RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000527827.1

CPSF1-202, Transcript of cleavage and polyadenylation specific factor 1, humanhuman

TSL 2

Gene CPSF1, Length 619 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytoplasm, Cytosol, Nucleus, Ribosome .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CPSF1-202ENST00000527827 NISCHQ9Y2I1 1504 aa59.55■■■■■ 7.12
CPSF1-202ENST00000527827 ABCC9O60706 1549 aa53.68■■■■■ 6.18
CPSF1-202ENST00000527827 CCDC180Q9P1Z9 1646 aa53.53■■■■■ 6.16
CPSF1-202ENST00000527827 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa51.01■■■■■ 5.76
CPSF1-202ENST00000527827 NACADO15069 1562 aa50.63■■■■■ 5.7
CPSF1-202ENST00000527827 DNAJC5BQ9UF47 199 aa50.56■■■■■ 5.68
CPSF1-202ENST00000527827 DCAF8L2P0C7V8 631 aa50.27■■■■■ 5.64
CPSF1-202ENST00000527827 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP49.94■■■■■ 5.59
CPSF1-202ENST00000527827 UNC13AQ9UPW8 1703 aa49.94■■■■■ 5.58
CPSF1-202ENST00000527827 MYO15BQ96JP2 1530 aa49.89■■■■■ 5.58
CPSF1-202ENST00000527827 BICRAQ9NZM4 1560 aa49.59■■■■■ 5.53
CPSF1-202ENST00000527827 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP49.32■■■■■ 5.49
CPSF1-202ENST00000527827 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa49.19■■■■■ 5.46
CPSF1-202ENST00000527827 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa48.85■■■■■ 5.41
CPSF1-202ENST00000527827 SCRIBQ14160 1630 aa48.75■■■■■ 5.39
CPSF1-202ENST00000527827 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa48.5■■■■■ 5.36
CPSF1-202ENST00000527827 CECR2Q9BXF3 1484 aa48.36■■■■■ 5.33
CPSF1-202ENST00000527827 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP48.35■■■■■ 5.33
CPSF1-202ENST00000527827 NCAPD3P42695 1498 aa46.75■■■■■ 5.07
CPSF1-202ENST00000527827 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa46.58■■■■■ 5.05
CPSF1-202ENST00000527827 DNAJC5Q9H3Z4 198 aa46.51■■■■■ 5.04
CPSF1-202ENST00000527827 SMARCA4P51532 1647 aa46.5■■■■■ 5.04
CPSF1-202ENST00000527827 SMARCA2P51531 1590 aa46.43■■■■■ 5.02
CPSF1-202ENST00000527827 HMGXB3Q12766 1538 aa46.38■■■■■ 5.02
CPSF1-202ENST00000527827 CUX2O14529 1486 aa46.32■■■■■ 5.01
CPSF1-202ENST00000527827 ERCC6Q03468 1493 aa46.31■■■■■ 5
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CPSF1-202ENST00000527827 NESP48681 1621 aa46.09■■■■■ 4.97
CPSF1-202ENST00000527827 PEG3Q9GZU2 1588 aa46.06■■■■■ 4.96
CPSF1-202ENST00000527827 MROH2BQ7Z745 1585 aa45.9■■■■■ 4.94
CPSF1-202ENST00000527827 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa45.71■■■■■ 4.91
CPSF1-202ENST00000527827 THOC2Q8NI27 1593 aaKnown RBP45.67■■■■■ 4.9
CPSF1-202ENST00000527827 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa45.5■■■■■ 4.87
CPSF1-202ENST00000527827 PDS5BQ9NTI5 1447 aa45.43■■■■■ 4.86
CPSF1-202ENST00000527827 WIZO95785 1651 aa45.35■■■■■ 4.85
CPSF1-202ENST00000527827 CADPSQ9ULU8 1353 aa45.31■■■■■ 4.84
CPSF1-202ENST00000527827 MRC2Q9UBG0 1479 aa45.07■■■■■ 4.81
CPSF1-202ENST00000527827 WDR62O43379 1518 aa44.99■■■■■ 4.79
CPSF1-202ENST00000527827 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP44.87■■■■■ 4.77
CPSF1-202ENST00000527827 CEP164Q9UPV0 1460 aa44.85■■■■■ 4.77
CPSF1-202ENST00000527827 FANCD2Q9BXW9 1451 aa44.79■■■■■ 4.76
CPSF1-202ENST00000527827 CFTRP13569 1480 aa44.77■■■■■ 4.76
CPSF1-202ENST00000527827 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP44.74■■■■■ 4.75
CPSF1-202ENST00000527827 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP44.47■■■■■ 4.71
CPSF1-202ENST00000527827 TRIM41Q8WV44 630 aa44.36■■■■■ 4.69
CPSF1-202ENST00000527827 PRDM2Q13029 1718 aa44.33■■■■■ 4.69
CPSF1-202ENST00000527827 CCDC88BA6NC98 1476 aa44.25■■■■■ 4.67
CPSF1-202ENST00000527827 OSCARQ8IYS5 282 aa44.16■■■■■ 4.66
CPSF1-202ENST00000527827 IFT140Q96RY7 1462 aa43.96■■■■■ 4.63
CPSF1-202ENST00000527827 TOPBP1Q92547 1522 aa43.94■■■■■ 4.63
CPSF1-202ENST00000527827 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP43.94■■■■■ 4.63
CPSF1-202ENST00000527827 ABCC8Q09428 1581 aa43.8■■■■■ 4.6
CPSF1-202ENST00000527827 DNMBPQ6XZF7 1577 aa43.76■■■■■ 4.6
CPSF1-202ENST00000527827 EIF4G3O43432 1585 aaKnown RBP43.68■■■■■ 4.58
CPSF1-202ENST00000527827 RIMBP3CA6NJZ7 1639 aa43.66■■■■■ 4.58
CPSF1-202ENST00000527827 RIMBP3BA6NNM3 1639 aa43.66■■■■■ 4.58
CPSF1-202ENST00000527827 RIMBP3Q9UFD9 1639 aa43.66■■■■■ 4.58
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CPSF1-202ENST00000527827 AQRO60306 1485 aaKnown RBP eCLIP43.51■■■■■ 4.561e-9■□□□□ 10.3
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CPSF1-202ENST00000527827 CHD1O14646 1710 aa43.42■■■■■ 4.54
CPSF1-202ENST00000527827 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa43.33■■■■■ 4.53
CPSF1-202ENST00000527827 SOGA1O94964 1423 aa43.26■■■■■ 4.52
CPSF1-202ENST00000527827 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP43.2■■■■■ 4.51
CPSF1-202ENST00000527827 FBLN2P98095 1184 aa43.2■■■■■ 4.51
CPSF1-202ENST00000527827 FGD5Q6ZNL6 1462 aa43.18■■■■■ 4.5
CPSF1-202ENST00000527827 CYB5RLQ6IPT4 315 aa43.14■■■■■ 4.5
CPSF1-202ENST00000527827 CUX1P39880 1505 aa43.13■■■■■ 4.5
CPSF1-202ENST00000527827 WDR97A6NE52 1622 aa43.1■■■■■ 4.49
CPSF1-202ENST00000527827 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa43.06■■■■■ 4.48
CPSF1-202ENST00000527827 ARAP1Q96P48 1450 aa43.06■■■■■ 4.48
CPSF1-202ENST00000527827 MAGI1Q96QZ7 1491 aaPredicted RBP42.93■■■■■ 4.46
CPSF1-202ENST00000527827 GRIN2BQ13224 1484 aa42.91■■■■■ 4.46
CPSF1-202ENST00000527827 CLASP1Q7Z460 1538 aa42.91■■■■■ 4.46
CPSF1-202ENST00000527827 CHMP7Q8WUX9 453 aaPredicted RBP42.86■■■■■ 4.45
CPSF1-202ENST00000527827 SYNJ1O43426 1573 aa42.82■■■■■ 4.45
CPSF1-202ENST00000527827 SYNJ2O15056 1496 aa42.79■■■■■ 4.44
CPSF1-202ENST00000527827 PBRM1Q86U86 1689 aa42.76■■■■■ 4.44
CPSF1-202ENST00000527827 GAPVD1Q14C86 1478 aa42.74■■■■■ 4.43
CPSF1-202ENST00000527827 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP42.71■■■■■ 4.43
CPSF1-202ENST00000527827 TRHP20396 242 aaPredicted RBP42.69■■■■■ 4.42
CPSF1-202ENST00000527827 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa42.68■■■■■ 4.42
CPSF1-202ENST00000527827 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa42.66■■■■■ 4.42
CPSF1-202ENST00000527827 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP42.45■■■■■ 4.39
CPSF1-202ENST00000527827 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa42.41■■■■■ 4.38
CPSF1-202ENST00000527827 TOP2BQ02880 1626 aa42.38■■■■■ 4.38
CPSF1-202ENST00000527827 GRIN2AQ12879 1464 aa42.36■■■■■ 4.37
CPSF1-202ENST00000527827 ADAMTS12P58397 1594 aa42.33■■■■■ 4.37
CPSF1-202ENST00000527827 ERCC6L2Q5T890 1561 aa42.25■■■■■ 4.35
CPSF1-202ENST00000527827 CEP170Q5SW79 1584 aa42.24■■■■■ 4.35
CPSF1-202ENST00000527827 NUP160Q12769 1436 aa42.24■■■■■ 4.35
CPSF1-202ENST00000527827 FHAD1B1AJZ9 1412 aa42.19■■■■■ 4.34
CPSF1-202ENST00000527827 ERICH3Q5RHP9 1530 aa42.14■■■■■ 4.34
CPSF1-202ENST00000527827 SHROOM2Q13796 1616 aa42.09■■■■■ 4.33
CPSF1-202ENST00000527827 PRG4Q92954 1404 aaPredicted RBP41.83■■■■■ 4.29
CPSF1-202ENST00000527827 JPH4Q96JJ6 628 aa41.78■■■■■ 4.28
CPSF1-202ENST00000527827 RUSC2Q8N2Y8 1516 aa41.74■■■■■ 4.27
CPSF1-202ENST00000527827 KIF13AQ9H1H9 1805 aa41.63■■■■■ 4.26
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