RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000493468.6

PRPF40A-211, Transcript of pre-mRNA processing factor 40 homolog A, humanhuman

TSL 1 (best)

Gene PRPF40A, Length 1,043 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol, Nucleus .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PRPF40A-211ENST00000493468 NISCHQ9Y2I1 1504 aa36.64■■■■□ 3.46
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PRPF40A-211ENST00000493468 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa31.77■■■□□ 2.68
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PRPF40A-211ENST00000493468 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa30.29■■■□□ 2.44
PRPF40A-211ENST00000493468 CECR2Q9BXF3 1484 aa30.25■■■□□ 2.43
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PRPF40A-211ENST00000493468 SCRIBQ14160 1630 aa30.07■■■□□ 2.4
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PRPF40A-211ENST00000493468 ERCC6Q03468 1493 aa28.96■■■□□ 2.23
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PRPF40A-211ENST00000493468 SMARCA4P51532 1647 aa28.71■■■□□ 2.19
PRPF40A-211ENST00000493468 NESP48681 1621 aa28.61■■■□□ 2.17
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PRPF40A-211ENST00000493468 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa28.46■■■□□ 2.15
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PRPF40A-211ENST00000493468 CADPSQ9ULU8 1353 aa28.05■■■□□ 2.08
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PRPF40A-211ENST00000493468 TRIM41Q8WV44 630 aa27.97■■■□□ 2.07
PRPF40A-211ENST00000493468 CEP164Q9UPV0 1460 aa27.83■■■□□ 2.05
PRPF40A-211ENST00000493468 WIZO95785 1651 aa27.83■■■□□ 2.05
PRPF40A-211ENST00000493468 FANCD2Q9BXW9 1451 aa27.74■■■□□ 2.03
PRPF40A-211ENST00000493468 CFTRP13569 1480 aa27.67■■■□□ 2.02
PRPF40A-211ENST00000493468 OSCARQ8IYS5 282 aa27.62■■■□□ 2.01
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PRPF40A-211ENST00000493468 PRDM2Q13029 1718 aa27.47■■□□□ 1.99
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PRPF40A-211ENST00000493468 RIMBP3CA6NJZ7 1639 aa27.41■■□□□ 1.98
PRPF40A-211ENST00000493468 RIMBP3BA6NNM3 1639 aa27.41■■□□□ 1.98
PRPF40A-211ENST00000493468 RIMBP3Q9UFD9 1639 aa27.41■■□□□ 1.98
PRPF40A-211ENST00000493468 IFT140Q96RY7 1462 aa27.31■■□□□ 1.96
PRPF40A-211ENST00000493468 ARHGEF11O15085 1522 aa27.26■■□□□ 1.96
PRPF40A-211ENST00000493468 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP27.26■■□□□ 1.95
PRPF40A-211ENST00000493468 TOPBP1Q92547 1522 aa27.18■■□□□ 1.94
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PRPF40A-211ENST00000493468 CHD1O14646 1710 aa27.05■■□□□ 1.92
PRPF40A-211ENST00000493468 TARBP1Q13395 1621 aaKnown RBP27.01■■□□□ 1.92
PRPF40A-211ENST00000493468 ARAP1Q96P48 1450 aa26.95■■□□□ 1.91
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PRPF40A-211ENST00000493468 WDR97A6NE52 1622 aa26.79■■□□□ 1.88
PRPF40A-211ENST00000493468 TRHP20396 242 aaPredicted RBP26.79■■□□□ 1.88
PRPF40A-211ENST00000493468 FBLN2P98095 1184 aa26.75■■□□□ 1.87
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PRPF40A-211ENST00000493468 SOGA1O94964 1423 aa26.68■■□□□ 1.86
PRPF40A-211ENST00000493468 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa26.68■■□□□ 1.86
PRPF40A-211ENST00000493468 SYNJ1O43426 1573 aa26.67■■□□□ 1.86
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PRPF40A-211ENST00000493468 MAGI1Q96QZ7 1491 aaPredicted RBP26.65■■□□□ 1.86
PRPF40A-211ENST00000493468 FGD5Q6ZNL6 1462 aa26.62■■□□□ 1.85
PRPF40A-211ENST00000493468 GRIN2BQ13224 1484 aa26.56■■□□□ 1.84
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PRPF40A-211ENST00000493468 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa26.33■■□□□ 1.81
PRPF40A-211ENST00000493468 GRIN2AQ12879 1464 aa26.23■■□□□ 1.79
PRPF40A-211ENST00000493468 ERCC6L2Q5T890 1561 aa26.2■■□□□ 1.79
PRPF40A-211ENST00000493468 ADAMTS12P58397 1594 aa26.19■■□□□ 1.78
PRPF40A-211ENST00000493468 CEP170Q5SW79 1584 aa26.17■■□□□ 1.78
PRPF40A-211ENST00000493468 NUP160Q12769 1436 aa26.17■■□□□ 1.78
PRPF40A-211ENST00000493468 SHROOM2Q13796 1616 aa26.17■■□□□ 1.78
PRPF40A-211ENST00000493468 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP26.08■■□□□ 1.77
PRPF40A-211ENST00000493468 KIF13AQ9H1H9 1805 aa26.07■■□□□ 1.76
PRPF40A-211ENST00000493468 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa26.05■■□□□ 1.76
PRPF40A-211ENST00000493468 FHAD1B1AJZ9 1412 aa26.05■■□□□ 1.76
PRPF40A-211ENST00000493468 TOP2BQ02880 1626 aa26.02■■□□□ 1.76
PRPF40A-211ENST00000493468 ERICH3Q5RHP9 1530 aa26.01■■□□□ 1.75
PRPF40A-211ENST00000493468 PRG4Q92954 1404 aaPredicted RBP25.88■■□□□ 1.73
PRPF40A-211ENST00000493468 RUSC2Q8N2Y8 1516 aa25.84■■□□□ 1.73
PRPF40A-211ENST00000493468 MAPKBP1O60336 1514 aa25.83■■□□□ 1.73
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