RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000486480.1

PTPRN-216, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type N, humanhuman

TSL 3

Gene PTPRN, Length 563 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPRN-216ENST00000486480 NISCHQ9Y2I1 1504 aa46.44■■■■■ 5.02
PTPRN-216ENST00000486480 CCDC180Q9P1Z9 1646 aa41.33■■■■■ 4.21
PTPRN-216ENST00000486480 ABCC9O60706 1549 aa40.21■■■■■ 4.03
PTPRN-216ENST00000486480 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa38.78■■■■□ 3.8
PTPRN-216ENST00000486480 NACADO15069 1562 aa38.75■■■■□ 3.79
PTPRN-216ENST00000486480 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP38.74■■■■□ 3.79
PTPRN-216ENST00000486480 DCAF8L2P0C7V8 631 aa38.61■■■■□ 3.77
PTPRN-216ENST00000486480 MYO15BQ96JP2 1530 aa38.56■■■■□ 3.76
PTPRN-216ENST00000486480 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa38.45■■■■□ 3.75
PTPRN-216ENST00000486480 UNC13AQ9UPW8 1703 aa38■■■■□ 3.67
PTPRN-216ENST00000486480 SCRIBQ14160 1630 aa37.68■■■■□ 3.62
PTPRN-216ENST00000486480 BICRAQ9NZM4 1560 aa37.61■■■■□ 3.61
PTPRN-216ENST00000486480 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP37.52■■■■□ 3.6
PTPRN-216ENST00000486480 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa37.22■■■■□ 3.55
PTPRN-216ENST00000486480 DNAJC5BQ9UF47 199 aa36.71■■■■□ 3.47
PTPRN-216ENST00000486480 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP36.6■■■■□ 3.45
PTPRN-216ENST00000486480 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa36.42■■■■□ 3.42
PTPRN-216ENST00000486480 CECR2Q9BXF3 1484 aa36.15■■■■□ 3.38
PTPRN-216ENST00000486480 SMARCA4P51532 1647 aa36.05■■■■□ 3.36
PTPRN-216ENST00000486480 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP36.01■■■■□ 3.35
PTPRN-216ENST00000486480 MROH2BQ7Z745 1585 aa35.8■■■■□ 3.32
PTPRN-216ENST00000486480 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa35.76■■■■□ 3.32
PTPRN-216ENST00000486480 SMARCA2P51531 1590 aa35.76■■■■□ 3.31
PTPRN-216ENST00000486480 NCAPD3P42695 1498 aa35.71■■■■□ 3.31
PTPRN-216ENST00000486480 PEG3Q9GZU2 1588 aa35.69■■■■□ 3.3
PTPRN-216ENST00000486480 HMGXB3Q12766 1538 aa35.62■■■■□ 3.29
PTPRN-216ENST00000486480 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP35.49■■■■□ 3.27
PTPRN-216ENST00000486480 WIZO95785 1651 aa35.46■■■■□ 3.27
PTPRN-216ENST00000486480 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP35.4■■■■□ 3.26
PTPRN-216ENST00000486480 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP35.08■■■■□ 3.21
PTPRN-216ENST00000486480 NESP48681 1621 aa34.84■■■■□ 3.17
PTPRN-216ENST00000486480 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa34.8■■■■□ 3.16
PTPRN-216ENST00000486480 CADPSQ9ULU8 1353 aa34.65■■■■□ 3.14
PTPRN-216ENST00000486480 ERCC6Q03468 1493 aa34.65■■■■□ 3.14
PTPRN-216ENST00000486480 CCDC88BA6NC98 1476 aa34.61■■■■□ 3.13
PTPRN-216ENST00000486480 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa34.52■■■■□ 3.12
PTPRN-216ENST00000486480 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP34.52■■■■□ 3.12
PTPRN-216ENST00000486480 CFTRP13569 1480 aa34.51■■■■□ 3.11
PTPRN-216ENST00000486480 PDS5BQ9NTI5 1447 aa34.5■■■■□ 3.11
PTPRN-216ENST00000486480 PRDM2Q13029 1718 aa34.42■■■■□ 3.1
PTPRN-216ENST00000486480 THOC2Q8NI27 1593 aaKnown RBP34.36■■■■□ 3.09
PTPRN-216ENST00000486480 FANCD2Q9BXW9 1451 aa34.3■■■■□ 3.08
PTPRN-216ENST00000486480 CEP164Q9UPV0 1460 aa34.27■■■■□ 3.08
PTPRN-216ENST00000486480 CUX2O14529 1486 aa34.25■■■■□ 3.07
PTPRN-216ENST00000486480 MRC2Q9UBG0 1479 aa34.19■■■■□ 3.06
PTPRN-216ENST00000486480 WDR62O43379 1518 aa34.09■■■■□ 3.05
PTPRN-216ENST00000486480 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP33.97■■■■□ 3.03
PTPRN-216ENST00000486480 DNMBPQ6XZF7 1577 aa33.78■■■■□ 3
PTPRN-216ENST00000486480 TOPBP1Q92547 1522 aa33.78■■■■□ 3
PTPRN-216ENST00000486480 ABCC8Q09428 1581 aa33.76■■■□□ 2.99
PTPRN-216ENST00000486480 CUX1P39880 1505 aa33.58■■■□□ 2.97
PTPRN-216ENST00000486480 IFT140Q96RY7 1462 aa33.52■■■□□ 2.96
PTPRN-216ENST00000486480 POLA1P09884 1462 aaPredicted RBP33.5■■■□□ 2.95
PTPRN-216ENST00000486480 FGD5Q6ZNL6 1462 aa33.44■■■□□ 2.94
PTPRN-216ENST00000486480 TARBP1Q13395 1621 aaKnown RBP33.44■■■□□ 2.94
PTPRN-216ENST00000486480 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP33.38■■■□□ 2.93
PTPRN-216ENST00000486480 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa33.38■■■□□ 2.93
PTPRN-216ENST00000486480 SYNJ1O43426 1573 aa33.36■■■□□ 2.93
PTPRN-216ENST00000486480 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP33.36■■■□□ 2.93
PTPRN-216ENST00000486480 TOP2BQ02880 1626 aa33.35■■■□□ 2.93
PTPRN-216ENST00000486480 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa33.32■■■□□ 2.92
PTPRN-216ENST00000486480 SOGA1O94964 1423 aa33.31■■■□□ 2.92
PTPRN-216ENST00000486480 EIF4G3O43432 1585 aaKnown RBP33.3■■■□□ 2.92
PTPRN-216ENST00000486480 WDR97A6NE52 1622 aa33.25■■■□□ 2.91
PTPRN-216ENST00000486480 AQRO60306 1485 aaKnown RBP eCLIP33.16■■■□□ 2.9
PTPRN-216ENST00000486480 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa33.12■■■□□ 2.89
PTPRN-216ENST00000486480 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP33.1■■■□□ 2.89
PTPRN-216ENST00000486480 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa33.03■■■□□ 2.88
PTPRN-216ENST00000486480 PBRM1Q86U86 1689 aa33■■■□□ 2.87
PTPRN-216ENST00000486480 GAPVD1Q14C86 1478 aa32.96■■■□□ 2.87
PTPRN-216ENST00000486480 DNAJC5Q9H3Z4 198 aa32.95■■■□□ 2.87
PTPRN-216ENST00000486480 GRIN2BQ13224 1484 aa32.94■■■□□ 2.86
PTPRN-216ENST00000486480 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa32.9■■■□□ 2.86
PTPRN-216ENST00000486480 CHD1O14646 1710 aa32.89■■■□□ 2.86
PTPRN-216ENST00000486480 MAGI1Q96QZ7 1491 aaPredicted RBP32.86■■■□□ 2.85
PTPRN-216ENST00000486480 OSCARQ8IYS5 282 aa32.75■■■□□ 2.83
PTPRN-216ENST00000486480 ERICH3Q5RHP9 1530 aa32.74■■■□□ 2.83
PTPRN-216ENST00000486480 SYNJ2O15056 1496 aa32.73■■■□□ 2.83
PTPRN-216ENST00000486480 ADAMTS12P58397 1594 aa32.71■■■□□ 2.83
PTPRN-216ENST00000486480 FBLN2P98095 1184 aa32.68■■■□□ 2.82
PTPRN-216ENST00000486480 KIF27Q86VH2 1401 aa32.67■■■□□ 2.82
PTPRN-216ENST00000486480 CHMP7Q8WUX9 453 aaPredicted RBP32.61■■■□□ 2.81
PTPRN-216ENST00000486480 TRIM41Q8WV44 630 aa32.6■■■□□ 2.81
PTPRN-216ENST00000486480 FHAD1B1AJZ9 1412 aa32.58■■■□□ 2.81
PTPRN-216ENST00000486480 GRIN2AQ12879 1464 aa32.54■■■□□ 2.8
PTPRN-216ENST00000486480 CUL7Q14999 1698 aa32.52■■■□□ 2.8
PTPRN-216ENST00000486480 CLASP1Q7Z460 1538 aa32.49■■■□□ 2.79
PTPRN-216ENST00000486480 IGF1RP08069 1367 aa32.47■■■□□ 2.79
PTPRN-216ENST00000486480 RUSC2Q8N2Y8 1516 aa32.41■■■□□ 2.78
PTPRN-216ENST00000486480 CEP170Q5SW79 1584 aa32.41■■■□□ 2.78
PTPRN-216ENST00000486480 NUP160Q12769 1436 aa32.38■■■□□ 2.77
PTPRN-216ENST00000486480 RIMBP3CA6NJZ7 1639 aa32.35■■■□□ 2.77
PTPRN-216ENST00000486480 RIMBP3BA6NNM3 1639 aa32.35■■■□□ 2.77
PTPRN-216ENST00000486480 RIMBP3Q9UFD9 1639 aa32.35■■■□□ 2.77
PTPRN-216ENST00000486480 ARHGEF11O15085 1522 aa32.33■■■□□ 2.77
PTPRN-216ENST00000486480 CHIC1Q5VXU3 224 aa32.3■■■□□ 2.76
PTPRN-216ENST00000486480 CARMIL1Q5VZK9 1371 aa32.3■■■□□ 2.76
PTPRN-216ENST00000486480 SHROOM2Q13796 1616 aa32.18■■■□□ 2.74
PTPRN-216ENST00000486480 RAPGEF2Q9Y4G8 1499 aa32.16■■■□□ 2.74
PTPRN-216ENST00000486480 EEA1Q15075 1411 aa32.13■■■□□ 2.73
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