RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000548132.1

GCN1-204, Transcript of GCN1, eIF2 alpha kinase activator homolog, humanhuman

TSL 3

Gene GCN1, Length 498 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytosol, Nucleus, Ribosome .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
GCN1-204ENST00000548132 NISCHQ9Y2I1 1504 aa31.57■■■□□ 2.64
GCN1-204ENST00000548132 CCDC180Q9P1Z9 1646 aa28.41■■■□□ 2.14
GCN1-204ENST00000548132 ABCC9O60706 1549 aa27.96■■■□□ 2.07
GCN1-204ENST00000548132 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa26.76■■□□□ 1.87
GCN1-204ENST00000548132 NACADO15069 1562 aa26.63■■□□□ 1.85
GCN1-204ENST00000548132 UNC13AQ9UPW8 1703 aa26.44■■□□□ 1.82
GCN1-204ENST00000548132 MYO15BQ96JP2 1530 aa26.39■■□□□ 1.81
GCN1-204ENST00000548132 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP26.3■■□□□ 1.8
GCN1-204ENST00000548132 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa26.14■■□□□ 1.78
GCN1-204ENST00000548132 BICRAQ9NZM4 1560 aa26.14■■□□□ 1.78
GCN1-204ENST00000548132 DCAF8L2P0C7V8 631 aa26.07■■□□□ 1.76
GCN1-204ENST00000548132 DNAJC5BQ9UF47 199 aa25.95■■□□□ 1.74
GCN1-204ENST00000548132 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP25.88■■□□□ 1.73
GCN1-204ENST00000548132 SCRIBQ14160 1630 aa25.81■■□□□ 1.72
GCN1-204ENST00000548132 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa25.72■■□□□ 1.71
GCN1-204ENST00000548132 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP25.39■■□□□ 1.65
GCN1-204ENST00000548132 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa25.37■■□□□ 1.65
GCN1-204ENST00000548132 CECR2Q9BXF3 1484 aa25.15■■□□□ 1.62
GCN1-204ENST00000548132 SMARCA4P51532 1647 aa24.68■■□□□ 1.54
GCN1-204ENST00000548132 NCAPD3P42695 1498 aa24.53■■□□□ 1.52
GCN1-204ENST00000548132 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa24.52■■□□□ 1.52
GCN1-204ENST00000548132 HMGXB3Q12766 1538 aa24.51■■□□□ 1.51
GCN1-204ENST00000548132 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP24.49■■□□□ 1.51
GCN1-204ENST00000548132 SMARCA2P51531 1590 aa24.47■■□□□ 1.51
GCN1-204ENST00000548132 PEG3Q9GZU2 1588 aa24.46■■□□□ 1.51
GCN1-204ENST00000548132 MROH2BQ7Z745 1585 aa24.36■■□□□ 1.49
GCN1-204ENST00000548132 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP24.27■■□□□ 1.48
GCN1-204ENST00000548132 NESP48681 1621 aa24.15■■□□□ 1.46
GCN1-204ENST00000548132 WIZO95785 1651 aa24.12■■□□□ 1.45
GCN1-204ENST00000548132 THOC2Q8NI27 1593 aaKnown RBP24.03■■□□□ 1.44
GCN1-204ENST00000548132 ERCC6Q03468 1493 aa24.03■■□□□ 1.44
GCN1-204ENST00000548132 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa24.03■■□□□ 1.44
GCN1-204ENST00000548132 CUX2O14529 1486 aa24.02■■□□□ 1.44
GCN1-204ENST00000548132 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa24■■□□□ 1.43
GCN1-204ENST00000548132 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP23.84■■□□□ 1.41
GCN1-204ENST00000548132 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP23.82■■□□□ 1.4
GCN1-204ENST00000548132 CADPSQ9ULU8 1353 aa23.71■■□□□ 1.39
GCN1-204ENST00000548132 PDS5BQ9NTI5 1447 aa23.68■■□□□ 1.38
GCN1-204ENST00000548132 WDR62O43379 1518 aa23.66■■□□□ 1.38
GCN1-204ENST00000548132 PRDM2Q13029 1718 aa23.66■■□□□ 1.38
GCN1-204ENST00000548132 MRC2Q9UBG0 1479 aa23.62■■□□□ 1.37
GCN1-204ENST00000548132 CFTRP13569 1480 aa23.6■■□□□ 1.37
GCN1-204ENST00000548132 DNAJC5Q9H3Z4 198 aa23.56■■□□□ 1.36
GCN1-204ENST00000548132 CEP164Q9UPV0 1460 aa23.55■■□□□ 1.36
GCN1-204ENST00000548132 FANCD2Q9BXW9 1451 aa23.52■■□□□ 1.36
GCN1-204ENST00000548132 CCDC88BA6NC98 1476 aa23.43■■□□□ 1.34
GCN1-204ENST00000548132 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP23.42■■□□□ 1.34
GCN1-204ENST00000548132 TOPBP1Q92547 1522 aa23.16■■□□□ 1.3
GCN1-204ENST00000548132 DNMBPQ6XZF7 1577 aa23.14■■□□□ 1.3
GCN1-204ENST00000548132 EIF4G3O43432 1585 aaKnown RBP23.06■■□□□ 1.28
GCN1-204ENST00000548132 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP23.06■■□□□ 1.28
GCN1-204ENST00000548132 TARBP1Q13395 1621 aaKnown RBP23.05■■□□□ 1.28
GCN1-204ENST00000548132 IFT140Q96RY7 1462 aa23.04■■□□□ 1.28
GCN1-204ENST00000548132 ABCC8Q09428 1581 aa22.98■■□□□ 1.27
GCN1-204ENST00000548132 POLA1P09884 1462 aaPredicted RBP22.95■■□□□ 1.26
GCN1-204ENST00000548132 WDR97A6NE52 1622 aa22.9■■□□□ 1.26
GCN1-204ENST00000548132 CUX1P39880 1505 aa22.9■■□□□ 1.26
GCN1-204ENST00000548132 CHD1O14646 1710 aa22.88■■□□□ 1.25
GCN1-204ENST00000548132 FGD5Q6ZNL6 1462 aa22.82■■□□□ 1.24
GCN1-204ENST00000548132 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa22.8■■□□□ 1.24
GCN1-204ENST00000548132 AQRO60306 1485 aaKnown RBP eCLIP22.77■■□□□ 1.241e-6■■□□□ 13.3
GCN1-204ENST00000548132 RIMBP3CA6NJZ7 1639 aa22.75■■□□□ 1.23
GCN1-204ENST00000548132 RIMBP3BA6NNM3 1639 aa22.75■■□□□ 1.23
GCN1-204ENST00000548132 RIMBP3Q9UFD9 1639 aa22.75■■□□□ 1.23
GCN1-204ENST00000548132 PBRM1Q86U86 1689 aa22.71■■□□□ 1.23
GCN1-204ENST00000548132 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa22.68■■□□□ 1.22
GCN1-204ENST00000548132 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa22.68■■□□□ 1.22
GCN1-204ENST00000548132 OSCARQ8IYS5 282 aa22.67■■□□□ 1.22
GCN1-204ENST00000548132 SOGA1O94964 1423 aa22.66■■□□□ 1.22
GCN1-204ENST00000548132 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP22.66■■□□□ 1.22
GCN1-204ENST00000548132 ARHGEF11O15085 1522 aa22.65■■□□□ 1.22
GCN1-204ENST00000548132 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa22.63■■□□□ 1.21
GCN1-204ENST00000548132 SYNJ1O43426 1573 aa22.63■■□□□ 1.21
GCN1-204ENST00000548132 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP22.61■■□□□ 1.21
GCN1-204ENST00000548132 TOP2BQ02880 1626 aa22.6■■□□□ 1.21
GCN1-204ENST00000548132 CLASP1Q7Z460 1538 aa22.58■■□□□ 1.21
GCN1-204ENST00000548132 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa22.57■■□□□ 1.2
GCN1-204ENST00000548132 MAGI1Q96QZ7 1491 aaPredicted RBP22.56■■□□□ 1.2
GCN1-204ENST00000548132 TRIM41Q8WV44 630 aa22.54■■□□□ 1.2
GCN1-204ENST00000548132 GRIN2BQ13224 1484 aa22.54■■□□□ 1.2
GCN1-204ENST00000548132 GAPVD1Q14C86 1478 aa22.48■■□□□ 1.19
GCN1-204ENST00000548132 ADAMTS12P58397 1594 aa22.47■■□□□ 1.19
GCN1-204ENST00000548132 SYNJ2O15056 1496 aa22.47■■□□□ 1.19
GCN1-204ENST00000548132 ARAP1Q96P48 1450 aa22.47■■□□□ 1.19
GCN1-204ENST00000548132 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP22.45■■□□□ 1.18
GCN1-204ENST00000548132 FBLN2P98095 1184 aa22.32■■□□□ 1.16
GCN1-204ENST00000548132 CEP170Q5SW79 1584 aa22.32■■□□□ 1.16
GCN1-204ENST00000548132 GRIN2AQ12879 1464 aa22.31■■□□□ 1.16
GCN1-204ENST00000548132 ERICH3Q5RHP9 1530 aa22.3■■□□□ 1.16
GCN1-204ENST00000548132 SHROOM2Q13796 1616 aa22.26■■□□□ 1.15
GCN1-204ENST00000548132 NUP160Q12769 1436 aa22.24■■□□□ 1.15
GCN1-204ENST00000548132 ERCC6L2Q5T890 1561 aa22.24■■□□□ 1.15
GCN1-204ENST00000548132 CHMP7Q8WUX9 453 aaPredicted RBP22.22■■□□□ 1.15
GCN1-204ENST00000548132 FHAD1B1AJZ9 1412 aa22.19■■□□□ 1.14
GCN1-204ENST00000548132 RUSC2Q8N2Y8 1516 aa22.17■■□□□ 1.14
GCN1-204ENST00000548132 CYB5RLQ6IPT4 315 aa22.14■■□□□ 1.13
GCN1-204ENST00000548132 CUL7Q14999 1698 aa22.08■■□□□ 1.13
GCN1-204ENST00000548132 KIF27Q86VH2 1401 aa21.95■■□□□ 1.1
GCN1-204ENST00000548132 IGF1RP08069 1367 aa21.91■■□□□ 1.1
GCN1-204ENST00000548132 PRG4Q92954 1404 aaPredicted RBP21.88■■□□□ 1.09
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 14.3 ms