RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000494780.1

COL27A1-208, Transcript of collagen type XXVII alpha 1 chain, humanhuman

TSL 4

Gene COL27A1, Length 514 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL27A1-208ENST00000494780 NISCHQ9Y2I1 1504 aa58.2■■■■■ 6.91
COL27A1-208ENST00000494780 CCDC180Q9P1Z9 1646 aa52.22■■■■■ 5.95
COL27A1-208ENST00000494780 ABCC9O60706 1549 aa52.11■■■■■ 5.93
COL27A1-208ENST00000494780 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa49.67■■■■■ 5.54
COL27A1-208ENST00000494780 NACADO15069 1562 aa49.36■■■■■ 5.49
COL27A1-208ENST00000494780 DCAF8L2P0C7V8 631 aa49.06■■■■■ 5.44
COL27A1-208ENST00000494780 DNAJC5BQ9UF47 199 aa48.82■■■■■ 5.41
COL27A1-208ENST00000494780 MYO15BQ96JP2 1530 aa48.74■■■■■ 5.39
COL27A1-208ENST00000494780 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP48.52■■■■■ 5.365e-21■■■■■ 161.7
COL27A1-208ENST00000494780 UNC13AQ9UPW8 1703 aa48.48■■■■■ 5.35
COL27A1-208ENST00000494780 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP48.25■■■■■ 5.31
COL27A1-208ENST00000494780 BICRAQ9NZM4 1560 aa48.2■■■■■ 5.31
COL27A1-208ENST00000494780 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa48.12■■■■■ 5.29
COL27A1-208ENST00000494780 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa47.65■■■■■ 5.22
COL27A1-208ENST00000494780 SCRIBQ14160 1630 aa47.53■■■■■ 5.2
COL27A1-208ENST00000494780 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa47.09■■■■■ 5.13
COL27A1-208ENST00000494780 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP47.02■■■■■ 5.12
COL27A1-208ENST00000494780 CECR2Q9BXF3 1484 aa46.97■■■■■ 5.11
COL27A1-208ENST00000494780 NCAPD3P42695 1498 aa45.57■■■■■ 4.89
COL27A1-208ENST00000494780 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa45.42■■■■■ 4.86
COL27A1-208ENST00000494780 SMARCA4P51532 1647 aa45.38■■■■■ 4.86
COL27A1-208ENST00000494780 SMARCA2P51531 1590 aa45.32■■■■■ 4.85
COL27A1-208ENST00000494780 HMGXB3Q12766 1538 aa45.23■■■■■ 4.83
COL27A1-208ENST00000494780 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP45.19■■■■■ 4.82
COL27A1-208ENST00000494780 ERCC6Q03468 1493 aa45.02■■■■■ 4.8
COL27A1-208ENST00000494780 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP44.98■■■■■ 4.79
COL27A1-208ENST00000494780 PEG3Q9GZU2 1588 aa44.97■■■■■ 4.79
COL27A1-208ENST00000494780 CUX2O14529 1486 aa44.96■■■■■ 4.79
COL27A1-208ENST00000494780 DNAJC5Q9H3Z4 198 aa44.85■■■■■ 4.77
COL27A1-208ENST00000494780 MROH2BQ7Z745 1585 aa44.82■■■■■ 4.77
COL27A1-208ENST00000494780 NESP48681 1621 aa44.78■■■■■ 4.76
COL27A1-208ENST00000494780 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa44.52■■■■■ 4.72
COL27A1-208ENST00000494780 THOC2Q8NI27 1593 aaKnown RBP44.33■■■■■ 4.69
COL27A1-208ENST00000494780 PDS5BQ9NTI5 1447 aa44.28■■■■■ 4.68
COL27A1-208ENST00000494780 WIZO95785 1651 aa44.27■■■■■ 4.68
COL27A1-208ENST00000494780 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa44.19■■■■■ 4.67
COL27A1-208ENST00000494780 CADPSQ9ULU8 1353 aa44.18■■■■■ 4.66
COL27A1-208ENST00000494780 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP43.93■■■■■ 4.62
COL27A1-208ENST00000494780 MRC2Q9UBG0 1479 aa43.88■■■■■ 4.61
COL27A1-208ENST00000494780 WDR62O43379 1518 aa43.77■■■■■ 4.6
COL27A1-208ENST00000494780 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP43.76■■■■■ 4.6
COL27A1-208ENST00000494780 CEP164Q9UPV0 1460 aa43.71■■■■■ 4.59
COL27A1-208ENST00000494780 CFTRP13569 1480 aa43.7■■■■■ 4.59
COL27A1-208ENST00000494780 FANCD2Q9BXW9 1451 aa43.66■■■■■ 4.58
COL27A1-208ENST00000494780 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP43.29■■■■■ 4.52
COL27A1-208ENST00000494780 CCDC88BA6NC98 1476 aa43.25■■■■■ 4.51
COL27A1-208ENST00000494780 PRDM2Q13029 1718 aa43.22■■■■■ 4.51
COL27A1-208ENST00000494780 OSCARQ8IYS5 282 aa42.91■■■■■ 4.46
COL27A1-208ENST00000494780 IFT140Q96RY7 1462 aa42.86■■■■■ 4.45
COL27A1-208ENST00000494780 TRIM41Q8WV44 630 aa42.85■■■■■ 4.45
COL27A1-208ENST00000494780 TOPBP1Q92547 1522 aa42.84■■■■■ 4.45
COL27A1-208ENST00000494780 ABCC8Q09428 1581 aa42.8■■■■■ 4.44
COL27A1-208ENST00000494780 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP42.73■■■■■ 4.43
COL27A1-208ENST00000494780 DNMBPQ6XZF7 1577 aa42.7■■■■■ 4.43
COL27A1-208ENST00000494780 EIF4G3O43432 1585 aaKnown RBP42.51■■■■■ 4.4
COL27A1-208ENST00000494780 TARBP1Q13395 1621 aaKnown RBP42.46■■■■■ 4.39
COL27A1-208ENST00000494780 POLA1P09884 1462 aaPredicted RBP42.41■■■■■ 4.38
COL27A1-208ENST00000494780 AQRO60306 1485 aaKnown RBP eCLIP42.36■■■■■ 4.373e-8■■□□□ 13.5
COL27A1-208ENST00000494780 RIMBP3CA6NJZ7 1639 aa42.3■■■■■ 4.36
COL27A1-208ENST00000494780 RIMBP3BA6NNM3 1639 aa42.3■■■■■ 4.36
COL27A1-208ENST00000494780 RIMBP3Q9UFD9 1639 aa42.3■■■■■ 4.36
COL27A1-208ENST00000494780 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa42.23■■■■■ 4.35
COL27A1-208ENST00000494780 SOGA1O94964 1423 aa42.23■■■■■ 4.35
COL27A1-208ENST00000494780 ARHGEF11O15085 1522 aa42.19■■■■■ 4.34
COL27A1-208ENST00000494780 CHD1O14646 1710 aa42.16■■■■■ 4.34
COL27A1-208ENST00000494780 FGD5Q6ZNL6 1462 aa42.15■■■■■ 4.34
COL27A1-208ENST00000494780 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP42.12■■■■■ 4.33
COL27A1-208ENST00000494780 CUX1P39880 1505 aa42.11■■■■■ 4.33
COL27A1-208ENST00000494780 WDR97A6NE52 1622 aa42.08■■■■■ 4.33
COL27A1-208ENST00000494780 FBLN2P98095 1184 aa42.07■■■■■ 4.33
COL27A1-208ENST00000494780 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP41.99■■■■■ 4.31
COL27A1-208ENST00000494780 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa41.94■■■■■ 4.3
COL27A1-208ENST00000494780 MAGI1Q96QZ7 1491 aaPredicted RBP41.87■■■■■ 4.29
COL27A1-208ENST00000494780 GRIN2BQ13224 1484 aa41.86■■■■■ 4.29
COL27A1-208ENST00000494780 CYB5RLQ6IPT4 315 aa41.86■■■■■ 4.29
COL27A1-208ENST00000494780 CHMP7Q8WUX9 453 aaPredicted RBP41.8■■■■■ 4.28
COL27A1-208ENST00000494780 ARAP1Q96P48 1450 aa41.77■■■■■ 4.28
COL27A1-208ENST00000494780 SYNJ2O15056 1496 aa41.72■■■■■ 4.27
COL27A1-208ENST00000494780 CLASP1Q7Z460 1538 aa41.72■■■■■ 4.27
COL27A1-208ENST00000494780 GAPVD1Q14C86 1478 aa41.72■■■■■ 4.27
COL27A1-208ENST00000494780 SYNJ1O43426 1573 aa41.71■■■■■ 4.27
COL27A1-208ENST00000494780 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa41.69■■■■■ 4.27
COL27A1-208ENST00000494780 PBRM1Q86U86 1689 aa41.66■■■■■ 4.26
COL27A1-208ENST00000494780 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa41.61■■■■■ 4.25
COL27A1-208ENST00000494780 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP41.54■■■■■ 4.24
COL27A1-208ENST00000494780 TOP2BQ02880 1626 aa41.47■■■■■ 4.23
COL27A1-208ENST00000494780 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa41.47■■■■■ 4.23
COL27A1-208ENST00000494780 TRHP20396 242 aaPredicted RBP41.37■■■■■ 4.21
COL27A1-208ENST00000494780 GRIN2AQ12879 1464 aa41.31■■■■■ 4.2
COL27A1-208ENST00000494780 ADAMTS12P58397 1594 aa41.29■■■■■ 4.2
COL27A1-208ENST00000494780 FHAD1B1AJZ9 1412 aa41.2■■■■■ 4.19
COL27A1-208ENST00000494780 NUP160Q12769 1436 aa41.18■■■■■ 4.18
COL27A1-208ENST00000494780 ERICH3Q5RHP9 1530 aa41.18■■■■■ 4.18
COL27A1-208ENST00000494780 CEP170Q5SW79 1584 aa41.14■■■■■ 4.18
COL27A1-208ENST00000494780 ERCC6L2Q5T890 1561 aa41.03■■■■■ 4.16
COL27A1-208ENST00000494780 SHROOM2Q13796 1616 aa40.99■■■■■ 4.15
COL27A1-208ENST00000494780 PRG4Q92954 1404 aaPredicted RBP40.77■■■■■ 4.12
COL27A1-208ENST00000494780 JPH4Q96JJ6 628 aa40.76■■■■■ 4.12
COL27A1-208ENST00000494780 RUSC2Q8N2Y8 1516 aa40.7■■■■■ 4.11
COL27A1-208ENST00000494780 KIF27Q86VH2 1401 aa40.68■■■■■ 4.1
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 202.5 ms