RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000558394.5

TSPAN3-204, Transcript of tetraspanin 3, humanhuman

TSL 4

Gene TSPAN3, Length 550 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TSPAN3-204ENST00000558394 NISCHQ9Y2I1 1504 aa45.21■■■■■ 4.83
TSPAN3-204ENST00000558394 ABCC9O60706 1549 aa41.38■■■■■ 4.21
TSPAN3-204ENST00000558394 CCDC180Q9P1Z9 1646 aa40.84■■■■■ 4.13
TSPAN3-204ENST00000558394 DNAJC5BQ9UF47 199 aa39.21■■■■□ 3.87
TSPAN3-204ENST00000558394 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa39.17■■■■□ 3.86
TSPAN3-204ENST00000558394 NACADO15069 1562 aa38.74■■■■□ 3.79
TSPAN3-204ENST00000558394 DCAF8L2P0C7V8 631 aa38.56■■■■□ 3.76
TSPAN3-204ENST00000558394 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP38.44■■■■□ 3.74
TSPAN3-204ENST00000558394 UNC13AQ9UPW8 1703 aa38.23■■■■□ 3.71
TSPAN3-204ENST00000558394 MYO15BQ96JP2 1530 aa37.97■■■■□ 3.67
TSPAN3-204ENST00000558394 BICRAQ9NZM4 1560 aa37.93■■■■□ 3.66
TSPAN3-204ENST00000558394 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa37.45■■■■□ 3.59
TSPAN3-204ENST00000558394 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa37.34■■■■□ 3.57
TSPAN3-204ENST00000558394 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP37.33■■■■□ 3.57
TSPAN3-204ENST00000558394 CECR2Q9BXF3 1484 aa37.33■■■■□ 3.57
TSPAN3-204ENST00000558394 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa37.29■■■■□ 3.56
TSPAN3-204ENST00000558394 SCRIBQ14160 1630 aa37.19■■■■□ 3.54
TSPAN3-204ENST00000558394 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP37.12■■■■□ 3.53
TSPAN3-204ENST00000558394 DNAJC5Q9H3Z4 198 aa36.48■■■■□ 3.43
TSPAN3-204ENST00000558394 CUX2O14529 1486 aa35.9■■■■□ 3.34
TSPAN3-204ENST00000558394 ERCC6Q03468 1493 aa35.84■■■■□ 3.33
TSPAN3-204ENST00000558394 NCAPD3P42695 1498 aa35.73■■■■□ 3.31
TSPAN3-204ENST00000558394 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa35.55■■■■□ 3.28
TSPAN3-204ENST00000558394 SMARCA2P51531 1590 aa35.48■■■■□ 3.27
TSPAN3-204ENST00000558394 HMGXB3Q12766 1538 aa35.43■■■■□ 3.26
TSPAN3-204ENST00000558394 SMARCA4P51532 1647 aa35.39■■■■□ 3.26
TSPAN3-204ENST00000558394 NESP48681 1621 aa35.35■■■■□ 3.25
TSPAN3-204ENST00000558394 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP35.24■■■■□ 3.23
TSPAN3-204ENST00000558394 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP35.17■■■■□ 3.22
TSPAN3-204ENST00000558394 THOC2Q8NI27 1593 aaKnown RBP35.09■■■■□ 3.21
TSPAN3-204ENST00000558394 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa35.07■■■■□ 3.2
TSPAN3-204ENST00000558394 PEG3Q9GZU2 1588 aa35.02■■■■□ 3.2
TSPAN3-204ENST00000558394 PDS5BQ9NTI5 1447 aa34.92■■■■□ 3.18
TSPAN3-204ENST00000558394 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa34.91■■■■□ 3.18
TSPAN3-204ENST00000558394 MROH2BQ7Z745 1585 aa34.81■■■■□ 3.16
TSPAN3-204ENST00000558394 TRIM41Q8WV44 630 aa34.75■■■■□ 3.15
TSPAN3-204ENST00000558394 CADPSQ9ULU8 1353 aa34.65■■■■□ 3.14
TSPAN3-204ENST00000558394 MRC2Q9UBG0 1479 aa34.61■■■■□ 3.13
TSPAN3-204ENST00000558394 WDR62O43379 1518 aa34.51■■■■□ 3.12
TSPAN3-204ENST00000558394 WIZO95785 1651 aa34.4■■■■□ 3.1
TSPAN3-204ENST00000558394 CEP164Q9UPV0 1460 aa34.39■■■■□ 3.1
TSPAN3-204ENST00000558394 FANCD2Q9BXW9 1451 aa34.27■■■■□ 3.08
TSPAN3-204ENST00000558394 OSCARQ8IYS5 282 aa34.22■■■■□ 3.07
TSPAN3-204ENST00000558394 CFTRP13569 1480 aa34.12■■■■□ 3.05
TSPAN3-204ENST00000558394 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP33.98■■■■□ 3.03
TSPAN3-204ENST00000558394 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP33.93■■■■□ 3.02
TSPAN3-204ENST00000558394 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP33.88■■■■□ 3.01
TSPAN3-204ENST00000558394 PRDM2Q13029 1718 aa33.79■■■■□ 3
TSPAN3-204ENST00000558394 RIMBP3CA6NJZ7 1639 aa33.77■■■■□ 3
TSPAN3-204ENST00000558394 RIMBP3BA6NNM3 1639 aa33.77■■■■□ 3
TSPAN3-204ENST00000558394 RIMBP3Q9UFD9 1639 aa33.77■■■■□ 3
TSPAN3-204ENST00000558394 IFT140Q96RY7 1462 aa33.7■■■□□ 2.99
TSPAN3-204ENST00000558394 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP33.65■■■□□ 2.98
TSPAN3-204ENST00000558394 ARHGEF11O15085 1522 aa33.6■■■□□ 2.97
TSPAN3-204ENST00000558394 TOPBP1Q92547 1522 aa33.55■■■□□ 2.96
TSPAN3-204ENST00000558394 CCDC88BA6NC98 1476 aa33.54■■■□□ 2.96
TSPAN3-204ENST00000558394 ABCC8Q09428 1581 aa33.51■■■□□ 2.95
TSPAN3-204ENST00000558394 EIF4G3O43432 1585 aaKnown RBP33.47■■■□□ 2.95
TSPAN3-204ENST00000558394 CYB5RLQ6IPT4 315 aa33.46■■■□□ 2.95
TSPAN3-204ENST00000558394 DNMBPQ6XZF7 1577 aa33.38■■■□□ 2.93
TSPAN3-204ENST00000558394 CHD1O14646 1710 aa33.35■■■□□ 2.93
TSPAN3-204ENST00000558394 TRHP20396 242 aaPredicted RBP33.33■■■□□ 2.93
TSPAN3-204ENST00000558394 FBLN2P98095 1184 aa33.32■■■□□ 2.92
TSPAN3-204ENST00000558394 AQRO60306 1485 aaKnown RBP eCLIP33.31■■■□□ 2.92
TSPAN3-204ENST00000558394 TARBP1Q13395 1621 aaKnown RBP33.26■■■□□ 2.91
TSPAN3-204ENST00000558394 ARAP1Q96P48 1450 aa33.21■■■□□ 2.91
TSPAN3-204ENST00000558394 POLA1P09884 1462 aaPredicted RBP33.16■■■□□ 2.9
TSPAN3-204ENST00000558394 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa33.05■■■□□ 2.88
TSPAN3-204ENST00000558394 SOGA1O94964 1423 aa33.05■■■□□ 2.88
TSPAN3-204ENST00000558394 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP33.03■■■□□ 2.88
TSPAN3-204ENST00000558394 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa32.97■■■□□ 2.87
TSPAN3-204ENST00000558394 CHMP7Q8WUX9 453 aaPredicted RBP32.96■■■□□ 2.87
TSPAN3-204ENST00000558394 WDR97A6NE52 1622 aa32.94■■■□□ 2.86
TSPAN3-204ENST00000558394 SYNJ1O43426 1573 aa32.92■■■□□ 2.86
TSPAN3-204ENST00000558394 CLASP1Q7Z460 1538 aa32.9■■■□□ 2.86
TSPAN3-204ENST00000558394 FGD5Q6ZNL6 1462 aa32.89■■■□□ 2.86
TSPAN3-204ENST00000558394 MAGI1Q96QZ7 1491 aaPredicted RBP32.87■■■□□ 2.85
TSPAN3-204ENST00000558394 GRIN2BQ13224 1484 aa32.81■■■□□ 2.84
TSPAN3-204ENST00000558394 AEBP2Q6ZN18 517 aaPredicted RBP32.81■■■□□ 2.84
TSPAN3-204ENST00000558394 SYNJ2O15056 1496 aa32.76■■■□□ 2.84
TSPAN3-204ENST00000558394 CUX1P39880 1505 aa32.74■■■□□ 2.83
TSPAN3-204ENST00000558394 PBRM1Q86U86 1689 aa32.66■■■□□ 2.82
TSPAN3-204ENST00000558394 GAPVD1Q14C86 1478 aa32.64■■■□□ 2.82
TSPAN3-204ENST00000558394 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa32.48■■■□□ 2.79
TSPAN3-204ENST00000558394 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa32.47■■■□□ 2.79
TSPAN3-204ENST00000558394 GRIN2AQ12879 1464 aa32.38■■■□□ 2.77
TSPAN3-204ENST00000558394 ERCC6L2Q5T890 1561 aa32.33■■■□□ 2.77
TSPAN3-204ENST00000558394 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP32.29■■■□□ 2.76
TSPAN3-204ENST00000558394 CEP170Q5SW79 1584 aa32.28■■■□□ 2.76
TSPAN3-204ENST00000558394 ADAMTS12P58397 1594 aa32.28■■■□□ 2.76
TSPAN3-204ENST00000558394 NUP160Q12769 1436 aa32.26■■■□□ 2.75
TSPAN3-204ENST00000558394 FHAD1B1AJZ9 1412 aa32.19■■■□□ 2.74
TSPAN3-204ENST00000558394 SHROOM2Q13796 1616 aa32.17■■■□□ 2.74
TSPAN3-204ENST00000558394 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP32.12■■■□□ 2.73
TSPAN3-204ENST00000558394 TOP2BQ02880 1626 aa32.1■■■□□ 2.73
TSPAN3-204ENST00000558394 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa32.1■■■□□ 2.73
TSPAN3-204ENST00000558394 ERICH3Q5RHP9 1530 aa32.08■■■□□ 2.73
TSPAN3-204ENST00000558394 KIF13AQ9H1H9 1805 aa32.07■■■□□ 2.73
TSPAN3-204ENST00000558394 PRG4Q92954 1404 aaPredicted RBP32.04■■■□□ 2.72
TSPAN3-204ENST00000558394 JPH4Q96JJ6 628 aa32■■■□□ 2.71
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 147.5 ms