RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000552301.1

PRPF40B-216, Transcript of pre-mRNA processing factor 40 homolog B, human

TSL 5

Gene PRPF40B, Length 912 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytosol .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PRPF40B-216	ENST00000552301	NISCH	Q9Y2I1	1504 aa		44.69	■■■■■ 4.74
PRPF40B-216	ENST00000552301	CCDC180	Q9P1Z9	1646 aa		39.76	■■■■□ 3.95
PRPF40B-216	ENST00000552301	ABCC9	O60706	1549 aa		38.89	■■■■□ 3.82
PRPF40B-216	ENST00000552301	RB1CC1	Q8TDY2	1594 aa		37.42	■■■■□ 3.58
PRPF40B-216	ENST00000552301	DCAF8L2	P0C7V8	631 aa		37.41	■■■■□ 3.58
PRPF40B-216	ENST00000552301	NACAD	O15069	1562 aa		37.38	■■■■□ 3.57
PRPF40B-216	ENST00000552301	ZCCHC6	Q5VYS8	1495 aa	Known RBP	37.24	■■■■□ 3.55
PRPF40B-216	ENST00000552301	MYO15B	Q96JP2	1530 aa		37.12	■■■■□ 3.53
PRPF40B-216	ENST00000552301	DCAF1	Q9Y4B6	1507 aa		36.97	■■■■□ 3.51
PRPF40B-216	ENST00000552301	UNC13A	Q9UPW8	1703 aa		36.51	■■■■□ 3.44
PRPF40B-216	ENST00000552301	PABPN1	Q86U42	306 aa	Known RBP eCLIP	36.31	■■■■□ 3.4
PRPF40B-216	ENST00000552301	SCRIB	Q14160	1630 aa		36.3	■■■■□ 3.4
PRPF40B-216	ENST00000552301	BICRA	Q9NZM4	1560 aa		36.2	■■■■□ 3.39
PRPF40B-216	ENST00000552301	DNAJC5B	Q9UF47	199 aa		35.93	■■■■□ 3.34
PRPF40B-216	ENST00000552301	SHROOM4	Q9ULL8	1493 aa		35.91	■■■■□ 3.34
PRPF40B-216	ENST00000552301	EIF4G1	Q04637	1599 aa	Known RBP	35.3	■■■■□ 3.24
PRPF40B-216	ENST00000552301	CC2D2A	Q9P2K1	1620 aa		35.15	■■■■□ 3.22
PRPF40B-216	ENST00000552301	CECR2	Q9BXF3	1484 aa		34.94	■■■■□ 3.18
PRPF40B-216	ENST00000552301	SMARCA4	P51532	1647 aa		34.69	■■■■□ 3.14
PRPF40B-216	ENST00000552301	BAZ1A	Q9NRL2	1556 aa	Predicted RBP	34.67	■■■■□ 3.14
PRPF40B-216	ENST00000552301	SMARCA2	P51531	1590 aa		34.49	■■■■□ 3.11
PRPF40B-216	ENST00000552301	ATAD2B	Q9ULI0	1458 aa		34.48	■■■■□ 3.11
PRPF40B-216	ENST00000552301	NCAPD3	P42695	1498 aa		34.45	■■■■□ 3.1
PRPF40B-216	ENST00000552301	MROH2B	Q7Z745	1585 aa		34.43	■■■■□ 3.1
PRPF40B-216	ENST00000552301	HMGXB3	Q12766	1538 aa		34.32	■■■■□ 3.08
PRPF40B-216	ENST00000552301	PEG3	Q9GZU2	1588 aa		34.32	■■■■□ 3.08
PRPF40B-216	ENST00000552301	BAZ1B	Q9UIG0	1483 aa	Known RBP	34.26	■■■■□ 3.07
PRPF40B-216	ENST00000552301	WIZ	O95785	1651 aa		34.07	■■■■□ 3.04
PRPF40B-216	ENST00000552301	RSF1	Q96T23	1441 aa	Predicted RBP	34.04	■■■■□ 3.04
PRPF40B-216	ENST00000552301	TOP2A	P11388	1531 aa	Known RBP	33.74	■■■□□ 2.99
PRPF40B-216	ENST00000552301	NES	P48681	1621 aa		33.61	■■■□□ 2.97
PRPF40B-216	ENST00000552301	ERCC6	Q03468	1493 aa		33.58	■■■□□ 2.97
PRPF40B-216	ENST00000552301	LAMC3	Q9Y6N6	1575 aa		33.58	■■■□□ 2.97
PRPF40B-216	ENST00000552301	CADPS	Q9ULU8	1353 aa		33.47	■■■□□ 2.95
PRPF40B-216	ENST00000552301	PDS5B	Q9NTI5	1447 aa		33.37	■■■□□ 2.93
PRPF40B-216	ENST00000552301	CCDC88B	A6NC98	1476 aa		33.31	■■■□□ 2.92
PRPF40B-216	ENST00000552301	SUPT5H	O00267	1087 aa	Known RBP	33.27	■■■□□ 2.92
PRPF40B-216	ENST00000552301	CFTR	P13569	1480 aa		33.25	■■■□□ 2.91
PRPF40B-216	ENST00000552301	KIF21A	Q7Z4S6	1674 aa		33.24	■■■□□ 2.91
PRPF40B-216	ENST00000552301	CUX2	O14529	1486 aa		33.16	■■■□□ 2.9
PRPF40B-216	ENST00000552301	THOC2	Q8NI27	1593 aa	Known RBP	33.12	■■■□□ 2.89
PRPF40B-216	ENST00000552301	FANCD2	Q9BXW9	1451 aa		33.11	■■■□□ 2.89
PRPF40B-216	ENST00000552301	CEP164	Q9UPV0	1460 aa		33.09	■■■□□ 2.89
PRPF40B-216	ENST00000552301	PRDM2	Q13029	1718 aa		33.05	■■■□□ 2.88
PRPF40B-216	ENST00000552301	MRC2	Q9UBG0	1479 aa		33.02	■■■□□ 2.88
PRPF40B-216	ENST00000552301	DNAJC5	Q9H3Z4	198 aa		32.89	■■■□□ 2.86
PRPF40B-216	ENST00000552301	WDR62	O43379	1518 aa		32.88	■■■□□ 2.85
PRPF40B-216	ENST00000552301	URB2	Q14146	1524 aa	Known RBP	32.73	■■■□□ 2.83
PRPF40B-216	ENST00000552301	ABCC8	Q09428	1581 aa		32.59	■■■□□ 2.81
PRPF40B-216	ENST00000552301	TOPBP1	Q92547	1522 aa		32.56	■■■□□ 2.8
PRPF40B-216	ENST00000552301	DNMBP	Q6XZF7	1577 aa		32.55	■■■□□ 2.8
PRPF40B-216	ENST00000552301	IFT140	Q96RY7	1462 aa		32.38	■■■□□ 2.77
PRPF40B-216	ENST00000552301	CUX1	P39880	1505 aa		32.31	■■■□□ 2.76
PRPF40B-216	ENST00000552301	POLA1	P09884	1462 aa	Predicted RBP	32.29	■■■□□ 2.76
PRPF40B-216	ENST00000552301	FGD5	Q6ZNL6	1462 aa		32.23	■■■□□ 2.75
PRPF40B-216	ENST00000552301	ZNF608	Q9ULD9	1512 aa	Predicted RBP	32.18	■■■□□ 2.74
PRPF40B-216	ENST00000552301	TARBP1	Q13395	1621 aa	Known RBP	32.18	■■■□□ 2.74
PRPF40B-216	ENST00000552301	SOGA1	O94964	1423 aa		32.17	■■■□□ 2.74
PRPF40B-216	ENST00000552301	WRN	Q14191	1432 aa	Predicted RBP eCLIP	32.16	■■■□□ 2.74
PRPF40B-216	ENST00000552301	RAD54L2	Q9Y4B4	1467 aa		32.14	■■■□□ 2.74
PRPF40B-216	ENST00000552301	EIF4G3	O43432	1585 aa	Known RBP	32.1	■■■□□ 2.73
PRPF40B-216	ENST00000552301	TOP2B	Q02880	1626 aa		32.05	■■■□□ 2.72
PRPF40B-216	ENST00000552301	BIVM-ERCC5	R4GMW8	1640 aa		32.04	■■■□□ 2.72
PRPF40B-216	ENST00000552301	SYNJ1	O43426	1573 aa		32.03	■■■□□ 2.72
PRPF40B-216	ENST00000552301	AQR	O60306	1485 aa	Known RBP eCLIP	32.02	■■■□□ 2.72
PRPF40B-216	ENST00000552301	WDR97	A6NE52	1622 aa		31.97	■■■□□ 2.71
PRPF40B-216	ENST00000552301	TDRD9	Q8NDG6	1382 aa	Known RBP	31.97	■■■□□ 2.71
PRPF40B-216	ENST00000552301	ABCA10	Q8WWZ4	1543 aa		31.91	■■■□□ 2.7
PRPF40B-216	ENST00000552301	GAPVD1	Q14C86	1478 aa		31.81	■■■□□ 2.68
PRPF40B-216	ENST00000552301	GRIN2B	Q13224	1484 aa		31.8	■■■□□ 2.68
PRPF40B-216	ENST00000552301	OSCAR	Q8IYS5	282 aa		31.78	■■■□□ 2.68
PRPF40B-216	ENST00000552301	ABCA5	Q8WWZ7	1642 aa		31.77	■■■□□ 2.68
PRPF40B-216	ENST00000552301	SNAPC4	Q5SXM2	1469 aa		31.76	■■■□□ 2.67
PRPF40B-216	ENST00000552301	PBRM1	Q86U86	1689 aa		31.74	■■■□□ 2.67
PRPF40B-216	ENST00000552301	MAGI1	Q96QZ7	1491 aa	Predicted RBP	31.72	■■■□□ 2.67
PRPF40B-216	ENST00000552301	FBLN2	P98095	1184 aa		31.71	■■■□□ 2.67
PRPF40B-216	ENST00000552301	CHD1	O14646	1710 aa		31.69	■■■□□ 2.66
PRPF40B-216	ENST00000552301	CHMP7	Q8WUX9	453 aa	Predicted RBP	31.6	■■■□□ 2.65
PRPF40B-216	ENST00000552301	SYNJ2	O15056	1496 aa		31.59	■■■□□ 2.65
PRPF40B-216	ENST00000552301	ERICH3	Q5RHP9	1530 aa		31.54	■■■□□ 2.64
PRPF40B-216	ENST00000552301	KIF27	Q86VH2	1401 aa		31.5	■■■□□ 2.63
PRPF40B-216	ENST00000552301	ADAMTS12	P58397	1594 aa		31.5	■■■□□ 2.63
PRPF40B-216	ENST00000552301	FHAD1	B1AJZ9	1412 aa		31.44	■■■□□ 2.62
PRPF40B-216	ENST00000552301	TRIM41	Q8WV44	630 aa		31.43	■■■□□ 2.62
PRPF40B-216	ENST00000552301	GRIN2A	Q12879	1464 aa		31.39	■■■□□ 2.62
PRPF40B-216	ENST00000552301	CLASP1	Q7Z460	1538 aa		31.32	■■■□□ 2.6
PRPF40B-216	ENST00000552301	IGF1R	P08069	1367 aa		31.29	■■■□□ 2.6
PRPF40B-216	ENST00000552301	CUL7	Q14999	1698 aa		31.28	■■■□□ 2.6
PRPF40B-216	ENST00000552301	ARHGEF11	O15085	1522 aa		31.27	■■■□□ 2.6
PRPF40B-216	ENST00000552301	RIMBP3C	A6NJZ7	1639 aa		31.26	■■■□□ 2.59
PRPF40B-216	ENST00000552301	RIMBP3B	A6NNM3	1639 aa		31.26	■■■□□ 2.59
PRPF40B-216	ENST00000552301	RIMBP3	Q9UFD9	1639 aa		31.26	■■■□□ 2.59
PRPF40B-216	ENST00000552301	NUP160	Q12769	1436 aa		31.23	■■■□□ 2.59
PRPF40B-216	ENST00000552301	CEP170	Q5SW79	1584 aa		31.21	■■■□□ 2.59
PRPF40B-216	ENST00000552301	CARMIL1	Q5VZK9	1371 aa		31.16	■■■□□ 2.58
PRPF40B-216	ENST00000552301	RUSC2	Q8N2Y8	1516 aa		31.13	■■■□□ 2.57
PRPF40B-216	ENST00000552301	ARAP1	Q96P48	1450 aa		31.01	■■■□□ 2.55
PRPF40B-216	ENST00000552301	CHIC1	Q5VXU3	224 aa		31	■■■□□ 2.55
PRPF40B-216	ENST00000552301	RAPGEF2	Q9Y4G8	1499 aa		30.98	■■■□□ 2.55
PRPF40B-216	ENST00000552301	CYB5RL	Q6IPT4	315 aa		30.98	■■■□□ 2.55

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