RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000491859.5

USP19-215, Transcript of ubiquitin specific peptidase 19, human

TSL 3

Gene USP19, Length 919 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP19-215	ENST00000491859	NISCH	Q9Y2I1	1504 aa		45.21	■■■■■ 4.83
USP19-215	ENST00000491859	CCDC180	Q9P1Z9	1646 aa		40.33	■■■■■ 4.05
USP19-215	ENST00000491859	ABCC9	O60706	1549 aa		39.53	■■■■□ 3.92
USP19-215	ENST00000491859	RB1CC1	Q8TDY2	1594 aa		37.98	■■■■□ 3.67
USP19-215	ENST00000491859	NACAD	O15069	1562 aa		37.88	■■■■□ 3.65
USP19-215	ENST00000491859	DCAF8L2	P0C7V8	631 aa		37.82	■■■■□ 3.64
USP19-215	ENST00000491859	ZCCHC6	Q5VYS8	1495 aa	Known RBP	37.66	■■■■□ 3.62
USP19-215	ENST00000491859	MYO15B	Q96JP2	1530 aa		37.56	■■■■□ 3.6
USP19-215	ENST00000491859	DCAF1	Q9Y4B6	1507 aa		37.38	■■■■□ 3.57
USP19-215	ENST00000491859	UNC13A	Q9UPW8	1703 aa		37.22	■■■■□ 3.55
USP19-215	ENST00000491859	PABPN1	Q86U42	306 aa	Known RBP eCLIP	36.86	■■■■□ 3.49
USP19-215	ENST00000491859	SCRIB	Q14160	1630 aa		36.82	■■■■□ 3.49
USP19-215	ENST00000491859	BICRA	Q9NZM4	1560 aa		36.82	■■■■□ 3.48
USP19-215	ENST00000491859	SHROOM4	Q9ULL8	1493 aa		36.39	■■■■□ 3.42
USP19-215	ENST00000491859	DNAJC5B	Q9UF47	199 aa		36.26	■■■■□ 3.4
USP19-215	ENST00000491859	EIF4G1	Q04637	1599 aa	Known RBP	35.87	■■■■□ 3.33
USP19-215	ENST00000491859	CC2D2A	Q9P2K1	1620 aa		35.77	■■■■□ 3.32
USP19-215	ENST00000491859	CECR2	Q9BXF3	1484 aa		35.51	■■■■□ 3.28
USP19-215	ENST00000491859	SMARCA4	P51532	1647 aa		35.17	■■■■□ 3.22
USP19-215	ENST00000491859	BAZ1A	Q9NRL2	1556 aa	Predicted RBP	35.08	■■■■□ 3.21
USP19-215	ENST00000491859	SMARCA2	P51531	1590 aa		34.93	■■■■□ 3.18
USP19-215	ENST00000491859	ATAD2B	Q9ULI0	1458 aa		34.93	■■■■□ 3.18
USP19-215	ENST00000491859	NCAPD3	P42695	1498 aa		34.9	■■■■□ 3.18
USP19-215	ENST00000491859	MROH2B	Q7Z745	1585 aa		34.86	■■■■□ 3.17
USP19-215	ENST00000491859	HMGXB3	Q12766	1538 aa		34.79	■■■■□ 3.16
USP19-215	ENST00000491859	PEG3	Q9GZU2	1588 aa		34.77	■■■■□ 3.16
USP19-215	ENST00000491859	BAZ1B	Q9UIG0	1483 aa	Known RBP	34.69	■■■■□ 3.14
USP19-215	ENST00000491859	WIZ	O95785	1651 aa		34.53	■■■■□ 3.12
USP19-215	ENST00000491859	RSF1	Q96T23	1441 aa	Predicted RBP	34.38	■■■■□ 3.09
USP19-215	ENST00000491859	NES	P48681	1621 aa		34.16	■■■■□ 3.06
USP19-215	ENST00000491859	TOP2A	P11388	1531 aa	Known RBP	34.14	■■■■□ 3.06
USP19-215	ENST00000491859	ERCC6	Q03468	1493 aa		34.1	■■■■□ 3.05
USP19-215	ENST00000491859	LAMC3	Q9Y6N6	1575 aa		34.07	■■■■□ 3.05
USP19-215	ENST00000491859	CADPS	Q9ULU8	1353 aa		33.88	■■■■□ 3.01
USP19-215	ENST00000491859	KIF21A	Q7Z4S6	1674 aa		33.84	■■■■□ 3.01
USP19-215	ENST00000491859	PDS5B	Q9NTI5	1447 aa		33.8	■■■■□ 3
USP19-215	ENST00000491859	CUX2	O14529	1486 aa		33.73	■■■□□ 2.99
USP19-215	ENST00000491859	THOC2	Q8NI27	1593 aa	Known RBP	33.72	■■■□□ 2.99
USP19-215	ENST00000491859	CCDC88B	A6NC98	1476 aa		33.69	■■■□□ 2.98
USP19-215	ENST00000491859	CFTR	P13569	1480 aa		33.67	■■■□□ 2.98
USP19-215	ENST00000491859	PRDM2	Q13029	1718 aa		33.59	■■■□□ 2.97
USP19-215	ENST00000491859	FANCD2	Q9BXW9	1451 aa		33.55	■■■□□ 2.96
USP19-215	ENST00000491859	CEP164	Q9UPV0	1460 aa		33.55	■■■□□ 2.96
USP19-215	ENST00000491859	MRC2	Q9UBG0	1479 aa		33.5	■■■□□ 2.95
USP19-215	ENST00000491859	SUPT5H	O00267	1087 aa	Known RBP	33.46	■■■□□ 2.95
USP19-215	ENST00000491859	WDR62	O43379	1518 aa		33.4	■■■□□ 2.94
USP19-215	ENST00000491859	URB2	Q14146	1524 aa	Known RBP	33.23	■■■□□ 2.91
USP19-215	ENST00000491859	TOPBP1	Q92547	1522 aa		33.01	■■■□□ 2.87
USP19-215	ENST00000491859	DNMBP	Q6XZF7	1577 aa		32.98	■■■□□ 2.87
USP19-215	ENST00000491859	ABCC8	Q09428	1581 aa		32.96	■■■□□ 2.87
USP19-215	ENST00000491859	IFT140	Q96RY7	1462 aa		32.81	■■■□□ 2.84
USP19-215	ENST00000491859	DNAJC5	Q9H3Z4	198 aa		32.74	■■■□□ 2.83
USP19-215	ENST00000491859	CUX1	P39880	1505 aa		32.73	■■■□□ 2.83
USP19-215	ENST00000491859	POLA1	P09884	1462 aa	Predicted RBP	32.71	■■■□□ 2.83
USP19-215	ENST00000491859	ZNF608	Q9ULD9	1512 aa	Predicted RBP	32.68	■■■□□ 2.82
USP19-215	ENST00000491859	TARBP1	Q13395	1621 aa	Known RBP	32.67	■■■□□ 2.82
USP19-215	ENST00000491859	FGD5	Q6ZNL6	1462 aa		32.63	■■■□□ 2.81
USP19-215	ENST00000491859	EIF4G3	O43432	1585 aa	Known RBP	32.62	■■■□□ 2.81
USP19-215	ENST00000491859	RAD54L2	Q9Y4B4	1467 aa		32.57	■■■□□ 2.8
USP19-215	ENST00000491859	SOGA1	O94964	1423 aa		32.54	■■■□□ 2.8
USP19-215	ENST00000491859	AQR	O60306	1485 aa	Known RBP eCLIP	32.46	■■■□□ 2.79
USP19-215	ENST00000491859	WRN	Q14191	1432 aa	Predicted RBP eCLIP	32.45	■■■□□ 2.79
USP19-215	ENST00000491859	BIVM-ERCC5	R4GMW8	1640 aa		32.45	■■■□□ 2.79
USP19-215	ENST00000491859	SYNJ1	O43426	1573 aa		32.43	■■■□□ 2.78
USP19-215	ENST00000491859	WDR97	A6NE52	1622 aa		32.43	■■■□□ 2.78
USP19-215	ENST00000491859	TOP2B	Q02880	1626 aa		32.43	■■■□□ 2.78
USP19-215	ENST00000491859	TDRD9	Q8NDG6	1382 aa	Known RBP	32.38	■■■□□ 2.77
USP19-215	ENST00000491859	ABCA10	Q8WWZ4	1543 aa		32.29	■■■□□ 2.76
USP19-215	ENST00000491859	CHD1	O14646	1710 aa		32.27	■■■□□ 2.76
USP19-215	ENST00000491859	PBRM1	Q86U86	1689 aa		32.25	■■■□□ 2.75
USP19-215	ENST00000491859	OSCAR	Q8IYS5	282 aa		32.25	■■■□□ 2.75
USP19-215	ENST00000491859	ABCA5	Q8WWZ7	1642 aa		32.22	■■■□□ 2.75
USP19-215	ENST00000491859	SNAPC4	Q5SXM2	1469 aa		32.21	■■■□□ 2.75
USP19-215	ENST00000491859	GRIN2B	Q13224	1484 aa		32.2	■■■□□ 2.75
USP19-215	ENST00000491859	GAPVD1	Q14C86	1478 aa		32.2	■■■□□ 2.75
USP19-215	ENST00000491859	MAGI1	Q96QZ7	1491 aa	Predicted RBP	32.14	■■■□□ 2.74
USP19-215	ENST00000491859	FBLN2	P98095	1184 aa		32.11	■■■□□ 2.73
USP19-215	ENST00000491859	SYNJ2	O15056	1496 aa		32.01	■■■□□ 2.71
USP19-215	ENST00000491859	CHMP7	Q8WUX9	453 aa	Predicted RBP	31.98	■■■□□ 2.71
USP19-215	ENST00000491859	ADAMTS12	P58397	1594 aa		31.94	■■■□□ 2.7
USP19-215	ENST00000491859	ERICH3	Q5RHP9	1530 aa		31.91	■■■□□ 2.7
USP19-215	ENST00000491859	RIMBP3C	A6NJZ7	1639 aa		31.87	■■■□□ 2.69
USP19-215	ENST00000491859	RIMBP3B	A6NNM3	1639 aa		31.87	■■■□□ 2.69
USP19-215	ENST00000491859	RIMBP3	Q9UFD9	1639 aa		31.87	■■■□□ 2.69
USP19-215	ENST00000491859	CLASP1	Q7Z460	1538 aa		31.83	■■■□□ 2.69
USP19-215	ENST00000491859	ARHGEF11	O15085	1522 aa		31.82	■■■□□ 2.68
USP19-215	ENST00000491859	FHAD1	B1AJZ9	1412 aa		31.81	■■■□□ 2.68
USP19-215	ENST00000491859	GRIN2A	Q12879	1464 aa		31.8	■■■□□ 2.68
USP19-215	ENST00000491859	KIF27	Q86VH2	1401 aa		31.78	■■■□□ 2.68
USP19-215	ENST00000491859	TRIM41	Q8WV44	630 aa		31.72	■■■□□ 2.67
USP19-215	ENST00000491859	CEP170	Q5SW79	1584 aa		31.68	■■■□□ 2.66
USP19-215	ENST00000491859	CUL7	Q14999	1698 aa		31.67	■■■□□ 2.66
USP19-215	ENST00000491859	NUP160	Q12769	1436 aa		31.64	■■■□□ 2.66
USP19-215	ENST00000491859	IGF1R	P08069	1367 aa		31.6	■■■□□ 2.65
USP19-215	ENST00000491859	ARAP1	Q96P48	1450 aa		31.55	■■■□□ 2.64
USP19-215	ENST00000491859	CYB5RL	Q6IPT4	315 aa		31.47	■■■□□ 2.63
USP19-215	ENST00000491859	RUSC2	Q8N2Y8	1516 aa		31.47	■■■□□ 2.63
USP19-215	ENST00000491859	SHROOM2	Q13796	1616 aa		31.46	■■■□□ 2.63
USP19-215	ENST00000491859	CARMIL1	Q5VZK9	1371 aa		31.45	■■■□□ 2.63
USP19-215	ENST00000491859	ERCC6L2	Q5T890	1561 aa		31.39	■■■□□ 2.62

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