RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000496043.5

PTPRF-214, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, humanhuman

TSL 5

Gene PTPRF, Length 415 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPRF-214ENST00000496043 NISCHQ9Y2I1 1504 aa31.34■■■□□ 2.61
PTPRF-214ENST00000496043 CCDC180Q9P1Z9 1646 aa27.92■■■□□ 2.06
PTPRF-214ENST00000496043 ABCC9O60706 1549 aa27.82■■■□□ 2.04
PTPRF-214ENST00000496043 DCAF8L2P0C7V8 631 aa26.56■■□□□ 1.84
PTPRF-214ENST00000496043 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa26.55■■□□□ 1.84
PTPRF-214ENST00000496043 NACADO15069 1562 aa26.44■■□□□ 1.82
PTPRF-214ENST00000496043 MYO15BQ96JP2 1530 aa26.15■■□□□ 1.78
PTPRF-214ENST00000496043 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP26.04■■□□□ 1.76
PTPRF-214ENST00000496043 DNAJC5BQ9UF47 199 aa25.98■■□□□ 1.75
PTPRF-214ENST00000496043 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP25.98■■□□□ 1.75
PTPRF-214ENST00000496043 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa25.88■■□□□ 1.73
PTPRF-214ENST00000496043 UNC13AQ9UPW8 1703 aa25.81■■□□□ 1.72
PTPRF-214ENST00000496043 BICRAQ9NZM4 1560 aa25.72■■□□□ 1.71
PTPRF-214ENST00000496043 SCRIBQ14160 1630 aa25.49■■□□□ 1.67
PTPRF-214ENST00000496043 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa25.43■■□□□ 1.66
PTPRF-214ENST00000496043 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP25.1■■□□□ 1.61
PTPRF-214ENST00000496043 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa25.09■■□□□ 1.61
PTPRF-214ENST00000496043 CECR2Q9BXF3 1484 aa25.05■■□□□ 1.6
PTPRF-214ENST00000496043 NCAPD3P42695 1498 aa24.45■■□□□ 1.5
PTPRF-214ENST00000496043 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa24.38■■□□□ 1.49
PTPRF-214ENST00000496043 SMARCA4P51532 1647 aa24.34■■□□□ 1.49
PTPRF-214ENST00000496043 SMARCA2P51531 1590 aa24.3■■□□□ 1.48
PTPRF-214ENST00000496043 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP24.3■■□□□ 1.48
PTPRF-214ENST00000496043 HMGXB3Q12766 1538 aa24.2■■□□□ 1.47
PTPRF-214ENST00000496043 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP24.15■■□□□ 1.46
PTPRF-214ENST00000496043 MROH2BQ7Z745 1585 aa24.14■■□□□ 1.45
PTPRF-214ENST00000496043 PEG3Q9GZU2 1588 aa24.11■■□□□ 1.45
PTPRF-214ENST00000496043 ERCC6Q03468 1493 aa24.03■■□□□ 1.44
PTPRF-214ENST00000496043 NESP48681 1621 aa23.94■■□□□ 1.42
PTPRF-214ENST00000496043 CUX2O14529 1486 aa23.88■■□□□ 1.41
PTPRF-214ENST00000496043 WIZO95785 1651 aa23.82■■□□□ 1.4
PTPRF-214ENST00000496043 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa23.8■■□□□ 1.4
PTPRF-214ENST00000496043 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP23.77■■□□□ 1.4
PTPRF-214ENST00000496043 CADPSQ9ULU8 1353 aa23.75■■□□□ 1.39
PTPRF-214ENST00000496043 PDS5BQ9NTI5 1447 aa23.75■■□□□ 1.39
PTPRF-214ENST00000496043 DNAJC5Q9H3Z4 198 aa23.73■■□□□ 1.39
PTPRF-214ENST00000496043 THOC2Q8NI27 1593 aaKnown RBP23.56■■□□□ 1.36
PTPRF-214ENST00000496043 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP23.55■■□□□ 1.36
PTPRF-214ENST00000496043 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa23.54■■□□□ 1.36
PTPRF-214ENST00000496043 CFTRP13569 1480 aa23.48■■□□□ 1.35
PTPRF-214ENST00000496043 MRC2Q9UBG0 1479 aa23.46■■□□□ 1.35
PTPRF-214ENST00000496043 FANCD2Q9BXW9 1451 aa23.43■■□□□ 1.34
PTPRF-214ENST00000496043 CEP164Q9UPV0 1460 aa23.41■■□□□ 1.34
PTPRF-214ENST00000496043 CCDC88BA6NC98 1476 aa23.36■■□□□ 1.33
PTPRF-214ENST00000496043 WDR62O43379 1518 aa23.34■■□□□ 1.33
PTPRF-214ENST00000496043 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP23.18■■□□□ 1.3
PTPRF-214ENST00000496043 PRDM2Q13029 1718 aa23.08■■□□□ 1.29
PTPRF-214ENST00000496043 ABCC8Q09428 1581 aa23.01■■□□□ 1.27
PTPRF-214ENST00000496043 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP23■■□□□ 1.27
PTPRF-214ENST00000496043 TOPBP1Q92547 1522 aa22.98■■□□□ 1.27
PTPRF-214ENST00000496043 OSCARQ8IYS5 282 aa22.98■■□□□ 1.27
PTPRF-214ENST00000496043 IFT140Q96RY7 1462 aa22.97■■□□□ 1.27
PTPRF-214ENST00000496043 DNMBPQ6XZF7 1577 aa22.89■■□□□ 1.26
PTPRF-214ENST00000496043 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP22.87■■□□□ 1.25
PTPRF-214ENST00000496043 TRIM41Q8WV44 630 aa22.78■■□□□ 1.24
PTPRF-214ENST00000496043 POLA1P09884 1462 aaPredicted RBP22.76■■□□□ 1.23
PTPRF-214ENST00000496043 SOGA1O94964 1423 aa22.75■■□□□ 1.23
PTPRF-214ENST00000496043 AQRO60306 1485 aaKnown RBP eCLIP22.75■■□□□ 1.231e-6■□□□□ 8.9
PTPRF-214ENST00000496043 TARBP1Q13395 1621 aaKnown RBP22.71■■□□□ 1.23
PTPRF-214ENST00000496043 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa22.71■■□□□ 1.23
PTPRF-214ENST00000496043 EIF4G3O43432 1585 aaKnown RBP22.67■■□□□ 1.22
PTPRF-214ENST00000496043 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP22.67■■□□□ 1.22
PTPRF-214ENST00000496043 FGD5Q6ZNL6 1462 aa22.66■■□□□ 1.22
PTPRF-214ENST00000496043 FBLN2P98095 1184 aa22.65■■□□□ 1.22
PTPRF-214ENST00000496043 CUX1P39880 1505 aa22.65■■□□□ 1.22
PTPRF-214ENST00000496043 CHMP7Q8WUX9 453 aaPredicted RBP22.53■■□□□ 1.2
PTPRF-214ENST00000496043 WDR97A6NE52 1622 aa22.51■■□□□ 1.19
PTPRF-214ENST00000496043 GRIN2BQ13224 1484 aa22.48■■□□□ 1.19
PTPRF-214ENST00000496043 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa22.47■■□□□ 1.19
PTPRF-214ENST00000496043 RIMBP3CA6NJZ7 1639 aa22.45■■□□□ 1.18
PTPRF-214ENST00000496043 RIMBP3BA6NNM3 1639 aa22.45■■□□□ 1.18
PTPRF-214ENST00000496043 RIMBP3Q9UFD9 1639 aa22.45■■□□□ 1.18
PTPRF-214ENST00000496043 CHD1O14646 1710 aa22.45■■□□□ 1.18
PTPRF-214ENST00000496043 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP22.44■■□□□ 1.18
PTPRF-214ENST00000496043 ARHGEF11O15085 1522 aa22.43■■□□□ 1.18
PTPRF-214ENST00000496043 GAPVD1Q14C86 1478 aa22.43■■□□□ 1.18
PTPRF-214ENST00000496043 MAGI1Q96QZ7 1491 aaPredicted RBP22.43■■□□□ 1.18
PTPRF-214ENST00000496043 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa22.42■■□□□ 1.18
PTPRF-214ENST00000496043 CYB5RLQ6IPT4 315 aa22.41■■□□□ 1.18
PTPRF-214ENST00000496043 SYNJ2O15056 1496 aa22.36■■□□□ 1.17
PTPRF-214ENST00000496043 TOP2BQ02880 1626 aa22.34■■□□□ 1.17
PTPRF-214ENST00000496043 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa22.3■■□□□ 1.16
PTPRF-214ENST00000496043 SYNJ1O43426 1573 aa22.29■■□□□ 1.16
PTPRF-214ENST00000496043 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa22.28■■□□□ 1.16
PTPRF-214ENST00000496043 PBRM1Q86U86 1689 aa22.26■■□□□ 1.15
PTPRF-214ENST00000496043 CLASP1Q7Z460 1538 aa22.25■■□□□ 1.15
PTPRF-214ENST00000496043 ARAP1Q96P48 1450 aa22.22■■□□□ 1.15
PTPRF-214ENST00000496043 FHAD1B1AJZ9 1412 aa22.17■■□□□ 1.14
PTPRF-214ENST00000496043 GRIN2AQ12879 1464 aa22.15■■□□□ 1.14
PTPRF-214ENST00000496043 ERICH3Q5RHP9 1530 aa22.14■■□□□ 1.13
PTPRF-214ENST00000496043 TRHP20396 242 aaPredicted RBP22.11■■□□□ 1.13
PTPRF-214ENST00000496043 ADAMTS12P58397 1594 aa22.1■■□□□ 1.13
PTPRF-214ENST00000496043 NUP160Q12769 1436 aa22.08■■□□□ 1.13
PTPRF-214ENST00000496043 CEP170Q5SW79 1584 aa22.02■■□□□ 1.12
PTPRF-214ENST00000496043 KIF27Q86VH2 1401 aa22.01■■□□□ 1.11
PTPRF-214ENST00000496043 IGF1RP08069 1367 aa22■■□□□ 1.11
PTPRF-214ENST00000496043 JPH4Q96JJ6 628 aa22■■□□□ 1.11
PTPRF-214ENST00000496043 ERCC6L2Q5T890 1561 aa21.92■■□□□ 1.1
PTPRF-214ENST00000496043 PRG4Q92954 1404 aaPredicted RBP21.91■■□□□ 1.1
PTPRF-214ENST00000496043 SHROOM2Q13796 1616 aa21.88■■□□□ 1.09
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