RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000540963.1

CHFR-218, Transcript of checkpoint with forkhead and ring finger domains, humanhuman

TSL 2

Gene CHFR, Length 875 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Ribosome .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHFR-218ENST00000540963 NISCHQ9Y2I1 1504 aa67.96■■■■■ 8.47
CHFR-218ENST00000540963 ABCC9O60706 1549 aa61.46■■■■■ 7.43
CHFR-218ENST00000540963 CCDC180Q9P1Z9 1646 aa61.26■■■■■ 7.4
CHFR-218ENST00000540963 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa58.48■■■■■ 6.95
CHFR-218ENST00000540963 NACADO15069 1562 aa58■■■■■ 6.88
CHFR-218ENST00000540963 DNAJC5BQ9UF47 199 aa58■■■■■ 6.88
CHFR-218ENST00000540963 DCAF8L2P0C7V8 631 aa57.33■■■■■ 6.77
CHFR-218ENST00000540963 MYO15BQ96JP2 1530 aa57.16■■■■■ 6.74
CHFR-218ENST00000540963 UNC13AQ9UPW8 1703 aa57.12■■■■■ 6.73
CHFR-218ENST00000540963 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP57.09■■■■■ 6.73
CHFR-218ENST00000540963 BICRAQ9NZM4 1560 aa56.73■■■■■ 6.67
CHFR-218ENST00000540963 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa56.23■■■■■ 6.59
CHFR-218ENST00000540963 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP56.23■■■■■ 6.59
CHFR-218ENST00000540963 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa56.12■■■■■ 6.57
CHFR-218ENST00000540963 SCRIBQ14160 1630 aa55.6■■■■■ 6.49
CHFR-218ENST00000540963 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa55.58■■■■■ 6.49
CHFR-218ENST00000540963 CECR2Q9BXF3 1484 aa55.48■■■■■ 6.47
CHFR-218ENST00000540963 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP55.38■■■■■ 6.46
CHFR-218ENST00000540963 DNAJC5Q9H3Z4 198 aa53.7■■■■■ 6.19
CHFR-218ENST00000540963 NCAPD3P42695 1498 aa53.53■■■■■ 6.16
CHFR-218ENST00000540963 CUX2O14529 1486 aa53.32■■■■■ 6.13
CHFR-218ENST00000540963 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa53.25■■■■■ 6.11
CHFR-218ENST00000540963 SMARCA2P51531 1590 aa53.15■■■■■ 6.1
CHFR-218ENST00000540963 ERCC6Q03468 1493 aa53.14■■■■■ 6.1
CHFR-218ENST00000540963 HMGXB3Q12766 1538 aa53.11■■■■■ 6.09
CHFR-218ENST00000540963 SMARCA4P51532 1647 aa53.09■■■■■ 6.09
CHFR-218ENST00000540963 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP52.81■■■■■ 6.05
CHFR-218ENST00000540963 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP52.7■■■■■ 6.03
CHFR-218ENST00000540963 PEG3Q9GZU2 1588 aa52.68■■■■■ 6.02
CHFR-218ENST00000540963 NESP48681 1621 aa52.66■■■■■ 6.02
CHFR-218ENST00000540963 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa52.41■■■■■ 5.98
CHFR-218ENST00000540963 THOC2Q8NI27 1593 aaKnown RBP52.32■■■■■ 5.97
CHFR-218ENST00000540963 MROH2BQ7Z745 1585 aa52.29■■■■■ 5.96
CHFR-218ENST00000540963 PDS5BQ9NTI5 1447 aa52.09■■■■■ 5.93
CHFR-218ENST00000540963 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa52.04■■■■■ 5.92
CHFR-218ENST00000540963 CADPSQ9ULU8 1353 aa51.84■■■■■ 5.89
CHFR-218ENST00000540963 WIZO95785 1651 aa51.63■■■■■ 5.86
CHFR-218ENST00000540963 MRC2Q9UBG0 1479 aa51.63■■■■■ 5.86
CHFR-218ENST00000540963 WDR62O43379 1518 aa51.55■■■■■ 5.84
CHFR-218ENST00000540963 CEP164Q9UPV0 1460 aa51.34■■■■■ 5.81
CHFR-218ENST00000540963 FANCD2Q9BXW9 1451 aa51.22■■■■■ 5.79
CHFR-218ENST00000540963 CFTRP13569 1480 aa51.18■■■■■ 5.78
CHFR-218ENST00000540963 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP51.07■■■■■ 5.77
CHFR-218ENST00000540963 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP51.03■■■■■ 5.76
CHFR-218ENST00000540963 TRIM41Q8WV44 630 aa51■■■■■ 5.75
CHFR-218ENST00000540963 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP50.81■■■■■ 5.72
CHFR-218ENST00000540963 OSCARQ8IYS5 282 aa50.75■■■■■ 5.71
CHFR-218ENST00000540963 PRDM2Q13029 1718 aa50.7■■■■■ 5.71
CHFR-218ENST00000540963 CCDC88BA6NC98 1476 aa50.4■■■■■ 5.66
CHFR-218ENST00000540963 IFT140Q96RY7 1462 aa50.36■■■■■ 5.65
CHFR-218ENST00000540963 TOPBP1Q92547 1522 aa50.21■■■■■ 5.63
CHFR-218ENST00000540963 ABCC8Q09428 1581 aa50.21■■■■■ 5.63
CHFR-218ENST00000540963 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP50.21■■■■■ 5.63
CHFR-218ENST00000540963 RIMBP3CA6NJZ7 1639 aa50.11■■■■■ 5.61
CHFR-218ENST00000540963 RIMBP3BA6NNM3 1639 aa50.11■■■■■ 5.61
CHFR-218ENST00000540963 RIMBP3Q9UFD9 1639 aa50.11■■■■■ 5.61
CHFR-218ENST00000540963 DNMBPQ6XZF7 1577 aa50.02■■■■■ 5.6
CHFR-218ENST00000540963 EIF4G3O43432 1585 aaKnown RBP49.97■■■■■ 5.59
CHFR-218ENST00000540963 ARHGEF11O15085 1522 aa49.91■■■■■ 5.58
CHFR-218ENST00000540963 TARBP1Q13395 1621 aaKnown RBP49.82■■■■■ 5.57
CHFR-218ENST00000540963 AQRO60306 1485 aaKnown RBP eCLIP49.7■■■■■ 5.55
CHFR-218ENST00000540963 CHD1O14646 1710 aa49.68■■■■■ 5.54
CHFR-218ENST00000540963 POLA1P09884 1462 aaPredicted RBP49.66■■■■■ 5.54
CHFR-218ENST00000540963 CYB5RLQ6IPT4 315 aa49.5■■■■■ 5.51
CHFR-218ENST00000540963 SOGA1O94964 1423 aa49.43■■■■■ 5.5
CHFR-218ENST00000540963 WDR97A6NE52 1622 aa49.43■■■■■ 5.5
CHFR-218ENST00000540963 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa49.42■■■■■ 5.5
CHFR-218ENST00000540963 FBLN2P98095 1184 aa49.41■■■■■ 5.5
CHFR-218ENST00000540963 ARAP1Q96P48 1450 aa49.37■■■■■ 5.49
CHFR-218ENST00000540963 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP49.32■■■■■ 5.49
CHFR-218ENST00000540963 FGD5Q6ZNL6 1462 aa49.27■■■■■ 5.48
CHFR-218ENST00000540963 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa49.21■■■■■ 5.47
CHFR-218ENST00000540963 MAGI1Q96QZ7 1491 aaPredicted RBP49.18■■■■■ 5.46
CHFR-218ENST00000540963 CUX1P39880 1505 aa49.16■■■■■ 5.46
CHFR-218ENST00000540963 CLASP1Q7Z460 1538 aa49.14■■■■■ 5.46
CHFR-218ENST00000540963 GRIN2BQ13224 1484 aa49.09■■■■■ 5.45
CHFR-218ENST00000540963 SYNJ1O43426 1573 aa49.09■■■■■ 5.45
CHFR-218ENST00000540963 TRHP20396 242 aaPredicted RBP49.07■■■■■ 5.45
CHFR-218ENST00000540963 CHMP7Q8WUX9 453 aaPredicted RBP49.07■■■■■ 5.45
CHFR-218ENST00000540963 SYNJ2O15056 1496 aa48.99■■■■■ 5.43
CHFR-218ENST00000540963 PBRM1Q86U86 1689 aa48.85■■■■■ 5.41
CHFR-218ENST00000540963 GAPVD1Q14C86 1478 aa48.84■■■■■ 5.41
CHFR-218ENST00000540963 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa48.77■■■■■ 5.4
CHFR-218ENST00000540963 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa48.72■■■■■ 5.39
CHFR-218ENST00000540963 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP48.47■■■■■ 5.351e-6■■■■■ 52.5
CHFR-218ENST00000540963 GRIN2AQ12879 1464 aa48.44■■■■■ 5.35
CHFR-218ENST00000540963 ADAMTS12P58397 1594 aa48.36■■■■■ 5.33
CHFR-218ENST00000540963 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa48.34■■■■■ 5.33
CHFR-218ENST00000540963 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP48.33■■■■■ 5.33
CHFR-218ENST00000540963 NUP160Q12769 1436 aa48.32■■■■■ 5.33
CHFR-218ENST00000540963 TOP2BQ02880 1626 aa48.32■■■■■ 5.33
CHFR-218ENST00000540963 CEP170Q5SW79 1584 aa48.26■■■■■ 5.32
CHFR-218ENST00000540963 ERCC6L2Q5T890 1561 aa48.23■■■■■ 5.31
CHFR-218ENST00000540963 FHAD1B1AJZ9 1412 aa48.23■■■■■ 5.31
CHFR-218ENST00000540963 SHROOM2Q13796 1616 aa48.18■■■■■ 5.3
CHFR-218ENST00000540963 ERICH3Q5RHP9 1530 aa48.17■■■■■ 5.3
CHFR-218ENST00000540963 AEBP2Q6ZN18 517 aaPredicted RBP47.99■■■■■ 5.27
CHFR-218ENST00000540963 PRG4Q92954 1404 aaPredicted RBP47.82■■■■■ 5.25
CHFR-218ENST00000540963 JPH4Q96JJ6 628 aa47.79■■■■■ 5.24
CHFR-218ENST00000540963 KIF13AQ9H1H9 1805 aa47.73■■■■■ 5.23
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