RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000567365.2

RNF40-211, Transcript of ring finger protein 40, humanhuman

TSL 3

Gene RNF40, Length 597 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RNF40-211ENST00000567365 NISCHQ9Y2I1 1504 aa30.27■■■□□ 2.44
RNF40-211ENST00000567365 CCDC180Q9P1Z9 1646 aa26.87■■□□□ 1.89
RNF40-211ENST00000567365 ABCC9O60706 1549 aa26.11■■□□□ 1.77
RNF40-211ENST00000567365 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP25.26■■□□□ 1.63
RNF40-211ENST00000567365 NACADO15069 1562 aa25.22■■□□□ 1.63
RNF40-211ENST00000567365 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa25.18■■□□□ 1.62
RNF40-211ENST00000567365 MYO15BQ96JP2 1530 aa25.17■■□□□ 1.62
RNF40-211ENST00000567365 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa25.1■■□□□ 1.61
RNF40-211ENST00000567365 DCAF8L2P0C7V8 631 aa25.02■■□□□ 1.6
RNF40-211ENST00000567365 DNAJC5BQ9UF47 199 aa24.83■■□□□ 1.57
RNF40-211ENST00000567365 UNC13AQ9UPW8 1703 aa24.68■■□□□ 1.54
RNF40-211ENST00000567365 BICRAQ9NZM4 1560 aa24.52■■□□□ 1.52
RNF40-211ENST00000567365 SCRIBQ14160 1630 aa24.45■■□□□ 1.5
RNF40-211ENST00000567365 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP24.38■■□□□ 1.49
RNF40-211ENST00000567365 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa24.24■■□□□ 1.47
RNF40-211ENST00000567365 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP23.8■■□□□ 1.4
RNF40-211ENST00000567365 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa23.66■■□□□ 1.38
RNF40-211ENST00000567365 CECR2Q9BXF3 1484 aa23.56■■□□□ 1.36
RNF40-211ENST00000567365 SMARCA4P51532 1647 aa23.45■■□□□ 1.34
RNF40-211ENST00000567365 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP23.42■■□□□ 1.34
RNF40-211ENST00000567365 MROH2BQ7Z745 1585 aa23.32■■□□□ 1.32
RNF40-211ENST00000567365 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa23.31■■□□□ 1.32
RNF40-211ENST00000567365 NCAPD3P42695 1498 aa23.3■■□□□ 1.32
RNF40-211ENST00000567365 PEG3Q9GZU2 1588 aa23.28■■□□□ 1.32
RNF40-211ENST00000567365 SMARCA2P51531 1590 aa23.25■■□□□ 1.31
RNF40-211ENST00000567365 HMGXB3Q12766 1538 aa23.18■■□□□ 1.3
RNF40-211ENST00000567365 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP23.09■■□□□ 1.29
RNF40-211ENST00000567365 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP23.06■■□□□ 1.28
RNF40-211ENST00000567365 WIZO95785 1651 aa23.06■■□□□ 1.28
RNF40-211ENST00000567365 DNAJC5Q9H3Z4 198 aa22.85■■□□□ 1.25
RNF40-211ENST00000567365 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP22.82■■□□□ 1.24
RNF40-211ENST00000567365 NESP48681 1621 aa22.66■■□□□ 1.22
RNF40-211ENST00000567365 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa22.63■■□□□ 1.21
RNF40-211ENST00000567365 CADPSQ9ULU8 1353 aa22.58■■□□□ 1.21
RNF40-211ENST00000567365 CCDC88BA6NC98 1476 aa22.55■■□□□ 1.2
RNF40-211ENST00000567365 CFTRP13569 1480 aa22.5■■□□□ 1.19
RNF40-211ENST00000567365 CUX2O14529 1486 aa22.49■■□□□ 1.19
RNF40-211ENST00000567365 ERCC6Q03468 1493 aa22.47■■□□□ 1.19
RNF40-211ENST00000567365 PDS5BQ9NTI5 1447 aa22.43■■□□□ 1.18
RNF40-211ENST00000567365 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP22.42■■□□□ 1.18
RNF40-211ENST00000567365 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa22.4■■□□□ 1.18
RNF40-211ENST00000567365 THOC2Q8NI27 1593 aaKnown RBP22.34■■□□□ 1.17
RNF40-211ENST00000567365 PRDM2Q13029 1718 aa22.34■■□□□ 1.17
RNF40-211ENST00000567365 FANCD2Q9BXW9 1451 aa22.3■■□□□ 1.16
RNF40-211ENST00000567365 CEP164Q9UPV0 1460 aa22.25■■□□□ 1.15
RNF40-211ENST00000567365 MRC2Q9UBG0 1479 aa22.22■■□□□ 1.15
RNF40-211ENST00000567365 WDR62O43379 1518 aa22.18■■□□□ 1.14
RNF40-211ENST00000567365 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP22.11■■□□□ 1.13
RNF40-211ENST00000567365 TOPBP1Q92547 1522 aa21.98■■□□□ 1.11
RNF40-211ENST00000567365 ABCC8Q09428 1581 aa21.96■■□□□ 1.11
RNF40-211ENST00000567365 DNMBPQ6XZF7 1577 aa21.96■■□□□ 1.11
RNF40-211ENST00000567365 CUX1P39880 1505 aa21.87■■□□□ 1.09
RNF40-211ENST00000567365 POLA1P09884 1462 aaPredicted RBP21.81■■□□□ 1.08
RNF40-211ENST00000567365 IFT140Q96RY7 1462 aa21.79■■□□□ 1.08
RNF40-211ENST00000567365 TARBP1Q13395 1621 aaKnown RBP21.78■■□□□ 1.08
RNF40-211ENST00000567365 TRIM41Q8WV44 630 aa21.76■■□□□ 1.07
RNF40-211ENST00000567365 FGD5Q6ZNL6 1462 aa21.75■■□□□ 1.07
RNF40-211ENST00000567365 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa21.72■■□□□ 1.07
RNF40-211ENST00000567365 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP21.72■■□□□ 1.07
RNF40-211ENST00000567365 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP21.71■■□□□ 1.07
RNF40-211ENST00000567365 SYNJ1O43426 1573 aa21.7■■□□□ 1.06
RNF40-211ENST00000567365 TOP2BQ02880 1626 aa21.7■■□□□ 1.06
RNF40-211ENST00000567365 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa21.69■■□□□ 1.06
RNF40-211ENST00000567365 SOGA1O94964 1423 aa21.67■■□□□ 1.06
RNF40-211ENST00000567365 WDR97A6NE52 1622 aa21.63■■□□□ 1.05
RNF40-211ENST00000567365 EIF4G3O43432 1585 aaKnown RBP21.62■■□□□ 1.05
RNF40-211ENST00000567365 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa21.57■■□□□ 1.04
RNF40-211ENST00000567365 AQRO60306 1485 aaKnown RBP eCLIP21.57■■□□□ 1.045e-8■■□□□ 14.2
RNF40-211ENST00000567365 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP21.53■■□□□ 1.04
RNF40-211ENST00000567365 OSCARQ8IYS5 282 aa21.51■■□□□ 1.03
RNF40-211ENST00000567365 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa21.5■■□□□ 1.03
RNF40-211ENST00000567365 GAPVD1Q14C86 1478 aa21.44■■□□□ 1.02
RNF40-211ENST00000567365 GRIN2BQ13224 1484 aa21.42■■□□□ 1.02
RNF40-211ENST00000567365 PBRM1Q86U86 1689 aa21.4■■□□□ 1.02
RNF40-211ENST00000567365 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa21.37■■□□□ 1.01
RNF40-211ENST00000567365 MAGI1Q96QZ7 1491 aaPredicted RBP21.37■■□□□ 1.01
RNF40-211ENST00000567365 CHD1O14646 1710 aa21.32■■□□□ 1
RNF40-211ENST00000567365 ERICH3Q5RHP9 1530 aa21.31■■□□□ 1
RNF40-211ENST00000567365 SYNJ2O15056 1496 aa21.28■■□□□ 1
RNF40-211ENST00000567365 ADAMTS12P58397 1594 aa21.26■□□□□ 0.99
RNF40-211ENST00000567365 KIF27Q86VH2 1401 aa21.24■□□□□ 0.99
RNF40-211ENST00000567365 RIMBP3CA6NJZ7 1639 aa21.21■□□□□ 0.99
RNF40-211ENST00000567365 RIMBP3BA6NNM3 1639 aa21.21■□□□□ 0.99
RNF40-211ENST00000567365 RIMBP3Q9UFD9 1639 aa21.21■□□□□ 0.99
RNF40-211ENST00000567365 IGF1RP08069 1367 aa21.2■□□□□ 0.98
RNF40-211ENST00000567365 FHAD1B1AJZ9 1412 aa21.2■□□□□ 0.98
RNF40-211ENST00000567365 CHMP7Q8WUX9 453 aaPredicted RBP21.17■□□□□ 0.98
RNF40-211ENST00000567365 GRIN2AQ12879 1464 aa21.16■□□□□ 0.98
RNF40-211ENST00000567365 FBLN2P98095 1184 aa21.16■□□□□ 0.98
RNF40-211ENST00000567365 CLASP1Q7Z460 1538 aa21.14■□□□□ 0.98
RNF40-211ENST00000567365 RUSC2Q8N2Y8 1516 aa21.14■□□□□ 0.97
RNF40-211ENST00000567365 ARHGEF11O15085 1522 aa21.13■□□□□ 0.97
RNF40-211ENST00000567365 CUL7Q14999 1698 aa21.12■□□□□ 0.97
RNF40-211ENST00000567365 NUP160Q12769 1436 aa21.11■□□□□ 0.97
RNF40-211ENST00000567365 CHIC1Q5VXU3 224 aa21.09■□□□□ 0.97
RNF40-211ENST00000567365 CEP170Q5SW79 1584 aa21.07■□□□□ 0.96
RNF40-211ENST00000567365 CYB5RLQ6IPT4 315 aa21.06■□□□□ 0.96
RNF40-211ENST00000567365 CARMIL1Q5VZK9 1371 aa21.03■□□□□ 0.96
RNF40-211ENST00000567365 SHROOM2Q13796 1616 aa20.95■□□□□ 0.94
RNF40-211ENST00000567365 PRXQ9BXM0 1461 aa20.94■□□□□ 0.94
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 98.9 ms