RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000564574.5

CLN3-212, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 2

Gene CLN3, Length 1,159 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-212ENST00000564574 NISCHQ9Y2I1 1504 aa48.81■■■■■ 5.4
CLN3-212ENST00000564574 CCDC180Q9P1Z9 1646 aa43.17■■■■■ 4.5
CLN3-212ENST00000564574 ABCC9O60706 1549 aa41.38■■■■■ 4.21
CLN3-212ENST00000564574 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP40.83■■■■■ 4.13
CLN3-212ENST00000564574 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa40.48■■■■■ 4.07
CLN3-212ENST00000564574 MYO15BQ96JP2 1530 aa40.39■■■■■ 4.06
CLN3-212ENST00000564574 NACADO15069 1562 aa40.36■■■■■ 4.05
CLN3-212ENST00000564574 DCAF8L2P0C7V8 631 aa40.35■■■■■ 4.05
CLN3-212ENST00000564574 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa40.23■■■■■ 4.03
CLN3-212ENST00000564574 UNC13AQ9UPW8 1703 aa39.36■■■■□ 3.89
CLN3-212ENST00000564574 SCRIBQ14160 1630 aa39.34■■■■□ 3.89
CLN3-212ENST00000564574 BICRAQ9NZM4 1560 aa38.94■■■■□ 3.82
CLN3-212ENST00000564574 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa38.87■■■■□ 3.81
CLN3-212ENST00000564574 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP38.73■■■■□ 3.79
CLN3-212ENST00000564574 DNAJC5BQ9UF47 199 aa38.35■■■■□ 3.73
CLN3-212ENST00000564574 CECR2Q9BXF3 1484 aa37.88■■■■□ 3.65
CLN3-212ENST00000564574 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP37.86■■■■□ 3.65
CLN3-212ENST00000564574 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP37.81■■■■□ 3.64
CLN3-212ENST00000564574 SMARCA4P51532 1647 aa37.75■■■■□ 3.63
CLN3-212ENST00000564574 MROH2BQ7Z745 1585 aa37.59■■■■□ 3.61
CLN3-212ENST00000564574 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa37.52■■■■□ 3.6
CLN3-212ENST00000564574 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP37.43■■■■□ 3.58
CLN3-212ENST00000564574 PEG3Q9GZU2 1588 aa37.39■■■■□ 3.58
CLN3-212ENST00000564574 SMARCA2P51531 1590 aa37.35■■■■□ 3.57
CLN3-212ENST00000564574 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa37.31■■■■□ 3.56
CLN3-212ENST00000564574 WIZO95785 1651 aa37.26■■■■□ 3.56
CLN3-212ENST00000564574 NCAPD3P42695 1498 aa37.2■■■■□ 3.54
CLN3-212ENST00000564574 HMGXB3Q12766 1538 aa37.13■■■■□ 3.53
CLN3-212ENST00000564574 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP37.06■■■■□ 3.52
CLN3-212ENST00000564574 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP36.96■■■■□ 3.51
CLN3-212ENST00000564574 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP36.94■■■■□ 3.5
CLN3-212ENST00000564574 CCDC88BA6NC98 1476 aa36.44■■■■□ 3.42
CLN3-212ENST00000564574 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa36.15■■■■□ 3.38
CLN3-212ENST00000564574 CADPSQ9ULU8 1353 aa36.13■■■■□ 3.37
CLN3-212ENST00000564574 CFTRP13569 1480 aa36.09■■■■□ 3.37
CLN3-212ENST00000564574 PRDM2Q13029 1718 aa36.02■■■■□ 3.36
CLN3-212ENST00000564574 NESP48681 1621 aa36.01■■■■□ 3.36
CLN3-212ENST00000564574 PDS5BQ9NTI5 1447 aa35.83■■■■□ 3.33
CLN3-212ENST00000564574 FANCD2Q9BXW9 1451 aa35.72■■■■□ 3.31
CLN3-212ENST00000564574 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa35.71■■■■□ 3.31
CLN3-212ENST00000564574 ERCC6Q03468 1493 aa35.64■■■■□ 3.3
CLN3-212ENST00000564574 CEP164Q9UPV0 1460 aa35.62■■■■□ 3.29
CLN3-212ENST00000564574 MRC2Q9UBG0 1479 aa35.42■■■■□ 3.26
CLN3-212ENST00000564574 THOC2Q8NI27 1593 aaKnown RBP35.4■■■■□ 3.26
CLN3-212ENST00000564574 ABCC8Q09428 1581 aa35.34■■■■□ 3.25
CLN3-212ENST00000564574 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP35.31■■■■□ 3.24
CLN3-212ENST00000564574 DNMBPQ6XZF7 1577 aa35.3■■■■□ 3.24
CLN3-212ENST00000564574 WDR62O43379 1518 aa35.3■■■■□ 3.24
CLN3-212ENST00000564574 CUX2O14529 1486 aa35.29■■■■□ 3.24
CLN3-212ENST00000564574 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP35.29■■■■□ 3.24
CLN3-212ENST00000564574 TOPBP1Q92547 1522 aa35.24■■■■□ 3.23
CLN3-212ENST00000564574 CUX1P39880 1505 aa35.23■■■■□ 3.23
CLN3-212ENST00000564574 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa35.2■■■■□ 3.23
CLN3-212ENST00000564574 TOP2BQ02880 1626 aa35.18■■■■□ 3.22
CLN3-212ENST00000564574 SYNJ1O43426 1573 aa35.17■■■■□ 3.22
CLN3-212ENST00000564574 DNAJC5Q9H3Z4 198 aa35.1■■■■□ 3.21
CLN3-212ENST00000564574 FGD5Q6ZNL6 1462 aa35.01■■■■□ 3.19
CLN3-212ENST00000564574 POLA1P09884 1462 aaPredicted RBP34.98■■■■□ 3.19
CLN3-212ENST00000564574 CHIC1Q5VXU3 224 aa34.96■■■■□ 3.19
CLN3-212ENST00000564574 TRIM41Q8WV44 630 aa34.92■■■■□ 3.18
CLN3-212ENST00000564574 IFT140Q96RY7 1462 aa34.86■■■■□ 3.17
CLN3-212ENST00000564574 SOGA1O94964 1423 aa34.84■■■■□ 3.17
CLN3-212ENST00000564574 TARBP1Q13395 1621 aaKnown RBP34.82■■■■□ 3.16
CLN3-212ENST00000564574 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa34.78■■■■□ 3.16
CLN3-212ENST00000564574 WDR97A6NE52 1622 aa34.77■■■■□ 3.16
CLN3-212ENST00000564574 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa34.73■■■■□ 3.15
CLN3-212ENST00000564574 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP34.56■■■■□ 3.12
CLN3-212ENST00000564574 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa34.55■■■■□ 3.12
CLN3-212ENST00000564574 EIF4G3O43432 1585 aaKnown RBP34.54■■■■□ 3.12
CLN3-212ENST00000564574 KIF27Q86VH2 1401 aa34.51■■■■□ 3.12
CLN3-212ENST00000564574 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP34.5■■■■□ 3.11
CLN3-212ENST00000564574 AQRO60306 1485 aaKnown RBP eCLIP34.46■■■■□ 3.116e-6■■■■□ 25.1
CLN3-212ENST00000564574 GAPVD1Q14C86 1478 aa34.46■■■■□ 3.11
CLN3-212ENST00000564574 PBRM1Q86U86 1689 aa34.43■■■■□ 3.1
CLN3-212ENST00000564574 EEA1Q15075 1411 aa34.39■■■■□ 3.1
CLN3-212ENST00000564574 GRIN2BQ13224 1484 aa34.38■■■■□ 3.09
CLN3-212ENST00000564574 ERICH3Q5RHP9 1530 aa34.35■■■■□ 3.09
CLN3-212ENST00000564574 RUSC2Q8N2Y8 1516 aa34.35■■■■□ 3.09
CLN3-212ENST00000564574 MAGI1Q96QZ7 1491 aaPredicted RBP34.23■■■■□ 3.07
CLN3-212ENST00000564574 IGF1RP08069 1367 aa34.23■■■■□ 3.07
CLN3-212ENST00000564574 CUL7Q14999 1698 aa34.22■■■■□ 3.07
CLN3-212ENST00000564574 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa34.2■■■■□ 3.07
CLN3-212ENST00000564574 ADAMTS12P58397 1594 aa34.16■■■■□ 3.06
CLN3-212ENST00000564574 CSRNP3Q8WYN3 585 aa34.14■■■■□ 3.06
CLN3-212ENST00000564574 FAM9AQ8IZU1 332 aaPredicted RBP34.12■■■■□ 3.05
CLN3-212ENST00000564574 FHAD1B1AJZ9 1412 aa34.11■■■■□ 3.05
CLN3-212ENST00000564574 CARMIL1Q5VZK9 1371 aa34.07■■■■□ 3.04
CLN3-212ENST00000564574 SYNJ2O15056 1496 aa34.07■■■■□ 3.04
CLN3-212ENST00000564574 PRXQ9BXM0 1461 aa34.02■■■■□ 3.04
CLN3-212ENST00000564574 CHD1O14646 1710 aa33.99■■■■□ 3.03
CLN3-212ENST00000564574 KIF21BO75037 1637 aa33.98■■■■□ 3.03
CLN3-212ENST00000564574 RAPGEF2Q9Y4G8 1499 aa33.97■■■■□ 3.03
CLN3-212ENST00000564574 CHMP7Q8WUX9 453 aaPredicted RBP33.94■■■■□ 3.02
CLN3-212ENST00000564574 GRIN2AQ12879 1464 aa33.93■■■■□ 3.02
CLN3-212ENST00000564574 FBLN2P98095 1184 aa33.87■■■■□ 3.01
CLN3-212ENST00000564574 GOLGA3Q08378 1498 aa33.8■■■■□ 3
CLN3-212ENST00000564574 NUP160Q12769 1436 aa33.75■■■□□ 2.99
CLN3-212ENST00000564574 CEP170Q5SW79 1584 aa33.73■■■□□ 2.99
CLN3-212ENST00000564574 OSCARQ8IYS5 282 aa33.73■■■□□ 2.99
CLN3-212ENST00000564574 CTTNBP2Q8WZ74 1663 aa33.7■■■□□ 2.99
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