RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000544336.5

PDCD2-211, Transcript of programmed cell death 2, humanhuman

TSL 1 (best)

Gene PDCD2, Length 1,164 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PDCD2-211ENST00000544336 NISCHQ9Y2I1 1504 aa68.82■■■■■ 8.61
PDCD2-211ENST00000544336 ABCC9O60706 1549 aa61.78■■■■■ 7.48
PDCD2-211ENST00000544336 CCDC180Q9P1Z9 1646 aa61.75■■■■■ 7.48
PDCD2-211ENST00000544336 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa58.76■■■■■ 7
PDCD2-211ENST00000544336 NACADO15069 1562 aa58.33■■■■■ 6.93
PDCD2-211ENST00000544336 DCAF8L2P0C7V8 631 aa58.19■■■■■ 6.91
PDCD2-211ENST00000544336 DNAJC5BQ9UF47 199 aa57.85■■■■■ 6.85
PDCD2-211ENST00000544336 UNC13AQ9UPW8 1703 aa57.53■■■■■ 6.8
PDCD2-211ENST00000544336 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP57.52■■■■■ 6.8
PDCD2-211ENST00000544336 MYO15BQ96JP2 1530 aa57.45■■■■■ 6.79
PDCD2-211ENST00000544336 BICRAQ9NZM4 1560 aa57.06■■■■■ 6.72
PDCD2-211ENST00000544336 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP57.04■■■■■ 6.72
PDCD2-211ENST00000544336 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa56.77■■■■■ 6.68
PDCD2-211ENST00000544336 SCRIBQ14160 1630 aa56.37■■■■■ 6.61
PDCD2-211ENST00000544336 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa56.18■■■■■ 6.58
PDCD2-211ENST00000544336 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa55.79■■■■■ 6.52
PDCD2-211ENST00000544336 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP55.65■■■■■ 6.5
PDCD2-211ENST00000544336 CECR2Q9BXF3 1484 aa55.6■■■■■ 6.49
PDCD2-211ENST00000544336 NCAPD3P42695 1498 aa53.82■■■■■ 6.21
PDCD2-211ENST00000544336 SMARCA4P51532 1647 aa53.71■■■■■ 6.19
PDCD2-211ENST00000544336 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa53.71■■■■■ 6.19
PDCD2-211ENST00000544336 SMARCA2P51531 1590 aa53.57■■■■■ 6.17
PDCD2-211ENST00000544336 HMGXB3Q12766 1538 aa53.46■■■■■ 6.15
PDCD2-211ENST00000544336 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP53.42■■■■■ 6.14
PDCD2-211ENST00000544336 ERCC6Q03468 1493 aa53.33■■■■■ 6.13
PDCD2-211ENST00000544336 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP53.24■■■■■ 6.11
PDCD2-211ENST00000544336 CUX2O14529 1486 aa53.13■■■■■ 6.1
PDCD2-211ENST00000544336 PEG3Q9GZU2 1588 aa53.11■■■■■ 6.09
PDCD2-211ENST00000544336 NESP48681 1621 aa53.08■■■■■ 6.09
PDCD2-211ENST00000544336 MROH2BQ7Z745 1585 aa53.07■■■■■ 6.09
PDCD2-211ENST00000544336 DNAJC5Q9H3Z4 198 aa53.03■■■■■ 6.08
PDCD2-211ENST00000544336 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa52.65■■■■■ 6.02
PDCD2-211ENST00000544336 THOC2Q8NI27 1593 aaKnown RBP52.51■■■■■ 6
PDCD2-211ENST00000544336 WIZO95785 1651 aa52.48■■■■■ 5.99
PDCD2-211ENST00000544336 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa52.44■■■■■ 5.99
PDCD2-211ENST00000544336 PDS5BQ9NTI5 1447 aa52.32■■■■■ 5.97
PDCD2-211ENST00000544336 CADPSQ9ULU8 1353 aa52.21■■■■■ 5.95
PDCD2-211ENST00000544336 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP51.95■■■■■ 5.91
PDCD2-211ENST00000544336 MRC2Q9UBG0 1479 aa51.91■■■■■ 5.9
PDCD2-211ENST00000544336 WDR62O43379 1518 aa51.77■■■■■ 5.88
PDCD2-211ENST00000544336 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP51.76■■■■■ 5.88
PDCD2-211ENST00000544336 CEP164Q9UPV0 1460 aa51.73■■■■■ 5.87
PDCD2-211ENST00000544336 FANCD2Q9BXW9 1451 aa51.67■■■■■ 5.86
PDCD2-211ENST00000544336 CFTRP13569 1480 aa51.62■■■■■ 5.85
PDCD2-211ENST00000544336 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP51.26■■■■■ 5.8
PDCD2-211ENST00000544336 PRDM2Q13029 1718 aa51.22■■■■■ 5.79
PDCD2-211ENST00000544336 CCDC88BA6NC98 1476 aa51.18■■■■■ 5.78
PDCD2-211ENST00000544336 TRIM41Q8WV44 630 aa50.88■■■■■ 5.74
PDCD2-211ENST00000544336 OSCARQ8IYS5 282 aa50.73■■■■■ 5.71
PDCD2-211ENST00000544336 TOPBP1Q92547 1522 aa50.7■■■■■ 5.71
PDCD2-211ENST00000544336 IFT140Q96RY7 1462 aa50.66■■■■■ 5.7
PDCD2-211ENST00000544336 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP50.63■■■■■ 5.7
PDCD2-211ENST00000544336 ABCC8Q09428 1581 aa50.53■■■■■ 5.68
PDCD2-211ENST00000544336 DNMBPQ6XZF7 1577 aa50.52■■■■■ 5.68
PDCD2-211ENST00000544336 EIF4G3O43432 1585 aaKnown RBP50.37■■■■■ 5.65
PDCD2-211ENST00000544336 TARBP1Q13395 1621 aaKnown RBP50.25■■■■■ 5.63
PDCD2-211ENST00000544336 POLA1P09884 1462 aaPredicted RBP50.18■■■■■ 5.62
PDCD2-211ENST00000544336 AQRO60306 1485 aaKnown RBP eCLIP50.17■■■■■ 5.629e-7■■■■■ 36.8
PDCD2-211ENST00000544336 RIMBP3CA6NJZ7 1639 aa50.14■■■■■ 5.62
PDCD2-211ENST00000544336 RIMBP3BA6NNM3 1639 aa50.14■■■■■ 5.62
PDCD2-211ENST00000544336 RIMBP3Q9UFD9 1639 aa50.14■■■■■ 5.62
PDCD2-211ENST00000544336 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa50.04■■■■■ 5.6
PDCD2-211ENST00000544336 CHD1O14646 1710 aa50.03■■■■■ 5.6
PDCD2-211ENST00000544336 ARHGEF11O15085 1522 aa49.95■■■■■ 5.59
PDCD2-211ENST00000544336 SOGA1O94964 1423 aa49.94■■■■■ 5.59
PDCD2-211ENST00000544336 FGD5Q6ZNL6 1462 aa49.9■■■■■ 5.58
PDCD2-211ENST00000544336 FBLN2P98095 1184 aa49.89■■■■■ 5.58
PDCD2-211ENST00000544336 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP49.88■■■■■ 5.58
PDCD2-211ENST00000544336 CUX1P39880 1505 aa49.86■■■■■ 5.57
PDCD2-211ENST00000544336 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP49.8■■■■■ 5.56
PDCD2-211ENST00000544336 WDR97A6NE52 1622 aa49.67■■■■■ 5.54
PDCD2-211ENST00000544336 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa49.67■■■■■ 5.54
PDCD2-211ENST00000544336 CYB5RLQ6IPT4 315 aa49.6■■■■■ 5.53
PDCD2-211ENST00000544336 GRIN2BQ13224 1484 aa49.5■■■■■ 5.51
PDCD2-211ENST00000544336 MAGI1Q96QZ7 1491 aaPredicted RBP49.48■■■■■ 5.51
PDCD2-211ENST00000544336 ARAP1Q96P48 1450 aa49.46■■■■■ 5.51
PDCD2-211ENST00000544336 CHMP7Q8WUX9 453 aaPredicted RBP49.46■■■■■ 5.51
PDCD2-211ENST00000544336 PBRM1Q86U86 1689 aa49.41■■■■■ 5.5
PDCD2-211ENST00000544336 CLASP1Q7Z460 1538 aa49.36■■■■■ 5.49
PDCD2-211ENST00000544336 SYNJ1O43426 1573 aa49.36■■■■■ 5.49
PDCD2-211ENST00000544336 GAPVD1Q14C86 1478 aa49.35■■■■■ 5.49
PDCD2-211ENST00000544336 SYNJ2O15056 1496 aa49.33■■■■■ 5.49
PDCD2-211ENST00000544336 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa49.28■■■■■ 5.48
PDCD2-211ENST00000544336 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa49.25■■■■■ 5.47
PDCD2-211ENST00000544336 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP49.09■■■■■ 5.45
PDCD2-211ENST00000544336 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa49.08■■■■■ 5.45
PDCD2-211ENST00000544336 TRHP20396 242 aaPredicted RBP49.07■■■■■ 5.45
PDCD2-211ENST00000544336 TOP2BQ02880 1626 aa49.05■■■■■ 5.44
PDCD2-211ENST00000544336 ADAMTS12P58397 1594 aa48.89■■■■■ 5.42
PDCD2-211ENST00000544336 GRIN2AQ12879 1464 aa48.87■■■■■ 5.41
PDCD2-211ENST00000544336 CEP170Q5SW79 1584 aa48.73■■■■■ 5.39
PDCD2-211ENST00000544336 FHAD1B1AJZ9 1412 aa48.7■■■■■ 5.39
PDCD2-211ENST00000544336 NUP160Q12769 1436 aa48.67■■■■■ 5.38
PDCD2-211ENST00000544336 ERCC6L2Q5T890 1561 aa48.67■■■■■ 5.38
PDCD2-211ENST00000544336 ERICH3Q5RHP9 1530 aa48.67■■■■■ 5.38
PDCD2-211ENST00000544336 SHROOM2Q13796 1616 aa48.48■■■■■ 5.35
PDCD2-211ENST00000544336 PRG4Q92954 1404 aaPredicted RBP48.25■■■■■ 5.32
PDCD2-211ENST00000544336 RUSC2Q8N2Y8 1516 aa48.2■■■■■ 5.31
PDCD2-211ENST00000544336 JPH4Q96JJ6 628 aa48.19■■■■■ 5.3
PDCD2-211ENST00000544336 KIF27Q86VH2 1401 aa48.08■■■■■ 5.29
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 54.8 ms