RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000492170.1

MRPL55-231, Transcript of mitochondrial ribosomal protein L55, human

TSL 5

Gene MRPL55, Length 241 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
MRPL55-231	ENST00000492170	NISCH	Q9Y2I1	1504 aa		38.32	■■■■□ 3.72
MRPL55-231	ENST00000492170	CCDC180	Q9P1Z9	1646 aa		34.37	■■■■□ 3.09
MRPL55-231	ENST00000492170	ABCC9	O60706	1549 aa		34.29	■■■■□ 3.08
MRPL55-231	ENST00000492170	RB1CC1	Q8TDY2	1594 aa		32.7	■■■□□ 2.82
MRPL55-231	ENST00000492170	NACAD	O15069	1562 aa		32.49	■■■□□ 2.79
MRPL55-231	ENST00000492170	DCAF8L2	P0C7V8	631 aa		32.3	■■■□□ 2.76
MRPL55-231	ENST00000492170	MYO15B	Q96JP2	1530 aa		32.07	■■■□□ 2.72
MRPL55-231	ENST00000492170	DNAJC5B	Q9UF47	199 aa		32.04	■■■□□ 2.72
MRPL55-231	ENST00000492170	PABPN1	Q86U42	306 aa	Known RBP eCLIP	31.91	■■■□□ 2.7
MRPL55-231	ENST00000492170	UNC13A	Q9UPW8	1703 aa		31.89	■■■□□ 2.69
MRPL55-231	ENST00000492170	ZCCHC6	Q5VYS8	1495 aa	Known RBP	31.78	■■■□□ 2.68
MRPL55-231	ENST00000492170	BICRA	Q9NZM4	1560 aa		31.69	■■■□□ 2.66
MRPL55-231	ENST00000492170	DCAF1	Q9Y4B6	1507 aa		31.68	■■■□□ 2.66
MRPL55-231	ENST00000492170	SHROOM4	Q9ULL8	1493 aa		31.36	■■■□□ 2.61
MRPL55-231	ENST00000492170	SCRIB	Q14160	1630 aa		31.31	■■■□□ 2.6
MRPL55-231	ENST00000492170	CC2D2A	Q9P2K1	1620 aa		30.98	■■■□□ 2.55
MRPL55-231	ENST00000492170	EIF4G1	Q04637	1599 aa	Known RBP	30.94	■■■□□ 2.54
MRPL55-231	ENST00000492170	CECR2	Q9BXF3	1484 aa		30.89	■■■□□ 2.54
MRPL55-231	ENST00000492170	NCAPD3	P42695	1498 aa		29.97	■■■□□ 2.39
MRPL55-231	ENST00000492170	ATAD2B	Q9ULI0	1458 aa		29.89	■■■□□ 2.38
MRPL55-231	ENST00000492170	SMARCA4	P51532	1647 aa		29.88	■■■□□ 2.37
MRPL55-231	ENST00000492170	SMARCA2	P51531	1590 aa		29.84	■■■□□ 2.37
MRPL55-231	ENST00000492170	HMGXB3	Q12766	1538 aa		29.78	■■■□□ 2.36
MRPL55-231	ENST00000492170	BAZ1A	Q9NRL2	1556 aa	Predicted RBP	29.77	■■■□□ 2.36
MRPL55-231	ENST00000492170	ERCC6	Q03468	1493 aa		29.64	■■■□□ 2.34
MRPL55-231	ENST00000492170	BAZ1B	Q9UIG0	1483 aa	Known RBP	29.63	■■■□□ 2.33
MRPL55-231	ENST00000492170	PEG3	Q9GZU2	1588 aa		29.59	■■■□□ 2.33
MRPL55-231	ENST00000492170	CUX2	O14529	1486 aa		29.56	■■■□□ 2.32
MRPL55-231	ENST00000492170	MROH2B	Q7Z745	1585 aa		29.52	■■■□□ 2.32
MRPL55-231	ENST00000492170	NES	P48681	1621 aa		29.45	■■■□□ 2.31
MRPL55-231	ENST00000492170	DNAJC5	Q9H3Z4	198 aa		29.42	■■■□□ 2.3
MRPL55-231	ENST00000492170	LAMC3	Q9Y6N6	1575 aa		29.3	■■■□□ 2.28
MRPL55-231	ENST00000492170	THOC2	Q8NI27	1593 aa	Known RBP	29.17	■■■□□ 2.26
MRPL55-231	ENST00000492170	PDS5B	Q9NTI5	1447 aa		29.15	■■■□□ 2.26
MRPL55-231	ENST00000492170	WIZ	O95785	1651 aa		29.15	■■■□□ 2.26
MRPL55-231	ENST00000492170	CADPS	Q9ULU8	1353 aa		29.08	■■■□□ 2.25
MRPL55-231	ENST00000492170	KIF21A	Q7Z4S6	1674 aa		29.08	■■■□□ 2.25
MRPL55-231	ENST00000492170	RSF1	Q96T23	1441 aa	Predicted RBP	28.94	■■■□□ 2.22
MRPL55-231	ENST00000492170	MRC2	Q9UBG0	1479 aa		28.88	■■■□□ 2.21
MRPL55-231	ENST00000492170	TOP2A	P11388	1531 aa	Known RBP	28.83	■■■□□ 2.21
MRPL55-231	ENST00000492170	WDR62	O43379	1518 aa		28.8	■■■□□ 2.2
MRPL55-231	ENST00000492170	CEP164	Q9UPV0	1460 aa		28.79	■■■□□ 2.2
MRPL55-231	ENST00000492170	CFTR	P13569	1480 aa		28.76	■■■□□ 2.19
MRPL55-231	ENST00000492170	FANCD2	Q9BXW9	1451 aa		28.75	■■■□□ 2.19
MRPL55-231	ENST00000492170	URB2	Q14146	1524 aa	Known RBP	28.49	■■■□□ 2.15
MRPL55-231	ENST00000492170	CCDC88B	A6NC98	1476 aa		28.47	■■■□□ 2.15
MRPL55-231	ENST00000492170	PRDM2	Q13029	1718 aa		28.46	■■■□□ 2.15
MRPL55-231	ENST00000492170	IFT140	Q96RY7	1462 aa		28.21	■■■□□ 2.11
MRPL55-231	ENST00000492170	TOPBP1	Q92547	1522 aa		28.21	■■■□□ 2.11
MRPL55-231	ENST00000492170	OSCAR	Q8IYS5	282 aa		28.2	■■■□□ 2.1
MRPL55-231	ENST00000492170	TRIM41	Q8WV44	630 aa		28.18	■■■□□ 2.1
MRPL55-231	ENST00000492170	ABCC8	Q09428	1581 aa		28.18	■■■□□ 2.1
MRPL55-231	ENST00000492170	ZNF608	Q9ULD9	1512 aa	Predicted RBP	28.13	■■■□□ 2.09
MRPL55-231	ENST00000492170	DNMBP	Q6XZF7	1577 aa		28.12	■■■□□ 2.09
MRPL55-231	ENST00000492170	EIF4G3	O43432	1585 aa	Known RBP	27.99	■■■□□ 2.07
MRPL55-231	ENST00000492170	POLA1	P09884	1462 aa	Predicted RBP	27.93	■■■□□ 2.06
MRPL55-231	ENST00000492170	TARBP1	Q13395	1621 aa	Known RBP	27.92	■■■□□ 2.06
MRPL55-231	ENST00000492170	AQR	O60306	1485 aa	Known RBP eCLIP	27.88	■■■□□ 2.05	6e-9	■■■■■ 28.1
MRPL55-231	ENST00000492170	RIMBP3C	A6NJZ7	1639 aa		27.81	■■■□□ 2.04
MRPL55-231	ENST00000492170	RIMBP3B	A6NNM3	1639 aa		27.81	■■■□□ 2.04
MRPL55-231	ENST00000492170	RIMBP3	Q9UFD9	1639 aa		27.81	■■■□□ 2.04
MRPL55-231	ENST00000492170	RAD54L2	Q9Y4B4	1467 aa		27.8	■■■□□ 2.04
MRPL55-231	ENST00000492170	SOGA1	O94964	1423 aa		27.79	■■■□□ 2.04
MRPL55-231	ENST00000492170	FGD5	Q6ZNL6	1462 aa		27.76	■■■□□ 2.04
MRPL55-231	ENST00000492170	ARHGEF11	O15085	1522 aa		27.75	■■■□□ 2.03
MRPL55-231	ENST00000492170	CHD1	O14646	1710 aa		27.75	■■■□□ 2.03
MRPL55-231	ENST00000492170	CUX1	P39880	1505 aa		27.73	■■■□□ 2.03
MRPL55-231	ENST00000492170	TDRD9	Q8NDG6	1382 aa	Known RBP	27.72	■■■□□ 2.03
MRPL55-231	ENST00000492170	WDR97	A6NE52	1622 aa		27.7	■■■□□ 2.03
MRPL55-231	ENST00000492170	SUPT5H	O00267	1087 aa	Known RBP	27.7	■■■□□ 2.02
MRPL55-231	ENST00000492170	FBLN2	P98095	1184 aa		27.7	■■■□□ 2.02
MRPL55-231	ENST00000492170	SNAPC4	Q5SXM2	1469 aa		27.63	■■■□□ 2.01
MRPL55-231	ENST00000492170	MAGI1	Q96QZ7	1491 aa	Predicted RBP	27.57	■■■□□ 2
MRPL55-231	ENST00000492170	GRIN2B	Q13224	1484 aa		27.57	■■■□□ 2
MRPL55-231	ENST00000492170	CYB5RL	Q6IPT4	315 aa		27.52	■■■□□ 2
MRPL55-231	ENST00000492170	CHMP7	Q8WUX9	453 aa	Predicted RBP	27.52	■■■□□ 2
MRPL55-231	ENST00000492170	ARAP1	Q96P48	1450 aa		27.48	■■□□□ 1.99
MRPL55-231	ENST00000492170	GAPVD1	Q14C86	1478 aa		27.47	■■□□□ 1.99
MRPL55-231	ENST00000492170	SYNJ1	O43426	1573 aa		27.47	■■□□□ 1.99
MRPL55-231	ENST00000492170	SYNJ2	O15056	1496 aa		27.46	■■□□□ 1.99
MRPL55-231	ENST00000492170	ABCA10	Q8WWZ4	1543 aa		27.46	■■□□□ 1.99
MRPL55-231	ENST00000492170	CLASP1	Q7Z460	1538 aa		27.45	■■□□□ 1.98
MRPL55-231	ENST00000492170	PBRM1	Q86U86	1689 aa		27.43	■■□□□ 1.98
MRPL55-231	ENST00000492170	ABCA5	Q8WWZ7	1642 aa		27.4	■■□□□ 1.98
MRPL55-231	ENST00000492170	WRN	Q14191	1432 aa	Predicted RBP eCLIP	27.37	■■□□□ 1.97
MRPL55-231	ENST00000492170	TOP2B	Q02880	1626 aa		27.31	■■□□□ 1.96
MRPL55-231	ENST00000492170	BIVM-ERCC5	R4GMW8	1640 aa		27.31	■■□□□ 1.96
MRPL55-231	ENST00000492170	TRH	P20396	242 aa	Predicted RBP	27.22	■■□□□ 1.95
MRPL55-231	ENST00000492170	ADAMTS12	P58397	1594 aa		27.21	■■□□□ 1.95
MRPL55-231	ENST00000492170	GRIN2A	Q12879	1464 aa		27.2	■■□□□ 1.95
MRPL55-231	ENST00000492170	FHAD1	B1AJZ9	1412 aa		27.14	■■□□□ 1.93
MRPL55-231	ENST00000492170	ERICH3	Q5RHP9	1530 aa		27.12	■■□□□ 1.93
MRPL55-231	ENST00000492170	NUP160	Q12769	1436 aa		27.11	■■□□□ 1.93
MRPL55-231	ENST00000492170	CEP170	Q5SW79	1584 aa		27.09	■■□□□ 1.93
MRPL55-231	ENST00000492170	ERCC6L2	Q5T890	1561 aa		27	■■□□□ 1.91
MRPL55-231	ENST00000492170	SHROOM2	Q13796	1616 aa		26.97	■■□□□ 1.91
MRPL55-231	ENST00000492170	PRG4	Q92954	1404 aa	Predicted RBP	26.83	■■□□□ 1.89
MRPL55-231	ENST00000492170	RUSC2	Q8N2Y8	1516 aa		26.82	■■□□□ 1.88
MRPL55-231	ENST00000492170	JPH4	Q96JJ6	628 aa		26.82	■■□□□ 1.88
MRPL55-231	ENST00000492170	KIF27	Q86VH2	1401 aa		26.82	■■□□□ 1.88

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