RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000555995.1

CCDC88C-210, Transcript of coiled-coil domain containing 88C, humanhuman

TSL 3

Gene CCDC88C, Length 689 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Nucleus .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC88C-210ENST00000555995 NISCHQ9Y2I1 1504 aa50.45■■■■■ 5.67
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CCDC88C-210ENST00000555995 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa42.48■■■■■ 4.39
CCDC88C-210ENST00000555995 NACADO15069 1562 aa42.39■■■■■ 4.38
CCDC88C-210ENST00000555995 MYO15BQ96JP2 1530 aa42.11■■■■■ 4.33
CCDC88C-210ENST00000555995 DCAF8L2P0C7V8 631 aa42.06■■■■■ 4.32
CCDC88C-210ENST00000555995 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP42.01■■■■■ 4.32
CCDC88C-210ENST00000555995 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa41.84■■■■■ 4.29
CCDC88C-210ENST00000555995 UNC13AQ9UPW8 1703 aa41.47■■■■■ 4.23
CCDC88C-210ENST00000555995 BICRAQ9NZM4 1560 aa41.08■■■■■ 4.17
CCDC88C-210ENST00000555995 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP41.03■■■■■ 4.16
CCDC88C-210ENST00000555995 SCRIBQ14160 1630 aa40.97■■■■■ 4.15
CCDC88C-210ENST00000555995 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa40.87■■■■■ 4.13
CCDC88C-210ENST00000555995 DNAJC5BQ9UF47 199 aa40.43■■■■■ 4.06
CCDC88C-210ENST00000555995 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP40.06■■■■■ 4
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CCDC88C-210ENST00000555995 CECR2Q9BXF3 1484 aa39.68■■■■□ 3.94
CCDC88C-210ENST00000555995 SMARCA4P51532 1647 aa39.22■■■■□ 3.87
CCDC88C-210ENST00000555995 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP39.2■■■■□ 3.87
CCDC88C-210ENST00000555995 SMARCA2P51531 1590 aa39.06■■■■□ 3.84
CCDC88C-210ENST00000555995 NCAPD3P42695 1498 aa39.04■■■■□ 3.84
CCDC88C-210ENST00000555995 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa38.99■■■■□ 3.83
CCDC88C-210ENST00000555995 HMGXB3Q12766 1538 aa38.92■■■■□ 3.82
CCDC88C-210ENST00000555995 PEG3Q9GZU2 1588 aa38.88■■■■□ 3.81
CCDC88C-210ENST00000555995 MROH2BQ7Z745 1585 aa38.8■■■■□ 3.8
CCDC88C-210ENST00000555995 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP38.73■■■■□ 3.79
CCDC88C-210ENST00000555995 WIZO95785 1651 aa38.4■■■■□ 3.74
CCDC88C-210ENST00000555995 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP38.29■■■■□ 3.72
CCDC88C-210ENST00000555995 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa38.13■■■■□ 3.69
CCDC88C-210ENST00000555995 ERCC6Q03468 1493 aa38.1■■■■□ 3.69
CCDC88C-210ENST00000555995 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP38.07■■■■□ 3.69
CCDC88C-210ENST00000555995 NESP48681 1621 aa38.04■■■■□ 3.68
CCDC88C-210ENST00000555995 CADPSQ9ULU8 1353 aa37.87■■■■□ 3.65
CCDC88C-210ENST00000555995 PDS5BQ9NTI5 1447 aa37.84■■■■□ 3.65
CCDC88C-210ENST00000555995 CUX2O14529 1486 aa37.82■■■■□ 3.64
CCDC88C-210ENST00000555995 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa37.72■■■■□ 3.63
CCDC88C-210ENST00000555995 THOC2Q8NI27 1593 aaKnown RBP37.65■■■■□ 3.62
CCDC88C-210ENST00000555995 CFTRP13569 1480 aa37.62■■■■□ 3.61
CCDC88C-210ENST00000555995 CCDC88BA6NC98 1476 aa37.52■■■■□ 3.6
CCDC88C-210ENST00000555995 PRDM2Q13029 1718 aa37.5■■■■□ 3.59
CCDC88C-210ENST00000555995 CEP164Q9UPV0 1460 aa37.46■■■■□ 3.59
CCDC88C-210ENST00000555995 FANCD2Q9BXW9 1451 aa37.45■■■■□ 3.59
CCDC88C-210ENST00000555995 MRC2Q9UBG0 1479 aa37.44■■■■□ 3.58
CCDC88C-210ENST00000555995 WDR62O43379 1518 aa37.33■■■■□ 3.57
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CCDC88C-210ENST00000555995 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP37.04■■■■□ 3.52
CCDC88C-210ENST00000555995 ABCC8Q09428 1581 aa36.93■■■■□ 3.5
CCDC88C-210ENST00000555995 DNMBPQ6XZF7 1577 aa36.83■■■■□ 3.49
CCDC88C-210ENST00000555995 TOPBP1Q92547 1522 aa36.82■■■■□ 3.48
CCDC88C-210ENST00000555995 DNAJC5Q9H3Z4 198 aa36.72■■■■□ 3.47
CCDC88C-210ENST00000555995 IFT140Q96RY7 1462 aa36.69■■■■□ 3.46
CCDC88C-210ENST00000555995 POLA1P09884 1462 aaPredicted RBP36.49■■■■□ 3.43
CCDC88C-210ENST00000555995 TARBP1Q13395 1621 aaKnown RBP36.45■■■■□ 3.42
CCDC88C-210ENST00000555995 CUX1P39880 1505 aa36.44■■■■□ 3.42
CCDC88C-210ENST00000555995 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP36.4■■■■□ 3.42
CCDC88C-210ENST00000555995 EIF4G3O43432 1585 aaKnown RBP36.39■■■■□ 3.42
CCDC88C-210ENST00000555995 FGD5Q6ZNL6 1462 aa36.37■■■■□ 3.41
CCDC88C-210ENST00000555995 WDR97A6NE52 1622 aa36.33■■■■□ 3.41
CCDC88C-210ENST00000555995 SOGA1O94964 1423 aa36.32■■■■□ 3.4
CCDC88C-210ENST00000555995 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa36.24■■■■□ 3.39
CCDC88C-210ENST00000555995 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa36.19■■■■□ 3.38
CCDC88C-210ENST00000555995 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP36.18■■■■□ 3.38
CCDC88C-210ENST00000555995 AQRO60306 1485 aaKnown RBP eCLIP36.18■■■■□ 3.38
CCDC88C-210ENST00000555995 TOP2BQ02880 1626 aa36.17■■■■□ 3.38
CCDC88C-210ENST00000555995 OSCARQ8IYS5 282 aa36.11■■■■□ 3.37
CCDC88C-210ENST00000555995 SYNJ1O43426 1573 aa36.07■■■■□ 3.37
CCDC88C-210ENST00000555995 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP36.07■■■■□ 3.36
CCDC88C-210ENST00000555995 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa36.06■■■■□ 3.36
CCDC88C-210ENST00000555995 GRIN2BQ13224 1484 aa35.99■■■■□ 3.35
CCDC88C-210ENST00000555995 CHD1O14646 1710 aa35.97■■■■□ 3.35
CCDC88C-210ENST00000555995 MAGI1Q96QZ7 1491 aaPredicted RBP35.95■■■■□ 3.35
CCDC88C-210ENST00000555995 PBRM1Q86U86 1689 aa35.94■■■■□ 3.34
CCDC88C-210ENST00000555995 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa35.94■■■■□ 3.34
CCDC88C-210ENST00000555995 GAPVD1Q14C86 1478 aa35.93■■■■□ 3.34
CCDC88C-210ENST00000555995 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa35.92■■■■□ 3.34
CCDC88C-210ENST00000555995 FBLN2P98095 1184 aa35.78■■■■□ 3.32
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CCDC88C-210ENST00000555995 CHMP7Q8WUX9 453 aaPredicted RBP35.71■■■■□ 3.31
CCDC88C-210ENST00000555995 ERICH3Q5RHP9 1530 aa35.67■■■■□ 3.3
CCDC88C-210ENST00000555995 ADAMTS12P58397 1594 aa35.62■■■■□ 3.29
CCDC88C-210ENST00000555995 RIMBP3CA6NJZ7 1639 aa35.59■■■■□ 3.29
CCDC88C-210ENST00000555995 RIMBP3BA6NNM3 1639 aa35.59■■■■□ 3.29
CCDC88C-210ENST00000555995 RIMBP3Q9UFD9 1639 aa35.59■■■■□ 3.29
CCDC88C-210ENST00000555995 ARHGEF11O15085 1522 aa35.56■■■■□ 3.28
CCDC88C-210ENST00000555995 CLASP1Q7Z460 1538 aa35.56■■■■□ 3.28
CCDC88C-210ENST00000555995 FHAD1B1AJZ9 1412 aa35.53■■■■□ 3.28
CCDC88C-210ENST00000555995 GRIN2AQ12879 1464 aa35.5■■■■□ 3.27
CCDC88C-210ENST00000555995 KIF27Q86VH2 1401 aa35.47■■■■□ 3.27
CCDC88C-210ENST00000555995 TRIM41Q8WV44 630 aa35.38■■■■□ 3.25
CCDC88C-210ENST00000555995 CUL7Q14999 1698 aa35.37■■■■□ 3.25
CCDC88C-210ENST00000555995 NUP160Q12769 1436 aa35.34■■■■□ 3.25
CCDC88C-210ENST00000555995 CEP170Q5SW79 1584 aa35.3■■■■□ 3.24
CCDC88C-210ENST00000555995 ARAP1Q96P48 1450 aa35.23■■■■□ 3.23
CCDC88C-210ENST00000555995 IGF1RP08069 1367 aa35.23■■■■□ 3.23
CCDC88C-210ENST00000555995 SHROOM2Q13796 1616 aa35.15■■■■□ 3.22
CCDC88C-210ENST00000555995 CYB5RLQ6IPT4 315 aa35.12■■■■□ 3.21
CCDC88C-210ENST00000555995 RUSC2Q8N2Y8 1516 aa35.1■■■■□ 3.21
CCDC88C-210ENST00000555995 CARMIL1Q5VZK9 1371 aa35.07■■■■□ 3.2
CCDC88C-210ENST00000555995 KIAA0586Q9BVV6 1533 aa34.98■■■■□ 3.19
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