RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000561668.5

PKD1-223, Transcript of polycystin 1, transient receptor potential channel interacting, human

TSL 3

Gene PKD1, Length 665 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PKD1-223	ENST00000561668	NISCH	Q9Y2I1	1504 aa		45.37	■■■■■ 4.85
PKD1-223	ENST00000561668	CCDC180	Q9P1Z9	1646 aa		40.4	■■■■■ 4.06
PKD1-223	ENST00000561668	ABCC9	O60706	1549 aa		39.86	■■■■□ 3.97
PKD1-223	ENST00000561668	DCAF8L2	P0C7V8	631 aa		38.3	■■■■□ 3.72
PKD1-223	ENST00000561668	RB1CC1	Q8TDY2	1594 aa		38.23	■■■■□ 3.71
PKD1-223	ENST00000561668	NACAD	O15069	1562 aa		38.11	■■■■□ 3.69
PKD1-223	ENST00000561668	MYO15B	Q96JP2	1530 aa		37.75	■■■■□ 3.63
PKD1-223	ENST00000561668	ZCCHC6	Q5VYS8	1495 aa	Known RBP	37.69	■■■■□ 3.62
PKD1-223	ENST00000561668	DCAF1	Q9Y4B6	1507 aa		37.51	■■■■□ 3.59
PKD1-223	ENST00000561668	PABPN1	Q86U42	306 aa	Known RBP eCLIP	37.28	■■■■□ 3.56
PKD1-223	ENST00000561668	UNC13A	Q9UPW8	1703 aa		37.24	■■■■□ 3.55
PKD1-223	ENST00000561668	BICRA	Q9NZM4	1560 aa		36.96	■■■■□ 3.51
PKD1-223	ENST00000561668	SCRIB	Q14160	1630 aa		36.88	■■■■□ 3.5
PKD1-223	ENST00000561668	DNAJC5B	Q9UF47	199 aa		36.79	■■■■□ 3.48
PKD1-223	ENST00000561668	SHROOM4	Q9ULL8	1493 aa		36.61	■■■■□ 3.45
PKD1-223	ENST00000561668	EIF4G1	Q04637	1599 aa	Known RBP	36.07	■■■■□ 3.37
PKD1-223	ENST00000561668	CC2D2A	Q9P2K1	1620 aa		36	■■■■□ 3.35
PKD1-223	ENST00000561668	CECR2	Q9BXF3	1484 aa		35.85	■■■■□ 3.33
PKD1-223	ENST00000561668	SMARCA4	P51532	1647 aa		35.24	■■■■□ 3.23
PKD1-223	ENST00000561668	BAZ1A	Q9NRL2	1556 aa	Predicted RBP	35.21	■■■■□ 3.23
PKD1-223	ENST00000561668	NCAPD3	P42695	1498 aa		35.17	■■■■□ 3.22
PKD1-223	ENST00000561668	ATAD2B	Q9ULI0	1458 aa		35.14	■■■■□ 3.22
PKD1-223	ENST00000561668	SMARCA2	P51531	1590 aa		35.11	■■■■□ 3.21
PKD1-223	ENST00000561668	MROH2B	Q7Z745	1585 aa		34.95	■■■■□ 3.18
PKD1-223	ENST00000561668	HMGXB3	Q12766	1538 aa		34.92	■■■■□ 3.18
PKD1-223	ENST00000561668	BAZ1B	Q9UIG0	1483 aa	Known RBP	34.88	■■■■□ 3.17
PKD1-223	ENST00000561668	PEG3	Q9GZU2	1588 aa		34.87	■■■■□ 3.17
PKD1-223	ENST00000561668	WIZ	O95785	1651 aa		34.57	■■■■□ 3.12
PKD1-223	ENST00000561668	RSF1	Q96T23	1441 aa	Predicted RBP	34.5	■■■■□ 3.11
PKD1-223	ENST00000561668	ERCC6	Q03468	1493 aa		34.44	■■■■□ 3.1
PKD1-223	ENST00000561668	NES	P48681	1621 aa		34.37	■■■■□ 3.09
PKD1-223	ENST00000561668	LAMC3	Q9Y6N6	1575 aa		34.28	■■■■□ 3.08
PKD1-223	ENST00000561668	CADPS	Q9ULU8	1353 aa		34.18	■■■■□ 3.06
PKD1-223	ENST00000561668	TOP2A	P11388	1531 aa	Known RBP	34.18	■■■■□ 3.06
PKD1-223	ENST00000561668	PDS5B	Q9NTI5	1447 aa		34.14	■■■■□ 3.06
PKD1-223	ENST00000561668	CUX2	O14529	1486 aa		34.08	■■■■□ 3.05
PKD1-223	ENST00000561668	KIF21A	Q7Z4S6	1674 aa		33.93	■■■■□ 3.02
PKD1-223	ENST00000561668	CFTR	P13569	1480 aa		33.87	■■■■□ 3.01
PKD1-223	ENST00000561668	THOC2	Q8NI27	1593 aa	Known RBP	33.83	■■■■□ 3.01
PKD1-223	ENST00000561668	CCDC88B	A6NC98	1476 aa		33.82	■■■■□ 3.01
PKD1-223	ENST00000561668	FANCD2	Q9BXW9	1451 aa		33.76	■■■■□ 3
PKD1-223	ENST00000561668	CEP164	Q9UPV0	1460 aa		33.75	■■■□□ 2.99
PKD1-223	ENST00000561668	MRC2	Q9UBG0	1479 aa		33.73	■■■□□ 2.99
PKD1-223	ENST00000561668	SUPT5H	O00267	1087 aa	Known RBP	33.63	■■■□□ 2.97
PKD1-223	ENST00000561668	WDR62	O43379	1518 aa		33.57	■■■□□ 2.96
PKD1-223	ENST00000561668	PRDM2	Q13029	1718 aa		33.53	■■■□□ 2.96
PKD1-223	ENST00000561668	DNAJC5	Q9H3Z4	198 aa		33.41	■■■□□ 2.94
PKD1-223	ENST00000561668	URB2	Q14146	1524 aa	Known RBP	33.38	■■■□□ 2.93
PKD1-223	ENST00000561668	ABCC8	Q09428	1581 aa		33.24	■■■□□ 2.91
PKD1-223	ENST00000561668	TOPBP1	Q92547	1522 aa		33.16	■■■□□ 2.9
PKD1-223	ENST00000561668	DNMBP	Q6XZF7	1577 aa		33.09	■■■□□ 2.89
PKD1-223	ENST00000561668	IFT140	Q96RY7	1462 aa		33.05	■■■□□ 2.88
PKD1-223	ENST00000561668	ZNF608	Q9ULD9	1512 aa	Predicted RBP	32.87	■■■□□ 2.85
PKD1-223	ENST00000561668	POLA1	P09884	1462 aa	Predicted RBP	32.86	■■■□□ 2.85
PKD1-223	ENST00000561668	SOGA1	O94964	1423 aa		32.82	■■■□□ 2.84
PKD1-223	ENST00000561668	CUX1	P39880	1505 aa		32.79	■■■□□ 2.84
PKD1-223	ENST00000561668	OSCAR	Q8IYS5	282 aa		32.79	■■■□□ 2.84
PKD1-223	ENST00000561668	TARBP1	Q13395	1621 aa	Known RBP	32.77	■■■□□ 2.84
PKD1-223	ENST00000561668	FGD5	Q6ZNL6	1462 aa		32.76	■■■□□ 2.84
PKD1-223	ENST00000561668	RAD54L2	Q9Y4B4	1467 aa		32.74	■■■□□ 2.83
PKD1-223	ENST00000561668	AQR	O60306	1485 aa	Known RBP eCLIP	32.72	■■■□□ 2.83	2e-8	■■■■■ 37.7
PKD1-223	ENST00000561668	EIF4G3	O43432	1585 aa	Known RBP	32.7	■■■□□ 2.83
PKD1-223	ENST00000561668	TDRD9	Q8NDG6	1382 aa	Known RBP	32.65	■■■□□ 2.82
PKD1-223	ENST00000561668	WRN	Q14191	1432 aa	Predicted RBP eCLIP	32.58	■■■□□ 2.81
PKD1-223	ENST00000561668	FBLN2	P98095	1184 aa		32.54	■■■□□ 2.8
PKD1-223	ENST00000561668	WDR97	A6NE52	1622 aa		32.53	■■■□□ 2.8
PKD1-223	ENST00000561668	TOP2B	Q02880	1626 aa		32.46	■■■□□ 2.79
PKD1-223	ENST00000561668	BIVM-ERCC5	R4GMW8	1640 aa		32.44	■■■□□ 2.78
PKD1-223	ENST00000561668	GRIN2B	Q13224	1484 aa		32.42	■■■□□ 2.78
PKD1-223	ENST00000561668	ABCA10	Q8WWZ4	1543 aa		32.41	■■■□□ 2.78
PKD1-223	ENST00000561668	SYNJ1	O43426	1573 aa		32.41	■■■□□ 2.78
PKD1-223	ENST00000561668	GAPVD1	Q14C86	1478 aa		32.4	■■■□□ 2.78
PKD1-223	ENST00000561668	CHMP7	Q8WUX9	453 aa	Predicted RBP	32.39	■■■□□ 2.78
PKD1-223	ENST00000561668	SNAPC4	Q5SXM2	1469 aa		32.37	■■■□□ 2.77
PKD1-223	ENST00000561668	CHD1	O14646	1710 aa		32.35	■■■□□ 2.77
PKD1-223	ENST00000561668	MAGI1	Q96QZ7	1491 aa	Predicted RBP	32.34	■■■□□ 2.77
PKD1-223	ENST00000561668	TRIM41	Q8WV44	630 aa		32.29	■■■□□ 2.76
PKD1-223	ENST00000561668	PBRM1	Q86U86	1689 aa		32.26	■■■□□ 2.75
PKD1-223	ENST00000561668	ABCA5	Q8WWZ7	1642 aa		32.25	■■■□□ 2.75
PKD1-223	ENST00000561668	SYNJ2	O15056	1496 aa		32.23	■■■□□ 2.75
PKD1-223	ENST00000561668	RIMBP3C	A6NJZ7	1639 aa		32.1	■■■□□ 2.73
PKD1-223	ENST00000561668	RIMBP3B	A6NNM3	1639 aa		32.1	■■■□□ 2.73
PKD1-223	ENST00000561668	RIMBP3	Q9UFD9	1639 aa		32.1	■■■□□ 2.73
PKD1-223	ENST00000561668	ARHGEF11	O15085	1522 aa		32.08	■■■□□ 2.73
PKD1-223	ENST00000561668	ERICH3	Q5RHP9	1530 aa		32.05	■■■□□ 2.72
PKD1-223	ENST00000561668	FHAD1	B1AJZ9	1412 aa		32.01	■■■□□ 2.72
PKD1-223	ENST00000561668	GRIN2A	Q12879	1464 aa		31.97	■■■□□ 2.71
PKD1-223	ENST00000561668	CYB5RL	Q6IPT4	315 aa		31.97	■■■□□ 2.71
PKD1-223	ENST00000561668	ADAMTS12	P58397	1594 aa		31.97	■■■□□ 2.71
PKD1-223	ENST00000561668	CLASP1	Q7Z460	1538 aa		31.96	■■■□□ 2.71
PKD1-223	ENST00000561668	KIF27	Q86VH2	1401 aa		31.96	■■■□□ 2.71
PKD1-223	ENST00000561668	IGF1R	P08069	1367 aa		31.82	■■■□□ 2.69
PKD1-223	ENST00000561668	NUP160	Q12769	1436 aa		31.81	■■■□□ 2.68
PKD1-223	ENST00000561668	ARAP1	Q96P48	1450 aa		31.78	■■■□□ 2.68
PKD1-223	ENST00000561668	CEP170	Q5SW79	1584 aa		31.77	■■■□□ 2.68
PKD1-223	ENST00000561668	CUL7	Q14999	1698 aa		31.7	■■■□□ 2.66
PKD1-223	ENST00000561668	CARMIL1	Q5VZK9	1371 aa		31.67	■■■□□ 2.66
PKD1-223	ENST00000561668	JPH4	Q96JJ6	628 aa		31.64	■■■□□ 2.66
PKD1-223	ENST00000561668	SHROOM2	Q13796	1616 aa		31.56	■■■□□ 2.64
PKD1-223	ENST00000561668	PRG4	Q92954	1404 aa	Predicted RBP	31.54	■■■□□ 2.64

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