RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000556975.5

TMEM260-214, Transcript of transmembrane protein 260, humanhuman

TSL 4

Gene TMEM260, Length 543 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TMEM260-214ENST00000556975 NISCHQ9Y2I1 1504 aa56.07■■■■■ 6.57
TMEM260-214ENST00000556975 CCDC180Q9P1Z9 1646 aa50.07■■■■■ 5.61
TMEM260-214ENST00000556975 ABCC9O60706 1549 aa49.51■■■■■ 5.52
TMEM260-214ENST00000556975 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa47.41■■■■■ 5.18
TMEM260-214ENST00000556975 NACADO15069 1562 aa47.24■■■■■ 5.15
TMEM260-214ENST00000556975 DCAF8L2P0C7V8 631 aa47.03■■■■■ 5.12
TMEM260-214ENST00000556975 MYO15BQ96JP2 1530 aa46.83■■■■■ 5.09
TMEM260-214ENST00000556975 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP46.57■■■■■ 5.04
TMEM260-214ENST00000556975 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa46.4■■■■■ 5.02
TMEM260-214ENST00000556975 DNAJC5BQ9UF47 199 aa46.34■■■■■ 5.01
TMEM260-214ENST00000556975 UNC13AQ9UPW8 1703 aa46.3■■■■■ 5
TMEM260-214ENST00000556975 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP46.19■■■■■ 4.98
TMEM260-214ENST00000556975 BICRAQ9NZM4 1560 aa46.01■■■■■ 4.96
TMEM260-214ENST00000556975 SCRIBQ14160 1630 aa45.58■■■■■ 4.89
TMEM260-214ENST00000556975 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa45.51■■■■■ 4.88
TMEM260-214ENST00000556975 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP44.83■■■■■ 4.77
TMEM260-214ENST00000556975 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa44.78■■■■■ 4.76
TMEM260-214ENST00000556975 CECR2Q9BXF3 1484 aa44.58■■■■■ 4.73
TMEM260-214ENST00000556975 NCAPD3P42695 1498 aa43.64■■■■■ 4.58
TMEM260-214ENST00000556975 SMARCA4P51532 1647 aa43.59■■■■■ 4.57
TMEM260-214ENST00000556975 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa43.54■■■■■ 4.56
TMEM260-214ENST00000556975 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP43.48■■■■■ 4.55
TMEM260-214ENST00000556975 SMARCA2P51531 1590 aa43.44■■■■■ 4.54
TMEM260-214ENST00000556975 HMGXB3Q12766 1538 aa43.32■■■■■ 4.52
TMEM260-214ENST00000556975 PEG3Q9GZU2 1588 aa43.23■■■■■ 4.51
TMEM260-214ENST00000556975 MROH2BQ7Z745 1585 aa43.18■■■■■ 4.5
TMEM260-214ENST00000556975 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP43.11■■■■■ 4.49
TMEM260-214ENST00000556975 ERCC6Q03468 1493 aa42.71■■■■■ 4.43
TMEM260-214ENST00000556975 NESP48681 1621 aa42.68■■■■■ 4.42
TMEM260-214ENST00000556975 WIZO95785 1651 aa42.66■■■■■ 4.42
TMEM260-214ENST00000556975 DNAJC5Q9H3Z4 198 aa42.62■■■■■ 4.41
TMEM260-214ENST00000556975 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa42.53■■■■■ 4.4
TMEM260-214ENST00000556975 CUX2O14529 1486 aa42.53■■■■■ 4.4
TMEM260-214ENST00000556975 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP42.5■■■■■ 4.39
TMEM260-214ENST00000556975 CADPSQ9ULU8 1353 aa42.32■■■■■ 4.37
TMEM260-214ENST00000556975 PDS5BQ9NTI5 1447 aa42.29■■■■■ 4.36
TMEM260-214ENST00000556975 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP42.19■■■■■ 4.34
TMEM260-214ENST00000556975 THOC2Q8NI27 1593 aaKnown RBP42.16■■■■■ 4.34
TMEM260-214ENST00000556975 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa42.13■■■■■ 4.34
TMEM260-214ENST00000556975 CFTRP13569 1480 aa41.94■■■■■ 4.3
TMEM260-214ENST00000556975 MRC2Q9UBG0 1479 aa41.85■■■■■ 4.29
TMEM260-214ENST00000556975 FANCD2Q9BXW9 1451 aa41.79■■■■■ 4.28
TMEM260-214ENST00000556975 CEP164Q9UPV0 1460 aa41.78■■■■■ 4.28
TMEM260-214ENST00000556975 WDR62O43379 1518 aa41.74■■■■■ 4.27
TMEM260-214ENST00000556975 CCDC88BA6NC98 1476 aa41.72■■■■■ 4.27
TMEM260-214ENST00000556975 PRDM2Q13029 1718 aa41.5■■■■■ 4.23
TMEM260-214ENST00000556975 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP41.41■■■■■ 4.22
TMEM260-214ENST00000556975 TOPBP1Q92547 1522 aa41.07■■■■■ 4.16
TMEM260-214ENST00000556975 ABCC8Q09428 1581 aa41.07■■■■■ 4.16
TMEM260-214ENST00000556975 IFT140Q96RY7 1462 aa40.96■■■■■ 4.15
TMEM260-214ENST00000556975 DNMBPQ6XZF7 1577 aa40.95■■■■■ 4.15
TMEM260-214ENST00000556975 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP40.95■■■■■ 4.15
TMEM260-214ENST00000556975 TRIM41Q8WV44 630 aa40.83■■■■■ 4.13
TMEM260-214ENST00000556975 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP40.8■■■■■ 4.12
TMEM260-214ENST00000556975 OSCARQ8IYS5 282 aa40.7■■■■■ 4.11
TMEM260-214ENST00000556975 POLA1P09884 1462 aaPredicted RBP40.68■■■■■ 4.1
TMEM260-214ENST00000556975 TARBP1Q13395 1621 aaKnown RBP40.66■■■■■ 4.1
TMEM260-214ENST00000556975 EIF4G3O43432 1585 aaKnown RBP40.58■■■■■ 4.09
TMEM260-214ENST00000556975 CUX1P39880 1505 aa40.53■■■■■ 4.08
TMEM260-214ENST00000556975 SOGA1O94964 1423 aa40.52■■■■■ 4.08
TMEM260-214ENST00000556975 AQRO60306 1485 aaKnown RBP eCLIP40.51■■■■■ 4.07
TMEM260-214ENST00000556975 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa40.5■■■■■ 4.07
TMEM260-214ENST00000556975 FGD5Q6ZNL6 1462 aa40.48■■■■■ 4.07
TMEM260-214ENST00000556975 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP40.35■■■■■ 4.05
TMEM260-214ENST00000556975 WDR97A6NE52 1622 aa40.33■■■■■ 4.05
TMEM260-214ENST00000556975 CHD1O14646 1710 aa40.16■■■■■ 4.02
TMEM260-214ENST00000556975 RIMBP3CA6NJZ7 1639 aa40.12■■■■■ 4.01
TMEM260-214ENST00000556975 RIMBP3BA6NNM3 1639 aa40.12■■■■■ 4.01
TMEM260-214ENST00000556975 RIMBP3Q9UFD9 1639 aa40.12■■■■■ 4.01
TMEM260-214ENST00000556975 FBLN2P98095 1184 aa40.11■■■■■ 4.01
TMEM260-214ENST00000556975 GRIN2BQ13224 1484 aa40.11■■■■■ 4.01
TMEM260-214ENST00000556975 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa40.1■■■■■ 4.01
TMEM260-214ENST00000556975 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa40.09■■■■■ 4.01
TMEM260-214ENST00000556975 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP40.08■■■■■ 4.01
TMEM260-214ENST00000556975 MAGI1Q96QZ7 1491 aaPredicted RBP40.06■■■■■ 4
TMEM260-214ENST00000556975 TOP2BQ02880 1626 aa40.04■■■■■ 4
TMEM260-214ENST00000556975 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa40.03■■■■■ 4
TMEM260-214ENST00000556975 GAPVD1Q14C86 1478 aa40.03■■■■■ 4
TMEM260-214ENST00000556975 ARHGEF11O15085 1522 aa39.98■■■■□ 3.99
TMEM260-214ENST00000556975 SYNJ1O43426 1573 aa39.97■■■■□ 3.99
TMEM260-214ENST00000556975 CHMP7Q8WUX9 453 aaPredicted RBP39.95■■■■□ 3.99
TMEM260-214ENST00000556975 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa39.94■■■■□ 3.99
TMEM260-214ENST00000556975 PBRM1Q86U86 1689 aa39.92■■■■□ 3.98
TMEM260-214ENST00000556975 SYNJ2O15056 1496 aa39.91■■■■□ 3.98
TMEM260-214ENST00000556975 CLASP1Q7Z460 1538 aa39.77■■■■□ 3.96
TMEM260-214ENST00000556975 CYB5RLQ6IPT4 315 aa39.69■■■■□ 3.94
TMEM260-214ENST00000556975 ARAP1Q96P48 1450 aa39.62■■■■□ 3.93
TMEM260-214ENST00000556975 ERICH3Q5RHP9 1530 aa39.6■■■■□ 3.93
TMEM260-214ENST00000556975 ADAMTS12P58397 1594 aa39.59■■■■□ 3.93
TMEM260-214ENST00000556975 GRIN2AQ12879 1464 aa39.57■■■■□ 3.93
TMEM260-214ENST00000556975 FHAD1B1AJZ9 1412 aa39.56■■■■□ 3.92
TMEM260-214ENST00000556975 NUP160Q12769 1436 aa39.46■■■■□ 3.91
TMEM260-214ENST00000556975 CEP170Q5SW79 1584 aa39.38■■■■□ 3.9
TMEM260-214ENST00000556975 TRHP20396 242 aaPredicted RBP39.32■■■■□ 3.89
TMEM260-214ENST00000556975 KIF27Q86VH2 1401 aa39.29■■■■□ 3.88
TMEM260-214ENST00000556975 IGF1RP08069 1367 aa39.24■■■■□ 3.87
TMEM260-214ENST00000556975 SHROOM2Q13796 1616 aa39.2■■■■□ 3.87
TMEM260-214ENST00000556975 ERCC6L2Q5T890 1561 aa39.15■■■■□ 3.86
TMEM260-214ENST00000556975 CUL7Q14999 1698 aa39.09■■■■□ 3.85
TMEM260-214ENST00000556975 JPH4Q96JJ6 628 aa39.08■■■■□ 3.85
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 52.6 ms