RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000489045.5

COL9A3-213, Transcript of collagen type IX alpha 3 chain, humanhuman

TSL 5

Gene COL9A3, Length 838 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytosol .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL9A3-213ENST00000489045 NISCHQ9Y2I1 1504 aa57.09■■■■■ 6.73
COL9A3-213ENST00000489045 CCDC180Q9P1Z9 1646 aa51.11■■■■■ 5.77
COL9A3-213ENST00000489045 ABCC9O60706 1549 aa50.57■■■■■ 5.69
COL9A3-213ENST00000489045 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa48.37■■■■■ 5.33
COL9A3-213ENST00000489045 NACADO15069 1562 aa48.13■■■■■ 5.3
COL9A3-213ENST00000489045 DCAF8L2P0C7V8 631 aa47.89■■■■■ 5.26
COL9A3-213ENST00000489045 MYO15BQ96JP2 1530 aa47.61■■■■■ 5.21
COL9A3-213ENST00000489045 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP47.43■■■■■ 5.18
COL9A3-213ENST00000489045 UNC13AQ9UPW8 1703 aa47.39■■■■■ 5.18
COL9A3-213ENST00000489045 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa47.18■■■■■ 5.14
COL9A3-213ENST00000489045 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP47.09■■■■■ 5.136e-9■■■□□ 17.5
COL9A3-213ENST00000489045 BICRAQ9NZM4 1560 aa46.95■■■■■ 5.11
COL9A3-213ENST00000489045 DNAJC5BQ9UF47 199 aa46.93■■■■■ 5.1
COL9A3-213ENST00000489045 SCRIBQ14160 1630 aa46.58■■■■■ 5.05
COL9A3-213ENST00000489045 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa46.34■■■■■ 5.01
COL9A3-213ENST00000489045 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP45.75■■■■■ 4.92
COL9A3-213ENST00000489045 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa45.74■■■■■ 4.91
COL9A3-213ENST00000489045 CECR2Q9BXF3 1484 aa45.49■■■■■ 4.87
COL9A3-213ENST00000489045 SMARCA4P51532 1647 aa44.48■■■■■ 4.71
COL9A3-213ENST00000489045 NCAPD3P42695 1498 aa44.39■■■■■ 4.7
COL9A3-213ENST00000489045 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa44.34■■■■■ 4.69
COL9A3-213ENST00000489045 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP44.3■■■■■ 4.68
COL9A3-213ENST00000489045 SMARCA2P51531 1590 aa44.27■■■■■ 4.68
COL9A3-213ENST00000489045 HMGXB3Q12766 1538 aa44.16■■■■■ 4.66
COL9A3-213ENST00000489045 PEG3Q9GZU2 1588 aa44.02■■■■■ 4.64
COL9A3-213ENST00000489045 MROH2BQ7Z745 1585 aa44.01■■■■■ 4.64
COL9A3-213ENST00000489045 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP43.96■■■■■ 4.63
COL9A3-213ENST00000489045 ERCC6Q03468 1493 aa43.62■■■■■ 4.57
COL9A3-213ENST00000489045 NESP48681 1621 aa43.59■■■■■ 4.57
COL9A3-213ENST00000489045 WIZO95785 1651 aa43.55■■■■■ 4.56
COL9A3-213ENST00000489045 CUX2O14529 1486 aa43.38■■■■■ 4.54
COL9A3-213ENST00000489045 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa43.37■■■■■ 4.53
COL9A3-213ENST00000489045 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP43.22■■■■■ 4.51
COL9A3-213ENST00000489045 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa43.13■■■■■ 4.49
COL9A3-213ENST00000489045 THOC2Q8NI27 1593 aaKnown RBP43.11■■■■■ 4.49
COL9A3-213ENST00000489045 CADPSQ9ULU8 1353 aa43.04■■■■■ 4.48
COL9A3-213ENST00000489045 PDS5BQ9NTI5 1447 aa43.04■■■■■ 4.48
COL9A3-213ENST00000489045 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP43.01■■■■■ 4.48
COL9A3-213ENST00000489045 DNAJC5Q9H3Z4 198 aa42.74■■■■■ 4.43
COL9A3-213ENST00000489045 CFTRP13569 1480 aa42.68■■■■■ 4.42
COL9A3-213ENST00000489045 MRC2Q9UBG0 1479 aa42.68■■■■■ 4.42
COL9A3-213ENST00000489045 CEP164Q9UPV0 1460 aa42.62■■■■■ 4.41
COL9A3-213ENST00000489045 FANCD2Q9BXW9 1451 aa42.6■■■■■ 4.41
COL9A3-213ENST00000489045 WDR62O43379 1518 aa42.59■■■■■ 4.41
COL9A3-213ENST00000489045 CCDC88BA6NC98 1476 aa42.47■■■■■ 4.39
COL9A3-213ENST00000489045 PRDM2Q13029 1718 aa42.46■■■■■ 4.39
COL9A3-213ENST00000489045 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP42.24■■■■■ 4.35
COL9A3-213ENST00000489045 TOPBP1Q92547 1522 aa41.86■■■■■ 4.29
COL9A3-213ENST00000489045 DNMBPQ6XZF7 1577 aa41.78■■■■■ 4.28
COL9A3-213ENST00000489045 ABCC8Q09428 1581 aa41.77■■■■■ 4.28
COL9A3-213ENST00000489045 IFT140Q96RY7 1462 aa41.73■■■■■ 4.27
COL9A3-213ENST00000489045 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP41.63■■■■■ 4.25
COL9A3-213ENST00000489045 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP41.63■■■■■ 4.25
COL9A3-213ENST00000489045 TARBP1Q13395 1621 aaKnown RBP41.49■■■■■ 4.23
COL9A3-213ENST00000489045 EIF4G3O43432 1585 aaKnown RBP41.49■■■■■ 4.23
COL9A3-213ENST00000489045 POLA1P09884 1462 aaPredicted RBP41.47■■■■■ 4.23
COL9A3-213ENST00000489045 OSCARQ8IYS5 282 aa41.4■■■■■ 4.22
COL9A3-213ENST00000489045 CUX1P39880 1505 aa41.33■■■■■ 4.21
COL9A3-213ENST00000489045 AQRO60306 1485 aaKnown RBP eCLIP41.28■■■■■ 4.27e-8■■□□□ 13
COL9A3-213ENST00000489045 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa41.28■■■■■ 4.2
COL9A3-213ENST00000489045 FGD5Q6ZNL6 1462 aa41.28■■■■■ 4.2
COL9A3-213ENST00000489045 SOGA1O94964 1423 aa41.24■■■■■ 4.19
COL9A3-213ENST00000489045 CHD1O14646 1710 aa41.13■■■■■ 4.18
COL9A3-213ENST00000489045 WDR97A6NE52 1622 aa41.1■■■■■ 4.17
COL9A3-213ENST00000489045 TRIM41Q8WV44 630 aa41.09■■■■■ 4.17
COL9A3-213ENST00000489045 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP41.09■■■■■ 4.17
COL9A3-213ENST00000489045 RIMBP3CA6NJZ7 1639 aa40.95■■■■■ 4.15
COL9A3-213ENST00000489045 RIMBP3BA6NNM3 1639 aa40.95■■■■■ 4.15
COL9A3-213ENST00000489045 RIMBP3Q9UFD9 1639 aa40.95■■■■■ 4.15
COL9A3-213ENST00000489045 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa40.91■■■■■ 4.14
COL9A3-213ENST00000489045 FBLN2P98095 1184 aa40.88■■■■■ 4.13
COL9A3-213ENST00000489045 GRIN2BQ13224 1484 aa40.85■■■■■ 4.13
COL9A3-213ENST00000489045 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa40.85■■■■■ 4.13
COL9A3-213ENST00000489045 PBRM1Q86U86 1689 aa40.85■■■■■ 4.13
COL9A3-213ENST00000489045 ARHGEF11O15085 1522 aa40.83■■■■■ 4.13
COL9A3-213ENST00000489045 MAGI1Q96QZ7 1491 aaPredicted RBP40.82■■■■■ 4.12
COL9A3-213ENST00000489045 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa40.82■■■■■ 4.12
COL9A3-213ENST00000489045 TOP2BQ02880 1626 aa40.81■■■■■ 4.12
COL9A3-213ENST00000489045 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa40.78■■■■■ 4.12
COL9A3-213ENST00000489045 SYNJ1O43426 1573 aa40.78■■■■■ 4.12
COL9A3-213ENST00000489045 GAPVD1Q14C86 1478 aa40.77■■■■■ 4.12
COL9A3-213ENST00000489045 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP40.77■■■■■ 4.12
COL9A3-213ENST00000489045 SYNJ2O15056 1496 aa40.67■■■■■ 4.1
COL9A3-213ENST00000489045 CHMP7Q8WUX9 453 aaPredicted RBP40.65■■■■■ 4.1
COL9A3-213ENST00000489045 CLASP1Q7Z460 1538 aa40.6■■■■■ 4.09
COL9A3-213ENST00000489045 ARAP1Q96P48 1450 aa40.45■■■■■ 4.07
COL9A3-213ENST00000489045 ADAMTS12P58397 1594 aa40.44■■■■■ 4.06
COL9A3-213ENST00000489045 CYB5RLQ6IPT4 315 aa40.41■■■■■ 4.06
COL9A3-213ENST00000489045 GRIN2AQ12879 1464 aa40.34■■■■■ 4.05
COL9A3-213ENST00000489045 ERICH3Q5RHP9 1530 aa40.33■■■■■ 4.05
COL9A3-213ENST00000489045 FHAD1B1AJZ9 1412 aa40.26■■■■■ 4.04
COL9A3-213ENST00000489045 CEP170Q5SW79 1584 aa40.21■■■■■ 4.03
COL9A3-213ENST00000489045 NUP160Q12769 1436 aa40.17■■■■■ 4.02
COL9A3-213ENST00000489045 SHROOM2Q13796 1616 aa40.01■■■■■ 4
COL9A3-213ENST00000489045 ERCC6L2Q5T890 1561 aa40.01■■■■□ 3.99
COL9A3-213ENST00000489045 KIF27Q86VH2 1401 aa39.96■■■■□ 3.99
COL9A3-213ENST00000489045 CUL7Q14999 1698 aa39.89■■■■□ 3.98
COL9A3-213ENST00000489045 RUSC2Q8N2Y8 1516 aa39.86■■■■□ 3.97
COL9A3-213ENST00000489045 IGF1RP08069 1367 aa39.85■■■■□ 3.97
COL9A3-213ENST00000489045 TRHP20396 242 aaPredicted RBP39.81■■■■□ 3.96
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