RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000484986.1

PTPRN-215, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type N, human

TSL 4

Gene PTPRN, Length 545 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRN-215	ENST00000484986	NISCH	Q9Y2I1	1504 aa		55.27	■■■■■ 6.44
PTPRN-215	ENST00000484986	CCDC180	Q9P1Z9	1646 aa		49.55	■■■■■ 5.52
PTPRN-215	ENST00000484986	ABCC9	O60706	1549 aa		49.52	■■■■■ 5.52
PTPRN-215	ENST00000484986	RB1CC1	Q8TDY2	1594 aa		47.2	■■■■■ 5.15
PTPRN-215	ENST00000484986	NACAD	O15069	1562 aa		46.91	■■■■■ 5.1
PTPRN-215	ENST00000484986	DCAF8L2	P0C7V8	631 aa		46.69	■■■■■ 5.06
PTPRN-215	ENST00000484986	DNAJC5B	Q9UF47	199 aa		46.41	■■■■■ 5.02
PTPRN-215	ENST00000484986	MYO15B	Q96JP2	1530 aa		46.31	■■■■■ 5
PTPRN-215	ENST00000484986	PABPN1	Q86U42	306 aa	Known RBP eCLIP	46.14	■■■■■ 4.98
PTPRN-215	ENST00000484986	UNC13A	Q9UPW8	1703 aa		45.93	■■■■■ 4.94
PTPRN-215	ENST00000484986	ZCCHC6	Q5VYS8	1495 aa	Known RBP	45.8	■■■■■ 4.92
PTPRN-215	ENST00000484986	BICRA	Q9NZM4	1560 aa		45.73	■■■■■ 4.91
PTPRN-215	ENST00000484986	DCAF1	Q9Y4B6	1507 aa		45.71	■■■■■ 4.91
PTPRN-215	ENST00000484986	SHROOM4	Q9ULL8	1493 aa		45.29	■■■■■ 4.84
PTPRN-215	ENST00000484986	SCRIB	Q14160	1630 aa		45.11	■■■■■ 4.81
PTPRN-215	ENST00000484986	CC2D2A	Q9P2K1	1620 aa		44.72	■■■■■ 4.75
PTPRN-215	ENST00000484986	EIF4G1	Q04637	1599 aa	Known RBP	44.66	■■■■■ 4.74
PTPRN-215	ENST00000484986	CECR2	Q9BXF3	1484 aa		44.66	■■■■■ 4.74
PTPRN-215	ENST00000484986	NCAPD3	P42695	1498 aa		43.32	■■■■■ 4.53
PTPRN-215	ENST00000484986	ATAD2B	Q9ULI0	1458 aa		43.15	■■■■■ 4.5
PTPRN-215	ENST00000484986	SMARCA4	P51532	1647 aa		43.07	■■■■■ 4.48
PTPRN-215	ENST00000484986	SMARCA2	P51531	1590 aa		43.07	■■■■■ 4.48
PTPRN-215	ENST00000484986	HMGXB3	Q12766	1538 aa		42.97	■■■■■ 4.47
PTPRN-215	ENST00000484986	BAZ1A	Q9NRL2	1556 aa	Predicted RBP	42.93	■■■■■ 4.46
PTPRN-215	ENST00000484986	ERCC6	Q03468	1493 aa		42.83	■■■■■ 4.45
PTPRN-215	ENST00000484986	CUX2	O14529	1486 aa		42.75	■■■■■ 4.43
PTPRN-215	ENST00000484986	BAZ1B	Q9UIG0	1483 aa	Known RBP	42.75	■■■■■ 4.43
PTPRN-215	ENST00000484986	DNAJC5	Q9H3Z4	198 aa		42.71	■■■■■ 4.43
PTPRN-215	ENST00000484986	PEG3	Q9GZU2	1588 aa		42.69	■■■■■ 4.43
PTPRN-215	ENST00000484986	MROH2B	Q7Z745	1585 aa		42.54	■■■■■ 4.4
PTPRN-215	ENST00000484986	NES	P48681	1621 aa		42.52	■■■■■ 4.4
PTPRN-215	ENST00000484986	LAMC3	Q9Y6N6	1575 aa		42.31	■■■■■ 4.36
PTPRN-215	ENST00000484986	PDS5B	Q9NTI5	1447 aa		42.13	■■■■■ 4.34
PTPRN-215	ENST00000484986	THOC2	Q8NI27	1593 aa	Known RBP	42.07	■■■■■ 4.33
PTPRN-215	ENST00000484986	CADPS	Q9ULU8	1353 aa		42.01	■■■■■ 4.32
PTPRN-215	ENST00000484986	WIZ	O95785	1651 aa		41.98	■■■■■ 4.31
PTPRN-215	ENST00000484986	KIF21A	Q7Z4S6	1674 aa		41.91	■■■■■ 4.3
PTPRN-215	ENST00000484986	RSF1	Q96T23	1441 aa	Predicted RBP	41.73	■■■■■ 4.27
PTPRN-215	ENST00000484986	MRC2	Q9UBG0	1479 aa		41.71	■■■■■ 4.27
PTPRN-215	ENST00000484986	WDR62	O43379	1518 aa		41.58	■■■■■ 4.25
PTPRN-215	ENST00000484986	CEP164	Q9UPV0	1460 aa		41.55	■■■■■ 4.24
PTPRN-215	ENST00000484986	TOP2A	P11388	1531 aa	Known RBP	41.54	■■■■■ 4.24
PTPRN-215	ENST00000484986	CFTR	P13569	1480 aa		41.53	■■■■■ 4.24
PTPRN-215	ENST00000484986	FANCD2	Q9BXW9	1451 aa		41.5	■■■■■ 4.23
PTPRN-215	ENST00000484986	URB2	Q14146	1524 aa	Known RBP	41.11	■■■■■ 4.17
PTPRN-215	ENST00000484986	CCDC88B	A6NC98	1476 aa		41.07	■■■■■ 4.16
PTPRN-215	ENST00000484986	PRDM2	Q13029	1718 aa		40.96	■■■■■ 4.15
PTPRN-215	ENST00000484986	OSCAR	Q8IYS5	282 aa		40.86	■■■■■ 4.13
PTPRN-215	ENST00000484986	TRIM41	Q8WV44	630 aa		40.81	■■■■■ 4.12
PTPRN-215	ENST00000484986	IFT140	Q96RY7	1462 aa		40.74	■■■■■ 4.11
PTPRN-215	ENST00000484986	ABCC8	Q09428	1581 aa		40.72	■■■■■ 4.11
PTPRN-215	ENST00000484986	TOPBP1	Q92547	1522 aa		40.69	■■■■■ 4.1
PTPRN-215	ENST00000484986	ZNF608	Q9ULD9	1512 aa	Predicted RBP	40.58	■■■■■ 4.09
PTPRN-215	ENST00000484986	DNMBP	Q6XZF7	1577 aa		40.55	■■■■■ 4.08
PTPRN-215	ENST00000484986	EIF4G3	O43432	1585 aa	Known RBP	40.35	■■■■■ 4.05
PTPRN-215	ENST00000484986	TARBP1	Q13395	1621 aa	Known RBP	40.29	■■■■■ 4.04
PTPRN-215	ENST00000484986	POLA1	P09884	1462 aa	Predicted RBP	40.28	■■■■■ 4.04
PTPRN-215	ENST00000484986	AQR	O60306	1485 aa	Known RBP eCLIP	40.26	■■■■■ 4.03
PTPRN-215	ENST00000484986	RIMBP3C	A6NJZ7	1639 aa		40.16	■■■■■ 4.02
PTPRN-215	ENST00000484986	RIMBP3B	A6NNM3	1639 aa		40.16	■■■■■ 4.02
PTPRN-215	ENST00000484986	RIMBP3	Q9UFD9	1639 aa		40.16	■■■■■ 4.02
PTPRN-215	ENST00000484986	SOGA1	O94964	1423 aa		40.15	■■■■■ 4.02
PTPRN-215	ENST00000484986	RAD54L2	Q9Y4B4	1467 aa		40.11	■■■■■ 4.01
PTPRN-215	ENST00000484986	ARHGEF11	O15085	1522 aa		40.09	■■■■■ 4.01
PTPRN-215	ENST00000484986	FBLN2	P98095	1184 aa		40.05	■■■■■ 4
PTPRN-215	ENST00000484986	TDRD9	Q8NDG6	1382 aa	Known RBP	40.04	■■■■■ 4
PTPRN-215	ENST00000484986	FGD5	Q6ZNL6	1462 aa		40.03	■■■■■ 4
PTPRN-215	ENST00000484986	CHD1	O14646	1710 aa		39.98	■■■■□ 3.99
PTPRN-215	ENST00000484986	WDR97	A6NE52	1622 aa		39.98	■■■■□ 3.99
PTPRN-215	ENST00000484986	CUX1	P39880	1505 aa		39.97	■■■■□ 3.99
PTPRN-215	ENST00000484986	SUPT5H	O00267	1087 aa	Known RBP	39.92	■■■■□ 3.98
PTPRN-215	ENST00000484986	CYB5RL	Q6IPT4	315 aa		39.85	■■■■□ 3.97
PTPRN-215	ENST00000484986	SNAPC4	Q5SXM2	1469 aa		39.85	■■■■□ 3.97
PTPRN-215	ENST00000484986	MAGI1	Q96QZ7	1491 aa	Predicted RBP	39.81	■■■■□ 3.96
PTPRN-215	ENST00000484986	CHMP7	Q8WUX9	453 aa	Predicted RBP	39.8	■■■■□ 3.96
PTPRN-215	ENST00000484986	GRIN2B	Q13224	1484 aa		39.8	■■■■□ 3.96
PTPRN-215	ENST00000484986	ARAP1	Q96P48	1450 aa		39.68	■■■■□ 3.94
PTPRN-215	ENST00000484986	SYNJ2	O15056	1496 aa		39.66	■■■■□ 3.94
PTPRN-215	ENST00000484986	GAPVD1	Q14C86	1478 aa		39.65	■■■■□ 3.94
PTPRN-215	ENST00000484986	SYNJ1	O43426	1573 aa		39.64	■■■■□ 3.94
PTPRN-215	ENST00000484986	CLASP1	Q7Z460	1538 aa		39.61	■■■■□ 3.93
PTPRN-215	ENST00000484986	ABCA10	Q8WWZ4	1543 aa		39.6	■■■■□ 3.93
PTPRN-215	ENST00000484986	WRN	Q14191	1432 aa	Predicted RBP eCLIP	39.52	■■■■□ 3.92
PTPRN-215	ENST00000484986	PBRM1	Q86U86	1689 aa		39.5	■■■■□ 3.91
PTPRN-215	ENST00000484986	ABCA5	Q8WWZ7	1642 aa		39.47	■■■■□ 3.91
PTPRN-215	ENST00000484986	TRH	P20396	242 aa	Predicted RBP	39.43	■■■■□ 3.9
PTPRN-215	ENST00000484986	TOP2B	Q02880	1626 aa		39.36	■■■■□ 3.89
PTPRN-215	ENST00000484986	BIVM-ERCC5	R4GMW8	1640 aa		39.32	■■■■□ 3.89
PTPRN-215	ENST00000484986	GRIN2A	Q12879	1464 aa		39.26	■■■■□ 3.88
PTPRN-215	ENST00000484986	ADAMTS12	P58397	1594 aa		39.19	■■■■□ 3.86
PTPRN-215	ENST00000484986	FHAD1	B1AJZ9	1412 aa		39.17	■■■■□ 3.86
PTPRN-215	ENST00000484986	NUP160	Q12769	1436 aa		39.14	■■■■□ 3.86
PTPRN-215	ENST00000484986	ERICH3	Q5RHP9	1530 aa		39.12	■■■■□ 3.85
PTPRN-215	ENST00000484986	CEP170	Q5SW79	1584 aa		39.05	■■■■□ 3.84
PTPRN-215	ENST00000484986	ERCC6L2	Q5T890	1561 aa		38.93	■■■■□ 3.82
PTPRN-215	ENST00000484986	SHROOM2	Q13796	1616 aa		38.89	■■■■□ 3.82
PTPRN-215	ENST00000484986	JPH4	Q96JJ6	628 aa		38.79	■■■■□ 3.8
PTPRN-215	ENST00000484986	PRG4	Q92954	1404 aa	Predicted RBP	38.77	■■■■□ 3.8
PTPRN-215	ENST00000484986	KIF27	Q86VH2	1401 aa		38.69	■■■■□ 3.78
PTPRN-215	ENST00000484986	IGF1R	P08069	1367 aa		38.64	■■■■□ 3.78

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