RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000568561.5

NME3-211, Transcript of NME/NM23 nucleoside diphosphate kinase 3, humanhuman

TSL 1 (best)

Gene NME3, Length 813 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NME3-211ENST00000568561 NISCHQ9Y2I1 1504 aa39.16■■■■□ 3.86
NME3-211ENST00000568561 ABCC9O60706 1549 aa35.31■■■■□ 3.24
NME3-211ENST00000568561 CCDC180Q9P1Z9 1646 aa35.21■■■■□ 3.23
NME3-211ENST00000568561 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa33.52■■■□□ 2.96
NME3-211ENST00000568561 NACADO15069 1562 aa33.24■■■□□ 2.91
NME3-211ENST00000568561 DNAJC5BQ9UF47 199 aa33.13■■■□□ 2.89
NME3-211ENST00000568561 DCAF8L2P0C7V8 631 aa33.09■■■□□ 2.89
NME3-211ENST00000568561 UNC13AQ9UPW8 1703 aa32.9■■■□□ 2.86
NME3-211ENST00000568561 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP32.82■■■□□ 2.84
NME3-211ENST00000568561 MYO15BQ96JP2 1530 aa32.7■■■□□ 2.83
NME3-211ENST00000568561 BICRAQ9NZM4 1560 aa32.6■■■□□ 2.81
NME3-211ENST00000568561 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP32.46■■■□□ 2.79
NME3-211ENST00000568561 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa32.29■■■□□ 2.76
NME3-211ENST00000568561 SCRIBQ14160 1630 aa32.15■■■□□ 2.74
NME3-211ENST00000568561 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa32.03■■■□□ 2.72
NME3-211ENST00000568561 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa31.89■■■□□ 2.7
NME3-211ENST00000568561 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP31.79■■■□□ 2.68
NME3-211ENST00000568561 CECR2Q9BXF3 1484 aa31.77■■■□□ 2.68
NME3-211ENST00000568561 NCAPD3P42695 1498 aa30.66■■■□□ 2.5
NME3-211ENST00000568561 SMARCA4P51532 1647 aa30.62■■■□□ 2.49
NME3-211ENST00000568561 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa30.61■■■□□ 2.49
NME3-211ENST00000568561 SMARCA2P51531 1590 aa30.51■■■□□ 2.47
NME3-211ENST00000568561 HMGXB3Q12766 1538 aa30.48■■■□□ 2.47
NME3-211ENST00000568561 ERCC6Q03468 1493 aa30.45■■■□□ 2.47
NME3-211ENST00000568561 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP30.41■■■□□ 2.46
NME3-211ENST00000568561 DNAJC5Q9H3Z4 198 aa30.4■■■□□ 2.46
NME3-211ENST00000568561 CUX2O14529 1486 aa30.37■■■□□ 2.45
NME3-211ENST00000568561 NESP48681 1621 aa30.33■■■□□ 2.45
NME3-211ENST00000568561 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP30.33■■■□□ 2.45
NME3-211ENST00000568561 PEG3Q9GZU2 1588 aa30.26■■■□□ 2.43
NME3-211ENST00000568561 MROH2BQ7Z745 1585 aa30.22■■■□□ 2.43
NME3-211ENST00000568561 THOC2Q8NI27 1593 aaKnown RBP30.04■■■□□ 2.4
NME3-211ENST00000568561 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa30.03■■■□□ 2.4
NME3-211ENST00000568561 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa29.98■■■□□ 2.39
NME3-211ENST00000568561 WIZO95785 1651 aa29.9■■■□□ 2.38
NME3-211ENST00000568561 PDS5BQ9NTI5 1447 aa29.81■■■□□ 2.36
NME3-211ENST00000568561 CADPSQ9ULU8 1353 aa29.73■■■□□ 2.35
NME3-211ENST00000568561 MRC2Q9UBG0 1479 aa29.62■■■□□ 2.33
NME3-211ENST00000568561 WDR62O43379 1518 aa29.56■■■□□ 2.32
NME3-211ENST00000568561 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP29.52■■■□□ 2.32
NME3-211ENST00000568561 CEP164Q9UPV0 1460 aa29.49■■■□□ 2.31
NME3-211ENST00000568561 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP29.46■■■□□ 2.31
NME3-211ENST00000568561 FANCD2Q9BXW9 1451 aa29.45■■■□□ 2.31
NME3-211ENST00000568561 CFTRP13569 1480 aa29.4■■■□□ 2.3
NME3-211ENST00000568561 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP29.25■■■□□ 2.27
NME3-211ENST00000568561 PRDM2Q13029 1718 aa29.23■■■□□ 2.27
NME3-211ENST00000568561 TRIM41Q8WV44 630 aa29.14■■■□□ 2.26
NME3-211ENST00000568561 CCDC88BA6NC98 1476 aa29.1■■■□□ 2.25
NME3-211ENST00000568561 OSCARQ8IYS5 282 aa28.92■■■□□ 2.22
NME3-211ENST00000568561 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP28.91■■■□□ 2.22
NME3-211ENST00000568561 TOPBP1Q92547 1522 aa28.9■■■□□ 2.22
NME3-211ENST00000568561 IFT140Q96RY7 1462 aa28.87■■■□□ 2.21
NME3-211ENST00000568561 DNMBPQ6XZF7 1577 aa28.79■■■□□ 2.2
NME3-211ENST00000568561 EIF4G3O43432 1585 aaKnown RBP28.78■■■□□ 2.2
NME3-211ENST00000568561 ABCC8Q09428 1581 aa28.73■■■□□ 2.19
NME3-211ENST00000568561 RIMBP3CA6NJZ7 1639 aa28.7■■■□□ 2.19
NME3-211ENST00000568561 RIMBP3BA6NNM3 1639 aa28.7■■■□□ 2.19
NME3-211ENST00000568561 RIMBP3Q9UFD9 1639 aa28.7■■■□□ 2.19
NME3-211ENST00000568561 TARBP1Q13395 1621 aaKnown RBP28.67■■■□□ 2.18
NME3-211ENST00000568561 CHD1O14646 1710 aa28.62■■■□□ 2.17
NME3-211ENST00000568561 AQRO60306 1485 aaKnown RBP eCLIP28.6■■■□□ 2.173e-11■■■□□ 16.1
NME3-211ENST00000568561 POLA1P09884 1462 aaPredicted RBP28.6■■■□□ 2.17
NME3-211ENST00000568561 ARHGEF11O15085 1522 aa28.58■■■□□ 2.17
NME3-211ENST00000568561 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa28.53■■■□□ 2.16
NME3-211ENST00000568561 FGD5Q6ZNL6 1462 aa28.43■■■□□ 2.14
NME3-211ENST00000568561 SOGA1O94964 1423 aa28.42■■■□□ 2.14
NME3-211ENST00000568561 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP28.41■■■□□ 2.14
NME3-211ENST00000568561 FBLN2P98095 1184 aa28.41■■■□□ 2.14
NME3-211ENST00000568561 CUX1P39880 1505 aa28.4■■■□□ 2.14
NME3-211ENST00000568561 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa28.34■■■□□ 2.13
NME3-211ENST00000568561 CYB5RLQ6IPT4 315 aa28.31■■■□□ 2.12
NME3-211ENST00000568561 WDR97A6NE52 1622 aa28.3■■■□□ 2.12
NME3-211ENST00000568561 ARAP1Q96P48 1450 aa28.3■■■□□ 2.12
NME3-211ENST00000568561 PBRM1Q86U86 1689 aa28.2■■■□□ 2.11
NME3-211ENST00000568561 CLASP1Q7Z460 1538 aa28.2■■■□□ 2.1
NME3-211ENST00000568561 GRIN2BQ13224 1484 aa28.2■■■□□ 2.1
NME3-211ENST00000568561 MAGI1Q96QZ7 1491 aaPredicted RBP28.2■■■□□ 2.1
NME3-211ENST00000568561 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP28.19■■■□□ 2.1
NME3-211ENST00000568561 SYNJ1O43426 1573 aa28.16■■■□□ 2.1
NME3-211ENST00000568561 CHMP7Q8WUX9 453 aaPredicted RBP28.14■■■□□ 2.1
NME3-211ENST00000568561 SYNJ2O15056 1496 aa28.12■■■□□ 2.09
NME3-211ENST00000568561 GAPVD1Q14C86 1478 aa28.09■■■□□ 2.09
NME3-211ENST00000568561 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa28.09■■■□□ 2.09
NME3-211ENST00000568561 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa28.05■■■□□ 2.08
NME3-211ENST00000568561 TRHP20396 242 aaPredicted RBP28.03■■■□□ 2.08
NME3-211ENST00000568561 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa27.94■■■□□ 2.06
NME3-211ENST00000568561 TOP2BQ02880 1626 aa27.91■■■□□ 2.06
NME3-211ENST00000568561 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP27.9■■■□□ 2.06
NME3-211ENST00000568561 ADAMTS12P58397 1594 aa27.89■■■□□ 2.05
NME3-211ENST00000568561 GRIN2AQ12879 1464 aa27.86■■■□□ 2.05
NME3-211ENST00000568561 ERCC6L2Q5T890 1561 aa27.82■■■□□ 2.04
NME3-211ENST00000568561 CEP170Q5SW79 1584 aa27.82■■■□□ 2.04
NME3-211ENST00000568561 NUP160Q12769 1436 aa27.74■■■□□ 2.03
NME3-211ENST00000568561 FHAD1B1AJZ9 1412 aa27.71■■■□□ 2.03
NME3-211ENST00000568561 ERICH3Q5RHP9 1530 aa27.69■■■□□ 2.02
NME3-211ENST00000568561 SHROOM2Q13796 1616 aa27.68■■■□□ 2.02
NME3-211ENST00000568561 RUSC2Q8N2Y8 1516 aa27.51■■□□□ 1.99
NME3-211ENST00000568561 PRG4Q92954 1404 aaPredicted RBP27.5■■□□□ 1.99
NME3-211ENST00000568561 KIF13AQ9H1H9 1805 aa27.4■■□□□ 1.98
NME3-211ENST00000568561 JPH4Q96JJ6 628 aa27.4■■□□□ 1.98
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 7.3 ms