RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000565778.6

CLN3-219, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 1 (best)

Gene CLN3, Length 688 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-219ENST00000565778 NISCHQ9Y2I1 1504 aa50.9■■■■■ 5.74
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CLN3-219ENST00000565778 DCAF8L2P0C7V8 631 aa43.07■■■■■ 4.49
CLN3-219ENST00000565778 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa43.04■■■■■ 4.48
CLN3-219ENST00000565778 NACADO15069 1562 aa42.85■■■■■ 4.45
CLN3-219ENST00000565778 MYO15BQ96JP2 1530 aa42.38■■■■■ 4.37
CLN3-219ENST00000565778 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP42.23■■■■■ 4.35
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CLN3-219ENST00000565778 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa42.01■■■■■ 4.32
CLN3-219ENST00000565778 DNAJC5BQ9UF47 199 aa41.94■■■■■ 4.3
CLN3-219ENST00000565778 UNC13AQ9UPW8 1703 aa41.94■■■■■ 4.3
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CLN3-219ENST00000565778 SCRIBQ14160 1630 aa41.45■■■■■ 4.23
CLN3-219ENST00000565778 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa41.18■■■■■ 4.18
CLN3-219ENST00000565778 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP40.69■■■■■ 4.1
CLN3-219ENST00000565778 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa40.67■■■■■ 4.1
CLN3-219ENST00000565778 CECR2Q9BXF3 1484 aa40.54■■■■■ 4.08
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CLN3-219ENST00000565778 SMARCA4P51532 1647 aa39.55■■■■□ 3.92
CLN3-219ENST00000565778 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa39.54■■■■□ 3.92
CLN3-219ENST00000565778 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP39.46■■■■□ 3.91
CLN3-219ENST00000565778 SMARCA2P51531 1590 aa39.43■■■■□ 3.9
CLN3-219ENST00000565778 HMGXB3Q12766 1538 aa39.26■■■■□ 3.88
CLN3-219ENST00000565778 MROH2BQ7Z745 1585 aa39.24■■■■□ 3.87
CLN3-219ENST00000565778 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP39.19■■■■□ 3.86
CLN3-219ENST00000565778 PEG3Q9GZU2 1588 aa39.12■■■■□ 3.85
CLN3-219ENST00000565778 ERCC6Q03468 1493 aa38.91■■■■□ 3.82
CLN3-219ENST00000565778 NESP48681 1621 aa38.83■■■■□ 3.81
CLN3-219ENST00000565778 WIZO95785 1651 aa38.77■■■■□ 3.8
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CLN3-219ENST00000565778 CUX2O14529 1486 aa38.6■■■■□ 3.77
CLN3-219ENST00000565778 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa38.58■■■■□ 3.77
CLN3-219ENST00000565778 CADPSQ9ULU8 1353 aa38.47■■■■□ 3.75
CLN3-219ENST00000565778 PDS5BQ9NTI5 1447 aa38.45■■■■□ 3.75
CLN3-219ENST00000565778 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP38.28■■■■□ 3.72
CLN3-219ENST00000565778 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa38.23■■■■□ 3.71
CLN3-219ENST00000565778 THOC2Q8NI27 1593 aaKnown RBP38.21■■■■□ 3.71
CLN3-219ENST00000565778 DNAJC5Q9H3Z4 198 aa38.18■■■■□ 3.7
CLN3-219ENST00000565778 CFTRP13569 1480 aa38.07■■■■□ 3.68
CLN3-219ENST00000565778 MRC2Q9UBG0 1479 aa38.02■■■■□ 3.68
CLN3-219ENST00000565778 FANCD2Q9BXW9 1451 aa38■■■■□ 3.67
CLN3-219ENST00000565778 CEP164Q9UPV0 1460 aa37.98■■■■□ 3.67
CLN3-219ENST00000565778 CCDC88BA6NC98 1476 aa37.94■■■■□ 3.66
CLN3-219ENST00000565778 WDR62O43379 1518 aa37.85■■■■□ 3.65
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CLN3-219ENST00000565778 PRDM2Q13029 1718 aa37.55■■■■□ 3.6
CLN3-219ENST00000565778 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP37.48■■■■□ 3.59
CLN3-219ENST00000565778 TOPBP1Q92547 1522 aa37.3■■■■□ 3.56
CLN3-219ENST00000565778 ABCC8Q09428 1581 aa37.29■■■■□ 3.56
CLN3-219ENST00000565778 IFT140Q96RY7 1462 aa37.21■■■■□ 3.55
CLN3-219ENST00000565778 DNMBPQ6XZF7 1577 aa37.17■■■■□ 3.54
CLN3-219ENST00000565778 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP37.1■■■■□ 3.53
CLN3-219ENST00000565778 OSCARQ8IYS5 282 aa37.1■■■■□ 3.53
CLN3-219ENST00000565778 POLA1P09884 1462 aaPredicted RBP36.94■■■■□ 3.5
CLN3-219ENST00000565778 SOGA1O94964 1423 aa36.9■■■■□ 3.5
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CLN3-219ENST00000565778 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa36.86■■■■□ 3.49
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CLN3-219ENST00000565778 CUX1P39880 1505 aa36.82■■■■□ 3.48
CLN3-219ENST00000565778 FGD5Q6ZNL6 1462 aa36.8■■■■□ 3.48
CLN3-219ENST00000565778 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP36.78■■■■□ 3.48
CLN3-219ENST00000565778 TRIM41Q8WV44 630 aa36.77■■■■□ 3.48
CLN3-219ENST00000565778 FBLN2P98095 1184 aa36.7■■■■□ 3.47
CLN3-219ENST00000565778 WDR97A6NE52 1622 aa36.5■■■■□ 3.43
CLN3-219ENST00000565778 CHMP7Q8WUX9 453 aaPredicted RBP36.47■■■■□ 3.43
CLN3-219ENST00000565778 CHD1O14646 1710 aa36.46■■■■□ 3.43
CLN3-219ENST00000565778 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa36.46■■■■□ 3.43
CLN3-219ENST00000565778 GRIN2BQ13224 1484 aa36.45■■■■□ 3.43
CLN3-219ENST00000565778 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP36.45■■■■□ 3.43
CLN3-219ENST00000565778 GAPVD1Q14C86 1478 aa36.4■■■■□ 3.42
CLN3-219ENST00000565778 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa36.39■■■■□ 3.42
CLN3-219ENST00000565778 MAGI1Q96QZ7 1491 aaPredicted RBP36.37■■■■□ 3.41
CLN3-219ENST00000565778 RIMBP3CA6NJZ7 1639 aa36.36■■■■□ 3.41
CLN3-219ENST00000565778 RIMBP3BA6NNM3 1639 aa36.36■■■■□ 3.41
CLN3-219ENST00000565778 RIMBP3Q9UFD9 1639 aa36.36■■■■□ 3.41
CLN3-219ENST00000565778 TOP2BQ02880 1626 aa36.34■■■■□ 3.41
CLN3-219ENST00000565778 ARHGEF11O15085 1522 aa36.32■■■■□ 3.4
CLN3-219ENST00000565778 SYNJ1O43426 1573 aa36.3■■■■□ 3.4
CLN3-219ENST00000565778 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa36.29■■■■□ 3.4
CLN3-219ENST00000565778 SYNJ2O15056 1496 aa36.26■■■■□ 3.4
CLN3-219ENST00000565778 CYB5RLQ6IPT4 315 aa36.22■■■■□ 3.39
CLN3-219ENST00000565778 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa36.22■■■■□ 3.39
CLN3-219ENST00000565778 PBRM1Q86U86 1689 aa36.21■■■■□ 3.39
CLN3-219ENST00000565778 CLASP1Q7Z460 1538 aa36.07■■■■□ 3.36
CLN3-219ENST00000565778 ARAP1Q96P48 1450 aa35.99■■■■□ 3.35
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CLN3-219ENST00000565778 ERICH3Q5RHP9 1530 aa35.93■■■■□ 3.34
CLN3-219ENST00000565778 ADAMTS12P58397 1594 aa35.92■■■■□ 3.34
CLN3-219ENST00000565778 NUP160Q12769 1436 aa35.8■■■■□ 3.32
CLN3-219ENST00000565778 CEP170Q5SW79 1584 aa35.76■■■■□ 3.32
CLN3-219ENST00000565778 KIF27Q86VH2 1401 aa35.74■■■■□ 3.31
CLN3-219ENST00000565778 TRHP20396 242 aaPredicted RBP35.71■■■■□ 3.31
CLN3-219ENST00000565778 IGF1RP08069 1367 aa35.7■■■■□ 3.31
CLN3-219ENST00000565778 JPH4Q96JJ6 628 aa35.62■■■■□ 3.29
CLN3-219ENST00000565778 ERCC6L2Q5T890 1561 aa35.59■■■■□ 3.29
CLN3-219ENST00000565778 PRG4Q92954 1404 aaPredicted RBP35.51■■■■□ 3.28
CLN3-219ENST00000565778 SHROOM2Q13796 1616 aa35.51■■■■□ 3.28
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