RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000561187.1

SNRPA1-215, Transcript of small nuclear ribonucleoprotein polypeptide A', humanhuman

TSL 2

Gene SNRPA1, Length 509 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytosol .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SNRPA1-215ENST00000561187 NISCHQ9Y2I1 1504 aa67.56■■■■■ 8.41
SNRPA1-215ENST00000561187 ABCC9O60706 1549 aa60.56■■■■■ 7.28
SNRPA1-215ENST00000561187 CCDC180Q9P1Z9 1646 aa60.52■■■■■ 7.28
SNRPA1-215ENST00000561187 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa57.56■■■■■ 6.8
SNRPA1-215ENST00000561187 NACADO15069 1562 aa57.15■■■■■ 6.74
SNRPA1-215ENST00000561187 DCAF8L2P0C7V8 631 aa57.14■■■■■ 6.74
SNRPA1-215ENST00000561187 DNAJC5BQ9UF47 199 aa56.59■■■■■ 6.65
SNRPA1-215ENST00000561187 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP56.41■■■■■ 6.62
SNRPA1-215ENST00000561187 UNC13AQ9UPW8 1703 aa56.35■■■■■ 6.61
SNRPA1-215ENST00000561187 MYO15BQ96JP2 1530 aa56.3■■■■■ 6.6
SNRPA1-215ENST00000561187 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP56.06■■■■■ 6.56
SNRPA1-215ENST00000561187 BICRAQ9NZM4 1560 aa55.91■■■■■ 6.54
SNRPA1-215ENST00000561187 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa55.68■■■■■ 6.5
SNRPA1-215ENST00000561187 SCRIBQ14160 1630 aa55.38■■■■■ 6.46
SNRPA1-215ENST00000561187 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa55■■■■■ 6.4
SNRPA1-215ENST00000561187 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa54.64■■■■■ 6.34
SNRPA1-215ENST00000561187 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP54.55■■■■■ 6.32
SNRPA1-215ENST00000561187 CECR2Q9BXF3 1484 aa54.46■■■■■ 6.31
SNRPA1-215ENST00000561187 NCAPD3P42695 1498 aa52.74■■■■■ 6.03
SNRPA1-215ENST00000561187 SMARCA4P51532 1647 aa52.73■■■■■ 6.03
SNRPA1-215ENST00000561187 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa52.69■■■■■ 6.03
SNRPA1-215ENST00000561187 SMARCA2P51531 1590 aa52.53■■■■■ 6
SNRPA1-215ENST00000561187 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP52.43■■■■■ 5.98
SNRPA1-215ENST00000561187 HMGXB3Q12766 1538 aa52.42■■■■■ 5.98
SNRPA1-215ENST00000561187 ERCC6Q03468 1493 aa52.25■■■■■ 5.96
SNRPA1-215ENST00000561187 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP52.24■■■■■ 5.95
SNRPA1-215ENST00000561187 MROH2BQ7Z745 1585 aa52.14■■■■■ 5.94
SNRPA1-215ENST00000561187 PEG3Q9GZU2 1588 aa52.08■■■■■ 5.93
SNRPA1-215ENST00000561187 NESP48681 1621 aa52.07■■■■■ 5.93
SNRPA1-215ENST00000561187 CUX2O14529 1486 aa51.96■■■■■ 5.91
SNRPA1-215ENST00000561187 DNAJC5Q9H3Z4 198 aa51.71■■■■■ 5.87
SNRPA1-215ENST00000561187 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa51.57■■■■■ 5.85
SNRPA1-215ENST00000561187 WIZO95785 1651 aa51.56■■■■■ 5.84
SNRPA1-215ENST00000561187 THOC2Q8NI27 1593 aaKnown RBP51.45■■■■■ 5.83
SNRPA1-215ENST00000561187 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa51.39■■■■■ 5.82
SNRPA1-215ENST00000561187 PDS5BQ9NTI5 1447 aa51.27■■■■■ 5.8
SNRPA1-215ENST00000561187 CADPSQ9ULU8 1353 aa51.19■■■■■ 5.79
SNRPA1-215ENST00000561187 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP51.06■■■■■ 5.76
SNRPA1-215ENST00000561187 MRC2Q9UBG0 1479 aa50.89■■■■■ 5.74
SNRPA1-215ENST00000561187 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP50.86■■■■■ 5.73
SNRPA1-215ENST00000561187 WDR62O43379 1518 aa50.74■■■■■ 5.71
SNRPA1-215ENST00000561187 CEP164Q9UPV0 1460 aa50.73■■■■■ 5.71
SNRPA1-215ENST00000561187 FANCD2Q9BXW9 1451 aa50.7■■■■■ 5.71
SNRPA1-215ENST00000561187 CFTRP13569 1480 aa50.65■■■■■ 5.7
SNRPA1-215ENST00000561187 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP50.29■■■■■ 5.64
SNRPA1-215ENST00000561187 CCDC88BA6NC98 1476 aa50.28■■■■■ 5.64
SNRPA1-215ENST00000561187 PRDM2Q13029 1718 aa50.2■■■■■ 5.63
SNRPA1-215ENST00000561187 TRIM41Q8WV44 630 aa49.76■■■■■ 5.56
SNRPA1-215ENST00000561187 TOPBP1Q92547 1522 aa49.75■■■■■ 5.56
SNRPA1-215ENST00000561187 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP49.67■■■■■ 5.54
SNRPA1-215ENST00000561187 IFT140Q96RY7 1462 aa49.66■■■■■ 5.54
SNRPA1-215ENST00000561187 OSCARQ8IYS5 282 aa49.6■■■■■ 5.53
SNRPA1-215ENST00000561187 DNMBPQ6XZF7 1577 aa49.57■■■■■ 5.53
SNRPA1-215ENST00000561187 ABCC8Q09428 1581 aa49.5■■■■■ 5.52
SNRPA1-215ENST00000561187 EIF4G3O43432 1585 aaKnown RBP49.41■■■■■ 5.5
SNRPA1-215ENST00000561187 TARBP1Q13395 1621 aaKnown RBP49.27■■■■■ 5.48
SNRPA1-215ENST00000561187 POLA1P09884 1462 aaPredicted RBP49.26■■■■■ 5.48
SNRPA1-215ENST00000561187 AQRO60306 1485 aaKnown RBP eCLIP49.23■■■■■ 5.472e-6■■■□□ 18.3
SNRPA1-215ENST00000561187 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa49.14■■■■■ 5.46
SNRPA1-215ENST00000561187 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP49.1■■■■■ 5.45
SNRPA1-215ENST00000561187 RIMBP3CA6NJZ7 1639 aa49.07■■■■■ 5.45
SNRPA1-215ENST00000561187 RIMBP3BA6NNM3 1639 aa49.07■■■■■ 5.45
SNRPA1-215ENST00000561187 RIMBP3Q9UFD9 1639 aa49.07■■■■■ 5.45
SNRPA1-215ENST00000561187 CHD1O14646 1710 aa49.03■■■■■ 5.44
SNRPA1-215ENST00000561187 FGD5Q6ZNL6 1462 aa49.01■■■■■ 5.44
SNRPA1-215ENST00000561187 SOGA1O94964 1423 aa49■■■■■ 5.44
SNRPA1-215ENST00000561187 CUX1P39880 1505 aa48.99■■■■■ 5.43
SNRPA1-215ENST00000561187 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP48.95■■■■■ 5.43
SNRPA1-215ENST00000561187 FBLN2P98095 1184 aa48.93■■■■■ 5.42
SNRPA1-215ENST00000561187 ARHGEF11O15085 1522 aa48.92■■■■■ 5.42
SNRPA1-215ENST00000561187 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa48.75■■■■■ 5.4
SNRPA1-215ENST00000561187 WDR97A6NE52 1622 aa48.66■■■■■ 5.38
SNRPA1-215ENST00000561187 GRIN2BQ13224 1484 aa48.55■■■■■ 5.36
SNRPA1-215ENST00000561187 CYB5RLQ6IPT4 315 aa48.55■■■■■ 5.36
SNRPA1-215ENST00000561187 MAGI1Q96QZ7 1491 aaPredicted RBP48.52■■■■■ 5.36
SNRPA1-215ENST00000561187 CHMP7Q8WUX9 453 aaPredicted RBP48.49■■■■■ 5.35
SNRPA1-215ENST00000561187 ARAP1Q96P48 1450 aa48.47■■■■■ 5.35
SNRPA1-215ENST00000561187 PBRM1Q86U86 1689 aa48.47■■■■■ 5.35
SNRPA1-215ENST00000561187 GAPVD1Q14C86 1478 aa48.42■■■■■ 5.34
SNRPA1-215ENST00000561187 CLASP1Q7Z460 1538 aa48.38■■■■■ 5.34
SNRPA1-215ENST00000561187 SYNJ1O43426 1573 aa48.38■■■■■ 5.33
SNRPA1-215ENST00000561187 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa48.37■■■■■ 5.33
SNRPA1-215ENST00000561187 SYNJ2O15056 1496 aa48.37■■■■■ 5.33
SNRPA1-215ENST00000561187 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa48.34■■■■■ 5.33
SNRPA1-215ENST00000561187 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP48.22■■■■■ 5.31
SNRPA1-215ENST00000561187 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa48.19■■■■■ 5.31
SNRPA1-215ENST00000561187 TOP2BQ02880 1626 aa48.18■■■■■ 5.3
SNRPA1-215ENST00000561187 TRHP20396 242 aaPredicted RBP48.01■■■■■ 5.28
SNRPA1-215ENST00000561187 ADAMTS12P58397 1594 aa48■■■■■ 5.28
SNRPA1-215ENST00000561187 GRIN2AQ12879 1464 aa47.96■■■■■ 5.27
SNRPA1-215ENST00000561187 CEP170Q5SW79 1584 aa47.83■■■■■ 5.25
SNRPA1-215ENST00000561187 FHAD1B1AJZ9 1412 aa47.79■■■■■ 5.24
SNRPA1-215ENST00000561187 ERCC6L2Q5T890 1561 aa47.76■■■■■ 5.24
SNRPA1-215ENST00000561187 ERICH3Q5RHP9 1530 aa47.75■■■■■ 5.23
SNRPA1-215ENST00000561187 NUP160Q12769 1436 aa47.74■■■■■ 5.23
SNRPA1-215ENST00000561187 SHROOM2Q13796 1616 aa47.52■■■■■ 5.2
SNRPA1-215ENST00000561187 PRG4Q92954 1404 aaPredicted RBP47.34■■■■■ 5.17
SNRPA1-215ENST00000561187 RUSC2Q8N2Y8 1516 aa47.32■■■■■ 5.17
SNRPA1-215ENST00000561187 KIF27Q86VH2 1401 aa47.24■■■■■ 5.15
SNRPA1-215ENST00000561187 JPH4Q96JJ6 628 aa47.24■■■■■ 5.15
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 119.7 ms