RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000477413.1

CNIH4-208, Transcript of cornichon family AMPA receptor auxiliary protein 4, human

TSL 5

Gene CNIH4, Length 820 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CNIH4-208	ENST00000477413	NISCH	Q9Y2I1	1504 aa		56.28	■■■■■ 6.6
CNIH4-208	ENST00000477413	CCDC180	Q9P1Z9	1646 aa		50.4	■■■■■ 5.66
CNIH4-208	ENST00000477413	ABCC9	O60706	1549 aa		49.49	■■■■■ 5.51
CNIH4-208	ENST00000477413	RB1CC1	Q8TDY2	1594 aa		47.56	■■■■■ 5.2
CNIH4-208	ENST00000477413	NACAD	O15069	1562 aa		47.43	■■■■■ 5.18
CNIH4-208	ENST00000477413	MYO15B	Q96JP2	1530 aa		47.12	■■■■■ 5.13
CNIH4-208	ENST00000477413	ZCCHC6	Q5VYS8	1495 aa	Known RBP	46.83	■■■■■ 5.09
CNIH4-208	ENST00000477413	DCAF8L2	P0C7V8	631 aa		46.74	■■■■■ 5.07
CNIH4-208	ENST00000477413	DCAF1	Q9Y4B6	1507 aa		46.69	■■■■■ 5.07
CNIH4-208	ENST00000477413	UNC13A	Q9UPW8	1703 aa		46.53	■■■■■ 5.04
CNIH4-208	ENST00000477413	BICRA	Q9NZM4	1560 aa		46.18	■■■■■ 4.98
CNIH4-208	ENST00000477413	PABPN1	Q86U42	306 aa	Known RBP eCLIP	46.02	■■■■■ 4.96
CNIH4-208	ENST00000477413	DNAJC5B	Q9UF47	199 aa		45.83	■■■■■ 4.93
CNIH4-208	ENST00000477413	SHROOM4	Q9ULL8	1493 aa		45.81	■■■■■ 4.92
CNIH4-208	ENST00000477413	SCRIB	Q14160	1630 aa		45.72	■■■■■ 4.91
CNIH4-208	ENST00000477413	EIF4G1	Q04637	1599 aa	Known RBP	44.96	■■■■■ 4.79
CNIH4-208	ENST00000477413	CC2D2A	Q9P2K1	1620 aa		44.86	■■■■■ 4.77
CNIH4-208	ENST00000477413	CECR2	Q9BXF3	1484 aa		44.59	■■■■■ 4.73
CNIH4-208	ENST00000477413	SMARCA4	P51532	1647 aa		43.8	■■■■■ 4.6
CNIH4-208	ENST00000477413	NCAPD3	P42695	1498 aa		43.75	■■■■■ 4.59
CNIH4-208	ENST00000477413	BAZ1A	Q9NRL2	1556 aa	Predicted RBP	43.67	■■■■■ 4.58
CNIH4-208	ENST00000477413	ATAD2B	Q9ULI0	1458 aa		43.64	■■■■■ 4.58
CNIH4-208	ENST00000477413	SMARCA2	P51531	1590 aa		43.62	■■■■■ 4.57
CNIH4-208	ENST00000477413	HMGXB3	Q12766	1538 aa		43.56	■■■■■ 4.56
CNIH4-208	ENST00000477413	PEG3	Q9GZU2	1588 aa		43.5	■■■■■ 4.55
CNIH4-208	ENST00000477413	MROH2B	Q7Z745	1585 aa		43.31	■■■■■ 4.52
CNIH4-208	ENST00000477413	BAZ1B	Q9UIG0	1483 aa	Known RBP	43.22	■■■■■ 4.51
CNIH4-208	ENST00000477413	WIZ	O95785	1651 aa		42.81	■■■■■ 4.44
CNIH4-208	ENST00000477413	NES	P48681	1621 aa		42.71	■■■■■ 4.43
CNIH4-208	ENST00000477413	LAMC3	Q9Y6N6	1575 aa		42.69	■■■■■ 4.43
CNIH4-208	ENST00000477413	ERCC6	Q03468	1493 aa		42.69	■■■■■ 4.42
CNIH4-208	ENST00000477413	RSF1	Q96T23	1441 aa	Predicted RBP	42.63	■■■■■ 4.41
CNIH4-208	ENST00000477413	CUX2	O14529	1486 aa		42.62	■■■■■ 4.41
CNIH4-208	ENST00000477413	TOP2A	P11388	1531 aa	Known RBP	42.41	■■■■■ 4.38
CNIH4-208	ENST00000477413	CADPS	Q9ULU8	1353 aa		42.36	■■■■■ 4.37
CNIH4-208	ENST00000477413	THOC2	Q8NI27	1593 aa	Known RBP	42.35	■■■■■ 4.37
CNIH4-208	ENST00000477413	PDS5B	Q9NTI5	1447 aa		42.31	■■■■■ 4.36
CNIH4-208	ENST00000477413	KIF21A	Q7Z4S6	1674 aa		42.29	■■■■■ 4.36
CNIH4-208	ENST00000477413	CFTR	P13569	1480 aa		42.08	■■■■■ 4.33
CNIH4-208	ENST00000477413	MRC2	Q9UBG0	1479 aa		41.95	■■■■■ 4.31
CNIH4-208	ENST00000477413	WDR62	O43379	1518 aa		41.91	■■■■■ 4.3
CNIH4-208	ENST00000477413	CEP164	Q9UPV0	1460 aa		41.89	■■■■■ 4.3
CNIH4-208	ENST00000477413	FANCD2	Q9BXW9	1451 aa		41.87	■■■■■ 4.29
CNIH4-208	ENST00000477413	PRDM2	Q13029	1718 aa		41.83	■■■■■ 4.29
CNIH4-208	ENST00000477413	CCDC88B	A6NC98	1476 aa		41.8	■■■■■ 4.28
CNIH4-208	ENST00000477413	DNAJC5	Q9H3Z4	198 aa		41.72	■■■■■ 4.27
CNIH4-208	ENST00000477413	URB2	Q14146	1524 aa	Known RBP	41.52	■■■■■ 4.24
CNIH4-208	ENST00000477413	ABCC8	Q09428	1581 aa		41.18	■■■■■ 4.18
CNIH4-208	ENST00000477413	TOPBP1	Q92547	1522 aa		41.18	■■■■■ 4.18
CNIH4-208	ENST00000477413	DNMBP	Q6XZF7	1577 aa		41.13	■■■■■ 4.18
CNIH4-208	ENST00000477413	IFT140	Q96RY7	1462 aa		41.05	■■■■■ 4.16
CNIH4-208	ENST00000477413	ZNF608	Q9ULD9	1512 aa	Predicted RBP	40.84	■■■■■ 4.13
CNIH4-208	ENST00000477413	TARBP1	Q13395	1621 aa	Known RBP	40.84	■■■■■ 4.13
CNIH4-208	ENST00000477413	SUPT5H	O00267	1087 aa	Known RBP	40.83	■■■■■ 4.13
CNIH4-208	ENST00000477413	POLA1	P09884	1462 aa	Predicted RBP	40.8	■■■■■ 4.12
CNIH4-208	ENST00000477413	EIF4G3	O43432	1585 aa	Known RBP	40.76	■■■■■ 4.12
CNIH4-208	ENST00000477413	CUX1	P39880	1505 aa		40.68	■■■■■ 4.1
CNIH4-208	ENST00000477413	WDR97	A6NE52	1622 aa		40.6	■■■■■ 4.09
CNIH4-208	ENST00000477413	FGD5	Q6ZNL6	1462 aa		40.59	■■■■■ 4.09
CNIH4-208	ENST00000477413	OSCAR	Q8IYS5	282 aa		40.53	■■■■■ 4.08
CNIH4-208	ENST00000477413	SOGA1	O94964	1423 aa		40.52	■■■■■ 4.08
CNIH4-208	ENST00000477413	RAD54L2	Q9Y4B4	1467 aa		40.51	■■■■■ 4.08
CNIH4-208	ENST00000477413	AQR	O60306	1485 aa	Known RBP eCLIP	40.49	■■■■■ 4.07
CNIH4-208	ENST00000477413	CHD1	O14646	1710 aa		40.32	■■■■■ 4.05
CNIH4-208	ENST00000477413	TDRD9	Q8NDG6	1382 aa	Known RBP	40.3	■■■■■ 4.04
CNIH4-208	ENST00000477413	BIVM-ERCC5	R4GMW8	1640 aa		40.29	■■■■■ 4.04
CNIH4-208	ENST00000477413	TOP2B	Q02880	1626 aa		40.26	■■■■■ 4.04
CNIH4-208	ENST00000477413	ABCA10	Q8WWZ4	1543 aa		40.25	■■■■■ 4.03
CNIH4-208	ENST00000477413	GRIN2B	Q13224	1484 aa		40.19	■■■■■ 4.03
CNIH4-208	ENST00000477413	MAGI1	Q96QZ7	1491 aa	Predicted RBP	40.19	■■■■■ 4.03
CNIH4-208	ENST00000477413	ABCA5	Q8WWZ7	1642 aa		40.19	■■■■■ 4.02
CNIH4-208	ENST00000477413	WRN	Q14191	1432 aa	Predicted RBP eCLIP	40.18	■■■■■ 4.02
CNIH4-208	ENST00000477413	SNAPC4	Q5SXM2	1469 aa		40.18	■■■■■ 4.02
CNIH4-208	ENST00000477413	SYNJ1	O43426	1573 aa		40.16	■■■■■ 4.02
CNIH4-208	ENST00000477413	PBRM1	Q86U86	1689 aa		40.14	■■■■■ 4.02
CNIH4-208	ENST00000477413	GAPVD1	Q14C86	1478 aa		40.1	■■■■■ 4.01
CNIH4-208	ENST00000477413	RIMBP3C	A6NJZ7	1639 aa		40.09	■■■■■ 4.01
CNIH4-208	ENST00000477413	RIMBP3B	A6NNM3	1639 aa		40.09	■■■■■ 4.01
CNIH4-208	ENST00000477413	RIMBP3	Q9UFD9	1639 aa		40.09	■■■■■ 4.01
CNIH4-208	ENST00000477413	ARHGEF11	O15085	1522 aa		40.04	■■■■■ 4
CNIH4-208	ENST00000477413	SYNJ2	O15056	1496 aa		40.01	■■■■■ 4
CNIH4-208	ENST00000477413	CLASP1	Q7Z460	1538 aa		39.95	■■■■□ 3.99
CNIH4-208	ENST00000477413	TRIM41	Q8WV44	630 aa		39.91	■■■■□ 3.98
CNIH4-208	ENST00000477413	FBLN2	P98095	1184 aa		39.9	■■■■□ 3.98
CNIH4-208	ENST00000477413	CHMP7	Q8WUX9	453 aa	Predicted RBP	39.82	■■■■□ 3.97
CNIH4-208	ENST00000477413	ADAMTS12	P58397	1594 aa		39.81	■■■■□ 3.96
CNIH4-208	ENST00000477413	ERICH3	Q5RHP9	1530 aa		39.78	■■■■□ 3.96
CNIH4-208	ENST00000477413	GRIN2A	Q12879	1464 aa		39.69	■■■■□ 3.94
CNIH4-208	ENST00000477413	ARAP1	Q96P48	1450 aa		39.68	■■■■□ 3.94
CNIH4-208	ENST00000477413	FHAD1	B1AJZ9	1412 aa		39.65	■■■■□ 3.94
CNIH4-208	ENST00000477413	NUP160	Q12769	1436 aa		39.59	■■■■□ 3.93
CNIH4-208	ENST00000477413	CEP170	Q5SW79	1584 aa		39.53	■■■■□ 3.92
CNIH4-208	ENST00000477413	CYB5RL	Q6IPT4	315 aa		39.44	■■■■□ 3.9
CNIH4-208	ENST00000477413	SHROOM2	Q13796	1616 aa		39.41	■■■■□ 3.9
CNIH4-208	ENST00000477413	KIF27	Q86VH2	1401 aa		39.38	■■■■□ 3.89
CNIH4-208	ENST00000477413	CUL7	Q14999	1698 aa		39.33	■■■■□ 3.89
CNIH4-208	ENST00000477413	IGF1R	P08069	1367 aa		39.26	■■■■□ 3.88
CNIH4-208	ENST00000477413	RUSC2	Q8N2Y8	1516 aa		39.25	■■■■□ 3.87
CNIH4-208	ENST00000477413	ERCC6L2	Q5T890	1561 aa		39.22	■■■■□ 3.87
CNIH4-208	ENST00000477413	KIAA0586	Q9BVV6	1533 aa		39.04	■■■■□ 3.84

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