RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000541959.5

ARF3-208, Transcript of ADP ribosylation factor 3, human

APPRIS P1 TSL 5 BASIC

Gene ARF3, Length 807 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
ARF3-208	ENST00000541959	NISCH	Q9Y2I1	1504 aa		47.53	■■■■■ 5.2
ARF3-208	ENST00000541959	CCDC180	Q9P1Z9	1646 aa		42.43	■■■■■ 4.38
ARF3-208	ENST00000541959	ABCC9	O60706	1549 aa		41.9	■■■■■ 4.3
ARF3-208	ENST00000541959	RB1CC1	Q8TDY2	1594 aa		40.13	■■■■■ 4.01
ARF3-208	ENST00000541959	NACAD	O15069	1562 aa		39.98	■■■■□ 3.99
ARF3-208	ENST00000541959	DCAF8L2	P0C7V8	631 aa		39.94	■■■■□ 3.98
ARF3-208	ENST00000541959	MYO15B	Q96JP2	1530 aa		39.6	■■■■□ 3.93
ARF3-208	ENST00000541959	ZCCHC6	Q5VYS8	1495 aa	Known RBP	39.5	■■■■□ 3.91
ARF3-208	ENST00000541959	UNC13A	Q9UPW8	1703 aa		39.29	■■■■□ 3.88
ARF3-208	ENST00000541959	DCAF1	Q9Y4B6	1507 aa		39.29	■■■■□ 3.88
ARF3-208	ENST00000541959	PABPN1	Q86U42	306 aa	Known RBP eCLIP	39.11	■■■■□ 3.85
ARF3-208	ENST00000541959	BICRA	Q9NZM4	1560 aa		38.94	■■■■□ 3.82
ARF3-208	ENST00000541959	DNAJC5B	Q9UF47	199 aa		38.85	■■■■□ 3.81
ARF3-208	ENST00000541959	SCRIB	Q14160	1630 aa		38.69	■■■■□ 3.78
ARF3-208	ENST00000541959	SHROOM4	Q9ULL8	1493 aa		38.43	■■■■□ 3.74
ARF3-208	ENST00000541959	EIF4G1	Q04637	1599 aa	Known RBP	37.93	■■■■□ 3.66
ARF3-208	ENST00000541959	CC2D2A	Q9P2K1	1620 aa		37.9	■■■■□ 3.66
ARF3-208	ENST00000541959	CECR2	Q9BXF3	1484 aa		37.69	■■■■□ 3.62
ARF3-208	ENST00000541959	SMARCA4	P51532	1647 aa		36.97	■■■■□ 3.51
ARF3-208	ENST00000541959	NCAPD3	P42695	1498 aa		36.9	■■■■□ 3.5
ARF3-208	ENST00000541959	ATAD2B	Q9ULI0	1458 aa		36.86	■■■■□ 3.49
ARF3-208	ENST00000541959	BAZ1A	Q9NRL2	1556 aa	Predicted RBP	36.86	■■■■□ 3.49
ARF3-208	ENST00000541959	SMARCA2	P51531	1590 aa		36.79	■■■■□ 3.48
ARF3-208	ENST00000541959	HMGXB3	Q12766	1538 aa		36.66	■■■■□ 3.46
ARF3-208	ENST00000541959	MROH2B	Q7Z745	1585 aa		36.63	■■■■□ 3.45
ARF3-208	ENST00000541959	PEG3	Q9GZU2	1588 aa		36.6	■■■■□ 3.45
ARF3-208	ENST00000541959	BAZ1B	Q9UIG0	1483 aa	Known RBP	36.53	■■■■□ 3.44
ARF3-208	ENST00000541959	WIZ	O95785	1651 aa		36.25	■■■■□ 3.39
ARF3-208	ENST00000541959	NES	P48681	1621 aa		36.16	■■■■□ 3.38
ARF3-208	ENST00000541959	RSF1	Q96T23	1441 aa	Predicted RBP	36.14	■■■■□ 3.38
ARF3-208	ENST00000541959	ERCC6	Q03468	1493 aa		36.13	■■■■□ 3.37
ARF3-208	ENST00000541959	LAMC3	Q9Y6N6	1575 aa		35.99	■■■■□ 3.35
ARF3-208	ENST00000541959	CUX2	O14529	1486 aa		35.87	■■■■□ 3.33
ARF3-208	ENST00000541959	CADPS	Q9ULU8	1353 aa		35.81	■■■■□ 3.32
ARF3-208	ENST00000541959	TOP2A	P11388	1531 aa	Known RBP	35.8	■■■■□ 3.32
ARF3-208	ENST00000541959	PDS5B	Q9NTI5	1447 aa		35.75	■■■■□ 3.31
ARF3-208	ENST00000541959	KIF21A	Q7Z4S6	1674 aa		35.74	■■■■□ 3.31
ARF3-208	ENST00000541959	THOC2	Q8NI27	1593 aa	Known RBP	35.67	■■■■□ 3.3
ARF3-208	ENST00000541959	CFTR	P13569	1480 aa		35.5	■■■■□ 3.27
ARF3-208	ENST00000541959	SUPT5H	O00267	1087 aa	Known RBP	35.43	■■■■□ 3.26
ARF3-208	ENST00000541959	MRC2	Q9UBG0	1479 aa		35.41	■■■■□ 3.26
ARF3-208	ENST00000541959	CCDC88B	A6NC98	1476 aa		35.4	■■■■□ 3.26
ARF3-208	ENST00000541959	FANCD2	Q9BXW9	1451 aa		35.39	■■■■□ 3.26
ARF3-208	ENST00000541959	CEP164	Q9UPV0	1460 aa		35.37	■■■■□ 3.25
ARF3-208	ENST00000541959	WDR62	O43379	1518 aa		35.3	■■■■□ 3.24
ARF3-208	ENST00000541959	DNAJC5	Q9H3Z4	198 aa		35.28	■■■■□ 3.24
ARF3-208	ENST00000541959	PRDM2	Q13029	1718 aa		35.26	■■■■□ 3.24
ARF3-208	ENST00000541959	URB2	Q14146	1524 aa	Known RBP	35.06	■■■■□ 3.2
ARF3-208	ENST00000541959	TOPBP1	Q92547	1522 aa		34.79	■■■■□ 3.16
ARF3-208	ENST00000541959	ABCC8	Q09428	1581 aa		34.76	■■■■□ 3.16
ARF3-208	ENST00000541959	DNMBP	Q6XZF7	1577 aa		34.71	■■■■□ 3.15
ARF3-208	ENST00000541959	IFT140	Q96RY7	1462 aa		34.65	■■■■□ 3.14
ARF3-208	ENST00000541959	ZNF608	Q9ULD9	1512 aa	Predicted RBP	34.55	■■■■□ 3.12
ARF3-208	ENST00000541959	POLA1	P09884	1462 aa	Predicted RBP	34.46	■■■■□ 3.11
ARF3-208	ENST00000541959	TARBP1	Q13395	1621 aa	Known RBP	34.45	■■■■□ 3.11
ARF3-208	ENST00000541959	EIF4G3	O43432	1585 aa	Known RBP	34.39	■■■■□ 3.1
ARF3-208	ENST00000541959	CUX1	P39880	1505 aa		34.38	■■■■□ 3.09
ARF3-208	ENST00000541959	OSCAR	Q8IYS5	282 aa		34.37	■■■■□ 3.09
ARF3-208	ENST00000541959	RAD54L2	Q9Y4B4	1467 aa		34.33	■■■■□ 3.09
ARF3-208	ENST00000541959	SOGA1	O94964	1423 aa		34.33	■■■■□ 3.09
ARF3-208	ENST00000541959	FGD5	Q6ZNL6	1462 aa		34.33	■■■■□ 3.09
ARF3-208	ENST00000541959	AQR	O60306	1485 aa	Known RBP eCLIP	34.32	■■■■□ 3.08
ARF3-208	ENST00000541959	TDRD9	Q8NDG6	1382 aa	Known RBP	34.19	■■■■□ 3.06
ARF3-208	ENST00000541959	WRN	Q14191	1432 aa	Predicted RBP eCLIP	34.13	■■■■□ 3.05
ARF3-208	ENST00000541959	WDR97	A6NE52	1622 aa		34.12	■■■■□ 3.05
ARF3-208	ENST00000541959	CHD1	O14646	1710 aa		34.07	■■■■□ 3.05
ARF3-208	ENST00000541959	SYNJ1	O43426	1573 aa		34.04	■■■■□ 3.04
ARF3-208	ENST00000541959	TOP2B	Q02880	1626 aa		34.01	■■■■□ 3.04
ARF3-208	ENST00000541959	BIVM-ERCC5	R4GMW8	1640 aa		34.01	■■■■□ 3.04
ARF3-208	ENST00000541959	FBLN2	P98095	1184 aa		34	■■■■□ 3.03
ARF3-208	ENST00000541959	ABCA10	Q8WWZ4	1543 aa		33.97	■■■■□ 3.03
ARF3-208	ENST00000541959	SNAPC4	Q5SXM2	1469 aa		33.96	■■■■□ 3.03
ARF3-208	ENST00000541959	TRIM41	Q8WV44	630 aa		33.96	■■■■□ 3.03
ARF3-208	ENST00000541959	GRIN2B	Q13224	1484 aa		33.95	■■■■□ 3.03
ARF3-208	ENST00000541959	GAPVD1	Q14C86	1478 aa		33.92	■■■■□ 3.02
ARF3-208	ENST00000541959	MAGI1	Q96QZ7	1491 aa	Predicted RBP	33.9	■■■■□ 3.02
ARF3-208	ENST00000541959	PBRM1	Q86U86	1689 aa		33.9	■■■■□ 3.02
ARF3-208	ENST00000541959	ABCA5	Q8WWZ7	1642 aa		33.87	■■■■□ 3.01
ARF3-208	ENST00000541959	RIMBP3C	A6NJZ7	1639 aa		33.86	■■■■□ 3.01
ARF3-208	ENST00000541959	RIMBP3B	A6NNM3	1639 aa		33.86	■■■■□ 3.01
ARF3-208	ENST00000541959	RIMBP3	Q9UFD9	1639 aa		33.86	■■■■□ 3.01
ARF3-208	ENST00000541959	CHMP7	Q8WUX9	453 aa	Predicted RBP	33.84	■■■■□ 3.01
ARF3-208	ENST00000541959	ARHGEF11	O15085	1522 aa		33.79	■■■■□ 3
ARF3-208	ENST00000541959	SYNJ2	O15056	1496 aa		33.78	■■■■□ 3
ARF3-208	ENST00000541959	CLASP1	Q7Z460	1538 aa		33.64	■■■□□ 2.98
ARF3-208	ENST00000541959	ADAMTS12	P58397	1594 aa		33.56	■■■□□ 2.96
ARF3-208	ENST00000541959	ERICH3	Q5RHP9	1530 aa		33.55	■■■□□ 2.96
ARF3-208	ENST00000541959	CYB5RL	Q6IPT4	315 aa		33.54	■■■□□ 2.96
ARF3-208	ENST00000541959	GRIN2A	Q12879	1464 aa		33.52	■■■□□ 2.96
ARF3-208	ENST00000541959	FHAD1	B1AJZ9	1412 aa		33.5	■■■□□ 2.95
ARF3-208	ENST00000541959	ARAP1	Q96P48	1450 aa		33.48	■■■□□ 2.95
ARF3-208	ENST00000541959	KIF27	Q86VH2	1401 aa		33.41	■■■□□ 2.94
ARF3-208	ENST00000541959	CEP170	Q5SW79	1584 aa		33.38	■■■□□ 2.93
ARF3-208	ENST00000541959	NUP160	Q12769	1436 aa		33.38	■■■□□ 2.93
ARF3-208	ENST00000541959	IGF1R	P08069	1367 aa		33.26	■■■□□ 2.92
ARF3-208	ENST00000541959	SHROOM2	Q13796	1616 aa		33.19	■■■□□ 2.9
ARF3-208	ENST00000541959	CUL7	Q14999	1698 aa		33.19	■■■□□ 2.9
ARF3-208	ENST00000541959	ERCC6L2	Q5T890	1561 aa		33.18	■■■□□ 2.9
ARF3-208	ENST00000541959	RUSC2	Q8N2Y8	1516 aa		33.13	■■■□□ 2.89
ARF3-208	ENST00000541959	JPH4	Q96JJ6	628 aa		33.08	■■■□□ 2.89

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 24.5 ms