RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000477612.5

COL9A3-211, Transcript of collagen type IX alpha 3 chain, humanhuman

TSL 3

Gene COL9A3, Length 635 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytosol .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL9A3-211ENST00000477612 NISCHQ9Y2I1 1504 aa53.72■■■■■ 6.19
COL9A3-211ENST00000477612 CCDC180Q9P1Z9 1646 aa47.99■■■■■ 5.27
COL9A3-211ENST00000477612 ABCC9O60706 1549 aa47.19■■■■■ 5.14
COL9A3-211ENST00000477612 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa45.31■■■■■ 4.84
COL9A3-211ENST00000477612 NACADO15069 1562 aa45.19■■■■■ 4.82
COL9A3-211ENST00000477612 DCAF8L2P0C7V8 631 aa44.87■■■■■ 4.77
COL9A3-211ENST00000477612 MYO15BQ96JP2 1530 aa44.85■■■■■ 4.77
COL9A3-211ENST00000477612 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP44.66■■■■■ 4.74
COL9A3-211ENST00000477612 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa44.5■■■■■ 4.71
COL9A3-211ENST00000477612 UNC13AQ9UPW8 1703 aa44.37■■■■■ 4.69
COL9A3-211ENST00000477612 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP44■■■■■ 4.634e-10■■□□□ 14.3
COL9A3-211ENST00000477612 BICRAQ9NZM4 1560 aa43.98■■■■■ 4.63
COL9A3-211ENST00000477612 DNAJC5BQ9UF47 199 aa43.73■■■■■ 4.59
COL9A3-211ENST00000477612 SCRIBQ14160 1630 aa43.62■■■■■ 4.57
COL9A3-211ENST00000477612 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa43.51■■■■■ 4.56
COL9A3-211ENST00000477612 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP42.82■■■■■ 4.45
COL9A3-211ENST00000477612 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa42.75■■■■■ 4.43
COL9A3-211ENST00000477612 CECR2Q9BXF3 1484 aa42.48■■■■■ 4.39
COL9A3-211ENST00000477612 SMARCA4P51532 1647 aa41.77■■■■■ 4.28
COL9A3-211ENST00000477612 NCAPD3P42695 1498 aa41.71■■■■■ 4.27
COL9A3-211ENST00000477612 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP41.66■■■■■ 4.26
COL9A3-211ENST00000477612 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa41.63■■■■■ 4.25
COL9A3-211ENST00000477612 SMARCA2P51531 1590 aa41.56■■■■■ 4.24
COL9A3-211ENST00000477612 HMGXB3Q12766 1538 aa41.45■■■■■ 4.23
COL9A3-211ENST00000477612 PEG3Q9GZU2 1588 aa41.43■■■■■ 4.22
COL9A3-211ENST00000477612 MROH2BQ7Z745 1585 aa41.36■■■■■ 4.21
COL9A3-211ENST00000477612 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP41.22■■■■■ 4.19
COL9A3-211ENST00000477612 WIZO95785 1651 aa40.91■■■■■ 4.14
COL9A3-211ENST00000477612 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP40.75■■■■■ 4.11
COL9A3-211ENST00000477612 NESP48681 1621 aa40.75■■■■■ 4.11
COL9A3-211ENST00000477612 ERCC6Q03468 1493 aa40.68■■■■■ 4.1
COL9A3-211ENST00000477612 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa40.67■■■■■ 4.1
COL9A3-211ENST00000477612 CUX2O14529 1486 aa40.51■■■■■ 4.07
COL9A3-211ENST00000477612 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP40.45■■■■■ 4.07
COL9A3-211ENST00000477612 CADPSQ9ULU8 1353 aa40.43■■■■■ 4.06
COL9A3-211ENST00000477612 PDS5BQ9NTI5 1447 aa40.35■■■■■ 4.05
COL9A3-211ENST00000477612 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa40.31■■■■■ 4.04
COL9A3-211ENST00000477612 THOC2Q8NI27 1593 aaKnown RBP40.28■■■■■ 4.04
COL9A3-211ENST00000477612 CFTRP13569 1480 aa40.13■■■■■ 4.01
COL9A3-211ENST00000477612 CCDC88BA6NC98 1476 aa39.97■■■■□ 3.99
COL9A3-211ENST00000477612 MRC2Q9UBG0 1479 aa39.95■■■■□ 3.99
COL9A3-211ENST00000477612 FANCD2Q9BXW9 1451 aa39.94■■■■□ 3.98
COL9A3-211ENST00000477612 CEP164Q9UPV0 1460 aa39.91■■■■□ 3.98
COL9A3-211ENST00000477612 WDR62O43379 1518 aa39.88■■■■□ 3.97
COL9A3-211ENST00000477612 PRDM2Q13029 1718 aa39.87■■■■□ 3.97
COL9A3-211ENST00000477612 DNAJC5Q9H3Z4 198 aa39.72■■■■□ 3.95
COL9A3-211ENST00000477612 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP39.57■■■■□ 3.93
COL9A3-211ENST00000477612 ABCC8Q09428 1581 aa39.29■■■■□ 3.88
COL9A3-211ENST00000477612 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP39.28■■■■□ 3.88
COL9A3-211ENST00000477612 TOPBP1Q92547 1522 aa39.27■■■■□ 3.88
COL9A3-211ENST00000477612 DNMBPQ6XZF7 1577 aa39.21■■■■□ 3.87
COL9A3-211ENST00000477612 IFT140Q96RY7 1462 aa39.12■■■■□ 3.85
COL9A3-211ENST00000477612 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP38.95■■■■□ 3.83
COL9A3-211ENST00000477612 TARBP1Q13395 1621 aaKnown RBP38.92■■■■□ 3.82
COL9A3-211ENST00000477612 POLA1P09884 1462 aaPredicted RBP38.91■■■■□ 3.82
COL9A3-211ENST00000477612 CUX1P39880 1505 aa38.82■■■■□ 3.8
COL9A3-211ENST00000477612 EIF4G3O43432 1585 aaKnown RBP38.8■■■■□ 3.8
COL9A3-211ENST00000477612 FGD5Q6ZNL6 1462 aa38.73■■■■□ 3.79
COL9A3-211ENST00000477612 SOGA1O94964 1423 aa38.73■■■■□ 3.79
COL9A3-211ENST00000477612 OSCARQ8IYS5 282 aa38.71■■■■□ 3.79
COL9A3-211ENST00000477612 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa38.71■■■■□ 3.79
COL9A3-211ENST00000477612 AQRO60306 1485 aaKnown RBP eCLIP38.67■■■■□ 3.789e-8■■□□□ 13.6
COL9A3-211ENST00000477612 WDR97A6NE52 1622 aa38.63■■■■□ 3.77
COL9A3-211ENST00000477612 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP38.53■■■■□ 3.76
COL9A3-211ENST00000477612 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa38.45■■■■□ 3.75
COL9A3-211ENST00000477612 CHD1O14646 1710 aa38.43■■■■□ 3.74
COL9A3-211ENST00000477612 TOP2BQ02880 1626 aa38.41■■■■□ 3.74
COL9A3-211ENST00000477612 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP38.4■■■■□ 3.74
COL9A3-211ENST00000477612 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa38.39■■■■□ 3.74
COL9A3-211ENST00000477612 SYNJ1O43426 1573 aa38.34■■■■□ 3.73
COL9A3-211ENST00000477612 GRIN2BQ13224 1484 aa38.33■■■■□ 3.73
COL9A3-211ENST00000477612 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa38.3■■■■□ 3.72
COL9A3-211ENST00000477612 MAGI1Q96QZ7 1491 aaPredicted RBP38.29■■■■□ 3.72
COL9A3-211ENST00000477612 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa38.28■■■■□ 3.72
COL9A3-211ENST00000477612 GAPVD1Q14C86 1478 aa38.28■■■■□ 3.72
COL9A3-211ENST00000477612 PBRM1Q86U86 1689 aa38.27■■■■□ 3.72
COL9A3-211ENST00000477612 FBLN2P98095 1184 aa38.2■■■■□ 3.71
COL9A3-211ENST00000477612 RIMBP3CA6NJZ7 1639 aa38.16■■■■□ 3.7
COL9A3-211ENST00000477612 RIMBP3BA6NNM3 1639 aa38.16■■■■□ 3.7
COL9A3-211ENST00000477612 RIMBP3Q9UFD9 1639 aa38.16■■■■□ 3.7
COL9A3-211ENST00000477612 SYNJ2O15056 1496 aa38.14■■■■□ 3.7
COL9A3-211ENST00000477612 CHMP7Q8WUX9 453 aaPredicted RBP38.1■■■■□ 3.69
COL9A3-211ENST00000477612 ARHGEF11O15085 1522 aa38.09■■■■□ 3.69
COL9A3-211ENST00000477612 TRIM41Q8WV44 630 aa38.09■■■■□ 3.69
COL9A3-211ENST00000477612 CLASP1Q7Z460 1538 aa38.01■■■■□ 3.67
COL9A3-211ENST00000477612 ERICH3Q5RHP9 1530 aa37.92■■■■□ 3.66
COL9A3-211ENST00000477612 ADAMTS12P58397 1594 aa37.91■■■■□ 3.66
COL9A3-211ENST00000477612 GRIN2AQ12879 1464 aa37.84■■■■□ 3.65
COL9A3-211ENST00000477612 FHAD1B1AJZ9 1412 aa37.83■■■■□ 3.65
COL9A3-211ENST00000477612 ARAP1Q96P48 1450 aa37.76■■■■□ 3.63
COL9A3-211ENST00000477612 NUP160Q12769 1436 aa37.72■■■■□ 3.63
COL9A3-211ENST00000477612 CYB5RLQ6IPT4 315 aa37.71■■■■□ 3.63
COL9A3-211ENST00000477612 CEP170Q5SW79 1584 aa37.68■■■■□ 3.62
COL9A3-211ENST00000477612 KIF27Q86VH2 1401 aa37.63■■■■□ 3.61
COL9A3-211ENST00000477612 IGF1RP08069 1367 aa37.56■■■■□ 3.6
COL9A3-211ENST00000477612 SHROOM2Q13796 1616 aa37.52■■■■□ 3.6
COL9A3-211ENST00000477612 CUL7Q14999 1698 aa37.5■■■■□ 3.59
COL9A3-211ENST00000477612 ERCC6L2Q5T890 1561 aa37.41■■■■□ 3.58
COL9A3-211ENST00000477612 RUSC2Q8N2Y8 1516 aa37.36■■■■□ 3.57
COL9A3-211ENST00000477612 CARMIL1Q5VZK9 1371 aa37.3■■■■□ 3.56
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 81.8 ms