RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000492539.5

NELFE-212, Transcript of negative elongation factor complex member E, humanhuman

TSL 3

Gene NELFE, Length 583 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NELFE-212ENST00000492539 NISCHQ9Y2I1 1504 aa50.23■■■■■ 5.63
NELFE-212ENST00000492539 CCDC180Q9P1Z9 1646 aa45.18■■■■■ 4.82
NELFE-212ENST00000492539 ABCC9O60706 1549 aa45.11■■■■■ 4.81
NELFE-212ENST00000492539 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa42.98■■■■■ 4.47
NELFE-212ENST00000492539 NACADO15069 1562 aa42.68■■■■■ 4.42
NELFE-212ENST00000492539 DNAJC5BQ9UF47 199 aa42.37■■■■■ 4.37
NELFE-212ENST00000492539 DCAF8L2P0C7V8 631 aa42.24■■■■■ 4.35
NELFE-212ENST00000492539 MYO15BQ96JP2 1530 aa42.11■■■■■ 4.33
NELFE-212ENST00000492539 UNC13AQ9UPW8 1703 aa42.09■■■■■ 4.33
NELFE-212ENST00000492539 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP41.94■■■■■ 4.3
NELFE-212ENST00000492539 BICRAQ9NZM4 1560 aa41.76■■■■■ 4.28
NELFE-212ENST00000492539 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP41.64■■■■■ 4.26
NELFE-212ENST00000492539 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa41.54■■■■■ 4.24
NELFE-212ENST00000492539 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa41.21■■■■■ 4.19
NELFE-212ENST00000492539 SCRIBQ14160 1630 aa41.07■■■■■ 4.17
NELFE-212ENST00000492539 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa40.82■■■■■ 4.12
NELFE-212ENST00000492539 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP40.73■■■■■ 4.11
NELFE-212ENST00000492539 CECR2Q9BXF3 1484 aa40.67■■■■■ 4.1
NELFE-212ENST00000492539 NCAPD3P42695 1498 aa39.38■■■■□ 3.9
NELFE-212ENST00000492539 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa39.24■■■■□ 3.87
NELFE-212ENST00000492539 SMARCA4P51532 1647 aa39.22■■■■□ 3.87
NELFE-212ENST00000492539 SMARCA2P51531 1590 aa39.14■■■■□ 3.86
NELFE-212ENST00000492539 HMGXB3Q12766 1538 aa39.12■■■■□ 3.85
NELFE-212ENST00000492539 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP39■■■■□ 3.83
NELFE-212ENST00000492539 CUX2O14529 1486 aa38.98■■■■□ 3.83
NELFE-212ENST00000492539 DNAJC5Q9H3Z4 198 aa38.96■■■■□ 3.83
NELFE-212ENST00000492539 ERCC6Q03468 1493 aa38.94■■■■□ 3.82
NELFE-212ENST00000492539 PEG3Q9GZU2 1588 aa38.88■■■■□ 3.81
NELFE-212ENST00000492539 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP38.85■■■■□ 3.81
NELFE-212ENST00000492539 NESP48681 1621 aa38.76■■■■□ 3.8
NELFE-212ENST00000492539 MROH2BQ7Z745 1585 aa38.7■■■■□ 3.79
NELFE-212ENST00000492539 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa38.53■■■■□ 3.76
NELFE-212ENST00000492539 THOC2Q8NI27 1593 aaKnown RBP38.46■■■■□ 3.75
NELFE-212ENST00000492539 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa38.33■■■■□ 3.73
NELFE-212ENST00000492539 PDS5BQ9NTI5 1447 aa38.25■■■■□ 3.71
NELFE-212ENST00000492539 WIZO95785 1651 aa38.24■■■■□ 3.71
NELFE-212ENST00000492539 CADPSQ9ULU8 1353 aa38.16■■■■□ 3.7
NELFE-212ENST00000492539 MRC2Q9UBG0 1479 aa37.95■■■■□ 3.67
NELFE-212ENST00000492539 WDR62O43379 1518 aa37.9■■■■□ 3.66
NELFE-212ENST00000492539 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP37.86■■■■□ 3.65
NELFE-212ENST00000492539 CEP164Q9UPV0 1460 aa37.77■■■■□ 3.64
NELFE-212ENST00000492539 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP37.76■■■■□ 3.63
NELFE-212ENST00000492539 CFTRP13569 1480 aa37.74■■■■□ 3.63
NELFE-212ENST00000492539 FANCD2Q9BXW9 1451 aa37.72■■■■□ 3.63
NELFE-212ENST00000492539 PRDM2Q13029 1718 aa37.45■■■■□ 3.59
NELFE-212ENST00000492539 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP37.44■■■■□ 3.58
NELFE-212ENST00000492539 CCDC88BA6NC98 1476 aa37.3■■■■□ 3.56
NELFE-212ENST00000492539 TRIM41Q8WV44 630 aa37.15■■■■□ 3.54
NELFE-212ENST00000492539 OSCARQ8IYS5 282 aa37.09■■■■□ 3.53
NELFE-212ENST00000492539 IFT140Q96RY7 1462 aa37.04■■■■□ 3.52
NELFE-212ENST00000492539 TOPBP1Q92547 1522 aa37.02■■■■□ 3.52
NELFE-212ENST00000492539 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP36.97■■■■□ 3.51
NELFE-212ENST00000492539 ABCC8Q09428 1581 aa36.94■■■■□ 3.5
NELFE-212ENST00000492539 DNMBPQ6XZF7 1577 aa36.91■■■■□ 3.5
NELFE-212ENST00000492539 EIF4G3O43432 1585 aaKnown RBP36.81■■■■□ 3.48
NELFE-212ENST00000492539 TARBP1Q13395 1621 aaKnown RBP36.74■■■■□ 3.47
NELFE-212ENST00000492539 RIMBP3CA6NJZ7 1639 aa36.71■■■■□ 3.47
NELFE-212ENST00000492539 RIMBP3BA6NNM3 1639 aa36.71■■■■□ 3.47
NELFE-212ENST00000492539 RIMBP3Q9UFD9 1639 aa36.71■■■■□ 3.47
NELFE-212ENST00000492539 POLA1P09884 1462 aaPredicted RBP36.64■■■■□ 3.46
NELFE-212ENST00000492539 AQRO60306 1485 aaKnown RBP eCLIP36.6■■■■□ 3.458e-7■■■□□ 14.6
NELFE-212ENST00000492539 ARHGEF11O15085 1522 aa36.57■■■■□ 3.44
NELFE-212ENST00000492539 CHD1O14646 1710 aa36.56■■■■□ 3.44
NELFE-212ENST00000492539 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa36.48■■■■□ 3.43
NELFE-212ENST00000492539 SOGA1O94964 1423 aa36.42■■■■□ 3.42
NELFE-212ENST00000492539 FGD5Q6ZNL6 1462 aa36.39■■■■□ 3.42
NELFE-212ENST00000492539 WDR97A6NE52 1622 aa36.39■■■■□ 3.42
NELFE-212ENST00000492539 CUX1P39880 1505 aa36.36■■■■□ 3.41
NELFE-212ENST00000492539 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP36.35■■■■□ 3.41
NELFE-212ENST00000492539 FBLN2P98095 1184 aa36.29■■■■□ 3.4
NELFE-212ENST00000492539 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa36.25■■■■□ 3.39
NELFE-212ENST00000492539 ARAP1Q96P48 1450 aa36.21■■■■□ 3.39
NELFE-212ENST00000492539 CYB5RLQ6IPT4 315 aa36.2■■■■□ 3.39
NELFE-212ENST00000492539 MAGI1Q96QZ7 1491 aaPredicted RBP36.18■■■■□ 3.38
NELFE-212ENST00000492539 CLASP1Q7Z460 1538 aa36.14■■■■□ 3.38
NELFE-212ENST00000492539 GRIN2BQ13224 1484 aa36.14■■■■□ 3.38
NELFE-212ENST00000492539 SYNJ1O43426 1573 aa36.08■■■■□ 3.37
NELFE-212ENST00000492539 PBRM1Q86U86 1689 aa36.07■■■■□ 3.37
NELFE-212ENST00000492539 CHMP7Q8WUX9 453 aaPredicted RBP36.05■■■■□ 3.36
NELFE-212ENST00000492539 SYNJ2O15056 1496 aa36.05■■■■□ 3.36
NELFE-212ENST00000492539 GAPVD1Q14C86 1478 aa36.01■■■■□ 3.36
NELFE-212ENST00000492539 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa36■■■■□ 3.35
NELFE-212ENST00000492539 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP35.99■■■■□ 3.35
NELFE-212ENST00000492539 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa35.98■■■■□ 3.35
NELFE-212ENST00000492539 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa35.82■■■■□ 3.32
NELFE-212ENST00000492539 TRHP20396 242 aaPredicted RBP35.79■■■■□ 3.32
NELFE-212ENST00000492539 TOP2BQ02880 1626 aa35.79■■■■□ 3.32
NELFE-212ENST00000492539 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP35.78■■■■□ 3.32
NELFE-212ENST00000492539 ADAMTS12P58397 1594 aa35.71■■■■□ 3.31
NELFE-212ENST00000492539 GRIN2AQ12879 1464 aa35.69■■■■□ 3.3
NELFE-212ENST00000492539 CEP170Q5SW79 1584 aa35.59■■■■□ 3.29
NELFE-212ENST00000492539 NUP160Q12769 1436 aa35.59■■■■□ 3.29
NELFE-212ENST00000492539 ERICH3Q5RHP9 1530 aa35.55■■■■□ 3.28
NELFE-212ENST00000492539 FHAD1B1AJZ9 1412 aa35.55■■■■□ 3.28
NELFE-212ENST00000492539 ERCC6L2Q5T890 1561 aa35.54■■■■□ 3.28
NELFE-212ENST00000492539 SHROOM2Q13796 1616 aa35.49■■■■□ 3.27
NELFE-212ENST00000492539 RUSC2Q8N2Y8 1516 aa35.21■■■■□ 3.23
NELFE-212ENST00000492539 PRG4Q92954 1404 aaPredicted RBP35.2■■■■□ 3.23
NELFE-212ENST00000492539 JPH4Q96JJ6 628 aa35.15■■■■□ 3.22
NELFE-212ENST00000492539 KIF13AQ9H1H9 1805 aa35.06■■■■□ 3.2
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