RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000559373.1

TSPAN3-206, Transcript of tetraspanin 3, humanhuman

TSL 3

Gene TSPAN3, Length 393 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TSPAN3-206ENST00000559373 NISCHQ9Y2I1 1504 aa51.15■■■■■ 5.78
TSPAN3-206ENST00000559373 CCDC180Q9P1Z9 1646 aa45.85■■■■■ 4.93
TSPAN3-206ENST00000559373 ABCC9O60706 1549 aa45.78■■■■■ 4.92
TSPAN3-206ENST00000559373 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa43.54■■■■■ 4.56
TSPAN3-206ENST00000559373 DCAF8L2P0C7V8 631 aa43.3■■■■■ 4.52
TSPAN3-206ENST00000559373 NACADO15069 1562 aa43.23■■■■■ 4.51
TSPAN3-206ENST00000559373 UNC13AQ9UPW8 1703 aa42.86■■■■■ 4.45
TSPAN3-206ENST00000559373 DNAJC5BQ9UF47 199 aa42.8■■■■■ 4.44
TSPAN3-206ENST00000559373 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP42.68■■■■■ 4.42
TSPAN3-206ENST00000559373 MYO15BQ96JP2 1530 aa42.54■■■■■ 4.4
TSPAN3-206ENST00000559373 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP42.4■■■■■ 4.38
TSPAN3-206ENST00000559373 BICRAQ9NZM4 1560 aa42.35■■■■■ 4.37
TSPAN3-206ENST00000559373 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa42.12■■■■■ 4.33
TSPAN3-206ENST00000559373 SCRIBQ14160 1630 aa41.94■■■■■ 4.3
TSPAN3-206ENST00000559373 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa41.48■■■■■ 4.23
TSPAN3-206ENST00000559373 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa41.36■■■■■ 4.21
TSPAN3-206ENST00000559373 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP41.25■■■■■ 4.19
TSPAN3-206ENST00000559373 CECR2Q9BXF3 1484 aa41.13■■■■■ 4.17
TSPAN3-206ENST00000559373 SMARCA4P51532 1647 aa39.94■■■■□ 3.98
TSPAN3-206ENST00000559373 NCAPD3P42695 1498 aa39.87■■■■□ 3.97
TSPAN3-206ENST00000559373 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa39.85■■■■□ 3.97
TSPAN3-206ENST00000559373 SMARCA2P51531 1590 aa39.72■■■■□ 3.95
TSPAN3-206ENST00000559373 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP39.67■■■■□ 3.94
TSPAN3-206ENST00000559373 HMGXB3Q12766 1538 aa39.62■■■■□ 3.93
TSPAN3-206ENST00000559373 MROH2BQ7Z745 1585 aa39.5■■■■□ 3.91
TSPAN3-206ENST00000559373 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP39.49■■■■□ 3.91
TSPAN3-206ENST00000559373 ERCC6Q03468 1493 aa39.45■■■■□ 3.91
TSPAN3-206ENST00000559373 NESP48681 1621 aa39.42■■■■□ 3.9
TSPAN3-206ENST00000559373 PEG3Q9GZU2 1588 aa39.42■■■■□ 3.9
TSPAN3-206ENST00000559373 CUX2O14529 1486 aa39.2■■■■□ 3.87
TSPAN3-206ENST00000559373 WIZO95785 1651 aa39.15■■■■□ 3.86
TSPAN3-206ENST00000559373 DNAJC5Q9H3Z4 198 aa39.03■■■■□ 3.84
TSPAN3-206ENST00000559373 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa39.02■■■■□ 3.84
TSPAN3-206ENST00000559373 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa39■■■■□ 3.83
TSPAN3-206ENST00000559373 THOC2Q8NI27 1593 aaKnown RBP38.92■■■■□ 3.82
TSPAN3-206ENST00000559373 PDS5BQ9NTI5 1447 aa38.72■■■■□ 3.79
TSPAN3-206ENST00000559373 CADPSQ9ULU8 1353 aa38.7■■■■□ 3.78
TSPAN3-206ENST00000559373 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP38.67■■■■□ 3.78
TSPAN3-206ENST00000559373 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP38.48■■■■□ 3.75
TSPAN3-206ENST00000559373 MRC2Q9UBG0 1479 aa38.44■■■■□ 3.74
TSPAN3-206ENST00000559373 CEP164Q9UPV0 1460 aa38.35■■■■□ 3.73
TSPAN3-206ENST00000559373 WDR62O43379 1518 aa38.34■■■■□ 3.73
TSPAN3-206ENST00000559373 FANCD2Q9BXW9 1451 aa38.33■■■■□ 3.73
TSPAN3-206ENST00000559373 CFTRP13569 1480 aa38.29■■■■□ 3.72
TSPAN3-206ENST00000559373 PRDM2Q13029 1718 aa38.18■■■■□ 3.7
TSPAN3-206ENST00000559373 CCDC88BA6NC98 1476 aa38.09■■■■□ 3.69
TSPAN3-206ENST00000559373 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP38.04■■■■□ 3.68
TSPAN3-206ENST00000559373 TOPBP1Q92547 1522 aa37.64■■■■□ 3.62
TSPAN3-206ENST00000559373 TRIM41Q8WV44 630 aa37.59■■■■□ 3.61
TSPAN3-206ENST00000559373 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP37.57■■■■□ 3.61
TSPAN3-206ENST00000559373 IFT140Q96RY7 1462 aa37.51■■■■□ 3.59
TSPAN3-206ENST00000559373 DNMBPQ6XZF7 1577 aa37.51■■■■□ 3.59
TSPAN3-206ENST00000559373 OSCARQ8IYS5 282 aa37.5■■■■□ 3.59
TSPAN3-206ENST00000559373 ABCC8Q09428 1581 aa37.43■■■■□ 3.58
TSPAN3-206ENST00000559373 EIF4G3O43432 1585 aaKnown RBP37.38■■■■□ 3.58
TSPAN3-206ENST00000559373 TARBP1Q13395 1621 aaKnown RBP37.33■■■■□ 3.57
TSPAN3-206ENST00000559373 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP37.26■■■■□ 3.56
TSPAN3-206ENST00000559373 AQRO60306 1485 aaKnown RBP eCLIP37.25■■■■□ 3.55
TSPAN3-206ENST00000559373 POLA1P09884 1462 aaPredicted RBP37.25■■■■□ 3.55
TSPAN3-206ENST00000559373 CHD1O14646 1710 aa37.22■■■■□ 3.55
TSPAN3-206ENST00000559373 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa37.2■■■■□ 3.54
TSPAN3-206ENST00000559373 RIMBP3CA6NJZ7 1639 aa37.14■■■■□ 3.54
TSPAN3-206ENST00000559373 RIMBP3BA6NNM3 1639 aa37.14■■■■□ 3.54
TSPAN3-206ENST00000559373 RIMBP3Q9UFD9 1639 aa37.14■■■■□ 3.54
TSPAN3-206ENST00000559373 CUX1P39880 1505 aa37.1■■■■□ 3.53
TSPAN3-206ENST00000559373 SOGA1O94964 1423 aa37.08■■■■□ 3.53
TSPAN3-206ENST00000559373 FGD5Q6ZNL6 1462 aa37.07■■■■□ 3.53
TSPAN3-206ENST00000559373 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP37.04■■■■□ 3.52
TSPAN3-206ENST00000559373 FBLN2P98095 1184 aa37.01■■■■□ 3.52
TSPAN3-206ENST00000559373 ARHGEF11O15085 1522 aa36.95■■■■□ 3.5
TSPAN3-206ENST00000559373 WDR97A6NE52 1622 aa36.87■■■■□ 3.49
TSPAN3-206ENST00000559373 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa36.85■■■■□ 3.49
TSPAN3-206ENST00000559373 PBRM1Q86U86 1689 aa36.79■■■■□ 3.48
TSPAN3-206ENST00000559373 CYB5RLQ6IPT4 315 aa36.72■■■■□ 3.47
TSPAN3-206ENST00000559373 GRIN2BQ13224 1484 aa36.69■■■■□ 3.46
TSPAN3-206ENST00000559373 CHMP7Q8WUX9 453 aaPredicted RBP36.66■■■■□ 3.46
TSPAN3-206ENST00000559373 MAGI1Q96QZ7 1491 aaPredicted RBP36.65■■■■□ 3.46
TSPAN3-206ENST00000559373 GAPVD1Q14C86 1478 aa36.64■■■■□ 3.46
TSPAN3-206ENST00000559373 ARAP1Q96P48 1450 aa36.61■■■■□ 3.45
TSPAN3-206ENST00000559373 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa36.6■■■■□ 3.45
TSPAN3-206ENST00000559373 CLASP1Q7Z460 1538 aa36.58■■■■□ 3.45
TSPAN3-206ENST00000559373 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa36.58■■■■□ 3.45
TSPAN3-206ENST00000559373 SYNJ1O43426 1573 aa36.57■■■■□ 3.44
TSPAN3-206ENST00000559373 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa36.56■■■■□ 3.44
TSPAN3-206ENST00000559373 SYNJ2O15056 1496 aa36.56■■■■□ 3.44
TSPAN3-206ENST00000559373 TOP2BQ02880 1626 aa36.52■■■■□ 3.44
TSPAN3-206ENST00000559373 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP36.46■■■■□ 3.43
TSPAN3-206ENST00000559373 ADAMTS12P58397 1594 aa36.31■■■■□ 3.4
TSPAN3-206ENST00000559373 TRHP20396 242 aaPredicted RBP36.27■■■■□ 3.4
TSPAN3-206ENST00000559373 GRIN2AQ12879 1464 aa36.26■■■■□ 3.4
TSPAN3-206ENST00000559373 CEP170Q5SW79 1584 aa36.21■■■■□ 3.39
TSPAN3-206ENST00000559373 ERCC6L2Q5T890 1561 aa36.17■■■■□ 3.38
TSPAN3-206ENST00000559373 ERICH3Q5RHP9 1530 aa36.13■■■■□ 3.37
TSPAN3-206ENST00000559373 FHAD1B1AJZ9 1412 aa36.11■■■■□ 3.37
TSPAN3-206ENST00000559373 NUP160Q12769 1436 aa36.08■■■■□ 3.37
TSPAN3-206ENST00000559373 SHROOM2Q13796 1616 aa35.98■■■■□ 3.35
TSPAN3-206ENST00000559373 RUSC2Q8N2Y8 1516 aa35.8■■■■□ 3.32
TSPAN3-206ENST00000559373 PRG4Q92954 1404 aaPredicted RBP35.79■■■■□ 3.32
TSPAN3-206ENST00000559373 JPH4Q96JJ6 628 aa35.76■■■■□ 3.32
TSPAN3-206ENST00000559373 KIF27Q86VH2 1401 aa35.74■■■■□ 3.31
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 45.3 ms