RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000489638.5

LTA-216, Transcript of lymphotoxin alpha, humanhuman

TSL 5

Gene LTA, Length 1,377 nt, Biotype retained intron.

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LTA-216ENST00000489638 NISCHQ9Y2I1 1504 aa32.94■■■□□ 2.86
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LTA-216ENST00000489638 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa28.28■■■□□ 2.12
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LTA-216ENST00000489638 NACADO15069 1562 aa28.05■■■□□ 2.08
LTA-216ENST00000489638 DCAF8L2P0C7V8 631 aa27.77■■■□□ 2.04
LTA-216ENST00000489638 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP27.69■■■□□ 2.02
LTA-216ENST00000489638 UNC13AQ9UPW8 1703 aa27.64■■■□□ 2.02
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LTA-216ENST00000489638 SCRIBQ14160 1630 aa26.99■■□□□ 1.91
LTA-216ENST00000489638 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa26.91■■□□□ 1.9
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LTA-216ENST00000489638 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP26.83■■□□□ 1.89
LTA-216ENST00000489638 DNAJC5Q9H3Z4 198 aa25.93■■□□□ 1.74
LTA-216ENST00000489638 NCAPD3P42695 1498 aa25.91■■□□□ 1.74
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LTA-216ENST00000489638 SMARCA4P51532 1647 aa25.74■■□□□ 1.71
LTA-216ENST00000489638 ERCC6Q03468 1493 aa25.72■■□□□ 1.71
LTA-216ENST00000489638 HMGXB3Q12766 1538 aa25.72■■□□□ 1.71
LTA-216ENST00000489638 SMARCA2P51531 1590 aa25.71■■□□□ 1.71
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LTA-216ENST00000489638 NESP48681 1621 aa25.56■■□□□ 1.68
LTA-216ENST00000489638 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP25.54■■□□□ 1.68
LTA-216ENST00000489638 PEG3Q9GZU2 1588 aa25.51■■□□□ 1.68
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LTA-216ENST00000489638 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa25.34■■□□□ 1.65
LTA-216ENST00000489638 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa25.21■■□□□ 1.63
LTA-216ENST00000489638 PDS5BQ9NTI5 1447 aa25.18■■□□□ 1.62
LTA-216ENST00000489638 CADPSQ9ULU8 1353 aa25.1■■□□□ 1.61
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LTA-216ENST00000489638 MRC2Q9UBG0 1479 aa25.01■■□□□ 1.59
LTA-216ENST00000489638 WDR62O43379 1518 aa24.97■■□□□ 1.59
LTA-216ENST00000489638 CEP164Q9UPV0 1460 aa24.86■■□□□ 1.57
LTA-216ENST00000489638 FANCD2Q9BXW9 1451 aa24.82■■□□□ 1.56
LTA-216ENST00000489638 CFTRP13569 1480 aa24.79■■□□□ 1.56
LTA-216ENST00000489638 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP24.79■■□□□ 1.56
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LTA-216ENST00000489638 OSCARQ8IYS5 282 aa24.5■■□□□ 1.51
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LTA-216ENST00000489638 IFT140Q96RY7 1462 aa24.37■■□□□ 1.49
LTA-216ENST00000489638 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP24.37■■□□□ 1.49
LTA-216ENST00000489638 TOPBP1Q92547 1522 aa24.34■■□□□ 1.49
LTA-216ENST00000489638 RIMBP3CA6NJZ7 1639 aa24.26■■□□□ 1.47
LTA-216ENST00000489638 RIMBP3BA6NNM3 1639 aa24.26■■□□□ 1.47
LTA-216ENST00000489638 RIMBP3Q9UFD9 1639 aa24.26■■□□□ 1.47
LTA-216ENST00000489638 ABCC8Q09428 1581 aa24.24■■□□□ 1.47
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LTA-216ENST00000489638 DNMBPQ6XZF7 1577 aa24.23■■□□□ 1.47
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LTA-216ENST00000489638 CHD1O14646 1710 aa24.06■■□□□ 1.44
LTA-216ENST00000489638 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa23.98■■□□□ 1.43
LTA-216ENST00000489638 SOGA1O94964 1423 aa23.94■■□□□ 1.42
LTA-216ENST00000489638 ARAP1Q96P48 1450 aa23.93■■□□□ 1.42
LTA-216ENST00000489638 CYB5RLQ6IPT4 315 aa23.93■■□□□ 1.42
LTA-216ENST00000489638 FBLN2P98095 1184 aa23.91■■□□□ 1.42
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LTA-216ENST00000489638 FGD5Q6ZNL6 1462 aa23.91■■□□□ 1.42
LTA-216ENST00000489638 WDR97A6NE52 1622 aa23.89■■□□□ 1.41
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LTA-216ENST00000489638 CUX1P39880 1505 aa23.86■■□□□ 1.41
LTA-216ENST00000489638 CLASP1Q7Z460 1538 aa23.82■■□□□ 1.4
LTA-216ENST00000489638 MAGI1Q96QZ7 1491 aaPredicted RBP23.8■■□□□ 1.4
LTA-216ENST00000489638 GRIN2BQ13224 1484 aa23.77■■□□□ 1.4
LTA-216ENST00000489638 SYNJ1O43426 1573 aa23.75■■□□□ 1.39
LTA-216ENST00000489638 CHMP7Q8WUX9 453 aaPredicted RBP23.72■■□□□ 1.39
LTA-216ENST00000489638 SYNJ2O15056 1496 aa23.72■■□□□ 1.39
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LTA-216ENST00000489638 PBRM1Q86U86 1689 aa23.66■■□□□ 1.38
LTA-216ENST00000489638 GAPVD1Q14C86 1478 aa23.65■■□□□ 1.38
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LTA-216ENST00000489638 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa23.62■■□□□ 1.37
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LTA-216ENST00000489638 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP23.47■■□□□ 1.35
LTA-216ENST00000489638 ADAMTS12P58397 1594 aa23.47■■□□□ 1.35
LTA-216ENST00000489638 ERCC6L2Q5T890 1561 aa23.43■■□□□ 1.34
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LTA-216ENST00000489638 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa23.43■■□□□ 1.34
LTA-216ENST00000489638 NUP160Q12769 1436 aa23.42■■□□□ 1.34
LTA-216ENST00000489638 CEP170Q5SW79 1584 aa23.41■■□□□ 1.34
LTA-216ENST00000489638 FHAD1B1AJZ9 1412 aa23.36■■□□□ 1.33
LTA-216ENST00000489638 SHROOM2Q13796 1616 aa23.34■■□□□ 1.33
LTA-216ENST00000489638 ERICH3Q5RHP9 1530 aa23.32■■□□□ 1.32
LTA-216ENST00000489638 PRG4Q92954 1404 aaPredicted RBP23.16■■□□□ 1.3
LTA-216ENST00000489638 RUSC2Q8N2Y8 1516 aa23.14■■□□□ 1.3
LTA-216ENST00000489638 AEBP2Q6ZN18 517 aaPredicted RBP23.13■■□□□ 1.29
LTA-216ENST00000489638 JPH4Q96JJ6 628 aa23.1■■□□□ 1.29
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