69
GGA2-215	ENST00000569189	CEP164	Q9UPV0	1460 aa		44.38	■■■■■ 4.69
GGA2-215	ENST00000569189	PRDM2	Q13029	1718 aa		44.36	■■■■■ 4.69
GGA2-215	ENST00000569189	WDR62	O43379	1518 aa		44.26	■■■■■ 4.68
GGA2-215	ENST00000569189	URB2	Q14146	1524 aa	Known RBP	43.98	■■■■■ 4.63
GGA2-215	ENST00000569189	SUPT5H	O00267	1087 aa	Known RBP	43.95	■■■■■ 4.63
GGA2-215	ENST00000569189	DNAJC5	Q9H3Z4	198 aa		43.76	■■■■■ 4.6
GGA2-215	ENST00000569189	TOPBP1	Q92547	1522 aa		43.66	■■■■■ 4.58
GGA2-215	ENST00000569189	ABCC8	Q09428	1581 aa		43.62	■■■■■ 4.57
GGA2-215	ENST00000569189	DNMBP	Q6XZF7	1577 aa		43.6	■■■■■ 4.57
GGA2-215	ENST00000569189	IFT140	Q96RY7	1462 aa		43.45	■■■■■ 4.55
GGA2-215	ENST00000569189	ZNF608	Q9ULD9	1512 aa	Predicted RBP	43.28	■■■■■ 4.52
GGA2-215	ENST00000569189	POLA1	P09884	1462 aa	Predicted RBP	43.26	■■■■■ 4.52
GGA2-215	ENST00000569189	TARBP1	Q13395	1621 aa	Known RBP	43.23	■■■■■ 4.51
GGA2-215	ENST00000569189	CUX1	P39880	1505 aa		43.22	■■■■■ 4.51
GGA2-215	ENST00000569189	EIF4G3	O43432	1585 aa	Known RBP	43.16	■■■■■ 4.5
GGA2-215	ENST00000569189	FGD5	Q6ZNL6	1462 aa		43.12	■■■■■ 4.49
GGA2-215	ENST00000569189	RAD54L2	Q9Y4B4	1467 aa		43.06	■■■■■ 4.48
GGA2-215	ENST00000569189	SOGA1	O94964	1423 aa		43.04	■■■■■ 4.48
GGA2-215	ENST00000569189	AQR	O60306	1485 aa	Known RBP eCLIP	42.98	■■■■■ 4.47	3e-8	■■■■□ 24
GGA2-215	ENST00000569189	WDR97	A6NE52	1622 aa		42.89	■■■■■ 4.46
GGA2-215	ENST00000569189	OSCAR	Q8IYS5	282 aa		42.86	■■■■■ 4.45
GGA2-215	ENST00000569189	TDRD9	Q8NDG6	1382 aa	Known RBP	42.83	■■■■■ 4.45
GGA2-215	ENST00000569189	BIVM-ERCC5	R4GMW8	1640 aa		42.81	■■■■■ 4.44
GGA2-215	ENST00000569189	WRN	Q14191	1432 aa	Predicted RBP eCLIP	42.8	■■■■■ 4.44	1e-7	■■■■■ 66.8
GGA2-215	ENST00000569189	TOP2B	Q02880	1626 aa		42.79	■■■■■ 4.44
GGA2-215	ENST00000569189	SYNJ1	O43426	1573 aa		42.75	■■■■■ 4.43
GGA2-215	ENST00000569189	CHD1	O14646	1710 aa		42.71	■■■■■ 4.43
GGA2-215	ENST00000569189	ABCA10	Q8WWZ4	1543 aa		42.68	■■■■■ 4.42
GGA2-215	ENST00000569189	GRIN2B	Q13224	1484 aa		42.61	■■■■■ 4.41
GGA2-215	ENST00000569189	SNAPC4	Q5SXM2	1469 aa		42.61	■■■■■ 4.41
GGA2-215	ENST00000569189	PBRM1	Q86U86	1689 aa		42.6	■■■■■ 4.41
GGA2-215	ENST00000569189	ABCA5	Q8WWZ7	1642 aa		42.59	■■■■■ 4.41
GGA2-215	ENST00000569189	GAPVD1	Q14C86	1478 aa		42.56	■■■■■ 4.4
GGA2-215	ENST00000569189	MAGI1	Q96QZ7	1491 aa	Predicted RBP	42.55	■■■■■ 4.4
GGA2-215	ENST00000569189	FBLN2	P98095	1184 aa		42.5	■■■■■ 4.39
GGA2-215	ENST00000569189	SYNJ2	O15056	1496 aa		42.37	■■■■■ 4.37
GGA2-215	ENST00000569189	CHMP7	Q8WUX9	453 aa	Predicted RBP	42.33	■■■■■ 4.37
GGA2-215	ENST00000569189	RIMBP3C	A6NJZ7	1639 aa		42.31	■■■■■ 4.36
GGA2-215	ENST00000569189	RIMBP3B	A6NNM3	1639 aa		42.31	■■■■■ 4.36
GGA2-215	ENST00000569189	RIMBP3	Q9UFD9	1639 aa		42.31	■■■■■ 4.36
GGA2-215	ENST00000569189	ARHGEF11	O15085	1522 aa		42.24	■■■■■ 4.35
GGA2-215	ENST00000569189	ADAMTS12	P58397	1594 aa		42.2	■■■■■ 4.35
GGA2-215	ENST00000569189	TRIM41	Q8WV44	630 aa		42.2	■■■■■ 4.35
GGA2-215	ENST00000569189	ERICH3	Q5RHP9	1530 aa		42.18	■■■■■ 4.34
GGA2-215	ENST00000569189	CLASP1	Q7Z460	1538 aa		42.18	■■■■■ 4.34
GGA2-215	ENST00000569189	GRIN2A	Q12879	1464 aa		42.07	■■■■■ 4.33
GGA2-215	ENST00000569189	FHAD1	B1AJZ9	1412 aa		42.05	■■■■■ 4.32
GGA2-215	ENST00000569189	KIF27	Q86VH2	1401 aa		41.92	■■■■■ 4.3
GGA2-215	ENST00000569189	CEP170	Q5SW79	1584 aa		41.89	■■■■■ 4.3
GGA2-215	ENST00000569189	NUP160	Q12769	1436 aa		41.88	■■■■■ 4.3
GGA2-215	ENST00000569189	ARAP1	Q96P48	1450 aa		41.88	■■■■■ 4.29
GGA2-215	ENST00000569189	CYB5RL	Q6IPT4	315 aa		41.79	■■■■■ 4.28
GGA2-215	ENST00000569189	CUL7	Q14999	1698 aa		41.78	■■■■■ 4.28
GGA2-215	ENST00000569189	IGF1R	P08069	1367 aa		41.76	■■■■■ 4.27
GGA2-215	ENST00000569189	SHROOM2	Q13796	1616 aa		41.66	■■■■■ 4.26
GGA2-215	ENST00000569189	RUSC2	Q8N2Y8	1516 aa		41.59	■■■■■ 4.25
GGA2-215	ENST00000569189	ERCC6L2	Q5T890	1561 aa		41.56	■■■■■ 4.24
GGA2-215	ENST00000569189	CARMIL1	Q5VZK9	1371 aa		41.51	■■■■■ 4.24

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