RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000545942.5

CHD4-214, Transcript of chromodomain helicase DNA binding protein 4, humanhuman

TSL 1 (best)

Gene CHD4, Length 1,317 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol, Nucleus .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD4-214ENST00000545942 NISCHQ9Y2I1 1504 aa56.38■■■■■ 6.62
CHD4-214ENST00000545942 CCDC180Q9P1Z9 1646 aa50.39■■■■■ 5.66
CHD4-214ENST00000545942 ABCC9O60706 1549 aa50.07■■■■■ 5.61
CHD4-214ENST00000545942 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa47.83■■■■■ 5.25
CHD4-214ENST00000545942 NACADO15069 1562 aa47.6■■■■■ 5.21
CHD4-214ENST00000545942 DCAF8L2P0C7V8 631 aa47.45■■■■■ 5.19
CHD4-214ENST00000545942 MYO15BQ96JP2 1530 aa47.09■■■■■ 5.13
CHD4-214ENST00000545942 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP46.81■■■■■ 5.08
CHD4-214ENST00000545942 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP46.68■■■■■ 5.06
CHD4-214ENST00000545942 UNC13AQ9UPW8 1703 aa46.63■■■■■ 5.06
CHD4-214ENST00000545942 DNAJC5BQ9UF47 199 aa46.62■■■■■ 5.05
CHD4-214ENST00000545942 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa46.61■■■■■ 5.05
CHD4-214ENST00000545942 BICRAQ9NZM4 1560 aa46.38■■■■■ 5.02
CHD4-214ENST00000545942 SCRIBQ14160 1630 aa45.94■■■■■ 4.95
CHD4-214ENST00000545942 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa45.87■■■■■ 4.93
CHD4-214ENST00000545942 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP45.24■■■■■ 4.83
CHD4-214ENST00000545942 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa45.22■■■■■ 4.83
CHD4-214ENST00000545942 CECR2Q9BXF3 1484 aa45.07■■■■■ 4.81
CHD4-214ENST00000545942 NCAPD3P42695 1498 aa43.95■■■■■ 4.63
CHD4-214ENST00000545942 SMARCA4P51532 1647 aa43.87■■■■■ 4.61
CHD4-214ENST00000545942 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa43.86■■■■■ 4.61
CHD4-214ENST00000545942 SMARCA2P51531 1590 aa43.76■■■■■ 4.6
CHD4-214ENST00000545942 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP43.75■■■■■ 4.59
CHD4-214ENST00000545942 HMGXB3Q12766 1538 aa43.65■■■■■ 4.58
CHD4-214ENST00000545942 PEG3Q9GZU2 1588 aa43.47■■■■■ 4.55
CHD4-214ENST00000545942 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP43.46■■■■■ 4.55
CHD4-214ENST00000545942 MROH2BQ7Z745 1585 aa43.43■■■■■ 4.54
CHD4-214ENST00000545942 ERCC6Q03468 1493 aa43.23■■■■■ 4.51
CHD4-214ENST00000545942 NESP48681 1621 aa43.1■■■■■ 4.49
CHD4-214ENST00000545942 CUX2O14529 1486 aa43.03■■■■■ 4.48
CHD4-214ENST00000545942 WIZO95785 1651 aa42.89■■■■■ 4.46
CHD4-214ENST00000545942 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa42.88■■■■■ 4.46
CHD4-214ENST00000545942 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP42.7■■■■■ 4.43
CHD4-214ENST00000545942 PDS5BQ9NTI5 1447 aa42.66■■■■■ 4.42
CHD4-214ENST00000545942 CADPSQ9ULU8 1353 aa42.64■■■■■ 4.42
CHD4-214ENST00000545942 DNAJC5Q9H3Z4 198 aa42.58■■■■■ 4.41
CHD4-214ENST00000545942 THOC2Q8NI27 1593 aaKnown RBP42.58■■■■■ 4.41
CHD4-214ENST00000545942 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa42.51■■■■■ 4.39
CHD4-214ENST00000545942 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP42.43■■■■■ 4.38
CHD4-214ENST00000545942 MRC2Q9UBG0 1479 aa42.25■■■■■ 4.35
CHD4-214ENST00000545942 CFTRP13569 1480 aa42.23■■■■■ 4.35
CHD4-214ENST00000545942 CEP164Q9UPV0 1460 aa42.16■■■■■ 4.34
CHD4-214ENST00000545942 FANCD2Q9BXW9 1451 aa42.15■■■■■ 4.34
CHD4-214ENST00000545942 WDR62O43379 1518 aa42.12■■■■■ 4.33
CHD4-214ENST00000545942 CCDC88BA6NC98 1476 aa41.94■■■■■ 4.3
CHD4-214ENST00000545942 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP41.75■■■■■ 4.27
CHD4-214ENST00000545942 PRDM2Q13029 1718 aa41.73■■■■■ 4.27
CHD4-214ENST00000545942 TOPBP1Q92547 1522 aa41.38■■■■■ 4.21
CHD4-214ENST00000545942 ABCC8Q09428 1581 aa41.34■■■■■ 4.21
CHD4-214ENST00000545942 IFT140Q96RY7 1462 aa41.31■■■■■ 4.2
CHD4-214ENST00000545942 DNMBPQ6XZF7 1577 aa41.25■■■■■ 4.19
CHD4-214ENST00000545942 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP41.18■■■■■ 4.18
CHD4-214ENST00000545942 OSCARQ8IYS5 282 aa41.15■■■■■ 4.18
CHD4-214ENST00000545942 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP41.09■■■■■ 4.17
CHD4-214ENST00000545942 POLA1P09884 1462 aaPredicted RBP40.98■■■■■ 4.15
CHD4-214ENST00000545942 TARBP1Q13395 1621 aaKnown RBP40.95■■■■■ 4.15
CHD4-214ENST00000545942 EIF4G3O43432 1585 aaKnown RBP40.95■■■■■ 4.15
CHD4-214ENST00000545942 TRIM41Q8WV44 630 aa40.87■■■■■ 4.13
CHD4-214ENST00000545942 AQRO60306 1485 aaKnown RBP eCLIP40.87■■■■■ 4.132e-7■■■■■ 27.6
CHD4-214ENST00000545942 SOGA1O94964 1423 aa40.82■■■■■ 4.12
CHD4-214ENST00000545942 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa40.81■■■■■ 4.12
CHD4-214ENST00000545942 CUX1P39880 1505 aa40.78■■■■■ 4.12
CHD4-214ENST00000545942 FGD5Q6ZNL6 1462 aa40.77■■■■■ 4.12
CHD4-214ENST00000545942 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP40.68■■■■■ 4.1
CHD4-214ENST00000545942 WDR97A6NE52 1622 aa40.6■■■■■ 4.09
CHD4-214ENST00000545942 FBLN2P98095 1184 aa40.54■■■■■ 4.08
CHD4-214ENST00000545942 CHD1O14646 1710 aa40.53■■■■■ 4.08
CHD4-214ENST00000545942 RIMBP3CA6NJZ7 1639 aa40.49■■■■■ 4.07
CHD4-214ENST00000545942 RIMBP3BA6NNM3 1639 aa40.49■■■■■ 4.07
CHD4-214ENST00000545942 RIMBP3Q9UFD9 1639 aa40.49■■■■■ 4.07
CHD4-214ENST00000545942 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa40.46■■■■■ 4.07
CHD4-214ENST00000545942 ARHGEF11O15085 1522 aa40.44■■■■■ 4.06
CHD4-214ENST00000545942 GRIN2BQ13224 1484 aa40.42■■■■■ 4.06
CHD4-214ENST00000545942 MAGI1Q96QZ7 1491 aaPredicted RBP40.38■■■■■ 4.06
CHD4-214ENST00000545942 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa40.35■■■■■ 4.05
CHD4-214ENST00000545942 GAPVD1Q14C86 1478 aa40.33■■■■■ 4.05
CHD4-214ENST00000545942 CHMP7Q8WUX9 453 aaPredicted RBP40.32■■■■■ 4.04
CHD4-214ENST00000545942 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP40.28■■■■■ 4.049e-6■■■■■ 50.1
CHD4-214ENST00000545942 SYNJ2O15056 1496 aa40.24■■■■■ 4.03
CHD4-214ENST00000545942 TOP2BQ02880 1626 aa40.23■■■■■ 4.03
CHD4-214ENST00000545942 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa40.21■■■■■ 4.03
CHD4-214ENST00000545942 PBRM1Q86U86 1689 aa40.21■■■■■ 4.03
CHD4-214ENST00000545942 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa40.2■■■■■ 4.03
CHD4-214ENST00000545942 SYNJ1O43426 1573 aa40.18■■■■■ 4.02
CHD4-214ENST00000545942 CYB5RLQ6IPT4 315 aa40.15■■■■■ 4.02
CHD4-214ENST00000545942 CLASP1Q7Z460 1538 aa40.14■■■■■ 4.02
CHD4-214ENST00000545942 ARAP1Q96P48 1450 aa40.07■■■■■ 4
CHD4-214ENST00000545942 GRIN2AQ12879 1464 aa39.89■■■■□ 3.98
CHD4-214ENST00000545942 ADAMTS12P58397 1594 aa39.89■■■■□ 3.98
CHD4-214ENST00000545942 ERICH3Q5RHP9 1530 aa39.85■■■■□ 3.97
CHD4-214ENST00000545942 FHAD1B1AJZ9 1412 aa39.84■■■■□ 3.97
CHD4-214ENST00000545942 NUP160Q12769 1436 aa39.75■■■■□ 3.95
CHD4-214ENST00000545942 CEP170Q5SW79 1584 aa39.7■■■■□ 3.95
CHD4-214ENST00000545942 TRHP20396 242 aaPredicted RBP39.59■■■■□ 3.93
CHD4-214ENST00000545942 ERCC6L2Q5T890 1561 aa39.51■■■■□ 3.92
CHD4-214ENST00000545942 KIF27Q86VH2 1401 aa39.5■■■■□ 3.91
CHD4-214ENST00000545942 SHROOM2Q13796 1616 aa39.49■■■■□ 3.91
CHD4-214ENST00000545942 IGF1RP08069 1367 aa39.44■■■■□ 3.9
CHD4-214ENST00000545942 JPH4Q96JJ6 628 aa39.37■■■■□ 3.89
CHD4-214ENST00000545942 PRG4Q92954 1404 aaPredicted RBP39.35■■■■□ 3.89
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 13.8 ms