RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000534283.1

RELA-223, Transcript of RELA proto-oncogene, NF-kB subunit, human

TSL 5

Gene RELA, Length 575 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
RELA-223	ENST00000534283	NISCH	Q9Y2I1	1504 aa		60.63	■■■■■ 7.3
RELA-223	ENST00000534283	CCDC180	Q9P1Z9	1646 aa		54.11	■■■■■ 6.25
RELA-223	ENST00000534283	ABCC9	O60706	1549 aa		54.09	■■■■■ 6.25
RELA-223	ENST00000534283	RB1CC1	Q8TDY2	1594 aa		51.49	■■■■■ 5.83
RELA-223	ENST00000534283	NACAD	O15069	1562 aa		51.25	■■■■■ 5.79
RELA-223	ENST00000534283	DCAF8L2	P0C7V8	631 aa		51.08	■■■■■ 5.77
RELA-223	ENST00000534283	DNAJC5B	Q9UF47	199 aa		50.77	■■■■■ 5.72
RELA-223	ENST00000534283	MYO15B	Q96JP2	1530 aa		50.69	■■■■■ 5.71
RELA-223	ENST00000534283	PABPN1	Q86U42	306 aa	Known RBP eCLIP	50.5	■■■■■ 5.67
RELA-223	ENST00000534283	ZCCHC6	Q5VYS8	1495 aa	Known RBP	50.27	■■■■■ 5.64
RELA-223	ENST00000534283	UNC13A	Q9UPW8	1703 aa		50.16	■■■■■ 5.62
RELA-223	ENST00000534283	DCAF1	Q9Y4B6	1507 aa		50.11	■■■■■ 5.61
RELA-223	ENST00000534283	BICRA	Q9NZM4	1560 aa		50.08	■■■■■ 5.61
RELA-223	ENST00000534283	SHROOM4	Q9ULL8	1493 aa		49.41	■■■■■ 5.5
RELA-223	ENST00000534283	SCRIB	Q14160	1630 aa		49.37	■■■■■ 5.49
RELA-223	ENST00000534283	CC2D2A	Q9P2K1	1620 aa		48.81	■■■■■ 5.4
RELA-223	ENST00000534283	EIF4G1	Q04637	1599 aa	Known RBP	48.79	■■■■■ 5.4
RELA-223	ENST00000534283	CECR2	Q9BXF3	1484 aa		48.73	■■■■■ 5.39
RELA-223	ENST00000534283	NCAPD3	P42695	1498 aa		47.43	■■■■■ 5.18
RELA-223	ENST00000534283	ATAD2B	Q9ULI0	1458 aa		47.29	■■■■■ 5.16
RELA-223	ENST00000534283	SMARCA4	P51532	1647 aa		47.15	■■■■■ 5.14
RELA-223	ENST00000534283	SMARCA2	P51531	1590 aa		47.06	■■■■■ 5.12
RELA-223	ENST00000534283	BAZ1A	Q9NRL2	1556 aa	Predicted RBP	46.98	■■■■■ 5.11
RELA-223	ENST00000534283	HMGXB3	Q12766	1538 aa		46.97	■■■■■ 5.11
RELA-223	ENST00000534283	PEG3	Q9GZU2	1588 aa		46.77	■■■■■ 5.08
RELA-223	ENST00000534283	BAZ1B	Q9UIG0	1483 aa	Known RBP	46.75	■■■■■ 5.07
RELA-223	ENST00000534283	MROH2B	Q7Z745	1585 aa		46.73	■■■■■ 5.07
RELA-223	ENST00000534283	ERCC6	Q03468	1493 aa		46.63	■■■■■ 5.05
RELA-223	ENST00000534283	NES	P48681	1621 aa		46.55	■■■■■ 5.04
RELA-223	ENST00000534283	CUX2	O14529	1486 aa		46.54	■■■■■ 5.04
RELA-223	ENST00000534283	DNAJC5	Q9H3Z4	198 aa		46.43	■■■■■ 5.02
RELA-223	ENST00000534283	LAMC3	Q9Y6N6	1575 aa		46.17	■■■■■ 4.98
RELA-223	ENST00000534283	WIZ	O95785	1651 aa		46.05	■■■■■ 4.96
RELA-223	ENST00000534283	CADPS	Q9ULU8	1353 aa		45.99	■■■■■ 4.95
RELA-223	ENST00000534283	PDS5B	Q9NTI5	1447 aa		45.99	■■■■■ 4.95
RELA-223	ENST00000534283	THOC2	Q8NI27	1593 aa	Known RBP	45.93	■■■■■ 4.94
RELA-223	ENST00000534283	RSF1	Q96T23	1441 aa	Predicted RBP	45.9	■■■■■ 4.94
RELA-223	ENST00000534283	KIF21A	Q7Z4S6	1674 aa		45.75	■■■■■ 4.91
RELA-223	ENST00000534283	MRC2	Q9UBG0	1479 aa		45.55	■■■■■ 4.88
RELA-223	ENST00000534283	TOP2A	P11388	1531 aa	Known RBP	45.54	■■■■■ 4.88
RELA-223	ENST00000534283	CFTR	P13569	1480 aa		45.49	■■■■■ 4.87
RELA-223	ENST00000534283	WDR62	O43379	1518 aa		45.42	■■■■■ 4.86
RELA-223	ENST00000534283	FANCD2	Q9BXW9	1451 aa		45.4	■■■■■ 4.86
RELA-223	ENST00000534283	CEP164	Q9UPV0	1460 aa		45.38	■■■■■ 4.86
RELA-223	ENST00000534283	CCDC88B	A6NC98	1476 aa		45.11	■■■■■ 4.81
RELA-223	ENST00000534283	URB2	Q14146	1524 aa	Known RBP	45.03	■■■■■ 4.8
RELA-223	ENST00000534283	PRDM2	Q13029	1718 aa		44.67	■■■■■ 4.74
RELA-223	ENST00000534283	TOPBP1	Q92547	1522 aa		44.55	■■■■■ 4.72
RELA-223	ENST00000534283	OSCAR	Q8IYS5	282 aa		44.53	■■■■■ 4.72
RELA-223	ENST00000534283	IFT140	Q96RY7	1462 aa		44.52	■■■■■ 4.72
RELA-223	ENST00000534283	ABCC8	Q09428	1581 aa		44.46	■■■■■ 4.71
RELA-223	ENST00000534283	ZNF608	Q9ULD9	1512 aa	Predicted RBP	44.45	■■■■■ 4.71
RELA-223	ENST00000534283	TRIM41	Q8WV44	630 aa		44.35	■■■■■ 4.69
RELA-223	ENST00000534283	DNMBP	Q6XZF7	1577 aa		44.35	■■■■■ 4.69
RELA-223	ENST00000534283	POLA1	P09884	1462 aa	Predicted RBP	44.13	■■■■■ 4.65
RELA-223	ENST00000534283	TARBP1	Q13395	1621 aa	Known RBP	44.1	■■■■■ 4.65
RELA-223	ENST00000534283	AQR	O60306	1485 aa	Known RBP eCLIP	44.09	■■■■■ 4.65	1e-9	■■■■■ 33
RELA-223	ENST00000534283	EIF4G3	O43432	1585 aa	Known RBP	44.06	■■■■■ 4.64
RELA-223	ENST00000534283	RAD54L2	Q9Y4B4	1467 aa		43.98	■■■■■ 4.63
RELA-223	ENST00000534283	SOGA1	O94964	1423 aa		43.97	■■■■■ 4.63
RELA-223	ENST00000534283	SUPT5H	O00267	1087 aa	Known RBP	43.96	■■■■■ 4.63
RELA-223	ENST00000534283	TDRD9	Q8NDG6	1382 aa	Known RBP	43.88	■■■■■ 4.61
RELA-223	ENST00000534283	CUX1	P39880	1505 aa		43.87	■■■■■ 4.61
RELA-223	ENST00000534283	FGD5	Q6ZNL6	1462 aa		43.85	■■■■■ 4.61
RELA-223	ENST00000534283	RIMBP3C	A6NJZ7	1639 aa		43.76	■■■■■ 4.6
RELA-223	ENST00000534283	RIMBP3B	A6NNM3	1639 aa		43.76	■■■■■ 4.6
RELA-223	ENST00000534283	RIMBP3	Q9UFD9	1639 aa		43.76	■■■■■ 4.6
RELA-223	ENST00000534283	ARHGEF11	O15085	1522 aa		43.72	■■■■■ 4.59
RELA-223	ENST00000534283	FBLN2	P98095	1184 aa		43.71	■■■■■ 4.59
RELA-223	ENST00000534283	WDR97	A6NE52	1622 aa		43.62	■■■■■ 4.57
RELA-223	ENST00000534283	CHD1	O14646	1710 aa		43.6	■■■■■ 4.57
RELA-223	ENST00000534283	SNAPC4	Q5SXM2	1469 aa		43.58	■■■■■ 4.57
RELA-223	ENST00000534283	GRIN2B	Q13224	1484 aa		43.52	■■■■■ 4.56
RELA-223	ENST00000534283	MAGI1	Q96QZ7	1491 aa	Predicted RBP	43.47	■■■■■ 4.55
RELA-223	ENST00000534283	CYB5RL	Q6IPT4	315 aa		43.47	■■■■■ 4.55
RELA-223	ENST00000534283	CHMP7	Q8WUX9	453 aa	Predicted RBP	43.46	■■■■■ 4.55
RELA-223	ENST00000534283	ABCA10	Q8WWZ4	1543 aa		43.4	■■■■■ 4.54
RELA-223	ENST00000534283	GAPVD1	Q14C86	1478 aa		43.39	■■■■■ 4.54
RELA-223	ENST00000534283	SYNJ2	O15056	1496 aa		43.35	■■■■■ 4.53
RELA-223	ENST00000534283	ARAP1	Q96P48	1450 aa		43.34	■■■■■ 4.53
RELA-223	ENST00000534283	CLASP1	Q7Z460	1538 aa		43.31	■■■■■ 4.52
RELA-223	ENST00000534283	WRN	Q14191	1432 aa	Predicted RBP eCLIP	43.28	■■■■■ 4.52
RELA-223	ENST00000534283	ABCA5	Q8WWZ7	1642 aa		43.22	■■■■■ 4.51
RELA-223	ENST00000534283	SYNJ1	O43426	1573 aa		43.21	■■■■■ 4.51
RELA-223	ENST00000534283	TOP2B	Q02880	1626 aa		43.15	■■■■■ 4.5
RELA-223	ENST00000534283	PBRM1	Q86U86	1689 aa		43.13	■■■■■ 4.49
RELA-223	ENST00000534283	BIVM-ERCC5	R4GMW8	1640 aa		43.1	■■■■■ 4.49
RELA-223	ENST00000534283	GRIN2A	Q12879	1464 aa		42.94	■■■■■ 4.47
RELA-223	ENST00000534283	ADAMTS12	P58397	1594 aa		42.88	■■■■■ 4.45
RELA-223	ENST00000534283	FHAD1	B1AJZ9	1412 aa		42.88	■■■■■ 4.45
RELA-223	ENST00000534283	NUP160	Q12769	1436 aa		42.86	■■■■■ 4.45
RELA-223	ENST00000534283	TRH	P20396	242 aa	Predicted RBP	42.84	■■■■■ 4.45
RELA-223	ENST00000534283	ERICH3	Q5RHP9	1530 aa		42.81	■■■■■ 4.44
RELA-223	ENST00000534283	CEP170	Q5SW79	1584 aa		42.75	■■■■■ 4.43
RELA-223	ENST00000534283	ERCC6L2	Q5T890	1561 aa		42.65	■■■■■ 4.42
RELA-223	ENST00000534283	SHROOM2	Q13796	1616 aa		42.53	■■■■■ 4.4
RELA-223	ENST00000534283	IGF1R	P08069	1367 aa		42.48	■■■■■ 4.39
RELA-223	ENST00000534283	JPH4	Q96JJ6	628 aa		42.47	■■■■■ 4.39
RELA-223	ENST00000534283	PRG4	Q92954	1404 aa	Predicted RBP	42.4	■■■■■ 4.38
RELA-223	ENST00000534283	KIF27	Q86VH2	1401 aa		42.39	■■■■■ 4.38

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 29.6 ms