RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000513678.5

MATR3-222, Transcript of matrin 3, human

TSL 2

Gene MATR3, Length 444 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
MATR3-222	ENST00000513678	NISCH	Q9Y2I1	1504 aa		42.02	■■■■■ 4.32
MATR3-222	ENST00000513678	CCDC180	Q9P1Z9	1646 aa		37.63	■■■■□ 3.61
MATR3-222	ENST00000513678	ABCC9	O60706	1549 aa		37.31	■■■■□ 3.56
MATR3-222	ENST00000513678	RB1CC1	Q8TDY2	1594 aa		35.67	■■■■□ 3.3
MATR3-222	ENST00000513678	NACAD	O15069	1562 aa		35.5	■■■■□ 3.27
MATR3-222	ENST00000513678	MYO15B	Q96JP2	1530 aa		35.16	■■■■□ 3.22
MATR3-222	ENST00000513678	DCAF8L2	P0C7V8	631 aa		35.14	■■■■□ 3.22
MATR3-222	ENST00000513678	ZCCHC6	Q5VYS8	1495 aa	Known RBP	34.91	■■■■□ 3.18
MATR3-222	ENST00000513678	UNC13A	Q9UPW8	1703 aa		34.84	■■■■□ 3.17
MATR3-222	ENST00000513678	DNAJC5B	Q9UF47	199 aa		34.79	■■■■□ 3.16
MATR3-222	ENST00000513678	DCAF1	Q9Y4B6	1507 aa		34.78	■■■■□ 3.16
MATR3-222	ENST00000513678	PABPN1	Q86U42	306 aa	Known RBP eCLIP	34.72	■■■■□ 3.15
MATR3-222	ENST00000513678	BICRA	Q9NZM4	1560 aa		34.66	■■■■□ 3.14
MATR3-222	ENST00000513678	SHROOM4	Q9ULL8	1493 aa		34.28	■■■■□ 3.08
MATR3-222	ENST00000513678	SCRIB	Q14160	1630 aa		34.22	■■■■□ 3.07
MATR3-222	ENST00000513678	EIF4G1	Q04637	1599 aa	Known RBP	33.77	■■■■□ 3
MATR3-222	ENST00000513678	CC2D2A	Q9P2K1	1620 aa		33.75	■■■□□ 2.99
MATR3-222	ENST00000513678	CECR2	Q9BXF3	1484 aa		33.62	■■■□□ 2.97
MATR3-222	ENST00000513678	NCAPD3	P42695	1498 aa		32.79	■■■□□ 2.84
MATR3-222	ENST00000513678	SMARCA4	P51532	1647 aa		32.73	■■■□□ 2.83
MATR3-222	ENST00000513678	ATAD2B	Q9ULI0	1458 aa		32.7	■■■□□ 2.83
MATR3-222	ENST00000513678	SMARCA2	P51531	1590 aa		32.62	■■■□□ 2.81
MATR3-222	ENST00000513678	BAZ1A	Q9NRL2	1556 aa	Predicted RBP	32.6	■■■□□ 2.81
MATR3-222	ENST00000513678	HMGXB3	Q12766	1538 aa		32.59	■■■□□ 2.81
MATR3-222	ENST00000513678	PEG3	Q9GZU2	1588 aa		32.47	■■■□□ 2.79
MATR3-222	ENST00000513678	BAZ1B	Q9UIG0	1483 aa	Known RBP	32.37	■■■□□ 2.77
MATR3-222	ENST00000513678	MROH2B	Q7Z745	1585 aa		32.36	■■■□□ 2.77
MATR3-222	ENST00000513678	ERCC6	Q03468	1493 aa		32.18	■■■□□ 2.74
MATR3-222	ENST00000513678	NES	P48681	1621 aa		32.14	■■■□□ 2.74
MATR3-222	ENST00000513678	CUX2	O14529	1486 aa		32.13	■■■□□ 2.73
MATR3-222	ENST00000513678	LAMC3	Q9Y6N6	1575 aa		31.99	■■■□□ 2.71
MATR3-222	ENST00000513678	WIZ	O95785	1651 aa		31.95	■■■□□ 2.7
MATR3-222	ENST00000513678	THOC2	Q8NI27	1593 aa	Known RBP	31.83	■■■□□ 2.69
MATR3-222	ENST00000513678	RSF1	Q96T23	1441 aa	Predicted RBP	31.78	■■■□□ 2.68
MATR3-222	ENST00000513678	DNAJC5	Q9H3Z4	198 aa		31.78	■■■□□ 2.68
MATR3-222	ENST00000513678	PDS5B	Q9NTI5	1447 aa		31.76	■■■□□ 2.68
MATR3-222	ENST00000513678	CADPS	Q9ULU8	1353 aa		31.76	■■■□□ 2.67
MATR3-222	ENST00000513678	KIF21A	Q7Z4S6	1674 aa		31.73	■■■□□ 2.67
MATR3-222	ENST00000513678	TOP2A	P11388	1531 aa	Known RBP	31.62	■■■□□ 2.65
MATR3-222	ENST00000513678	MRC2	Q9UBG0	1479 aa		31.51	■■■□□ 2.63
MATR3-222	ENST00000513678	CFTR	P13569	1480 aa		31.48	■■■□□ 2.63
MATR3-222	ENST00000513678	WDR62	O43379	1518 aa		31.45	■■■□□ 2.63
MATR3-222	ENST00000513678	CEP164	Q9UPV0	1460 aa		31.41	■■■□□ 2.62
MATR3-222	ENST00000513678	FANCD2	Q9BXW9	1451 aa		31.4	■■■□□ 2.62
MATR3-222	ENST00000513678	CCDC88B	A6NC98	1476 aa		31.22	■■■□□ 2.59
MATR3-222	ENST00000513678	PRDM2	Q13029	1718 aa		31.15	■■■□□ 2.58
MATR3-222	ENST00000513678	URB2	Q14146	1524 aa	Known RBP	31.14	■■■□□ 2.58
MATR3-222	ENST00000513678	TOPBP1	Q92547	1522 aa		30.84	■■■□□ 2.53
MATR3-222	ENST00000513678	IFT140	Q96RY7	1462 aa		30.79	■■■□□ 2.52
MATR3-222	ENST00000513678	ABCC8	Q09428	1581 aa		30.79	■■■□□ 2.52
MATR3-222	ENST00000513678	DNMBP	Q6XZF7	1577 aa		30.76	■■■□□ 2.52
MATR3-222	ENST00000513678	ZNF608	Q9ULD9	1512 aa	Predicted RBP	30.71	■■■□□ 2.51
MATR3-222	ENST00000513678	OSCAR	Q8IYS5	282 aa		30.6	■■■□□ 2.49
MATR3-222	ENST00000513678	TARBP1	Q13395	1621 aa	Known RBP	30.58	■■■□□ 2.49
MATR3-222	ENST00000513678	EIF4G3	O43432	1585 aa	Known RBP	30.57	■■■□□ 2.48
MATR3-222	ENST00000513678	POLA1	P09884	1462 aa	Predicted RBP	30.56	■■■□□ 2.48
MATR3-222	ENST00000513678	AQR	O60306	1485 aa	Known RBP eCLIP	30.43	■■■□□ 2.46	4e-7	■■■■□ 22.7
MATR3-222	ENST00000513678	CUX1	P39880	1505 aa		30.4	■■■□□ 2.46
MATR3-222	ENST00000513678	RAD54L2	Q9Y4B4	1467 aa		30.39	■■■□□ 2.46
MATR3-222	ENST00000513678	SUPT5H	O00267	1087 aa	Known RBP	30.39	■■■□□ 2.46
MATR3-222	ENST00000513678	TRIM41	Q8WV44	630 aa		30.39	■■■□□ 2.46
MATR3-222	ENST00000513678	FGD5	Q6ZNL6	1462 aa		30.38	■■■□□ 2.45
MATR3-222	ENST00000513678	SOGA1	O94964	1423 aa		30.36	■■■□□ 2.45
MATR3-222	ENST00000513678	WDR97	A6NE52	1622 aa		30.31	■■■□□ 2.44
MATR3-222	ENST00000513678	TDRD9	Q8NDG6	1382 aa	Known RBP	30.26	■■■□□ 2.43
MATR3-222	ENST00000513678	CHD1	O14646	1710 aa		30.25	■■■□□ 2.43
MATR3-222	ENST00000513678	RIMBP3C	A6NJZ7	1639 aa		30.24	■■■□□ 2.43
MATR3-222	ENST00000513678	RIMBP3B	A6NNM3	1639 aa		30.24	■■■□□ 2.43
MATR3-222	ENST00000513678	RIMBP3	Q9UFD9	1639 aa		30.24	■■■□□ 2.43
MATR3-222	ENST00000513678	ARHGEF11	O15085	1522 aa		30.19	■■■□□ 2.42
MATR3-222	ENST00000513678	SNAPC4	Q5SXM2	1469 aa		30.15	■■■□□ 2.42
MATR3-222	ENST00000513678	MAGI1	Q96QZ7	1491 aa	Predicted RBP	30.12	■■■□□ 2.41
MATR3-222	ENST00000513678	GRIN2B	Q13224	1484 aa		30.11	■■■□□ 2.41
MATR3-222	ENST00000513678	ABCA10	Q8WWZ4	1543 aa		30.08	■■■□□ 2.41
MATR3-222	ENST00000513678	FBLN2	P98095	1184 aa		30.07	■■■□□ 2.4
MATR3-222	ENST00000513678	GAPVD1	Q14C86	1478 aa		30.02	■■■□□ 2.4
MATR3-222	ENST00000513678	ABCA5	Q8WWZ7	1642 aa		30.02	■■■□□ 2.4
MATR3-222	ENST00000513678	SYNJ2	O15056	1496 aa		29.99	■■■□□ 2.39
MATR3-222	ENST00000513678	CLASP1	Q7Z460	1538 aa		29.99	■■■□□ 2.39
MATR3-222	ENST00000513678	BIVM-ERCC5	R4GMW8	1640 aa		29.99	■■■□□ 2.39
MATR3-222	ENST00000513678	PBRM1	Q86U86	1689 aa		29.98	■■■□□ 2.39
MATR3-222	ENST00000513678	TOP2B	Q02880	1626 aa		29.98	■■■□□ 2.39
MATR3-222	ENST00000513678	WRN	Q14191	1432 aa	Predicted RBP eCLIP	29.96	■■■□□ 2.39	6e-9	■■■■■ 30.6
MATR3-222	ENST00000513678	SYNJ1	O43426	1573 aa		29.94	■■■□□ 2.38
MATR3-222	ENST00000513678	CHMP7	Q8WUX9	453 aa	Predicted RBP	29.94	■■■□□ 2.38
MATR3-222	ENST00000513678	ARAP1	Q96P48	1450 aa		29.92	■■■□□ 2.38
MATR3-222	ENST00000513678	CYB5RL	Q6IPT4	315 aa		29.84	■■■□□ 2.37
MATR3-222	ENST00000513678	ADAMTS12	P58397	1594 aa		29.77	■■■□□ 2.36
MATR3-222	ENST00000513678	GRIN2A	Q12879	1464 aa		29.74	■■■□□ 2.35
MATR3-222	ENST00000513678	ERICH3	Q5RHP9	1530 aa		29.7	■■■□□ 2.34
MATR3-222	ENST00000513678	FHAD1	B1AJZ9	1412 aa		29.67	■■■□□ 2.34
MATR3-222	ENST00000513678	NUP160	Q12769	1436 aa		29.66	■■■□□ 2.34
MATR3-222	ENST00000513678	CEP170	Q5SW79	1584 aa		29.62	■■■□□ 2.33
MATR3-222	ENST00000513678	SHROOM2	Q13796	1616 aa		29.5	■■■□□ 2.31
MATR3-222	ENST00000513678	ERCC6L2	Q5T890	1561 aa		29.49	■■■□□ 2.31
MATR3-222	ENST00000513678	TRH	P20396	242 aa	Predicted RBP	29.39	■■■□□ 2.3
MATR3-222	ENST00000513678	KIF27	Q86VH2	1401 aa		29.37	■■■□□ 2.29
MATR3-222	ENST00000513678	RUSC2	Q8N2Y8	1516 aa		29.35	■■■□□ 2.29
MATR3-222	ENST00000513678	IGF1R	P08069	1367 aa		29.33	■■■□□ 2.29
MATR3-222	ENST00000513678	CUL7	Q14999	1698 aa		29.3	■■■□□ 2.28

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 79.7 ms